ФармГКБ

ФармГКБ
Содержание
Описание	База по фармакогеномике знаний
Типы данных ; захвачен	Фармакогеномика и фармакогенетика
Организмы	Человек
Контакт
Исследовательский центр	Стэнфордский университет
Первичное цитирование	ПМИД 22992668
Дата выпуска	2000
Доступ
Веб-сайт	www .pharmgkb .org
URL-адрес загрузки	www .pharmgkb .org /загрузки
веб-службы URL-адрес	API .pharmgkb .org
Разнообразный
Лицензия	Creative Commons BY-SA 4.0 www .pharmgkb .org /страница /dataUsagePolicy
Политика курирования	Да

База знаний по фармакогеномике ( PharmGKB ) — это общедоступная онлайн- база знаний , отвечающая за агрегирование, обработку, интеграцию и распространение знаний о влиянии генетических вариаций человека на реакцию на лекарства. ^{[ 1 ]} Он финансируется Национальным институтом здравоохранения (NIH) и Национальным институтом общих медицинских наук (NIGMS) и является партнером NIH Сети исследований фармакогеномики (PGRN). Он управляется в Стэнфордском университете с момента его создания в 2000 году. ^{[ 2 ]}

Цель

Основная цель PharmGKB — помочь исследователям понять, как изменения в генетическом составе человека влияют на его реакцию на лекарство. Эта область известна как фармакогеномика или фармакогенетика (PGx). Для достижения этой цели ФармГКБ вручную отбирает информацию PGx из первичной литературы, а затем сохраняет ее в базе знаний . Эту информацию можно агрегировать, что позволяет ФармГКБ идентифицировать согласованное взаимодействие генетических вариантов и реакции на лекарство. Варианты взаимодействия лекарств с большим количеством подтверждающих доказательств могут затем рассматриваться для потенциальной клинической реализации. ^{[ 3 ]} Чтобы извлечь выгоду из случаев, когда существуют убедительные литературные доказательства PGx, PharmGKB стал соучредителем Консорциума по клиническому фармакогенетическому внедрению (CPIC), организации, ответственной за создание и распространение рецензируемых, свободно доступных руководств по дозированию лекарств на основе генотипа для клиницистов. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} PharmGKB также работает с различными международными консорциумами, такими как Международный консорциум по фармакогенетике варфарина (IWPC) и Международный консорциум по фармакогеномике клопидогрела (ICPC), облегчая сотрудничество и анализ больших наборов данных PGx. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Содержание

На веб-сайте PharmGKB имеется множество различных типов информации, связанной с PGx, которые обсуждаются в разделах ниже. PharmGKB содержит содержимое PGx для генетических вариантов (включая однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и гаплотипы , а также некоторые вариации числа копий (CNV) и инделы ), генов, лекарств, фенотипов (включая заболевания и побочные эффекты ) и PubMed идентификаторов (PMID). ). ^{[ 1 ]}

Вариант аннотации

Вариантные аннотации представляют собой краткое описание того, как конкретный генетический полиморфизм связан с реакцией на лекарство, как сообщается в одной публикации. Примеры реакции на лекарства включают побочные реакции на лекарства лекарств , изменения в эффективности лекарств и изменения в скорости или медленности метаболизма . Кураторы просматривают прошлую и настоящую литературу и добавляют любые исследования, содержащие результаты, относящиеся к PGx, в базу знаний с помощью этих вариантов аннотаций. Ассоциации вариантов с лекарственными средствами могут быть отрицательными или положительными, и они возникают в результате самых разных типов исследований, включая полногеномные исследования ассоциаций , клинические испытания и функциональные исследования in vitro . Все варианты аннотаций содержат стандартизированное предложение, что позволяет легко сравнивать и сопоставлять результаты исследований по всей базе знаний . Помимо записи ассоциации генетического варианта с фенотипом лекарственного средства, p и частоты аллелей. ключевые параметры исследования, такие как размер исследования, этническая принадлежность населения, значения в аннотации также отмечаются ^{[ 1 ]}^{[ 3 ]}^{[ 8 ]}

