ПАНТЕРА

ПАНТЕРА
Содержание
Описание	База данных PANTHER классифицирует генные продукты по семействам.
Типы данных ; захвачен	Генные семьи
Контакт
Исследовательский центр	Университет Южной Калифорнии
Авторы	Пол Д. Томас
Первичное цитирование	ПМИД 12520017
Доступ
Веб-сайт	[1]
Разнообразный
Добавить в закладки ; сущности	да

В биоинформатике система классификации PANTHER ) представляет собой большую тщательно подобранную биологическую базу данных семейств генов/белков и их функционально связанных ( анализ белков через эволюционные связи подсемейств, которую можно использовать для классификации и определения функций генных продуктов. ^[1] PANTHER является частью проекта Gene Ontology Reference Genome. ^[2] предназначен для классификации белков и их генов для высокопроизводительного анализа.

Проект состоит как из ручного курирования, так и из биоинформатических алгоритмов. ^[3] Белки классифицируются по семейству (и подсемейству), молекулярной функции, биологическому процессу и пути. Европейского института биоинформатики Это одна из баз данных, входящих в базу данных InterPro . ^[4]—Применение PANTHER. Наиболее важным применением PANTHER является точное определение функции неохарактеризованных генов любого организма на основе их эволюционных связей с генами с известными функциями. ^[3] Объединив функции генов, онтологию , пути и инструменты статистического анализа, PANTHER позволяет биологам анализировать крупномасштабные данные по всему геному, полученные с помощью современных передовых технологий, включая: секвенирование, протеомику или по экспрессии генов . эксперименты ^[5]В скором времени, используя данные и инструменты PANTHER, пользователи смогут: ^[6]

Получите информацию о конкретном интересующем гене.
Откройте для себя семейства и подсемейства белков, пути, биологические процессы, молекулярные функции и клеточные компоненты.
Создавайте списки генов, относящихся к определенному семейству/подсемейству белков, молекулярной функции, биологическому процессу или пути.
Анализируйте списки генов, белков или транскриптов.

История ПАНТЕРЫ

1998: Проект запущен в Molecular Application Group.
1999: Приобретена компанией Celera Genomics.
2000: PANTHER 1 выпущен в Celera Discovery Systems (CDS).
2001: Выпущен PANTHER 2, который используется в аннотации к первому опубликованному геному человека Celera.
2002: Выпущена «ПАНТЕРА 3». Аннотации PANTHER интегрированы в FlyBase . Перешел в АБИ.
2003: Выпущена PANTHER 4 с публичной версией системы классификации PANTHER.
2005: Выпущен PANTHER 5 с PANTHER Pathway и инструментом анализа. Наладить сотрудничество с ИнтерПро.
2006: Выпущена ПАНТЕРА 6. Перейдите в НИИ.
2010: Выпущена ПАНТЕРА 7.
2011: Переезд в Университет Южной Калифорнии.
2012: Выпущена ПАНТЕРА 8.
2014: Выпущена ПАНТЕРА 9. ^[6]
2015: Выпущена ПАНТЕРА 10.
2016: Выпущена ПАНТЕРА 11. ^[7]

Филогенетическое дерево

В PANTHER существует филогенетическое дерево для каждого семейства белков. Аннотация дерева выполняется на основе следующих критериев:

Каждый узел аннотирован атрибутами гена, включая «членство в подсемействе», «класс белка», «функция гена». Эти атрибуты передаются по наследству. ^[3] Названия белков Swiss-Prot обычно используются для обозначения подсемейств. ^[8] Поскольку PANTHER является частью проекта эталонного генома GO, ^[2]^[9] Генная Онтология ^[10] Термины (GO) используются для обозначения функции гена. Термины онтологии PANTHER/X используются для класса белков.
Каждый внутренний узел отмечен эволюционными событиями, такими как « видообразование », « дупликация генов » и « горизонтальный перенос генов ». ^[3]

Для создания филогенетических деревьев PANTHER использует алгоритм GIGA. GIGA использует деревья пород для разработки конструкций деревьев. На каждой итерации он пытается согласовать дерево в форме событий видообразования и дупликации генов.

