✖


Jump to content

Андреас Дрегер

Add links
Андреас Дрегер
Dräger на Международной конференции по системной биологии (ICSB) на Окинаве, 2019 г.
Рожденный ( 1980-09-20 ) 20 сентября 1980 г. (43 года)
Виппра , Восточная Германия
Альма-матер
Известный Математическое моделирование инфекционных заболеваний , JSBML
Дети три
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
Диссертация Компьютерное моделирование биохимических сетей   (2011)
Докторантура Андреас Зелл
Другие научные консультанты
Веб-сайт уни-тюбинген .из /в /127116

Андреас Дрегер (англ. Немецкий: [anˈdʁeːas ˈdʁɛːɡɐ] ; родился 20 сентября 1980 года) — немецкий биоинформатик, возглавляющий исследовательскую группу по анализу данных и биоинформатике в Университете Мартина Лютера в Галле-Виттенберге .

Образование

[ редактировать ]

В старшей школе Дрегер увлекался информатикой и последними достижениями в области генетики и биотехнологии конца 1990-х годов. Когда он узнал о новой образовательной программе, которая позволяла объединить эти технологии, он сразу вдохновился. Так, Дрегер изучал биоинформатику в Университете Галле-Виттенберга имени Мартина Лютера в Галле (Заале) с 2000 по 2006 год. Он работал стажёром по секвенированию генома в Институте молекулярной генетики Макса Планка в Берлине . Свою диссертацию о бактериях, устойчивых к тяжелым металлам, он подготовил на микробиологии кафедре Иллинойского университета в Чикаго . Дрегер получил докторскую степень в Центре биоинформатики в Тюбингене (ZBIT), специализируясь на динамическом моделировании метаболических сетей в виртуальной печени . В это время он работал приглашенным студентом-исследователем по разработке программного обеспечения в Университете Кейо в Иокогаме в 2010 году. После возвращения из Японии научный факультет Тюбингенского университета удостоил его диссертации награды за диссертацию 2011 года. [ а ]

Карьера

[ редактировать ]

В начале 2011 года Дрегер получил финансирование для независимого исследовательского проекта в качестве руководителя младшей группы постдокторантов. В 2013 году он прошел еще одну двухлетнюю программу постдока в качестве исследователя Марии-Кюри в Ла-Хойе . Он работал в исследовательской группе системной биологии в UCSD (Калифорнийский университет, Сан-Диего ). Вернувшись в Тюбинген в 2015 году, он основал в университете независимую исследовательскую группу. В 2018 году он был назначен младшим профессором кафедры вычислительной системной биологии инфекций и патогенов, устойчивых к противомикробным препаратам, в недавно созданном в Тюбингене межфакультетском институте биоинформатики и медицинской информатики (IBMI). Его исследовательская группа принадлежала к Тюбингенскому кластеру передового опыта «Контроль микробов для борьбы с инфекциями» (CMFI). В феврале 2024 года Дрегер был назначен профессором университета и с тех пор возглавляет кафедру анализа данных и биоинформатики в Университете Мартина Лютера в Галле-Виттенберге . [ б ] в то время как его группа остается частью Немецкого национального центра исследований инфекций (DZIF) при Тюбингенском университете .

Исследовать

[ редактировать ]

Исследования Андреаса Дрэгера сосредоточены на математических моделях метаболических механизмов, лежащих в основе устойчивости к антибиотикам. Центральным аспектом его исследовательской группы является человеческий микробиом, обитающий в дыхательных путях от носовой полости до легких . Dräger стремится найти новые способы борьбы с опасными для жизни бактериями. [ 1 ] [ 2 ] и вирусные инфекции. [ 3 ] [ 4 ] Больничные инфекции дыхательных путей имеют наивысший приоритет в усилиях, поскольку они часто затрагивают микроорганизмы с множественной устойчивостью к лечению антибиотиками. К особенно вредным бактериям в этой среде обитания относятся Pseudomonas aeruginosa. [ 5 ] [ 2 ] и золотистый стафилококк . [ 1 ] Другая область исследований включает группы риска, такие как пациенты с муковисцидозом . Применение моделирования метаболических сетей для этой цели требует всестороннего понимания основных процессов взаимного взаимодействия между патогенами , комменсальными бактериями и их хозяином . [ 6 ] [ 7 ]

