Входить
Энтрез ( ВЛИЯНИЕ: [ɒnˈtreɪ] ) [1] Система поиска между базами данных Global Query — это объединенная поисковая система или веб-портал , который позволяет пользователям осуществлять поиск во многих отдельных базах данных медицинских наук на веб-сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). [2] NCBI является частью Национальной медицинской библиотеки (NLM), которая сама является подразделением Национального института здравоохранения (NIH), который, в свою очередь, является частью Министерства здравоохранения и социальных служб США . Название «Entrez» (приветствие, означающее «Входите» на французском языке) было выбрано, чтобы отразить дух приглашения общественности к поиску контента, доступного на NLM.
Entrez Global Query — это интегрированная система поиска и поиска, которая обеспечивает доступ ко всем базам данных одновременно с помощью одной строки запроса и пользовательского интерфейса. Entrez может эффективно извлекать связанные последовательности , структуры и ссылки. Система Entrez может предоставлять представление последовательностей генов и белков , а также карт хромосом . Некоторые учебники также доступны онлайн через систему Entrez.
Особенности [ править ]
По умолчанию главная страница Entrez предоставляет доступ к глобальному запросу. Во всех базах данных, проиндексированных Entrez, можно осуществлять поиск с помощью одной строки запроса, поддерживающей логические операторы и теги поисковых запросов, позволяющие ограничить части оператора поиска определенными полями. Это возвращает унифицированную страницу результатов, на которой показано количество совпадений для поиска в каждой из баз данных, которые также связаны с фактическими результатами поиска для этой конкретной базы данных.
Entrez также предоставляет аналогичный интерфейс для поиска в каждой конкретной базе данных и уточнения результатов поиска. Функция «Ограничения» позволяет пользователю сузить поиск в интерфейсе веб-форм. Функция «История» предоставляет нумерованный список недавно выполненных запросов. К результатам предыдущих запросов можно обращаться по номеру и объединять их с помощью логических операторов. Результаты поиска можно временно сохранить в буфере обмена. Пользователи с учетной записью MyNCBI могут сохранять запросы на неопределенный срок, а также получать по электронной почте обновления с новыми результатами поиска для сохраненных запросов большинства баз данных. Он широко используется в области биотехнологии в качестве справочного пособия как для студентов, так и для специалистов.
Базы данных [ править ]
Энтрез осуществляет поиск в следующих базах данных:
- PubMed : цитаты и рефераты биомедицинской литературы, включая Medline — статьи из (в основном медицинских ) журналов , часто включающие рефераты. Для статей 1990-х годов предоставляются ссылки на PubMed Central и другие полнотекстовые ресурсы.
- PubMed Central : бесплатные полнотекстовые журнальные статьи.
- Поиск по сайту: веб-сайты NCBI и FTP-сайты.
- Книги: онлайн-книги
- Онлайн-менделевское наследование у человека (OMIM)
- Нуклеотид : база данных последовательностей ( GenBank )
- Белок : база данных последовательностей ( GenPept )
- Геном : последовательности всего генома и картирование.
- Структура : трехмерные макромолекулярные структуры.
- Таксономия : организмы в таксономии GenBank
- dbSNP : однонуклеотидный полиморфизм
- Джин : [3] генно-ориентированная информация
- HomoloGene : группы гомологии эукариот.
- PubChem Compound: уникальные химические структуры малых молекул.
- PubChem Substance: записи о депонированных химических веществах.
- Геномный проект : информация о геномном проекте
- UniGene : генно-ориентированные кластеры последовательностей транскриптов.
- CDD : база данных консервативных белковых доменов.
- PopSet : наборы данных демографических исследований ( эпидемиология )
- GEO Profiles : профили экспрессии и молекулярного содержания
- Наборы данных GEO : экспериментальные наборы данных GEO.
- Архив чтения последовательности : данные высокопроизводительного секвенирования
- Раковые хромосомы : цитогенетические базы данных
- PubChem BioAssay : проверка биоактивности химических веществ
- Зонд : реагенты, специфичные для последовательности
- Каталог NLM : библиографические данные NLM для более чем 1,2 миллиона журналов, книг, аудиовизуальных материалов, компьютерного программного обеспечения, электронных ресурсов и других материалов, находящихся в LocatorPlus (обновляются каждый будний день).
Доступ [ править ]
Помимо использования форм поисковой системы для запроса данных в Entrez, NCBI предоставляет утилиты программирования Entrez. [4] (eUtils) для более прямого доступа к результатам запроса. Доступ к eUtils осуществляется путем отправки специально сформированных URL-адресов на сервер NCBI и анализа ответа XML. Также существовал SOAP- интерфейс eUtils, поддержка которого была прекращена в июле 2015 года. [5]
История [ править ]
В 1991 году Entrez был представлен на компакт-диске. В 1993 году клиент-серверная версия программного обеспечения обеспечивала подключение к Интернету. В 1994 году NCBI создала веб-сайт, и Энтрез участвовал в его первоначальном выпуске. В 2001 году была выпущена книжная полка Entrez, а в 2003 году была разработана база данных Entrez Gene. [6]
Ссылки [ править ]
- ^ «Определение понятия «энтрез» » . Словарь Коллинза [Интернет] .
- ^ Координаторы ресурсов NCBI (2012 г.). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D8–D20. дои : 10.1093/nar/gks1189 . ПМЦ 3531099 . ПМИД 23193264 .
- ^ «Дом – Джин – NCBI» .
- ^ Энтрез Коммунальные услуги . Национальный центр биотехнологической информации (США). 2010.
- ^ Веб-служба электронной утилиты (SOAP) . Национальный центр биотехнологической информации (США). 23 января 2015 г.
- ^ Смит, Кент. «Краткая история формирования и роста NCBI» . Справочник NCBI [Интернет]. 2-е издание . Проверено 3 мая 2014 г.