Процесс генерации данных библиотеки PANTHER

Процесс генерации данных разделен на три этапа:

Семейная кластеризация
Пифологенетическое древовидное построение
Аннотация узлов дерева

Семейная кластеризация

Набор последовательностей

Деревья PANTHER отображают эволюцию семейства генов на основе широкого набора геномов, которые полностью секвенированы. У PANTHER есть одна последовательность на каждый ген, так что дерево может отражать события, произошедшие в ходе эволюции, то есть дупликацию, видообразование.Набор геномов PANTHER отбирается по следующим критериям:

В набор должна входить крупная экспериментальная модель организма , это поможет отобразить функциональную информацию об организме, которая менее изучена.
Набор должен включать широкий таксономический диапазон других геномов, желательно полностью секвенированных и аннотированных, это поможет соотнести экспериментальные модельные организмы.

Семейные кластеры

Ниже приведены требования для создания семейных кластеров в PANTHER:

Семья должна состоять как минимум из пяти членов, среди которых хотя бы один ген должен быть из эталонного генома GO.
Чтобы поддержать филогенетический вывод, семейство должно содержать высококачественное выравнивание последовательностей .
Оценка множественно выровненной последовательности проводится путем оценки длины выровненной последовательности, по меньшей мере, 30 сайтов, выровненных у 75% или более членов семьи.

Построение филогенетического дерева

Для каждого семейства множественные последовательности выравниваются с использованием настройки по умолчанию MAFFT , любой столбец, который выровнен менее чем на 75% последовательности, удаляется. Эти данные затем используются в качестве входных данных для программы GIGA. Выходное дерево от GIGA помечено. Каждый внутренний узел помечен в зависимости от того, произошло ли событие дивергенции в виде видообразования или дупликации гена.

Аннотация узлов дерева

Каждый узел в дереве PANTHER помечен наследуемым атрибутом. Наследственный признак может быть трех типов: членство в подсемействе, функция гена и членство в классе белков. Эти аннотации узлов относятся к первичной последовательности, которая использовалась для построения дерева. При применении этих аннотаций к первичной последовательности используется простой эволюционный принцип, т.е. аннотация каждого узла распространяется его ушедшим узлом. ^[3]

Компоненты ПАНТЕРЫ

PANTHER/LIB (библиотека PANTHER): Библиотека состоит из коллекции книг. Каждая из этих книг представляет семейство белков. есть скрытая марковская модель (HMM), множественное выравнивание последовательностей (MSA) и генеалогическое древо для каждого семейства белков. В библиотеке ^[1]

PANTHER/X (индекс PANTEHR): Индекс содержит сокращенную онтологию, которая помогает обобщать и перемещаться по молекулярным и биологическим функциям. Хотя онтология PANTHER/X имеет иерархическую организацию, она представляет собой направленный ациклический граф , поэтому, когда это биологически оправдано, дочерние категории появляются более чем под одним родительским элементом. PANTHER/X был сопоставлен с GO и организован по-другому, чтобы облегчить крупномасштабный анализ белков. ^[1]

ПАНТЕРНЫЕ тропы

PANTHER включает 176 путей с использованием инструмента CellDesigner. Дорожки PANTHER можно загрузить в следующих форматах файлов.

Язык разметки системной биологии ( SBML )
Графическая нотация системной биологии (SBGN - ML)
БиоПАКС ^[3]

Последние версии PANTHER, их статистика и обновления

Версия 6.0

Версия 6 использует UniProt ^[11] последовательности как обучающие последовательности. Существует 19132 обучающих последовательностей UniProt, непосредственно связанных с компонентами пути. Эта версия имеет ~ 1500 реакций по 130 путям, а количество путей, связанных с подсемействами, было расширено. ПАНТЕРА стала членом Консорциума ИнтерПро. Доступность данных PANTHER была улучшена (HMM можно загрузить по FTP ). Версия PANTHER/LIB 6.1 содержит 221609 последовательностей UniProt из 53 организмов, сгруппированных в 5546 семейств и 24561 подсемейство. ^[12] (2006)

Версия 7.0

В этой версии филогенетические деревья представляют собой события видообразования и дупликации генов. идентификация ортологов Возможна генов. Существует дополнительная поддержка альтернативных идентификаторов баз данных для генов, белков и на микрочипах зондов . PANTHER версии 7 использует стандарт SBGN для описания биологических путей. Он включает в себя 48 наборов геномов. Чтобы определить новые семейства и в сотрудничестве с группой InterPro Европейского института биоинформатики, ^[4] В эту версию было добавлено около 1000 семейств геномов неживотных. Источниками наборов генов послужили базы данных модельных организмов Ensembl ^[13] аннотация генома и Entrez Gene. ^[14] Начиная с этой версии, для каждого узла дерева используется стабильный идентификатор. Этот стабильный идентификатор представляет собой девятизначное число с префиксом PTN (сокращение от PANTHER Tree Node). ^[3]^[15] (2009)

Версия 8.0 (2012 г.)

