База данных сравнительной токсикогеномики

База данных сравнительной токсикогеномики (CTD)
Разработчик(и)	Кафедра биологических наук Университета штата Северная Каролина и кафедра биоинформатики Биологической лаборатории MDI.
Первоначальный выпуск	12 ноября 2004 г .; 19 лет назад
Доступно в	Английский
Тип	Биоинформатика , анализ данных
Веб-сайт	ctdbase .org

База данных сравнительной токсикогеномики ( CTD ) — это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, запущенный в ноябре 2004 года, который собирает научные данные, описывающие отношения между химическими веществами/лекарствами, генами/белками, болезнями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия.База данных поддерживается Департаментом биологических наук Университета штата Северная Каролина .

Фон

База данных сравнительной токсикогеномики (CTD) — это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, который собирает научные данные, описывающие взаимоотношения между химическими веществами, генами/белками, болезнями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия, запущенный 12 ноября 2004 г. ^[1]^[2]^[3]^[4] База данных поддерживается Департаментом биологических наук Университета штата Северная Каролина. ^{[ нужна ссылка ]}

Цели и задачи

Одной из основных целей CTD является углубление понимания воздействия химических веществ окружающей среды на здоровье человека на генетическом уровне, область, называемая токсигеномикой .

Этиология многих хронических заболеваний включает взаимодействие между факторами окружающей среды и генами, которые модулируют важные физиологические процессы. Химические вещества являются важным компонентом окружающей среды. Известно, что такие состояния, как астма , рак, диабет , гипертония , иммунодефицит и болезнь Паркинсона , зависят от окружающей среды; однако молекулярные механизмы, лежащие в основе этих корреляций, недостаточно изучены. CTD может помочь разрешить эти механизмы. Самый актуальный обширный список рецензируемых научных статей о CTD доступен на странице их публикаций. ^[5]

Основные данные

CTD — уникальный ресурс, где биокураторы ^[6]^[7] прочитайте научную литературу и вручную отредактируйте четыре типа основных данных:

Химико-генные взаимодействия
Ассоциации химических заболеваний
Ассоциации генов и заболеваний
Химико-фенотипические ассоциации

Интеграция данных

Интегрируя вышеупомянутые четыре набора данных, CTD автоматически создает предполагаемые сети химических генов, фенотипов и заболеваний, чтобы пролить свет на молекулярные механизмы, лежащие в основе заболеваний, вызываемых окружающей средой.

Эти предполагаемые взаимосвязи статистически оцениваются и ранжируются и могут использоваться учеными и компьютерными биологами для создания и проверки проверяемых гипотез о токсикогеномных механизмах и о том, как они связаны со здоровьем человека.

Пользователи могут выполнять поиск CTD, чтобы изучить научные данные о химических веществах, генах, заболеваниях или взаимодействии между любыми из этих трех концепций. В настоящее время, ^{[ когда? ]} CTD объединяет токсикогеномные данные по позвоночным и беспозвоночным.

CTD интегрирует данные из этих баз данных или гиперссылки на них:

ChemIDplus, словарь, содержащий более 400 000 химических веществ, хранящийся в Национальной медицинской библиотеке США. ^[8]
Лекарственный Банк
Проект «Инфраструктура данных для химической безопасности» (diXa) Хранилище данных Европейского института биоинформатики ^[9]^[10] который по состоянию на ноябрь 2015 года содержал 469 соединений, 188 наборов данных о заболеваниях в трех подкатегориях заболеваний печени, почек и сердечно-сосудистых заболеваний. ^[11]
Консорциум генной онтологии
КЕГГ
NCBI Энтрез-Ген
NCBI ПабМед
Таксономия NCBI ^[12]
Медицинские предметные рубрики НЛМ
МОЙ БОГ
Реактом

