Биологический путь
— Биологический путь это серия взаимодействий между молекулами в клетке, которая приводит к определенному продукту или изменению в клетке. Такой путь может запустить сборку новых молекул, таких как жир или белок. Пути также могут включать и выключать гены или побуждать клетку двигаться. [1] Некоторые из наиболее распространенных биологических путей участвуют в метаболизме , регуляции экспрессии генов и передаче сигналов . Пути играют ключевую роль в передовых исследованиях геномики .
Наиболее распространенные типы биологических путей: [1]
Базы данных путей [ править ]
- База данных KEGG Pathway — это популярная база данных поиска путей, широко используемая биологами.
- WikiPathways — это база данных путей, курируемая сообществом и использующая концепцию «вики». Все пути имеют открытую лицензию и могут использоваться свободно.
- Reactome — это бесплатная онлайн-база данных биологических путей, создаваемая вручную.
- База данных взаимодействия NCI-Nature Pathway Interaction - это бесплатная биомедицинская база данных о клеточных сигнальных путях человека (новое официальное название: NCI Nature Pathway Interaction Database: Pathway, синоним: PID).
- PhosphoSitePlus — это база данных наблюдаемых посттрансляционных модификаций белков человека и мыши; онлайн-ресурс по системной биологии, предоставляющий исчерпывающую информацию и инструменты для изучения посттрансляционных модификаций белков (ПТМ), включая фосфорилирование, убиквитинирование, ацетилирование и метилирование.
- Коллекция баз данных BioCyc представляет собой набор баз данных путей/геномов конкретных организмов.
- Справочная база данных по белкам человека представляет собой централизованную платформу для визуального отображения и интеграции информации, касающейся архитектуры домена, посттрансляционных модификаций, сетей взаимодействия и ассоциаций заболеваний для каждого белка в протеоме человека (последний выпуск был № 9 в 2010 году).
- PANTHER (Анализ белков через эволюционные взаимоотношения) — это большая тщательно подобранная биологическая база данных семейств генов/белков и их функционально связанных подсемейств, которую можно использовать для классификации и определения функций продуктов генов.
- TRANSFAC (база данных TRANScription FACtor) — это база данных эукариотических транскрипционных факторов, их сайтов связывания с геномом и профилей связывания ДНК, которая создается вручную (предоставляется GeneXplain GmbH).
- MiRTarBase — это курируемая база данных взаимодействий микроРНК и мишени.
- DrugBank — это всеобъемлющая, высококачественная, свободно доступная онлайн-база данных, содержащая информацию о наркотиках и целях их применения.
- esyN — это средство просмотра и построения сетей, которое позволяет импортировать пути из базы данных биомоделей или из биосетки, помбазы Flybase и видеть, какие лекарства взаимодействуют с белками в вашей сети.
- База данных сравнительной токсикогеномики (CTD) — это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, который хранит научные данные, описывающие взаимосвязи между химическими веществами/лекарствами, генами/белками, болезнями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия; CTD показывает, как химические вещества окружающей среды влияют на здоровье человека.
- Pathway commons — это проект и база данных, которые используют язык BioPAX для преобразования, интеграции и запроса других баз данных биологических путей и взаимодействий.