Эталонный протеом ^[16] В этой версии PANTHER используется набор, поддерживаемый ресурсом UniProt, поэтому источником наборов генов является UniProt. Он включает в себя 82 набора геномов (примерно вдвое больше по сравнению с версией 7) и 991985 генов, кодирующих белки, из которых 642319 генов (64,75%) были использованы для семейных кластеров. Веб-сайт PANTHER переработан для облегчения рабочего процесса обычного пользователя. ^[3]

Версия 9.0 (2014 г.)

Эта версия содержит 7180 семейств белков, разделенных на 52 768 функционально различных подсемейств белков. Версия 9.0 содержит геномы всех 85 организмов. ^[17]^[6]

Версия 11.1 (2016 г.)

Эта версия содержит 78 442 подсемейства и 1 064 054 аннотированных гена.

Сайт ПАНТЕРЫ

На домашней странице веб-сайта PANTHER показано несколько вкладок папок для основных рабочих процессов, в том числе: анализ списка генов, просмотр, поиск последовательностей, оценка cSNP и поиск по ключевым словам. Подробная информация о каждом из этих рабочих процессов представлена ниже.

Анализ списка генов

Эта вкладка выбрана по умолчанию, поскольку это наиболее часто используемый параметр. Вы можете ввести действительные идентификаторы в поле или загрузить файл, затем выбрать тип списка, выбрать интересующий организм и выбрать тип анализа.

Практический пример: Давайте попробуем этот рабочий процесс на примере небольшого списка генов, содержащего три гена AKT1, AKT2, AKT3. Сначала мы вводим названия этих генов в поле и разделяем их запятой (или пробелом). Мы выбираем «Список идентификаторов» в качестве типа списка, «Homo Sapiens» (человек) в качестве организма и «Функциональную классификацию, рассматриваемую в списке генов» в качестве типа операции; затем нажмите «Отправить». Он дает вам информацию обо всех трех генах:

Идентификаторы генов из Ensembl и идентификаторы белков из Uniprot: в этом примере вы должны видеть «ENSG00000142208» и «P31749».
Сопоставленные идентификаторы: это просто имена генов, которые были сопоставлены с вашим запросом (AKT1, AKT2 и AKT3).
Названия генов, символы генов и ортологи: ортологи кликабельны, щелкнув по ним, вы можете увидеть список других организмов и их идентификаторы, а также тип ортологов («LDO» для наименее разошедшегося ортолога, «O» для другие, которые являются более разошедшимися ортологами, и «P» для паралогов).
Семейство и подсемейство ПАНТЕР: это даст вам название семейства и подсемейства для ваших генов. Есть несколько ссылок, например, ссылка на генеалогическое древо, которая кликабельна. Наконец, вы получите гены разных видов, отнесенные к этому подсемейству. В этом примере у вас есть подсемейство PANTHER «PTHR24352:SF30» для AKT1.
Молекулярная функция GO: она расскажет вам, каковы функции вашего гена запроса; например, AKT1 обладает протеинкиназной активностью и может избирательно и нековалентно взаимодействовать с ионами кальция, кальмодулином и фосфолипидами.
Биологический процесс GO. Посмотрев эту колонку, вы поймете, в каких биологических процессах участвует ген; например, AKT1 играет роль в генерации гамет, апоптозе, клеточном цикле и т. д.
Клеточный компонент GO: он сообщает вам, где в клетке вы можете найти нужный белок. В нашем примере информация недоступна, но если вы попробуете другие примеры (например, ген p53), вы увидите некоторые клеточные компоненты, такие как «ядро», «цитоплазма», «хромосомы» и т. д.
Класс белка PANTHER: здесь указаны имена и идентификаторы класса белка PANTHER для каждого из генов; например, AKT1 относится к классу белков PANTHER «нерецепторная серин/треониновая протеинкиназа» с идентификатором класса «PC00167». Вы также можете увидеть его родительскую и дочернюю линию.
Пути: будет показан список кликабельных названий путей, в которых существует ваш запрашиваемый ген; например, AKT1 участвует в нескольких путях, таких как «реакция на гипоксию через HIF», «сигнальный путь апоптоза», «путь киназы PI3» и т. д.
Виды: это название выбранного вами вида; в данном случае мы выбрали «Homo sapiens».