Эта работа также требует разработки специализированного программного обеспечения для создания, анализа и обмена компьютерными моделями в системной биологии в целом. По этой причине группа также активно участвует в нескольких усилиях по стандартизации в системной биологии. [ 8 ] которые являются частью инициатив Сети компьютерного моделирования в биологии международных исследователей. Дрегер рассматривает улучшенную совместимость и повторное использование разработанных компьютерных моделей в соответствии с принципами данных FAIR (находимость, доступность, совместимость и возможность повторного использования) как необходимое условие для надежного внедрения компьютерного моделирования в биологии. [ 9 ] С этой целью Дрегер и его группа разрабатывают научное программное обеспечение с открытым исходным кодом , такое как JSBML или SBSCL . [ 10 ] В 2015 году научное сообщество избрало его редактором по разработке формата файлов системной биологии SBML , а в 2018 году — редактором языка графического моделирования SBGN . [ 11 ] В 2016 году Дрегер был одним из основателей ежегодного собрания сообщества, проявляющего особый интерес к системному моделированию ( SysMod ). [ 12 ] в Международном обществе вычислительной биологии (ISCB) , где он был фактическим председателем с 2018 года до своего ухода в отставку в 2022 году. [ 13 ]

Во время пандемии COVID-19 работа Dräger по компьютерному моделированию SARS-CoV-2 в клетках человека [ 14 ] [ 15 ] вызвал международный интерес [ с ] [ д ] [ и ] [ ж ] [ г ] [ ч ] [ я ] потому что он предсказал потенциально пригодные цели для разработки лекарств. Одним из них является человеческий фермент гуанилаткиназа . Текущая работа Dräger по этой теме сосредоточена на обеспечении готовности к пандемиям. [ 16 ]

Приверженность и волонтерство

[ редактировать ]

Более трех лет он преподавал курс биоинформатики и системной биологии для старшеклассников в средней школе «Отто-Хан» в Нагольде , включая наставничество в конкурсе «Молодежные исследования » . [ Дж ]

[ редактировать ]

Появления в новостях и СМИ (выборка)

[ редактировать ]
  1. ^ «Центральная церемония вручения дипломов Тюбингенского университета». Информационный бюллетень Uni Tübingen aktuell № 4/2011: Даты и события (на немецком языке). Тюбингенский университет . 16 июля 2011 г.
  2. ^ Университет Мартина Лютера Галле-Виттенберг (27 марта 2024 г.). «Новые профессора в Университете Галле» . Новые профессора в Университете Галле (на немецком языке). Галле (Заале) . Проверено 8 августа 2024 г. {{cite web}}: CS1 maint: дата и год ( ссылка ) CS1 maint: статус URL ( ссылка )
  3. ^ Виттиг, Франк (18 марта 2021 г.). «Где лекарства?» [Где наркотики?]. odysso – знания в КСВ (на немецком языке). SWR телевидение .
  4. ^ Огюстен, Биргит (3 февраля 2021 г.). «Корона: насколько эффективны новые лекарства против вируса?» [Корона: насколько эффективны новые лекарства против вируса?]. Посетите (на немецком языке). Северогерманское радио .
  5. ^ Петрунова, Цветелина (17.01.2021). «Эксклюзив: Первый шаг к открытию лекарства против COVID-19» [Эксклюзив: Первый шаг к открытию лекарства против COVID-19]. В это воскресенье (на болгарском языке). БТВ (Болгария) .
  6. ^ Беремлейский, Николай (17 января 2021 г.). «СЛАБОЕ МЕСТО COVID-19: близки ли мы к победе над инфекцией?» [СЛАБОЕ ПУНКТ COVID-19: Близки ли мы к победе над чумой?]. Воскресенье (на болгарском языке). Нова (болгарский телеканал) .
  7. ^ "Ученые РФ и ФРГ нашли способы уничтожать COVID-19" [Scientists from Russia and Germany have found ways to destroy COVID-19]. Смотрим (in Russian). Russia-24 . 2021-11-01.
  8. ^ Ханнеманн, Корнелия (10 января 2021 г.). «Открытие может проложить путь к лекарству от коронавируса » . Знания (на немецком языке). н-тв .
  9. ^ Призе, Анна (09 января 2021 г.). «Новый подход к коронотерапии в Тюбингенском университете» [Новый подход к коронотерапии в Тюбингенском университете]. SWR Aktuell (на немецком языке). SWR телевидение .
  10. ^ «Они с гордостью представляют свои первые результаты». Шварцвальдский посланник (на немецком языке). Schwarzwälder Bote Mediengesellschaft mbH. 21 июля 2021 г.

