База данных кинетики реакций SABIO
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных биохимических реакций и их кинетических свойств. |
| Типы данных захвачен | Количественная информация о динамике реакции |
| Организмы | все |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Гейдельбергский институт теоретических исследований |
| Лаборатория | Научные базы данных и визуализация |
| Дата выпуска | 2006 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://sabio.h-its.org |
| веб-службы URL-адрес | http://sabio.h-its.org/layouts/content/webservices.gsp |
| Разнообразный | |
| Лицензия | http://sabio.h-its.org/layouts/content/termscondition.gsp |
| Политика курирования | Кураторская база данных |
САБИО-РК ( Система анализа биохимических путей ) – – кинетика реакций , это доступная через Интернет база данных хранящая информацию о биохимических реакциях и их кинетических свойствах.
SABIO-RK представляет собой реакционно-ориентированное представление количественной информации о динамике реакций на основе выбранной публикации. Сюда входят все доступные кинетические параметры вместе с соответствующими им уравнениями скорости : а также кинетические законы и типы параметров, а также экспериментальные и экологические условия, при которых были определены кинетические данные. Кроме того, SABIO-RK содержит информацию об основных биохимических реакциях и путях, включая их участников . клеточное расположение и подробную информацию об ферментах, катализирующих реакции. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]
Содержимое базы данных САБИО-РК
[ редактировать ]Данные, хранящиеся в САБИО-РК в комплексном виде, в основном извлекаются вручную из литературы. Сюда входят реакции, их участники (субстраты, продукты), модификаторы ( ингибиторы , активаторы, кофакторы ), катализатора детали (например, классификация ферментов ЕС , состав белкового комплекса , информация о диком типе / мутанте ), кинетические параметры вместе с соответствующим уравнением скорости, биологические источники. ( организм , ткань , расположение клеток), условия окружающей среды ( рН , температура, буфер) и справочные данные. Данные адаптируются, нормализуются и аннотируются для контролируемых словарей, онтологий и внешних источников данных, включая KEGG , UniProt , ChEBI , PubChem , NCBI , Reactome , BRENDA , MetaCyc , BioModels и PubMed .
По состоянию на октябрь 2021 года SABIO-RK содержит около 71 000 курируемых отдельных записей, взятых из более чем 7 300 публикаций.
Несколько инструментов, баз данных и рабочих процессов в системной биологии используют данные биохимических реакций SABIO-RK путем интеграции в свою структуру, включая
СИКАМОР, [ 6 ]
МеМо-РК, [ 7 ]
CellDesigner, [ 8 ]
ПероксисомаДБ, [ 9 ]
в таверне Рабочие процессы
или такие инструменты, как программное обеспечение KineticsWizard для сбора и анализа данных. [ 10 ]
Кроме того, SABIO-RK является частью реестра MIRIAM , набора руководств по аннотированию и управлению вычислительными моделями. [ 11 ] [ 12 ]
Доступ к базе данных САБИО-РК
[ редактировать ]Использование САБИО-РК бесплатно. Коммерческим пользователям нужна лицензия. САБИО-РК предлагает несколько способов доступа к данным:
- браузерный интерфейс
- Веб-сервисы на основе RESTful для программного доступа
Наборы данных результатов можно экспортировать в различные форматы, включая SBML , BioPAX / SBPAX и табличный формат.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Виттиг, У; Рей, М; Вайдеманн, А; Кания, Р; Мюллер, W (4 января 2018 г.). «САБИО-РК: обновленный ресурс по кинетике биохимических реакций, курируемый вручную» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д656–Д660. дои : 10.1093/nar/gkx1065 . ПМЦ 5753344 . ПМИД 29092055 .
- ^ Виттиг, У; Кания, Р; Голебевский, М; Рей, М; Ши, Л; Чон, Л; Алгаа, Э; Вайдеманн, А; Зауэр-Данцвит, Х; Мир, С; Кребс, О; Битковски, М; Ветч, Э; Рохас, я; Мюллер, В. (январь 2012 г.). "САБИО-РК-база данных по кинетике биохимических реакций" . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D790-6. дои : 10.1093/nar/gkr1046 . ПМК 3245076 . ПМИД 22102587 .
- ^ Рохас, я; Голебевский, М; Кания, Р; Кребс, О; Мир, С; Вайдеманн, А; Виттиг, У (2007). «Хранение и аннотирование кинетических данных». В кремниевой биологии . 7 (2 Приложения): S37–44. ПМИД 17822389 .
- ^ Виттиг, Ульрике; Голебевски, Мартин; Кания, Рената; Кребс, Ольга; Мир, Сакиб; Вайдеманн, Андреас; Анштейн, Стефани; Сарич, Жасмин; Рохас, Изабель (2006). «САБИО-РК: Интеграция и обработка данных кинетики реакций». Интеграция данных в науках о жизни . Конспекты лекций по информатике. Том. 4075. стр. 94–103. дои : 10.1007/11799511_9 . ISBN 978-3-540-36593-8 .
- ^ Мюллер В. В: Пути в информационных джунглях Spectrum of Science , Spektrum Special: Data-Driven Science, декабрь 2011 г.
- ^ Вайдеманн, А.; Рихтер, С.; Штейн, М.; Сале, С.; Манометры, Р.; Габдуллин Р.; Суровцова И.; Семмелрок, Н.; и др. (2008). «SYCAMORE — среда исследований в области системной биологии, вычислительного анализа и моделирования» . Биоинформатика . 24 (12): 1463–4. doi : 10.1093/биоинформатика/btn207 . ПМИД 18463116 .
- ^ Суэйнстон, Нил; Голебевски, Мартин; Мессиха, Ханан Л.; Малис, Наглис; Кания, Рената; Кенгне, Сильвестр; Кребс, Ольга; Мир, Сакиб; и др. (2010). «Информатика кинетики ферментов: от прибора к браузеру». Журнал ФЭБС . 277 (18): 3769–79. CiteSeerX 10.1.1.659.3420 . дои : 10.1111/j.1742-4658.2010.07778.x . ПМИД 20738395 . S2CID 20034434 .
- ^ Фунахаси, А; Джоураку, А; Мацуока, Ю; Китано, Х (2007). «Интеграция CellDesigner и САБИО-РК». В кремниевой биологии . 7 (2 Приложения): S81–90. ПМИД 17822394 .
- ^ Шлютер, А.; Реал-Чичарро, А.; Гэблдон, Т.; Санчес-Хименес, Ф.; Пуйоль, А. (2009). «PeroxisomeDB 2.0: интегративный взгляд на глобальный пероксисомальный метаболом» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D800–5. дои : 10.1093/nar/gkp935 . ПМЦ 2808949 . ПМИД 19892824 .
- ^ Мессиха, Ханан Л.; Малис, Наглис; Кэрролл, Кэтлин М. (2011). «К полному количественному описанию метаболизма дрожжей». Методы системной биологии . Методы энзимологии. Том. 500. стр. 215–231. дои : 10.1016/B978-0-12-385118-5.00012-8 . ISBN 978-0-12-385118-5 . ПМИД 21943900 .
- ^ Джути, Н.; Ле Новер, Н.; Лайбе, К. (2011). «Identifiers.org и реестр MIRIAM: ресурсы сообщества для обеспечения постоянной идентификации» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D580–6. дои : 10.1093/nar/gkr1097 . ПМК 3245029 . ПМИД 22140103 .
- ^ САБИО-РК в составе реестра МИРИАМ.
Внешние ссылки
[ редактировать ]