Просматривать

Используя эту вкладку папки и выбрав интересующую вас онтологию, вы можете просмотреть различные классификации. Также возможно выбрать более одной онтологии; в этом случае результаты будут соответствовать критериям всех вариантов выбора. Вы можете увидеть связь между терминами онтологии и семействами, подсемействами и обучающими последовательностями PANTHER.

Последовательный поиск

Поместив последовательность белка в поле «Поиск последовательности», PANTHER выполнит поиск в библиотеке HMM семейства и подсемейства и вернет подсемейство, которое лучше всего соответствует последовательности. Если вы щелкнете по названию подсемейства, вы увидите некоторые подробности, например, гены, относящиеся к этому подсемейству, и возможность просмотреть подсемейство в рамках более крупного генеалогического древа. Загрузив инструмент оценки PANTHER со страницы загрузки, вы сможете оценить множество последовательностей по PANTHER HMM.

оценка cSNP

Используя эту вкладку папки, вы можете выполнить анализ эволюции кодирования SNP . Вы должны ввести последовательность белка в первое поле, а замены, относящиеся к этой последовательности белка, во второе поле; эти замены следует вводить в стандартном формате аминокислотных замен, например L46P. PANTHER будет использовать выравнивание эволюционно родственных белков, рассчитывать эволюционную консервативность, специфичную для позиции замены (subPSEC), и оценивать вероятность того, что этот несинонимичный кодирующий SNP окажет функциональное воздействие на белок. Этот инструмент использует данные PANTHER версии 6.1 по техническим причинам. Одна из новых функций PANTHER заключается в том, что если вы хотите проанализировать множество SNP, вы можете перейти на страницу загрузки и загрузить инструмент PANTHER Coding Snp Analysis.