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б Ренц, Алина; Дрегер, Андреас (2021). «Выбор и сравнение 114 штаммоспецифичных метаболических моделей золотистого стафилококка в масштабе генома » . npj Системная биология и приложения . 7 (1): 30. дои : 10.1038/s41540-021-00188-4 . ПМК   8241996 . ПМИД   34188046 . S2CID   233598683 .
  2. ^ Перейти обратно: а б Пейн, Доусон Д.; Ренц, Алина; Данфи, Лаура Дж.; Льюис, Тейлор; Дрегер, Андреас ; Папин, Джейсон А. (2021). PA14 в масштабе генома «Обновленная реконструкция метаболической сети Pseudomonas aeruginosa для характеристики вызванных муцином сдвигов в бактериальном метаболизме» (PDF) . npj Системная биология и приложения . 7 (1): 37. дои : 10.1038/s41540-021-00198-2 . ПМК   8501023 . ПМИД   34625561 . S2CID   232224404 .
  3. ^ Бернардес, Жоана П.; Мишра, Неха; Тран, Флориан; Бахмер, Томас; С уважением, Лена; Блазе, Джоанна И.; Бордони, Дора; Франценбург, Жанетт; Гейзен, Ульф; Джозефс-Сполдинг, Джонатан; Кёлер, Филипп; Кюнстнер, Аксель; Розати, Элиза; Ашенбреннер, Анна К.; Бахер, Петра; Баран, Натан; Бойсен, Тейде; Брандт, Буркхард; Брюсе, Никлас; Дорр, Джонатан; Дрегер, Андреас ; Эльке, Гуннар; Эллингхаус, Дэвид; Фишер, Джулия; Форстер, Майкл; Франке, Андре; Франценбург, Серен; Фрей, Норберт; Фридрихс, Анетт; Фут, Янина; Удачи, Андреас; Хамм, Джейкоб; Хинрихсен, Финн; Хоеппнер, Марк П.; Имм, Саймон; Юнкер, Ральф; Кайзер, Сина; Кан, Ин Х.; Нолл, Райнер; Ланге, Кристофер; Лауэ, Джордж; Лиер, Клемес; Линднер, Матиас; Маринос, Георгиос; Маркевиц, Роберт; Наттерманн, Джейкоб; Нет, Райнер; Пиккерс, Питер; Рабе, Клаус Ф.; Ренц, Алина; Рекен, Кристоф; Рупп, Ян; Шаффарзик, Анника; Шеффольд, Александр; Шульте-Шреппинг, Йонас; Шунк, Домагой; Сковаш, Дирк; Улас, Томас; Вандингер, Клаус-Петер; Виттиг, Майкл; Циммерманн, Джон; Буш, Хауке; Хойер, Бимба Ф.; Калета, Кристофер; Хейкендорф, Ян; Кокс, Маттейс; Рыбникер, Ян; Шрайбер, Стефан; Шульце, Иоахим; Розенстиль, Филип; Банович, Николай Е.; Десаи, Тушар; Эйкельберг, Оливер; Ханиффа, Музлифа; Хорват, Питер; Кропски, Джонатан А.; Лафиатис, Роберт; Лундеберг, Йоаким; Мейер, Керстин; Навейн, Мартин К.; Николич, Марко; Ордовас Монтанес, Хосе; Пеер, Дана; Тата, Пурушотама Рао; Роулинз, Эмма; Регев, Авив; Рейфман, Пол; Самаковлис, Христос; Шульце, Иоахим; Шалек, Алекс; Шеперд, Дуглас; Спенс, Джейсон; Тейхманн, Сара; Тайс, Фабиан; Цанков, Александр; ван ден Берге, Маартен; Фон Папен, Майкл; Уитсетт, Джеффри; Сарагоси, Лора Эммануэль; Ангелов, Ангел; Балс, Роберт; Варфоломей, Александр; Беккер, Анке; Бездан, Даниэла; Бонифачо, Эцио; Борк, Пер; Клавель, Томас; Кольм-Татче, Мария; Дифенбах, Андреас; Дилтей, Александр; Фишер, Николь; Фёрстнер, Конрад; Фрик, Джулия Стефани; Ганьер, Жюльен; Гёсманн, Александр; Хейн, Торстен; Хаммель, Майкл; Янссен, Стефан; Калиновский, Йорн; Каллис, Рене; Кер, Бирте; Келлер, Андреас; Ким Хельмут, Сара; Кляйн, Кристофер; Кольбахер, Оливер; Корбель, Ян