NetPath
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | курированные пути передачи сигнала. |
| Контакт | |
| Лаборатория | Институт биоинформатики, Бангалор |
| Первичное цитирование | Кандасами и др. (2010) [1] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.netpath.org |
NetPath [1] представляет собой вручную созданный ресурс о путях передачи сигналов человека . Это совместная работа лаборатории Панди в Университете Джонса Хопкинса и Института биоинформатики (IOB), Бангалор, Индия . [2] а также над ним работают другие стороны.
NetPath содержит 45 сигнальных путей, в том числе 10 путей, играющих важную роль в регуляции иммунной системы , и 10 путей, имеющих отношение к регуляции рака .
Обзор
[ редактировать ]45 путей содержат информацию, относящуюся к белок-белковым взаимодействиям , ферментативно-белковым субстратным реакциям, которые вызывают посттрансляционные модификации (ПТМ), а также каталог генов, которые дифференциально регулируются при активации специфических лиганд -опосредованных рецепторных путей. Молекулы, которые локализуются в различных клеточных органеллах благодаря их PTM или специфическим белок-белковым взаимодействиям, которые происходят ниже по пути, опосредованному лиганд-рецептор, доступны в рамках событий транслокации. Недавно NetPath также курировала молекулы, участвующие в регуляции транскрипции генов в контексте иммунных сигнальных путей. Реакции в NetPath курируются учеными с докторской степенью на основе экспериментальных данных, доступных в опубликованных исследовательских статьях. NetPath также содержит текстовое описание своих реакций с информацией о PTM, зависимости PTM от различных сигнальных реакций, субклеточном расположении, доменах или мотивах взаимодействия белков и тип клеток или линия клеток , в которых доказаны реакции. Информация в NetPath связана с соответствующими исследовательскими статьями и часто обновляется. Каждый путь подвергается различным уровням внутренних проверок качества и экспертной оценке со стороны экспертов и органов власти.
Разработка
[ редактировать ]NetPath был разработан с использованием PathBuilder, программного приложения с открытым исходным кодом для аннотирования и разработки ресурсов путей. [3] PathBuilder позволяет аннотировать молекулярные события, включая белок-белковые взаимодействия, отношения фермент-субстрат и события транслокации белков, с помощью ручных или автоматических методов. Возможности PathBuilder включают автоматическую проверку форматов данных, встроенные модули для визуализации путей, автоматический импорт данных из других ресурсов путей, экспорт данных в несколько стандартных форматов обмена данными и интерфейс прикладного программирования для получения наборов данных о маршрутах.
Доступность данных
[ редактировать ]Все 45 путей можно бесплатно загрузить в форматах BioPAX , PSI-MI и SBML . BioPAX — это новый стандарт обмена данными о путях развития. Пути доступны в соответствии с адаптивной лицензией Creative Commons License 2.5 , которая предусматривает, что пути могут быть использованы при условии, что авторам будет предоставлена соответствующая ссылка.
Иммунные сигнальные пути
[ редактировать ]Netpath поддерживает следующие иммунные сигнальные пути:
- Путь рецептора B-клеток [4]
- Путь рецептора Т-клеток [5]
- Путь интерлейкина-1 [6]
- Путь интерлейкина-2 [7]
- Путь интерлейкина-3 [8]
- Путь интерлейкина-4 [9]
- Путь интерлейкина-5 [10]
- Путь интерлейкина-6 [11]
- Путь интерлейкина-7 [12]
- Путь интерлейкина-9 [13]
Сигнальные пути рака
[ редактировать ]Сигнальные пути рака были разработаны в сотрудничестве с Центром вычислительной биологии Мемориального онкологического центра Слоана-Кеттеринга и лабораторией Бадера в Университете Торонто для «Карты раковых клеток». Следующие сигнальные пути рака обслуживаются Netpath:
- Путь рецептора эпидермального фактора роста [14]
- Трансформация пути рецептора бета-фактора роста [15]
- Путь фактора некроза опухоли альфа [16]
- Альфа6 Бета4 Путь интегрина [17]
- Ингибитор пути связывания ДНК [18]
- Тропа ежа [19]
- Путь выемки [20]
- Путь Wnt [21]
- Путь рецептора андрогена [22]
- Путь рецептора набора [23]
Текущая статистика
[ редактировать ]| Кураторские пути | 45 |
| Молекулы участвуют | 1,053 |
| Физические взаимодействия | 2,448 |
| Гены, регулируемые транскрипцией | 7,401 |
| Транспорт | 284 |
| Ферментативный катализ | 1,597 |
| Цитаты из PubMed | 2,228 |
Программа участия сообщества
[ редактировать ]Программа участия сообщества направлена на обучение студентов различных университетов Индии методам курирования путей реакции. Это совместная программа под руководством Института биоинформатики (IOB), Бангалор , Индия , при активном участии лаборатории Ахилеша Панди в Университете Джонса Хопкинса (США) и лаборатории Гэри Бейдера в Университете Торонто , Канада. студенты трех крупных индийских университетов, а именно Университета Пондичерри , Университета Пуны и Университета Майсура В настоящее время участниками этой общественной деятельности являются .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Кандасами, Кумаран; Мохан, Суджата; Раджу, Раджеш; Киртикумар, Шивакумар; Кумар, Гантасала С. Самир; Венугопал, Абхилаш К; Теликичерла, Дипти; Наварро, Дэниел Дж; Мативанан, Суреш (2010). «NetPath: общедоступный ресурс тщательно подобранных путей передачи сигналов» . Геномная биология . 11 (1): Р3. дои : 10.1186/gb-2010-11-1-r3 . ПМЦ 2847715 . ПМИД 20067622 .
- ^ Лаборатория доктора Ахилеша Панди
- ^ Кандасами, К.; Киртикумар, С.; Раджу, Р.; Кешава Прасад, Т.С.; Рамачандра, ЮЛ; Мохан, С.; Панди, А. (2009). «PathBuilder — программное обеспечение с открытым исходным кодом для аннотирования и разработки ресурсов путей» . Биоинформатика . 25 (21): 2860–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btp453 . ПМЦ 2781757 . ПМИД 19628504 .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .
- ^ «NetPath — Пути передачи сигналов» .