WikiPathways

WikiPathways: открытый ресурс по биологическим путям.
Содержание
Описание	Вики-ресурс для сбора, обслуживания и распространения биологических путей.
Контакт
Первичное цитирование	ПМИД 18651794
Доступ
Формат данных	ГПМЛ ; БиоПАКС
Веб-сайт	http://www.wikipathways.org
URL-адрес загрузки	Пути
веб-службы URL-адрес	ОТДЫХ
Sparql Конечная точка	http://sparql.wikipathways.org/sparql
Разнообразный
Лицензия	Творческий Коммонс 0
Выпуск данных ; частота	ежемесячно

WikiPathways ^[1]^[2] — это общественный ресурс для добавления и поддержки контента, посвященного биологическим путям . Любой зарегистрированный пользователь WikiPathways может внести свой вклад, и любой может стать зарегистрированным пользователем. ^[3] Вклады контролируются группой администраторов, но основная часть рецензирования , редакционного курирования и обслуживания лежит на сообществе пользователей. WikiPathways изначально создан с использованием программного обеспечения MediaWiki . ^[4] специальный инструмент редактирования графических путей ( PathVisio ^[5]) и интегрированный BridgeDb ^[6] базы данных, охватывающие основные системы генов , белков и метаболитов . WikiPathways была основана в 2008 году Томасом Келдером, Алексом Пико, Мартином Ван Иерселем, Кристиной Хансперс, Брюсом Конклином и Крисом Эвело. Нынешние архитекторы — Алекс Пико и Мартина Саммер-Кутмон.

Содержание пути

Каждая статья на WikiPathways посвящена определенному пути. Охвачены многие типы молекулярных путей, включая метаболические , ^[7] сигнализация , регулирование и т. д. и поддерживаемые ^[8] виды включают человека , мышь , рыбку данио , плодовую мушку , C. elegans , дрожжи , рис и арабидопсис , ^[9] а также бактерии и виды растений . Используя функцию поиска, можно найти конкретный путь по названию, по содержащимся в нем генам и белкам или по тексту, отображаемому в его описании. Коллекцию путей также можно просматривать, используя комбинации названий видов и категорий на основе онтологий.

В дополнение к диаграмме путей каждая страница пути также включает описание, библиографию, историю версий пути и список составляющих генов и белков со ссылками на общедоступные ресурсы. Для отдельных узлов путей пользователи могут получить доступ к списку других путей с помощью этого узла. Изменения пути можно отслеживать, отображая предыдущие версии или просматривая различия между конкретными версиями. Используя историю пути, можно также вернуться к предыдущей версии пути.Пути также могут быть помечены терминами онтологий из трех основных онтологий BioPortal (Путь, Заболевание и Тип клетки).

Содержание пути на WikiPathways доступно для бесплатного скачивания в нескольких форматах данных и изображений. WikiPathways — это полностью открытый доступ и открытый исходный код . Весь контент доступен на условиях Creative Commons 0 . Весь исходный код WikiPathways и редактора PathVisio доступен по лицензии Apache версии 2.0 .

Доступ и интеграция

В дополнение к различным основным форматам данных (например, GPML, BioPAX , Reactome , ^[10] КЕГГ и РДФ ^[11]), WikiPathways поддерживает различные способы интеграции и взаимодействия с содержимым путей. К ним относятся направленные ссылки, карты изображений , RSS-каналы глубокой и службы сети . ^[12] Это позволяет повторно использовать данные в таких проектах, как Карта заболеваний COVID19. ^[13]

Содержимое WikiPathways используется для аннотирования и перекрестных ссылок на статьи Википедии, охватывающие различные гены, белки, метаболиты и пути. Вот несколько примеров:

См. также

У Схолии есть профиль темы на WikiPathways .

Ссылки

На момент редактирования в этой статье используется контент из «WikiPathWays:About» , который лицензируется таким образом, чтобы его можно было повторно использовать в соответствии с непортированной лицензией Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 , но не под GFDL . Все соответствующие условия должны быть соблюдены.

