ЛСИД

Идентификаторы медико-биологических наук ^[1]^[2] — это способ называть и находить фрагменты информации в сети. По сути, LSID — это уникальный идентификатор некоторых данных, а протокол LSID определяет стандартный способ поиска данных (а также стандартный способ описания этих данных). Они немного похожи на DOI, используемые многими издателями.

LSID представлен как единое имя ресурса (URN) в следующем формате:

urn:lsid:⟨Authority⟩:⟨Namespace⟩:⟨ObjectID⟩[:⟨Version⟩]

Однако пространство имен lsid : не зарегистрировано в Управлении по присвоению номеров в Интернете (IANA), поэтому оно не является строго URN или URI. ^[3]

LSID могут быть разрешены в URL-адресах, например http://zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:CDC8D258-8F57-41DC-B560-247E17D3DC8C .

Споры по поводу использования LSID

К LSID проявлялся большой интерес как в сообществах биоинформатики, так и в сообществах, занимающихся биоразнообразием , причем последние продолжают использовать их как способ идентификации видов в глобальных каталогах. ^[4] Однако в последнее время, когда возросло понимание того, как HTTP URI могут выполнять аналогичную задачу именования, ^[5]^[6] использование LSID в качестве идентификаторов подверглось критике ^[7] как нарушение передовой практики веб-архитектуры по повторному использованию существующих схем URI. ^[8] Тем не менее, явное отделение данных от метаданных; спецификация метода обнаружения нескольких мест для поиска данных; и возможность обнаруживать несколько независимых источников метаданных для любого идентифицированного объекта были важными частями LSID и его спецификации разрешения, которые не удалось успешно имитировать подходом, основанным только на HTTP.

Всемирная паутина обеспечивает глобально распределенную коммуникационную структуру, необходимую практически для любого научного сотрудничества, включая биоинформатику. Однако считалось, что существует несколько ограничений и недостатков, одним из которых является неспособность программно идентифицировать объекты с локальными именами, которые могут быть широко распространены по сети. Этот предполагаемый недостаток ограничил бы нашу способность интегрировать несколько баз знаний, каждая из которых предоставляет частичную информацию из общей области, как это обычно наблюдается в биоинформатике. Идентификатор медико-биологических наук (LSID) и система разрешения LSID (LSRS) были разработаны для обеспечения простых и элегантных решений этой проблемы в соответствии с семантической сетью следующего поколения и семантической сеткой , основанными на расширении существующих интернет-технологий. Однако совсем недавно было отмечено, что некоторые из этих предполагаемых недостатков не присущи HTTP URI, и большая часть (хотя и не все) функций, предоставляемых LSID, может быть получена с использованием правильно созданных HTTP URI. ^[5]

Альтернативные идентификаторы организмов

Для организмов были предложены альтернативные идентификаторы, например система DOI . Частная компания NamesforLife (N4L) создала систему для применения DOI к организмам. Например, doi:10.1601/nm.3093 — это DOI Escherichia coli , а doi:10.1601/tx.3093 — соответствующий таксон. ^[9]

См. также

Примечания

^ Кларк Т., Мартин С., Лифельд Т. Брифинги по биоинформатике 5.1: 59-70, 1 марта 2004 г.
^ Прикрой, Робин. «Спецификация идентификаторов OMG Life Sciences (LSID)» . xml.coverpages.org . Проверено 10 декабря 2022 г.
^ «GitHub — tdwg/wiki-archive: Архив вики TDWG» . 15 ноября 2018 г.
^ Джонс, Эндрю С.; Уайт, Ричард Дж.; Орм, Юэн Р. (17 октября 2011 г.). «Определение и соотношение биологических понятий в Каталоге жизни» . Журнал биомедицинской семантики . 2 (1): 7. дои : 10.1186/2041-1480-2-7 . ISSN 2041-1480 . ПМЦ 3245425 . ПМИД 22004596 .
^ Jump up to: ^а ^б «Преобразование новых схем URI или подсхем URN в URI HTTP» . dbooth.org . Проверено 10 декабря 2022 г.
^ «Прецедент, предлагающий компромисс в отношении лучших практик SWHCLS IG от Генри С. Томпсона от 26 июля 2006 г. ( [электронная почта защищена] от июля 2006 г.)» . lists.w3.org . Проверено 10 декабря 2022 г.
^ «Мой разговор с Шоном Мартином о LSID от [email protected] 25 июля 2006 г. ( [email protected] от июля 2006 г.)» . lists.w3.org . Проверено 10 декабря 2022 г.
^ «Архитектура Всемирной паутины, том первый» . www.w3.org . Проверено 10 декабря 2022 г.
^ Гаррити, Джордж М.; Лайонс, Кэтрин (1 января 2003 г.). «Биологическая номенклатура, ориентированная на будущее» . OMICS: Журнал интегративной биологии . 7 (1): 31–33. дои : 10.1089/153623103322006562 . ПМИД 12831553 .

Внешние ссылки

Проект разрешения LSID
Управление по назначению и разрешению LSID Техасского университета в Остине
Позиция по LSID – размышления человека, участвовавшего в реализации и развертывании LSID

[1] Кларк Т., Мартин С., Лифельд Т. Брифинги по биоинформатике 5.1: 59-70, 1 марта 2004 г.

[2] Прикрой, Робин. «Спецификация идентификаторов OMG Life Sciences (LSID)» . xml.coverpages.org . Проверено 10 декабря 2022 г.

[3] «GitHub — tdwg/wiki-archive: Архив вики TDWG» . 15 ноября 2018 г.

[4] Джонс, Эндрю С.; Уайт, Ричард Дж.; Орм, Юэн Р. (17 октября 2011 г.). «Определение и соотношение биологических понятий в Каталоге жизни» . Журнал биомедицинской семантики . 2 (1): 7. дои : 10.1186/2041-1480-2-7 . ISSN 2041-1480 . ПМЦ 3245425 . ПМИД 22004596 .

[converting-5] Jump up to: ^а ^б «Преобразование новых схем URI или подсхем URN в URI HTTP» . dbooth.org . Проверено 10 декабря 2022 г.

[6] «Прецедент, предлагающий компромисс в отношении лучших практик SWHCLS IG от Генри С. Томпсона от 26 июля 2006 г. ( [электронная почта защищена] от июля 2006 г.)» . lists.w3.org . Проверено 10 декабря 2022 г.

[7] «Мой разговор с Шоном Мартином о LSID от [email protected] 25 июля 2006 г. ( [email protected] от июля 2006 г.)» . lists.w3.org . Проверено 10 декабря 2022 г.

[8] «Архитектура Всемирной паутины, том первый» . www.w3.org . Проверено 10 декабря 2022 г.

[9] Гаррити, Джордж М.; Лайонс, Кэтрин (1 января 2003 г.). «Биологическая номенклатура, ориентированная на будущее» . OMICS: Журнал интегративной биологии . 7 (1): 31–33. дои : 10.1089/153623103322006562 . ПМИД 12831553 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]