Поиск по ключевым словам

Введя поисковый запрос в поле поиска по ключевым словам, PANTHER предоставит вам количество записей, соответствующих вашему ключевому слову, для генов, семейств, путей и терминов онтологии. Вы можете отфильтровать их, определив интересующие виды или уточнив поиск по другим критериям. Чтобы просмотреть подробную информацию о гене, необходимо нажать на идентификатор гена.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Томас, доктор медицинских наук; Кеджаривал, А.; Кэмпбелл, МЮ; Ми, Х.; Димер, К.; Го, Н.; Ладунга, И.; Улицкий-Лазарева, Б.; и др. (январь 2003 г.). «PANTHER: доступная для просмотра база данных генных продуктов, организованная по биологическим функциям с использованием курируемой классификации белковых семейств и подсемейств» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (1): 334–41. дои : 10.1093/нар/gkg115 . ПМК 165562 . ПМИД 12520017 .
^ Jump up to: ^а ^б «Проект аннотации эталонного генома GO» .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Ми, Х.; Муругануджан, А.; Томас, PD. (январь 2013 г.). «ПАНТЕРА в 2013 году: моделирование эволюции функции генов и других атрибутов генов в контексте филогенетических деревьев» . Нуклеиновые кислоты Рез . 41 (Проблема с базой данных): D377–86. дои : 10.1093/nar/gks1118 . ПМЦ 3531194 . ПМИД 23193289 .
^ Jump up to: ^а ^б Хантер, С.; Джонс, П.; Митчелл, А.; Апвейлер, Р.; Эттвуд, Теннесси; Бейтман, А.; Бернард, Т.; Биннс, Д.; и др. (январь 2012 г.). «ИнтерПро в 2011 году: новые разработки в базе данных прогнозирования семейств и доменов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных): D306–12. дои : 10.1093/nar/gkr948 . ПМК 3245097 . ПМИД 22096229 .
^ Ми, Х.; Муругануджан, А.; Томас, PD. (август 2013 г.). «Крупномасштабный анализ функций генов с использованием системы классификации PANTHER» . Нуклеиновые кислоты Рез . 8 (8): 1551–66. дои : 10.1038/nprot.2013.092 . ПМК 6519453 . ПМИД 23868073 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с «ПАНТЕРДБ» .
^ Ми, Х; Хуанг, X; Муругануджан, А; Тан, Х; Миллс, К; Канг, Д; Томас, PD (29 ноября 2016 г.). «PANTHER версия 11: расширенные данные аннотаций из путей Gene Ontology и Reactome, а также усовершенствования инструментов анализа данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д183–Д189. дои : 10.1093/nar/gkw1138 . ПМК 5210595 . ПМИД 27899595 .
^ Консорциум UniProt (январь 2012 г.). «Реорганизация белкового пространства в Универсальном белковом ресурсе (UniProt)» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Д1): Д71–Д75. дои : 10.1093/nar/gkr981 . ПМК 3245120 . ПМИД 22102590 .
^ Годе, П.; Ливстон, штат Массачусетс; Льюис, SE; Томас, доктор медицинских наук (сентябрь 2011 г.). «Распространение функциональных аннотаций на основе филогенетики внутри консорциума Gene Ontology» . Краткий Биоинформ . 12 (5): 449–62. дои : 10.1093/нагрудник/bbr042 . ПМК 3178059 . ПМИД 21873635 .
^ Консорциум онтологии генов (январь 2012 г.). «Онтология генов: улучшения на 2011 год» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Д1): Д559–Д564. дои : 10.1093/nar/gkr1028 . ПМК 3245151 . ПМИД 22102568 .
^ Ву, CH; Апвейлер, Р.; Байрох, А.; Натале, округ Колумбия; Баркер, туалет; Бекманн, Б.; Ферро, С.; Гастайгер, Э.; и др. (январь 2006 г.). «Универсальный ресурс белка (UniProt): расширяющаяся вселенная информации о белках» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D187–D191. дои : 10.1093/nar/gkj161 . ПМЦ 1347523 . ПМИД 16381842 .
^ Ми, Х.; Го, Н.; Томас, доктор медицинских наук (январь 2007 г.). «PANTHER версия 6: данные по последовательности белков и эволюции функций с расширенным представлением биологических путей» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D247–D252. дои : 10.1093/nar/gkl869 . ПМЦ 1716723 . ПМИД 17130144 .
^ Фличек, П.; Амоде, MR; Баррелл, Д.; Бил, К.; Брент, С.; Чен, Ю.; Клэпхэм, П.; Коутс, Г.; и др. (январь 2011 г.). «Ансамбль» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D800–D806. дои : 10.1093/нар/gkq1064 . ПМК 3013672 . ПМИД 21045057 .
^ Маглотт, Д .; Остелл, Дж.; Прюитт, К.Д.; Татусова, Т. (январь 2011 г.). «Энтрез Джин: генно-ориентированная информация в NCBI» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D52–D57. дои : 10.1093/нар/gkq1237 . ПМК 3013746 . ПМИД 21115458 .
^ Ми, Х.; Донг, К.; Муругануджан, А.; Годе, П.; Льюис, С.; Томас, доктор медицинских наук (январь 2010 г.). «PANTHER версия 7: улучшенные филогенетические деревья, ортологи и сотрудничество с Консорциумом генной онтологии» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D204–D210. дои : 10.1093/nar/gkp1019 . ПМЦ 2808919 . ПМИД 20015972 .
^ «эталонный протеом» .
^ Подробности статистики PANTHER 9 можно найти здесь ( http://www.pantherdb.org/panther/summaryStats.jsp ).

[Thomas-2003-1] Jump up to: ^а ^б ^с Томас, доктор медицинских наук; Кеджаривал, А.; Кэмпбелл, МЮ; Ми, Х.; Димер, К.; Го, Н.; Ладунга, И.; Улицкий-Лазарева, Б.; и др. (январь 2003 г.). «PANTHER: доступная для просмотра база данных генных продуктов, организованная по биологическим функциям с использованием курируемой классификации белковых семейств и подсемейств» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (1): 334–41. дои : 10.1093/нар/gkg115 . ПМК 165562 . ПМИД 12520017 .

[GOproject-2] Jump up to: ^а ^б «Проект аннотации эталонного генома GO» .

[Mi-2013-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Ми, Х.; Муругануджан, А.; Томас, PD. (январь 2013 г.). «ПАНТЕРА в 2013 году: моделирование эволюции функции генов и других атрибутов генов в контексте филогенетических деревьев» . Нуклеиновые кислоты Рез . 41 (Проблема с базой данных): D377–86. дои : 10.1093/nar/gks1118 . ПМЦ 3531194 . ПМИД 23193289 .