Клинические аннотации

Клинические аннотации объединяют все варианты аннотаций, в которых обсуждается одна и та же ассоциация варианта с фенотипом лекарственного средства, и сводят их в единое письменное описание ассоциации. Клинические аннотации состоят из сводного текста, который записывается как ассоциация каждого генотипа по сравнению с другими генотипами. Ниже этого сводного текста клинические аннотации содержат список всех аннотаций вариантов, которые поддерживают эту конкретную ассоциацию варианта с фенотипом лекарственного средства. Каждой клинической аннотации также дается уровень доказательности, обеспечивающий степень уверенности в связи. Уровень доказательности клинической аннотации оценивается вручную и основан на таких критериях, как количество исследований с положительными или отрицательными результатами, p значения и размеры исследований: ^{[ 1 ]}^{[ 3 ]}^{[ 8 ]}

Уровень 1A : Клиническая аннотация для комбинации варианта-лекарственного средства в руководстве CPIC или PGx, одобренном медицинским обществом, или реализованном на сайте Сети исследований фармакогеномики (PGRN) или в другой крупной системе здравоохранения.
Уровень 1B : Клиническая аннотация для комбинации варианта и лекарственного средства, где преобладание доказательств указывает на связь. Ассоциация должна быть воспроизведена более чем в одной когорте со значительными значениями p и предпочтительно будет иметь сильный эффект.
Уровень 2A : Клиническая аннотация для комбинации варианта и лекарственного средства, которая соответствует уровню 2B, если вариант находится в пределах очень важного фармакогена (VIP), как это определено PharmGKB. Варианты уровня 2А находятся в известных фармакогенах, поэтому функциональное значение более вероятно.
Уровень 2B : Клиническая аннотация для варианта комбинации лекарств с умеренными признаками ассоциации. Эту связь необходимо воспроизвести, но могут быть некоторые исследования, которые не продемонстрируют статистической значимости, и/или размер эффекта может быть небольшим.
Уровень 3 : аннотация для варианта комбинации лекарств, основанная на одном значимом (еще не воспроизведенном) или аннотация для варианта комбинации лекарств, оцененная в нескольких исследованиях, но не имеющая четких доказательств связи.
Уровень 4 : Аннотация, основанная только на отчете о случае, незначительном исследовании или данных in vitro, молекулярного или функционального анализа. ^{[ 3 ]}^{[ 9 ]}

Краткие сведения об очень важных фармакогенах (VIP)

VIP – это обзор важных генов, участвующих в реакции на лекарства. Они предназначены для того, чтобы предоставить пользователям лучшее понимание конкретного гена, связанного с PGx, и содержат исходную информацию о гене, включая любые ассоциации с заболеваниями, а также углубленный обзор его фармакогенетики . Хотя VIP доступны на сайте ФармГКБ в интерактивном формате, они также обычно публикуются в журнале «Фармакогенетика и геномика» . ^{[ 1 ]}^{[ 8 ]} VIP-персоны также предоставляют ссылки на сводки особенно важных вариантов этого гена — они известны как сводки VIP-вариантов. ^{[ 10 ]}

Пути

Пути PharmGKB представляют собой диаграммы, основанные на фактических данных, подробно описывающие фармакокинетику (ФК) или фармакодинамику (ФД) PGx-релевантного препарата, сопровождаемые текстом, предоставляющим общие сведения о препарате и обсуждение его ФК , PD и PGx. Пути обычно публикуются в журнале Pharmacogenetics and Genomics. ^{[ 1 ]}^{[ 8 ]} Пути создаются вручную после обширного обзора литературы, а связи на диаграммах путей подтверждаются цитатами из литературы; эти подтверждающие цитаты можно просмотреть в онлайн-версиях курсов. Кроме того, информация, содержащаяся в каждой диаграмме путей, доступна для загрузки в TSV , BioPAX и GPML. форматах ^{[ 1 ]}^{[ 8 ]}

