База данных взаимодействующих белков
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | база данных взаимодействий белков |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Калифорнийский университет, Лос-Анджелес |
| Авторы | Дэвид Айзенберг |
| Первичное цитирование | Ксенарий и др. (2002) [1] |
| Дата выпуска | 2002 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://dip.doe-mbi.ucla.edu |
| Разнообразный | |
| Лицензия | CC BY-ND 3.0 |
База данных взаимодействующих белков (DIP) — это биологическая база данных, в которой каталогизированы экспериментально установленные взаимодействия между белками . [2] [3] Он объединяет информацию из различных источников для создания единого, последовательного набора белок-белковых взаимодействий. Данные, хранящиеся в DIP, курируются как вручную экспертами -кураторами , так и автоматически с использованием вычислительных подходов, использующих знания о белок-белкового взаимодействия, сетях извлеченные из наиболее надежного основного подмножества данных DIP. База данных была первоначально выпущена в 2002 году. По состоянию на 2014 год DIP курируется исследовательской группой Дэвида Айзенберга в из Калифорнийского университета Лос-Анджелесе .
DIP можно искать через веб-интерфейс; поиск может быть основан, среди прочего, на взаимодействиях, описанных в выбранной журнальной статье, или на взаимодействиях, подтвержденных экспериментальными данными. [4]
ДИП является членом Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx). [5] группа крупнейших публичных поставщиков данных о взаимодействии. Другие участвующие базы данных включают Базу данных сети биомолекулярных взаимодействий (BIND), [6] Нетронутый, [7] База данных молекулярных взаимодействий (МИНТ), [8] МИПС, [9] MPact и BioGRID . [5] Базы данных IMEx работают вместе, чтобы предотвратить дублирование усилий, собирая данные из непересекающихся источников и обмениваясь тщательно проверенными данными взаимодействия. Консорциум IMEx также работал над разработкой XML-формата HUPO - PSI -MI, который сейчас широко применяется. [5] [10]
Вся информация в DIP находится в свободном доступе по лицензии Creative Commons BY-ND 3.0 . [2]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ксенарий, я; Салвинский, Л; Дуань, XJ; Хигни, П; Ким, С.М.; Айзенберг, Д. (1 января 2002 г.). «DIP, База данных взаимодействующих белков: исследовательский инструмент для изучения клеточных сетей белковых взаимодействий» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 303–5. дои : 10.1093/нар/30.1.303 . ПМК 99070 . ПМИД 11752321 .
- ^ Jump up to: а б «ДИП:Домой» . dig.doe-mbi.ucla.edu . Проверено 8 сентября 2014 г.
- ^ Салвински, Л.; Миллер, CS; Смит, Эй Джей; Петтит, ФК; Боуи, Ю.; Айзенберг, Д. (2004). «База данных взаимодействующих белков: обновление 2004 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): Д449–Д451. дои : 10.1093/nar/gkh086 . ПМК 308820 . ПМИД 14681454 .
- ^ «ДИП:Поиск» . dig.doe-mbi.ucla.edu . Проверено 8 сентября 2014 г.
- ^ Jump up to: а б с Орчард, С.; Керриен, С.; Аббани, С.; Аранда, Б.; Бхате, Дж.; Бидвелл, С.; Мост, А.; Бриганти, Л.; Бринкман, Ф.; Чезарени, Г.; Чатр-Арьямонтри, А.; Шотар, Э.; Чен, К.; Дюмуссо, М.; Голл, Дж.; Хэнкок, Р.; Ханник, Л.И.; Юришица, И.; Хадаке, Дж.; Линн, диджей; Махадеван, У.; Перфетто, Л.; Рагхунатх, А.; Рикар-Блюм, С.; Рехерт, Б.; Салвински, Л.; Штюмпфлен, В.; Тайерс, М.; Утц, П.; Ксенариос, И. (2012). «Курирование данных о взаимодействии белков: консорциум Международного молекулярного обмена (IMEx)» . Природные методы . 9 (4): 345–350. дои : 10.1038/nmeth.1931 . ПМЦ 3703241 . ПМИД 22453911 .
- ^ Альфарано, К. (17 декабря 2004 г.). «Обновление базы данных сети биомолекулярных взаимодействий и связанных с ней инструментов, 2005 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D418–D424. дои : 10.1093/nar/gki051 . ПМК 540005 . ПМИД 15608229 .
- ^ Керриен, С.; Аранда, Б.; Бреуза, Л.; Мост, А.; Брокс-Картер, Ф.; Чен, К.; Дьюсбери, М.; Дюмуссо, М.; Фейерманн, М.; Хинц, У.; Яндрашиц, К.; Хименес, Р.К.; Хадаке, Дж.; Махадеван, У.; Массон, П.; Педруцци, И.; Пфайффенбергер, Э.; Поррас, П.; Рагхунатх, А.; Рехерт, Б.; Орчард, С.; Хермякоб, Х. (24 ноября 2011 г.). «База данных молекулярных взаимодействий IntAct в 2012 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Д1): Д841–Д846. дои : 10.1093/nar/gkr1088 . ПМК 3245075 . ПМИД 22121220 .
- ^ Занзони, А; Монтекки-Палацци, Л; Куондам, М; Озиелло, Дж; Хельмер-Циттерих, М; Чезарени, Г. (20 февраля 2002 г.). «МИНТ: база данных молекулярного взаимодействия» . Письма ФЭБС . 513 (1): 135–40. дои : 10.1016/s0014-5793(01)03293-8 . ПМЦ 1751541 . ПМИД 11911893 .
- ^ Гульденер, У. (1 января 2006 г.). «MPact: ресурс взаимодействия белков MIPS на дрожжах» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): Д436–Д441. дои : 10.1093/nar/gkj003 . ПМЦ 1347366 . ПМИД 16381906 .
- ^ Хермякоб, Хеннинг; Монтекки-Палацци, Луиза; Бадер, Гэри; Войчик, Жером; Сальвинский, Лукаш; Сеол, Арно; Мур, Сьюзен; Орчард, Сандра; Сарканс, Угис; фон Меринг, Кристиан; Рехерт, Бернд; Пу, Сильвен; Юнг, Ева; Мерш, Хеннинг; Керси, Пол; Лаппе, Майкл; Ли, Исюэ; Цзэн, Ронг; Рана, Дебашис; Никольский, Маха; Хуси, Хольгер; Брун, Кристина; Шанкер, К; Грант, Сет Дж.Н.; Сандер, Крис; Борк, Пер; Чжу, Вэйминь; Панди, Ахилеш; Бразма, Алвис; Жак, Бернар; Видаль, Марк; Шерман, Дэвид; Легрен, Пьер; Чезарени, Джанни; Ксенарий, Иоаннис; Айзенберг, Дэвид; Стейпе, Борис; Хог, Крис; Апвейлер, Рольф (2004). «Формат молекулярного взаимодействия HUPO PSI - стандарт сообщества для представления данных о взаимодействии белков». Природная биотехнология . 22 (2): 177–183. дои : 10.1038/nbt926 . ПМИД 14755292 . S2CID 17557764 .