^ Александр Р. Пико; Томас Келдер; Мартин П ван Иерсель; Кристина Хансперс; Брюс Р. Конклин; Крис Эвело (22 июля 2008 г.). «WikiPathways: редактирование путей для людей» . ПЛОС Биология . 6 (7): е184. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184 . ISSN 1544-9173 . ПМЦ 2475545 . ПМИД 18651794 . Викиданные Q21092742 .
^ Мартина Саммер-Кутмон; Андерс Риутта; Нуно Нуньес; и др. (4 января 2016 г.). «WikiPathways: охват всего разнообразия знаний о путях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д488-94. дои : 10.1093/NAR/GKV1024 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 4702772 . ПМИД 26481357 . Викиданные Q24082733 .
^ Марвин Мартенс; Аммар Аммар; Андерс Риутта; и др. (8 января 2021 г.). «WikiPathways: объединяя сообщества » Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д613–Д621. дои : 10.1093/NAR/GKAA1024 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 7779061 . ПМИД 33211851 . Викиданные, первый квартал
^ Агравал, Аюши; Пчеловод Хасан; Хансперс, Кристина; Корт, Сьюзен Л; Мартенс, Марвин; Слентер, Дениз Н; Эрхарт, Фридерика; Диглс, Даниэла; Весы, Андра; Вассинк, Изабель; Абасси-Далойи, Туба; Лопес, Элиссон Н; Айер, Айшвария; Акоста, Хавьер Миллан; Уиллигхаген, Ларс Г; Нисида, Кодзо; Риутта, Андерс; Басарич, Хелена; Эвело, Крис Т; Уиллигхаген, Эгон Л; Катмон, Мартина; Пико, Александр Р. (6 ноября 2023 г.). «WikiPathways 2024: база данных путей следующего поколения» . Исследования нуклеиновых кислот . дои : 10.1093/nar/gkad960 . ПМЦ 10767877 . ПМИД 37941138 .
^ Мартин П ван Иерсель; Томас Келдер; Александр Р. Пико; Кристина Хансперс; Сьюзан Корт; Брюс Р. Конклин; Крис Эвело (2008). «Представление и изучение биологических путей с помощью PathVisio» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 399. дои : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . ПМК 2569944 . ПМИД 18817533 . Викиданные Q21284199 .
^ Мартин П ван Иерсель; Александр Р. Пико; Томас Келдер; Цзяньцзюн Гао; Исаак Хо; Кристина Хансперс; Брюс Р. Конклин; Крис Т. Эвело (4 января 2010 г.). «Среда BridgeDb: стандартизированный доступ к службам картирования идентификаторов генов, белков и метаболитов» . БМК Биоинформатика . 11 (1): 5. дои : 10.1186/1471-2105-11-5 . ISSN 1471-2105 . ПМЦ 2824678 . ПМИД 20047655 . Викиданные Q28842753 .
^ Слентер, Дениз Н.; Катмон, Мартина; Хансперс, Кристина; Риутта, Андерс; Виндзор, Джейкоб; Нуньес, Нуно; Мелиус, Джонатан; Чирилло, Элиза; Корт, Сьюзен Л.; Диглс, Даниэла; Эрхарт, Фридерика; Гисбертц, Питер; Калафати, Марианти; Мартенс, Марвин; Миллер, Райан; Нисида, Кодзо; Рисвейк, Линда; Весы, Андра; Эйссен, Ларс М.Т.; Эвело, Крис Т.; Пико, Александр Р.; Уиллигхаген, Эгон Л. (10 ноября 2017 г.). «WikiPathways: многогранная база данных путей, соединяющая метаболомику с другими исследованиями омики» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д661–Д667. дои : 10.1093/NAR/GKX1064 . ПМЦ 5753270 . ПМИД 29136241 .
^ «Просмотр путей — WikiPathways» .
^ Ханумаппа, Маматха; Прис, Джастин; Элзер, Джастин; Немет, Дениз; Боно, Джина; Ву, Кенни; Джайсвал, Панкадж (2013). «WikiPathways для растений: портал по курированию общественных путей и тематическое исследование сетей по разработке семян риса и арабидопсиса» . Рис . 6 (1): 14. Бибкод : 2013Рис....6...14H . дои : 10.1186/1939-8433-6-14 . ПМЦ 4883732 . ПМИД 24280312 .
^ Болер, Ответ; У, Гуаньмин; Катмон, Мартина; президент Леонтий Адика; Корт, Сьюзен Л.; Хансперс, Кристина; Хау, Робин; Пико, Александр Р.; Эвело, Крис Т. (20 мая 2016 г.). «Реактом с точки зрения WikiPathways» . PLOS Вычислительная биология . 12 (5): e1004941. Бибкод : 2016PLSCB..12E4941B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004941 . ПМЦ 4874630 . ПМИД 27203685 .
^ Ваагмеестер, Андра; Катмон, Мартина; Риутта, Андерс; Миллер, Райан; Уиллигхаген, Эгон Л.; Эвело, Крис Т.; Пико, Александр Р. (23 июня 2016 г.). «Использование семантической сети для быстрой интеграции WikiPathways с другими биологическими онлайн-ресурсами данных» . PLOS Вычислительная биология . 12 (6): e1004989. Бибкод : 2016PLSCB..12E4989W . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004989 . ПМЦ 4918977 . ПМИД 27336457 .
^ Келдер, Т.; Пико, Арканзас; Хансперс, К.; Ван Иерсель, член парламента; Эвело, К.; Конклин, БР; Хиде, В. (2009). Хидэ, Уинстон (ред.). «Изучение биологических путей с использованием веб-сервисов WikiPathways» . ПЛОС ОДИН . 4 (7): е6447. Бибкод : 2009PLoSO...4.6447K . дои : 10.1371/journal.pone.0006447 . ПМК 2714472 . ПМИД 19649250 .
^ Осташевский, М.; и др. (1 октября 2021 г.). «Карта заболеваний COVID19, хранилище вычислительных знаний о механизмах взаимодействия вируса и хозяина» . Молекулярная системная биология . 17 (10): е10387. дои : 10.15252/msb.202110387 . ПМЦ 8524328 . ПМИД 34664389 .