О.; Курт, Инго; Ландталер, Маркус; Ли, Ян; Людвиг, Керстин; Макаревич, Оливия; Март, Маня; Макхарди, Элис; Мертес, Кристиан; Нётен, Маркус; Нюрнберг, Питер; Олер, Уве; Оссовский, Стефан; Оверманн, Йорг; Питер, Силке; Пфеффер, Клаус; Поетч, Анна Р.; Пюлер, Альфред; Раевский, Никлаус; Ральсер, Маркус; Рисс, Олаф; Рипке, Стефан; Нуньес да Роша, Улиссес; Салиба, Антуан Эммануэль; Сандер, Лейф Эрик; Савицкий, Биргит; Шиффер, Филипп; Шульте, Ева Кристина; Щирба, Александр; Стегл, Оливер; Стой, Йенс; Верешильд, Янне; Фогель, Йорг; Кляйст, Макс фон; Уокер, Эндрю; Вальтер, Йорн; Вечорек, Дагмар; Зибур, Джон (2020). «Продольный мультиомик-анализ выявляет реакции мегакариоцитов, эритроидных клеток и плазмобластов как признаки тяжелого течения COVID-19» . Иммунитет . 53 (6): 1296–1314.e9. doi : 10.1016/j.immuni.2020.11.017 . ISSN   1074-7613 . ПМЦ   7689306 . ПМИД   33296687 . S2CID   227163641 .
  4. ^ Осташевский, Марек; и др. (2021). «Карта заболеваний COVID19, хранилище вычислительных знаний о механизмах взаимодействия вируса и хозяина» . Молекулярная системная биология . 17 (10): е10387. дои : 10.15252/msb.202110387 . ПМЦ   8524328 . ПМИД   34664389 . S2CID   239027089 .
  5. ^ Дахал, Санджив; Ренц, Алина; Дрегер, Андреас ; Ян, Лоуренс (2023). «Геномная модель метаболизма Pseudomonas aeruginosa демонстрирует вирулентность и усиление действия лекарств» (PDF) . Коммуникационная биология . 6 (1): 165. дои : 10.1038/s42003-023-04540-8 . ПМЦ   9918512 . ПМИД   36765199 . S2CID   256702200 .
  6. ^ Ренц, Алина; Уайдерспик, Лина; Дрегер, Андреас (2021). в масштабе генома «Первая метаболическая модель Dolosigranulum pigrum подтверждает множественную ауксотрофию» . Метаболиты . 11 (4): 232. дои : 10.3390/metabo11040232 . ПМК   8069353 . ПМИД   33918864 . S2CID   233395707 .
  7. ^ Бранк, Элизабет; Саху, Свагатика; Зелински, Дэниел К.; Алтункая, Али; Дрегер, Андреас ; Мих, Натан; Гатто, Франческо; Нильссон, Авлант; Пресиат Гонсалес, Герман Андрес; Аурих, Майке Катрин; Прлич, Андреас; Састри, Ананд; Даниэльсдоттир, Анна Д.; Хейнкен, Альмут; Норонья, Альберто; Роуз, Питер В.; Берли, Стивен К.; Флеминг, Ронан М.Т.; Нильсен, Йенс; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О. (2018). «Recon3D позволяет получить трехмерное представление об изменениях генов в метаболизме человека» . Природная биотехнология . 36 (3): 272–281. дои : 10.1038/nbt.4072 . ПМК   5840010 . ПМИД   29457794 . S2CID   210902494 .
  8. ^ Дрегер, Андреас ; Валтемат, Дагмар (2021). «Обзор: стандарты моделирования в системной медицине». Системная медицина . стр. 345–353. дои : 10.1016/B978-0-12-816077-0.00001-7 . ISBN  978-0-12-816078-7 . S2CID   224975951 .
  9. ^ Дрегер, Андреас (2014). «Улучшение сотрудничества путем стандартизации в системной биологии» . Границы биоинженерии и биотехнологии . 2 (61): 61. doi : 10.3389/fbioe.2014.00061 . ПМК   4259112 . ПМИД   25538939 . S2CID   16722945 .
