Коллекция базы данных BioCyc
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Инструменты для навигации, визуализации и анализа базовых баз данных, а также для анализа данных OMICS. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | НИИ Международный |
| Авторы | Питер Карп и др. |
| Дата выпуска | 1997 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | биоциклический |
BioCyc Коллекция баз данных представляет собой набор баз данных путей/геномов конкретных организмов (PGDB), которые предоставляют ссылки на информацию о геноме и метаболических путях тысяч организмов. [1] По состоянию на июль 2023 года в BioCyc насчитывалось более 20 040 баз данных. [2] НИИ Интернешнл , [3] Базируется в Менло-Парке, Калифорния, и поддерживает семейство баз данных BioCyc.
Категории баз данных
[ редактировать ]В зависимости от ручного управления семейство баз данных BioCyc разделено на 3 уровня:
Уровень 1: Базы данных, прошедшие не менее одного года ручной обработки на основе литературы. В настоящее время на уровне 1 имеется семь баз данных. Из семи баз данных MetaCyc является основной базой данных, содержащей почти 2500 метаболических путей многих организмов. [1] [4] Другой важной базой данных уровня 1 является HumanCyc, которая содержит около 300 метаболических путей, обнаруженных у человека. [5] Остальные пять баз данных включают EcoCyc ( E. coli ), [6] AraCyc ( Arabidopsis thaliana ), YeastCyc ( Saccharomyces cerevisiae ), LeishCyc ( Leishmania major Friedlin ) и TrypanoCyc ( Trypanosoma brucei ).
Уровень 2: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений, но подверглись умеренному ручному курированию (большинство из них — 1–4 месяца). Базы данных уровня 2 доступны для ручного управления учеными, интересующимися каким-либо конкретным организмом. Базы данных уровня 2 в настоящее время содержат 43 различные базы данных по организмам.
Уровень 3: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений с помощью PathoLogic и не подвергались ручной обработке. Как и в случае с базами данных уровня 2, базы данных уровня 3 также доступны для курирования заинтересованным ученым.
Программные инструменты
[ редактировать ]Веб-сайт BioCyc содержит множество программных инструментов для поиска, визуализации, сравнения и анализа информации о геноме и путях развития. Он включает в себя браузер генома, а также браузеры метаболических и регуляторных сетей . На веб-сайте также есть инструменты для отображения крупномасштабных («омик») наборов данных на метаболических и регуляторных сетях, а также на геноме.
Использование в исследованиях
[ редактировать ]Поскольку семейство баз данных BioCyc включает в себя длинный список баз данных по конкретным организмам, а также данных на разных системных уровнях живой системы, их использование в исследованиях осуществлялось в самых разных контекстах. Здесь освещены два исследования, которые показывают два различных варианта использования: одно в масштабе генома, а другое - по выявлению конкретных SNP ( однонуклеотидных полиморфизмов ) внутри генома.
АлгаГЕМ
AlgaGEM представляет собой модель метаболической сети в масштабе генома для разделенной клетки водоросли, разработанную Гомесом де Оливейрой Даль'Молином и др. [7] на основе генома Chlamydomonasrainhardtii . Он имеет 866 уникальных ORF, 1862 метаболита, 2499 записей генно-ферментных реакций-ассоциаций и 1725 уникальных реакций. Одной из баз данных Pathway, использованной для реконструкции, является MetaCyc.
SNP
Исследование Шимула Чоудхури и соавт. [8] показали, что связь между материнскими SNP и метаболитами, участвующими в путях гомоцистеина, фолата и транссульфурации, различается в случаях с врожденными пороками сердца (ВПС), в отличие от контрольной группы. В исследовании использовался HumanCyc для выбора генов-кандидатов и SNP.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Каспи, Р.; Альтман, Т.; Дреер, К.; Фулчер, Калифорния; Субхравети, П.; Кеселер, И.М.; Котари, А.; Крумменакер, М.; Латендресс, М.; Мюллер, Луизиана; Онг, К.; Палей, С.; Пуджар, А.; Ширер, АГ; Трэверс, М.; Вирасингхе, Д.; Чжан, П.; Карп, П.Д. (2011). Meta Cyc « База данных метаболических путей и ферментов Bio Cyc и коллекция баз данных путей/геномов » . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D742–53. дои : 10.1093/nar/gkr1014 . ПМК 3245006 . ПМИД 22102576 .
- ^ «BioCyc Pathway/Коллекция базы данных генома» . biocyc.org . Проверено 31 июля 2023 г.
- ^ Домашняя страница SRI International
- ^ Карп, Питер Д.; Каспи, Рон (2011). «Обзор метаболических баз данных, в которых особое внимание уделяется семейству Meta Cyc » . Архив токсикологии . 85 (9): 1015–33. дои : 10.1007/s00204-011-0705-2 . ПМК 3352032 . ПМИД 21523460 .
- ^ Ромеро, Педро; Вагг, Джонатан; Грин, Мишель Л; Кайзер, Дейл; Крумменакер, Маркус; Карп, Питер Д. (2004). «Вычислительное предсказание метаболических путей человека на основе полного генома человека» . Геномная биология . 6 (1): Р2. дои : 10.1186/gb-2004-6-1-r2 . ПМК 549063 . ПМИД 15642094 .
- ^ Кеселер, И.М.; Кольядо-Видес, Дж.; Сантос-Завалета, А.; Перальта-Гил, М.; Гама-Кастро, С.; Мунис-Раскадо, Л.; Бонавидес-Мартинес, К.; Палей, С.; Крумменакер, М.; Альтман, Т.; Кайпа, П.; Сполдинг, А.; Пачеко, Дж.; Латендресс, М.; Фулчер, К.; Саркер, М.; Ширер, АГ; Макки, А.; Полсен, И.; Гунсалус, РП; Карп, П.Д. (2010). «Eco Cyc : Полная база данных биологии Escherichia coli» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D583–90. дои : 10.1093/нар/gkq1143 . ПМК 3013716 . ПМИД 21097882 .
- ^ Даль'Молин, CG; Кек, LE; Палфриман, RW; Нильсен, Л.К. (2011). «AlgaGEM - метаболическая реконструкция водорослей в масштабе генома на основе генома Chlamydomonas Reinhardtii» . БМК Геномика . 12 (Дополнение 4): S5. дои : 10.1186/1471-2164-12-S4-S5 . ПМЦ 3287588 . ПМИД 22369158 .
- ^ Чоудхури, С; Хоббс, Калифорния; Маклауд, С.Л.; Клев, Массачусетс; Мельник, С; Джеймс, С.Дж.; Ху, П; Эриксон, SW (2012). «Связь между материнскими генотипами и метаболитами, причастными к врожденным порокам сердца» . Молекулярная генетика и обмен веществ . 107 (3): 596–604. дои : 10.1016/j.ymgme.2012.09.022 . ПМЦ 3523122 . ПМИД 23059056 .