Этикетки лекарств FDA и EMA

PharmGKB курирует и комментирует этикетки лекарств, содержащие информацию PGx, как от Управления по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA), так и от Европейского агентства по лекарственным средствам (EMA). ^{[ 1 ]} Одобренные FDA этикетки лекарств с информацией PGx взяты из Таблицы фармакогеномных биомаркеров FDA на странице этикеток лекарств или идентифицированы кураторами. На этикетках лекарств, одобренных EMA (известных как Европейские отчеты об общественной оценке (EPAR)) лекарства ищутся вручную с помощью таблицы биомаркеров FDA. PharmGKB маркирует каждую этикетку FDA или EMA уровнем PGx на основе внутренних рекомендаций:

Необходимое генетическое тестирование какое-либо тестирование генов , белков или хромосом , включая генетическое тестирование , функциональные анализы белков, цитогенетические : на этикетке указано или подразумевается, что перед использованием этого препарата следует провести исследования и т. д. Это требование может быть применимо только к определенной группе пациентов. ФармГКБ считает, что этикетки, на которых указано, что вариант является показанием к применению препарата, подразумевают необходимость проведения испытаний. Если на этикетке указано, что тест «следует» выполнить, это также интерпретируется как требование.
Рекомендуется генетическое тестирование : на этикетке указано или подразумевается, что перед использованием этого препарата рекомендуется провести какое-либо тестирование генов , белков или хромосом , включая генетическое тестирование , функциональные анализы белков, цитогенетические исследования и т. д. Эта рекомендация может относиться только к определенной группе пациентов. ФармГКБ считает, что этикетки, на которых написано, что тестирование «следует рассматривать», рекомендуют тестирование.
Действенный PGx : на этикетке не обсуждаются генетические или другие исследования генных / белковых / хромосомных вариантов, но содержится информация об изменениях эффективности, дозировки или токсичности, вызванных такими вариантами. На этикетке может быть указано противопоказание препарата для определенной группы пациентов, но не требуется и не рекомендуется тестирование генов , белков или хромосом .
Информативный PGx : на этикетке упоминается ген или белок , участвующий в метаболизме или фармакодинамике препарата, но нет информации, позволяющей предположить, что изменения в этих генах/белках приводят к различной реакции. ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я «Обзор ФармГКБ» . ФармГКБ .
^ «История ФармГКБ» . ФармГКБ .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Вирл-Каррильо М., МакДонах Э.М., Хеберт Дж.М., Гонг Л., Сангкул К., Торн К.Ф. и др. (октябрь 2012 г.). «Знания в области фармакогеномики для персонализированной медицины» . Клиническая фармакология и терапия . 92 (4): 414–7. дои : 10.1038/clpt.2012.96 . ПМК 3660037 . ПМИД 22992668 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Что такое КПИК?» . ФармГКБ .
^ Перейти обратно: ^а ^б Реллинг М.В., Кляйн Т.Е. (март 2011 г.). «CPIC: Консорциум по внедрению клинической фармакогенетики Сети исследований фармакогеномики» . Клиническая фармакология и терапия . 89 (3): 464–7. дои : 10.1038/clpt.2010.279 . ПМК 3098762 . ПМИД 21270786 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Кодл К.Э., Кляйн Т.Э., Хоффман Дж.М., Мюллер Д.Д., Вирл-Каррильо М., Гонг Л. и др. (февраль 2014 г.). «Включение фармакогеномики в повседневную клиническую практику: процесс разработки рекомендаций Консорциума по клинической фармакогенетике (CPIC)» . Современный метаболизм лекарств . 15 (2): 209–17. дои : 10.2174/1389200215666140130124910 . ПМЦ 3977533 . ПМИД 24479687 .
^ «ФармГКБ Проекты» . ФармГКБ .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж МакДонах Э.М., Вирл-Каррильо М., Гартен Ю., Альтман Р.Б., Кляйн Т.Е. (декабрь 2011 г.). «От приобретения фармакогеномных знаний к клиническому применению: ФармГКБ как ресурс клинических фармакогеномных биомаркеров» . Биомаркеры в медицине . 5 (6): 795–806. дои : 10.2217/bmm.11.94 . ПМК 3339046 . ПМИД 22103613 .
^ «Клинические аннотации, уровни доказательности» . ФармГКБ .
^ «ВИП-персоны: очень важные фармакогены» . ФармГКБ .
^ «DPWG: Голландская рабочая группа по фармакогенетике» .
^ «Аннотация рекомендаций CPIC для аллопуринола и HLA-B» . ФармГКБ .
^ «Аннотация рекомендаций CPIC для симвастатина и SLCO1B1» . ФармГКБ .
^ Барбарино, Юлия М.; Вирл-Каррильо, Мишель; Кляйн, Тери Э. (2014). «ФармГКБ: База знаний по фармакогеномике» в Справочнике по фармакогеномике и стратифицированной медицине . Эльзевир . стр. 289–306. ISBN 978-0-12-386882-4 .
^ «Информация и легенда на этикетке лекарств» . ФармГКБ .
^ «Блог PharmGKB: Этикетки лекарств PharmGKB: описание, обновление и новые возможности» . 14 ноября 2013 г.