  10. ^ Панчивала, Хемиль; Шах, Шалин; Планачер, Ханнес; Захарчук Николай; Кениг, Матиас; Дрегер, Андреас (2022). «Основная библиотека моделирования системной биологии» . Биоинформатика . 38 (3): 864–865. doi : 10.1093/биоинформатика/btab669 . ПМЦ   8756180 . ПМИД   34554191 . S2CID   230546045 .
  11. ^ Туре, Васундра; Дрегер, Андреас ; Луна, Огюстен; Догрусоз, Угур; Руньи, Адриан (2021). «Графическая нотация системной биологии: текущий статус и применение в системной медицине». Системная медицина . стр. 372–381. дои : 10.1016/B978-0-12-801238-3.11515-6 . ISBN  978-0-12-816078-7 . S2CID   213385953 .
  12. ^ Дрегер, Андреас ; Хеликар, Томас; Барберис, Маттео; Бертвистл, Марк; Кальцоне, Лоуренс; Чауя, Клодин; Хазенауэр, Ян; Карр, Джонатан Р.; Ниаракис, Анна; Родригес Мартинес, Мария; Саес-Родригес, Хулио; Такар, Джули (2021). «SysMod: сообщество ISCB для компьютерного моделирования на основе данных и многомасштабного анализа биологических систем» (PDF) . Биоинформатика . 37 (21): 3702–3706. doi : 10.1093/биоинформатика/btab229 . ПМЦ   8570808 . ПМИД   34179955 . S2CID   234620344 .
  13. ^ Ниаракис, Анна; Такар, Джули; Барберис, Маттео; Родригес Мартинес, Мария; Хеликар, Томас; Бертвистл, Марк; Чауя, Клодин; Кальцоне, Лоуренс; Дрегер, Андреас (2022). «Вычислительное моделирование в области здравоохранения и болезней. Основные моменты 6-го ежегодного собрания SysMod» (PDF) . Биоинформатика . 38 (21): 4990–4993. doi : 10.1093/биоинформатика/btac609 .
  14. ^ Ренц, Алина; Уайдерспик, Лина; Дрегер, Андреас (2020). «FBA раскрывает гуанилаткиназу как потенциальную мишень для противовирусной терапии против SARS-CoV-2» (PDF) . Биоинформатика . 36 (Приложение 2): i813–i821. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa813 . ПМЦ   7773487 . ПМИД   33381848 . S2CID   229929774 .
  15. ^ Ренц, Алина; Уайдерспик, Лина; Дрегер, Андреас (2021). «Метаболическая модель заражения мутантами SARS-CoV-2 в масштабе генома подтверждает, что гуанилаткиназа является надежной потенциальной противовирусной мишенью» . Гены . 12 (6): 796. doi : 10.3390/genes12060796 . ПМЦ   8225150 . ПМИД   34073716 . S2CID   235300463 .
  16. ^ Леониду, Нантия; Ренц, Алина; Мостолизаде, Рейхане; Дрегер, Андреас (2023). «Новый рабочий процесс прогнозирует цели действия лекарств против SARS-CoV-2 посредством метаболических изменений в инфицированных клетках» . PLOS Вычислительная биология . 19 (3): e1010903. дои : 10.1371/journal.pcbi.1010903 . ПМЦ   10035753 . ПМИД   36952396 . S2CID   257715107 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Andreas_Dräger&oldid=1241393084"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 34268250f4d069b5000fd0b6f84ad396__1724180520
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/34/96/34268250f4d069b5000fd0b6f84ad396.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Andreas Dräger - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)