ПутьVisio
 | |
| Первоначальный выпуск | 2008 |
|---|---|
| Стабильная версия | 3.3.0 / 28 января 2018 г. |
| Репозиторий | |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Любой ( на основе Java ) |
| Тип | Редактирование, анализ, визуализация путей |
| Лицензия | Апач 2.0 |
| Веб-сайт | www |
PathVisio — это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа и рисования путей. Он позволяет рисовать, редактировать и анализировать биологические пути .Возможна визуализация экспериментальных данных о путях для поиска соответствующих путей, которые чрезмерно представлены в вашем наборе данных. [1] [2] [3]
PathVisio предоставляет базовый набор функций для рисования, анализа и визуализации путей. [4] [5] Дополнительные функции доступны в виде плагинов.
История
[ редактировать ]PathVisio был создан в первую очередь в Маастрихтском университете и институтах Гладстона . [6] Программное обеспечение разработано на Java и также используется как часть платформы WikiPathways в виде апплета. [7] Начиная с версии 3.0 (выпущенной в 2012 году) плагины совместимы с OSGi и был разработан каталог плагинов с их описанием.В 2015 году вышла версия 3.2. Это была первая подписанная версия с сертификатом, выданным удостоверяющим центром. Многие из проблем, возникших в Java 1.7 и 1.8, были решены благодаря новым правилам безопасности.С 2013 года разрабатывается версия Javascript (PVJS) для замены апплета. С 2015 года он также допускает небольшие правки, а в будущем станет полноценным редактором.
Функции
[ редактировать ]- Чертеж и аннотации пути [8]
- Анализ пути [9]
- Интеграция с WikiPathways для удобного редактирования/публикации.
- Интеграция с Cytoscape [10]
- Интеграция с другими языками программирования через PathVisioRPC. [11]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Что такое PathVisio?» . Архивировано из оригинала 23 сентября 2013 года . Проверено 19 сентября 2013 г.
- ^ ван Иерсель, Мартин П; Келдер, Томас; Пико, Александр Р; Хансперс, Кристина; Корт, Сьюзен; Конклин, Брюс Р.; Эвело, Крис (2008). «Представление и изучение биологических путей с помощью PathVisio» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 399. дои : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . ПМК 2569944 . ПМИД 18817533 .
- ^ Катмон, Мартина; ван Иерсель, Мартин П.; Болер, Ответ; Келдер, Томас; Нуньес, Нуно; Пико, Александр Р.; Эвело, Крис Т.; Мерфи, Роберт Ф. (23 февраля 2015 г.). «PathVisio 3: расширяемый набор инструментов для анализа путей» . PLOS Вычислительная биология . 11 (2): e1004085. Бибкод : 2015PLSCB..11E4085K . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004085 . ПМЦ 4338111 . ПМИД 25706687 .
- ^ Джайсвал, Панкадж; Усадель, Бьорн (2016). «Глава 4: Базы данных о путях растений». Биоинформатика растений . Спрингер. стр. 71–87. ISBN 978-1-4939-3166-8 .
- ^ Хаберманн, Бьянка; Вильявесес, Хосе; Коти, Прасанна (июнь 2015 г.). «Инструменты для визуализации и анализа молекулярных сетей, путей и данных -омики» . Достижения и приложения в биоинформатике и химии . 8 : 11–22. дои : 10.2147/AABC.S63534 . ПМК 4461095 . ПМИД 26082651 .
- ^ «О/Основная команда разработчиков» . Архивировано из оригинала 23 февраля 2014 года . Проверено 10 февраля 2014 г.
- ^ Пико, Арканзас; Келдер Т; ван Иерсель, член парламента; Хансперс К; Конклин БР; и др. (22 июля 2008 г.). «WikiPathways: редактирование путей для людей» . ПЛОС Биология . 6 (7): е184. doi : 10.1371/journal.pbio.0060184 . ПМЦ 2475545 . ПМИД 18651794 .
- ^ «Урок 1. Рисование и аннотирование путей в PathVisio» . Архивировано из оригинала 25 ноября 2015 г. Проверено 24 ноября 2015 г.
- ^ «Урок 2: Анализ экспериментальных данных в PathVisio (импорт данных, визуализация и статистика)» . Архивировано из оригинала 25 ноября 2015 г. Проверено 24 ноября 2015 г.
- ^ Катмон, Мартина; Лотия, Самад; Эвело, Крис Т; Пико, Александр Р. (2014). «Приложение WikiPathways для Cytoscape: создание возможностей сетевого анализа и визуализации биологических путей» . F1000Исследования . 3 : 152. doi : 10.12688/f1000research.4254.1 . ISSN 2046-1402 . ПМК 4168754 . ПМИД 25254103 .
- ^ Болер, Анвеша; Эйссен, Ларс М.Т.; ван Иерсель, Мартин П; Лиманс, Христос; Уиллигхаген, Эгон Л; Катмон, Мартина; Джайяр, Магали; Эвело, Крис Т (2015). «Автоматическая визуализация и анализ данных о путях с помощью PathVisioRPC из любой среды программирования» . БМК Биоинформатика . 16 (1): 267. дои : 10.1186/s12859-015-0708-8 . ПМЦ 4546821 . ПМИД 26298294 .