База данных ConsensusPathDB

База данных ConsensusPathDB
Содержание
Описание	сети функционального взаимодействия человека.
Организмы	Homo sapiens, Saccharomyces cerevisiae, Mus musculus.
Контакт
Исследовательский центр	Макса Планка Институт молекулярной генетики
Авторы	Атанас Камбуров
Первичное цитирование	Kamburov et al. (2011)
Дата выпуска	2008
Доступ
Формат данных	БиоПАКС ; СОБАКИ-МЫ ; СБМЛ
Веб-сайт	база данных консенсусного пути .org
URL-адрес загрузки	да
веб-службы URL-адрес	да
Разнообразный
Версия	30; 9 января 2015 г .; 9 лет назад

ConsensusPathDB — молекулярных функциональных взаимодействий это база данных , объединяющая информацию о взаимодействиях белков , передаче сигналов генетических взаимодействий , метаболизме , регуляции генов и взаимодействиях лекарств и мишеней у людей. ConsensusPathDB в настоящее время (выпуск 30) включает такие взаимодействия с 32 базами данных. ^[1] ConsensusPathDB находится в свободном доступе для академического использования по адресу http://ConsensusPathDB.org .

Интегрированные базы данных

Реактом ( метаболические и сигнальные пути )
KEGG (в ConsensusPathDB интегрированы только метаболические пути)
HumanCyc (метаболические пути)
PID - База данных взаимодействия путей (сигнальные пути)
БиоКарта (сигнальные пути)
Netpath (сигнальные пути)
IntAct (белковые взаимодействия)
ДИП (белковые взаимодействия)
MINT (белковые взаимодействия)
HPRD (белковые взаимодействия)
BioGRID (белковые взаимодействия)
SPIKE (белковые взаимодействия, сигнальные реакции)
WikiPathways ( метаболические и сигнальные пути )
и многое другое.

Функциональные возможности

Доступ к ConsensusPathDB осуществляется через веб-интерфейс, предоставляющий множество функций.

Поиск и визуализация

Используя веб-интерфейс, пользователи могут искать физические объекты (например, белки , метаболиты и т. д.) или пути, используя общие имена или номера доступа (например, идентификаторы UniProt ). Выбранные взаимодействия можно визуализировать в интерактивной среде в виде расширяемых сетей. ConsensusPathDB в настоящее время позволяет пользователям экспортировать свои модели в формате BioPAX или в виде изображений в нескольких форматах.

Кратчайший путь

Пользователи могут искать кратчайшие пути функционального взаимодействия между физическими объектами на основе всех взаимодействий в базе данных. Поиск пути можно ограничить, запретив прохождение через определенные физические объекты.

Загрузка данных

Пользователи могут загружать свои собственные сети взаимодействия в файлы BioPAX , PSI-MI или SBML, чтобы проверить и/или расширить эти сети в контексте взаимодействий в ConsensusPathDB.

Анализ чрезмерного представительства

Используя веб-интерфейс базы данных, можно выполнить анализ перепредставления на основе биохимических путей или наборов объектов на основе соседства (NEST), которые составляют подсети общей сети взаимодействия, содержащей все физические объекты вокруг центрального объекта в пределах ". радиус» (количество взаимодействий из центра). Для каждого предопределенного набора (путь/NEST) значение P вычисляется на основе гипергеометрического распределения . Это отражает значимость наблюдаемого совпадения между пользовательским входным списком генов и членами предопределенного набора.

Анализ чрезмерной репрезентативности может быть выполнен с использованием указанных пользователем генов или метаболитов.

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Камбуров, Атанас; Пентчев Константин; Галичка Ханна; Вирлинг Кристоф; Лерах Ханс; Хервиг Ральф (январь 2011 г.). «ConsensusPathDB: к более полной картине клеточной биологии» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D712-7. дои : 10.1093/нар/gkq1156 . ПМК 3013724 . ПМИД 21071422 .

Внешние ссылки

Официальный сайт

[pmid21071422-1] Перейти обратно: ^а ^б Камбуров, Атанас; Пентчев Константин; Галичка Ханна; Вирлинг Кристоф; Лерах Ханс; Хервиг Ральф (январь 2011 г.). «ConsensusPathDB: к более полной картине клеточной биологии» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D712-7. дои : 10.1093/нар/gkq1156 . ПМК 3013724 . ПМИД 21071422 .

[1]