[Hunter-2012-4] Jump up to: ^а ^б Хантер, С.; Джонс, П.; Митчелл, А.; Апвейлер, Р.; Эттвуд, Теннесси; Бейтман, А.; Бернард, Т.; Биннс, Д.; и др. (январь 2012 г.). «ИнтерПро в 2011 году: новые разработки в базе данных прогнозирования семейств и доменов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных): D306–12. дои : 10.1093/nar/gkr948 . ПМК 3245097 . ПМИД 22096229 .

[Mi-2013b-5] Ми, Х.; Муругануджан, А.; Томас, PD. (август 2013 г.). «Крупномасштабный анализ функций генов с использованием системы классификации PANTHER» . Нуклеиновые кислоты Рез . 8 (8): 1551–66. дои : 10.1038/nprot.2013.092 . ПМК 6519453 . ПМИД 23868073 .

[Panther-6] Jump up to: ^а ^б ^с «ПАНТЕРДБ» .

[7] Ми, Х; Хуанг, X; Муругануджан, А; Тан, Х; Миллс, К; Канг, Д; Томас, PD (29 ноября 2016 г.). «PANTHER версия 11: расширенные данные аннотаций из путей Gene Ontology и Reactome, а также усовершенствования инструментов анализа данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д183–Д189. дои : 10.1093/nar/gkw1138 . ПМК 5210595 . ПМИД 27899595 .

[Uniprot-2012-8] Консорциум UniProt (январь 2012 г.). «Реорганизация белкового пространства в Универсальном белковом ресурсе (UniProt)» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Д1): Д71–Д75. дои : 10.1093/nar/gkr981 . ПМК 3245120 . ПМИД 22102590 .

[Gaudet_-2011-9] Годе, П.; Ливстон, штат Массачусетс; Льюис, SE; Томас, доктор медицинских наук (сентябрь 2011 г.). «Распространение функциональных аннотаций на основе филогенетики внутри консорциума Gene Ontology» . Краткий Биоинформ . 12 (5): 449–62. дои : 10.1093/нагрудник/bbr042 . ПМК 3178059 . ПМИД 21873635 .

[GO-2012-10] Консорциум онтологии генов (январь 2012 г.). «Онтология генов: улучшения на 2011 год» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Д1): Д559–Д564. дои : 10.1093/nar/gkr1028 . ПМК 3245151 . ПМИД 22102568 .

[Wu-2006-11] Ву, CH; Апвейлер, Р.; Байрох, А.; Натале, округ Колумбия; Баркер, туалет; Бекманн, Б.; Ферро, С.; Гастайгер, Э.; и др. (январь 2006 г.). «Универсальный ресурс белка (UniProt): расширяющаяся вселенная информации о белках» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D187–D191. дои : 10.1093/nar/gkj161 . ПМЦ 1347523 . ПМИД 16381842 .

[Mi-2007-12] Ми, Х.; Го, Н.; Томас, доктор медицинских наук (январь 2007 г.). «PANTHER версия 6: данные по последовательности белков и эволюции функций с расширенным представлением биологических путей» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D247–D252. дои : 10.1093/nar/gkl869 . ПМЦ 1716723 . ПМИД 17130144 .

[Flicek-2011-13] Фличек, П.; Амоде, MR; Баррелл, Д.; Бил, К.; Брент, С.; Чен, Ю.; Клэпхэм, П.; Коутс, Г.; и др. (январь 2011 г.). «Ансамбль» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D800–D806. дои : 10.1093/нар/gkq1064 . ПМК 3013672 . ПМИД 21045057 .

[Maglott-2011-14] Маглотт, Д .; Остелл, Дж.; Прюитт, К.Д.; Татусова, Т. (январь 2011 г.). «Энтрез Джин: генно-ориентированная информация в NCBI» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D52–D57. дои : 10.1093/нар/gkq1237 . ПМК 3013746 . ПМИД 21115458 .

[Mi-2010-15] Ми, Х.; Донг, К.; Муругануджан, А.; Годе, П.; Льюис, С.; Томас, доктор медицинских наук (январь 2010 г.). «PANTHER версия 7: улучшенные филогенетические деревья, ортологи и сотрудничество с Консорциумом генной онтологии» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D204–D210. дои : 10.1093/nar/gkp1019 . ПМЦ 2808919 . ПМИД 20015972 .

[RefProteome-16] «эталонный протеом» .

[17] Подробности статистики PANTHER 9 можно найти здесь ( http://www.pantherdb.org/panther/summaryStats.jsp ).

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]