Внешние ссылки

Официальный сайт

[pmid18651794-1] Александр Р. Пико; Томас Келдер; Мартин П ван Иерсель; Кристина Хансперс; Брюс Р. Конклин; Крис Эвело (22 июля 2008 г.). «WikiPathways: редактирование путей для людей» . ПЛОС Биология . 6 (7): е184. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184 . ISSN 1544-9173 . ПМЦ 2475545 . ПМИД 18651794 . Викиданные Q21092742 .

[2] Мартина Саммер-Кутмон; Андерс Риутта; Нуно Нуньес; и др. (4 января 2016 г.). «WikiPathways: охват всего разнообразия знаний о путях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д488-94. дои : 10.1093/NAR/GKV1024 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 4702772 . ПМИД 26481357 . Викиданные Q24082733 .

[3] Марвин Мартенс; Аммар Аммар; Андерс Риутта; и др. (8 января 2021 г.). «WikiPathways: объединяя сообщества » Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д613–Д621. дои : 10.1093/NAR/GKAA1024 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 7779061 . ПМИД 33211851 . Викиданные, первый квартал

[4] Агравал, Аюши; Пчеловод Хасан; Хансперс, Кристина; Корт, Сьюзен Л; Мартенс, Марвин; Слентер, Дениз Н; Эрхарт, Фридерика; Диглс, Даниэла; Весы, Андра; Вассинк, Изабель; Абасси-Далойи, Туба; Лопес, Элиссон Н; Айер, Айшвария; Акоста, Хавьер Миллан; Уиллигхаген, Ларс Г; Нисида, Кодзо; Риутта, Андерс; Басарич, Хелена; Эвело, Крис Т; Уиллигхаген, Эгон Л; Катмон, Мартина; Пико, Александр Р. (6 ноября 2023 г.). «WikiPathways 2024: база данных путей следующего поколения» . Исследования нуклеиновых кислот . дои : 10.1093/nar/gkad960 . ПМЦ 10767877 . ПМИД 37941138 .

[pmid18817533-5] Мартин П ван Иерсель; Томас Келдер; Александр Р. Пико; Кристина Хансперс; Сьюзан Корт; Брюс Р. Конклин; Крис Эвело (2008). «Представление и изучение биологических путей с помощью PathVisio» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 399. дои : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . ПМК 2569944 . ПМИД 18817533 . Викиданные Q21284199 .

