Информационная система по бобовым

Информационная система по бобовым (LIS) — это научный портал по бобовым, специально предназначенный для селекционеров и исследователей бобовых, созданный и поддерживаемый Службой сельскохозяйственных исследований Министерства сельского хозяйства США . Миссия Информационной системы по бобовым — «способствовать открытиям и улучшению урожая бобовых», в частности, повышать урожайность сельскохозяйственных культур, их пищевую ценность и наше понимание фундаментальной науки о бобовых.

Разработка информационной системы по бобовым является совместным предприятием Национального центра геномных ресурсов (NCGR) и Министерства сельского хозяйства США-ARS Университета штата Айова . В 2014 году усилия по разработке LIS переместились с домена Comparative-legumes.org на legumeinfo.org . Сайт сравнительного анализа бобовых разработан с использованием фреймворка Ruby on Rails, а сайт LegumeInfo — с использованием системы управления контентом Tripal .

Эталонные виды как основа исследований редких видов

Фундаментальный подход, принятый в LIS, заключается в содействии исследованиям видов-сирот за счет использования более обширных знаний, полученных для эталонных видов. Например, использование синтении и локального сходства обеспечивает основу для вывода о признаках.

Эталонные виды

Обратите внимание, что LIS использует UniProt мнемонику организмов для идентификации видов, когда это возможно.

бобовых В настоящее время эталонными видами (также называемыми модельными организмами ) являются следующие:

Глицин макс (соевый), GLYMA
Lotus japonicus (лотос), LOTJA
Medicago truncatula (медик-бочка), МЕДТР
Phaseolus vulgaris (фасоль обыкновенная), PHAVU

Виды-сироты

В LIS представлены следующие виды-сироты:

Arachis duranensis (дикий арахис), ARADU
Arachis ipaensis (дикий арахис), ARAIP
Арахис гипогея (арахис), АРАХИ
Cajanus cajan (голубиный горошек), CAJCA
Chamaecrista fasciculata (горох куропатки), CHAFS
Cicar arietinum (нут), CICAR
Чечевица кулинарная (чечевица), LENCU
Lupinus albus (люпин белый), LUPAL
Lupinus angustifolius (люпин узколистный), ЛУПАН
Medicago sativa (люцерна), MEDSA
Pisum sativum (горох садовый), ПЭЭ
Trifolium pratense (клевер красный), TRIPR
Trifolium repens (клевер белый), ТРИР.
Vicia faba (фасоль фаба), VICFA
Винья уголок (фасоль адзуки), ВИГАН
Vigna unguiculata (вигна), ВИГУН

См. также

Внешние ссылки

Домашняя страница информационной системы по бобовым.
Гонсалес, доктор медицины; Гаджендран, К; Фермер, AD; Арчулета, Э; Бивис, В.Д. (2007). «Использование информации о модельных бобовых для поиска генов-кандидатов синдрома внезапной смерти сои с использованием информационной системы по бобовым». Биоинформатика растений . Методы молекулярной биологии. Том. 406. стр. 245–59. дои : 10.1007/978-1-59745-535-0_11 . ISBN 978-1-58829-653-5 . ПМИД 18287696 .
Гонсалес, доктор медицины; Арчулета, Э; Фермер, А; Гаджендран, К; Грант, Д; Шумейкер, Р; Бивис, штат Вашингтон; Во, Мэн (2004). «Информационная система бобовых (LIS): интегрированный информационный ресурс для сравнительной биологии бобовых» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D660–5. дои : 10.1093/nar/gki128 . ПМК 540082 . ПМИД 15608283 .
Даш, С.; Кэмпбелл, доктор юридических наук; Пушка, ЭКС; Клири, AM; Хуанг, В.; Кальберер, СР; Карингула, В.; Райс, АГ; Сингх, Дж.; Умале, ЧП; Уикс, Северная Каролина; Уилки, AP; Фермер, AD; Кэннон, С.Б. (2016). Информационная система по бобовым (LegumeInfo.org): ключевой компонент набора объединенных ресурсов данных по семейству бобовых Nucleic Acids Research 44 (выпуск базы данных): D1181-D1188. doi:10.1093/nar/gkv1159 PMC4702835