Ссылки

^ Мэттингли CJ, Розенштейн MC, Колби Г.Т., Форрест Дж.Н., Бойер Дж.Л. (сентябрь 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): ресурс для сравнительных токсикологических исследований» . Журнал экспериментальной зоологии. Часть A: Сравнительная экспериментальная биология . 305 (9): 689–92. дои : 10.1002/jez.a.307 . ПМК 1586110 . ПМИД 16902965 .
^ Мэттингли Си Джей, Розенштейн MC, Дэвис А. П., Колби Г. Т., Форрест Дж. Н., Бойер Дж. Л. (август 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): межвидовой ресурс для построения сетей химико-генного взаимодействия» . Токсикол. Наука . 92 (2): 587–95. дои : 10.1093/toxsci/kfl008 . ПМК 1586111 . ПМИД 16675512 .
^ Мэттингли СиДжей, Колби Г.Т., Розенштейн М.К., Форрест Дж.Н., Бойер Дж.Л. (2004). «Содействие сравнительным молекулярным исследованиям в области гигиены окружающей среды: обзор базы данных сравнительной токсигеномики (CTD)» . Фармакогеномика Дж . 4 (1): 5–8. дои : 10.1038/sj.tpj.6500225 . ПМИД 14735110 .
^ Мэттингли Си Джей, Колби Г. Т., Форрест Дж. Н., Бойер Дж. Л. (май 2003 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD)» . Окружающая среда. Перспектива здоровья . 111 (6): 793–5. дои : 10.1289/ehp.6028 . ПМК 1241500 . ПМИД 12760826 . Архивировано из оригинала 6 июня 2010 г.
^ Страница публикаций CTD ctdbase.org
^ Борн П.Е., Макинтайр Дж. (октябрь 2006 г.). «Биокураторы: вкладчики в мир науки» . ПЛОС Компьютер. Биол . 2 (10): е142. Бибкод : 2006PLSCB...2..142B . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . ПМК 1626157 . ПМИД 17411327 .
^ Салими Н., Вита Р. (октябрь 2006 г.). «Биокуратор: объединение и расширение научных данных» . ПЛОС Компьютер. Биол . 2 (10): е125. Бибкод : 2006PLSCB...2..125S . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . ПМЦ 1626147 . ПМИД 17069454 .
^ ChemIDplus Национальная медицинская библиотека США, дата получения: 7 ноября 2015 г.
↑ Хранилище данных diXa , дата обращения 7 ноября 2015 г.
^ Хендрикс, DM; Аэртс, HJWL; Каймент, Ф.; Кларк, Д.; Эббельс, ПРО ТВД; Эвело, Коннектикут; Гмуендер, Х.; Хебельс, DGAJ; Хервиг, Р.; Хешелер, Дж.; Дженнен, DGJ; Джеттен, MJA; Кантеракис, С.; Кеун, ХК; Мацер, В.; Оверингтон, JP; Пиличева Е.; Сарканс, У.; Сегура-Лепе, член парламента; Сотириаду, И.; Виттенбергер, Т.; Витвер, Дж.; Занзи, А.; Кляйнянс, JCS (12 декабря 2014 г.). «diXa: инфраструктура данных для оценки химической безопасности» . Биоинформатика . 31 (9): 1505–1507. doi : 10.1093/биоинформатика/btu827 . ПМК 4410652 . ПМИД 25505093 .
^ Поезд онлайн, данные о заболеваниях Европейской лаборатории молекулярной биологии, дата получения 7 ноября 2015 г.
^ Таксономия NCBI

Внешние ссылки

[1] Мэттингли CJ, Розенштейн MC, Колби Г.Т., Форрест Дж.Н., Бойер Дж.Л. (сентябрь 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): ресурс для сравнительных токсикологических исследований» . Журнал экспериментальной зоологии. Часть A: Сравнительная экспериментальная биология . 305 (9): 689–92. дои : 10.1002/jez.a.307 . ПМК 1586110 . ПМИД 16902965 .

[2] Мэттингли Си Джей, Розенштейн MC, Дэвис А. П., Колби Г. Т., Форрест Дж. Н., Бойер Дж. Л. (август 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): межвидовой ресурс для построения сетей химико-генного взаимодействия» . Токсикол. Наука . 92 (2): 587–95. дои : 10.1093/toxsci/kfl008 . ПМК 1586111 . ПМИД 16675512 .

[3] Мэттингли СиДжей, Колби Г.Т., Розенштейн М.К., Форрест Дж.Н., Бойер Дж.Л. (2004). «Содействие сравнительным молекулярным исследованиям в области гигиены окружающей среды: обзор базы данных сравнительной токсигеномики (CTD)» . Фармакогеномика Дж . 4 (1): 5–8. дои : 10.1038/sj.tpj.6500225 . ПМИД 14735110 .

[4] Мэттингли Си Джей, Колби Г. Т., Форрест Дж. Н., Бойер Дж. Л. (май 2003 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD)» . Окружающая среда. Перспектива здоровья . 111 (6): 793–5. дои : 10.1289/ehp.6028 . ПМК 1241500 . ПМИД 12760826 . Архивировано из оригинала 6 июня 2010 г.

[5] Страница публикаций CTD ctdbase.org

[6] Борн П.Е., Макинтайр Дж. (октябрь 2006 г.). «Биокураторы: вкладчики в мир науки» . ПЛОС Компьютер. Биол . 2 (10): е142. Бибкод : 2006PLSCB...2..142B . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . ПМК 1626157 . ПМИД 17411327 .

[7] Салими Н., Вита Р. (октябрь 2006 г.). «Биокуратор: объединение и расширение научных данных» . ПЛОС Компьютер. Биол . 2 (10): е125. Бибкод : 2006PLSCB...2..125S . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . ПМЦ 1626147 . ПМИД 17069454 .

[8] ChemIDplus Национальная медицинская библиотека США, дата получения: 7 ноября 2015 г.

[9] Хранилище данных diXa , дата обращения 7 ноября 2015 г.

[10] Хендрикс, DM; Аэртс, HJWL; Каймент, Ф.; Кларк, Д.; Эббельс, ПРО ТВД; Эвело, Коннектикут; Гмуендер, Х.; Хебельс, DGAJ; Хервиг, Р.; Хешелер, Дж.; Дженнен, DGJ; Джеттен, MJA; Кантеракис, С.; Кеун, ХК; Мацер, В.; Оверингтон, JP; Пиличева Е.; Сарканс, У.; Сегура-Лепе, член парламента; Сотириаду, И.; Виттенбергер, Т.; Витвер, Дж.; Занзи, А.; Кляйнянс, JCS (12 декабря 2014 г.). «diXa: инфраструктура данных для оценки химической безопасности» . Биоинформатика . 31 (9): 1505–1507. doi : 10.1093/биоинформатика/btu827 . ПМК 4410652 . ПМИД 25505093 .

[11] Поезд онлайн, данные о заболеваниях Европейской лаборатории молекулярной биологии, дата получения 7 ноября 2015 г.

[12] Таксономия NCBI

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]