[pmid20047655-6] Мартин П ван Иерсель; Александр Р. Пико; Томас Келдер; Цзяньцзюн Гао; Исаак Хо; Кристина Хансперс; Брюс Р. Конклин; Крис Т. Эвело (4 января 2010 г.). «Среда BridgeDb: стандартизированный доступ к службам картирования идентификаторов генов, белков и метаболитов» . БМК Биоинформатика . 11 (1): 5. дои : 10.1186/1471-2105-11-5 . ISSN 1471-2105 . ПМЦ 2824678 . ПМИД 20047655 . Викиданные Q28842753 .

[7] Слентер, Дениз Н.; Катмон, Мартина; Хансперс, Кристина; Риутта, Андерс; Виндзор, Джейкоб; Нуньес, Нуно; Мелиус, Джонатан; Чирилло, Элиза; Корт, Сьюзен Л.; Диглс, Даниэла; Эрхарт, Фридерика; Гисбертц, Питер; Калафати, Марианти; Мартенс, Марвин; Миллер, Райан; Нисида, Кодзо; Рисвейк, Линда; Весы, Андра; Эйссен, Ларс М.Т.; Эвело, Крис Т.; Пико, Александр Р.; Уиллигхаген, Эгон Л. (10 ноября 2017 г.). «WikiPathways: многогранная база данных путей, соединяющая метаболомику с другими исследованиями омики» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д661–Д667. дои : 10.1093/NAR/GKX1064 . ПМЦ 5753270 . ПМИД 29136241 .

[8] «Просмотр путей — WikiPathways» .

[9] Ханумаппа, Маматха; Прис, Джастин; Элзер, Джастин; Немет, Дениз; Боно, Джина; Ву, Кенни; Джайсвал, Панкадж (2013). «WikiPathways для растений: портал по курированию общественных путей и тематическое исследование сетей по разработке семян риса и арабидопсиса» . Рис . 6 (1): 14. Бибкод : 2013Рис....6...14H . дои : 10.1186/1939-8433-6-14 . ПМЦ 4883732 . ПМИД 24280312 .

[10] Болер, Ответ; У, Гуаньмин; Катмон, Мартина; президент Леонтий Адика; Корт, Сьюзен Л.; Хансперс, Кристина; Хау, Робин; Пико, Александр Р.; Эвело, Крис Т. (20 мая 2016 г.). «Реактом с точки зрения WikiPathways» . PLOS Вычислительная биология . 12 (5): e1004941. Бибкод : 2016PLSCB..12E4941B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004941 . ПМЦ 4874630 . ПМИД 27203685 .

[11] Ваагмеестер, Андра; Катмон, Мартина; Риутта, Андерс; Миллер, Райан; Уиллигхаген, Эгон Л.; Эвело, Крис Т.; Пико, Александр Р. (23 июня 2016 г.). «Использование семантической сети для быстрой интеграции WikiPathways с другими биологическими онлайн-ресурсами данных» . PLOS Вычислительная биология . 12 (6): e1004989. Бибкод : 2016PLSCB..12E4989W . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004989 . ПМЦ 4918977 . ПМИД 27336457 .

[pmid19649250-12] Келдер, Т.; Пико, Арканзас; Хансперс, К.; Ван Иерсель, член парламента; Эвело, К.; Конклин, БР; Хиде, В. (2009). Хидэ, Уинстон (ред.). «Изучение биологических путей с использованием веб-сервисов WikiPathways» . ПЛОС ОДИН . 4 (7): е6447. Бибкод : 2009PLoSO...4.6447K . дои : 10.1371/journal.pone.0006447 . ПМК 2714472 . ПМИД 19649250 .

[13] Осташевский, М.; и др. (1 октября 2021 г.). «Карта заболеваний COVID19, хранилище вычислительных знаний о механизмах взаимодействия вируса и хозяина» . Молекулярная системная биология . 17 (10): е10387. дои : 10.15252/msb.202110387 . ПМЦ 8524328 . ПМИД 34664389 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]