[Overview-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я «Обзор ФармГКБ» . ФармГКБ .

[2] «История ФармГКБ» . ФармГКБ .

[Whirl-Carrillo-3] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Вирл-Каррильо М., МакДонах Э.М., Хеберт Дж.М., Гонг Л., Сангкул К., Торн К.Ф. и др. (октябрь 2012 г.). «Знания в области фармакогеномики для персонализированной медицины» . Клиническая фармакология и терапия . 92 (4): 414–7. дои : 10.1038/clpt.2012.96 . ПМК 3660037 . ПМИД 22992668 .

[CPIC-4] Перейти обратно: ^а ^б «Что такое КПИК?» . ФармГКБ .

[Relling-5] Перейти обратно: ^а ^б Реллинг М.В., Кляйн Т.Е. (март 2011 г.). «CPIC: Консорциум по внедрению клинической фармакогенетики Сети исследований фармакогеномики» . Клиническая фармакология и терапия . 89 (3): 464–7. дои : 10.1038/clpt.2010.279 . ПМК 3098762 . ПМИД 21270786 .

[Caudle-6] Перейти обратно: ^а ^б ^с Кодл К.Э., Кляйн Т.Э., Хоффман Дж.М., Мюллер Д.Д., Вирл-Каррильо М., Гонг Л. и др. (февраль 2014 г.). «Включение фармакогеномики в повседневную клиническую практику: процесс разработки рекомендаций Консорциума по клинической фармакогенетике (CPIC)» . Современный метаболизм лекарств . 15 (2): 209–17. дои : 10.2174/1389200215666140130124910 . ПМЦ 3977533 . ПМИД 24479687 .

[Projects-7] «ФармГКБ Проекты» . ФармГКБ .

[McDonagh-8] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж МакДонах Э.М., Вирл-Каррильо М., Гартен Ю., Альтман Р.Б., Кляйн Т.Е. (декабрь 2011 г.). «От приобретения фармакогеномных знаний к клиническому применению: ФармГКБ как ресурс клинических фармакогеномных биомаркеров» . Биомаркеры в медицине . 5 (6): 795–806. дои : 10.2217/bmm.11.94 . ПМК 3339046 . ПМИД 22103613 .

[9] «Клинические аннотации, уровни доказательности» . ФармГКБ .

[10] «ВИП-персоны: очень важные фармакогены» . ФармГКБ .

[11] «DPWG: Голландская рабочая группа по фармакогенетике» .

[12] «Аннотация рекомендаций CPIC для аллопуринола и HLA-B» . ФармГКБ .

[13] «Аннотация рекомендаций CPIC для симвастатина и SLCO1B1» . ФармГКБ .

[Barbarino-14] Барбарино, Юлия М.; Вирл-Каррильо, Мишель; Кляйн, Тери Э. (2014). «ФармГКБ: База знаний по фармакогеномике» в Справочнике по фармакогеномике и стратифицированной медицине . Эльзевир . стр. 289–306. ISBN 978-0-12-386882-4 .

[15] «Информация и легенда на этикетке лекарств» . ФармГКБ .

[16] «Блог PharmGKB: Этикетки лекарств PharmGKB: описание, обновление и новые возможности» . 14 ноября 2013 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]