Медикаго усеченный

Медикаго усеченный
Статус сохранения
	; Наименее опасные ( МСОП 3.1 )
Научная классификация
Королевство:	Растения
Клэйд :	Трахеофиты
Клэйд :	покрытосеменные растения
Клэйд :	Эвдикоты
Клэйд :	Розиды
Заказ:	Фабалес
Семья:	Бобовые
Подсемейство:	Фабоиды
Род:	Медикаго
Разновидность:	М. truncatula
Биномиальное имя
	Медикаго усеченный ; Гертн.
Синонимы
	Medicago tribuloides Desr. ; Medicago tribuloides var. бревиакулаэта Морис ; Medicago truncatula var. breviaculeata (Moris) Urb. ; Medicago truncatula var. longiaculeata Urb. ; Medicago truncatula var. трибулоидес (Desr.) Burnat ; Medicago truncatula f. трицикла Негре ; Medicago truncatula var. трицикла (негр) Хейн

Medicago truncatula , клевер бочковый , ^{[ 2 ]} крепкий медик , ^{[ 3 ]} бочонок медик , или баррель медик , — небольшое однолетнее бобовое растение , произрастающее в Средиземноморском регионе, которое используется в геномных исследованиях. Это низкорослое растение, похожее на клевер , высотой 10–60 см (3,9–23,6 дюйма) с тройчатыми листьями . Каждый листочек округлый, длиной 1–2 сантиметра (0,39–0,79 дюйма), часто с темным пятном в центре. Цветки по две - желтые, одиночные или в небольшом соцветии пять вместе; плод . — небольшой колючий стручок

Этот вид изучается как модельный организм для биологии бобовых, поскольку он имеет небольшой диплоидный геном , самоплоден, имеет быстрое время размножения и обильное семенное производство, поддается генетической трансформации , а его геном секвенирован. ^{[ 4 ]}

Он образует симбиоз с азотфиксирующими ризобиями ( Sinorhizobium meliloti и Sinorhizobium medicae ) и арбускулярными микоризными грибами, включая Rhizophagus иррегулярную (ранее известную как Glomus Intraradices ). Модельное растение Arabidopsis thaliana не образует ни одного симбиоза, что делает M. truncatula важным инструментом для изучения этих процессов.

Это также важный вид кормовой культуры в Австралии .

Секвенирование генома

Проект последовательности генома сорта A17 M. truncatula был опубликован в журнале Nature в 2011 году. ^{[ 4 ]}

Секвенирование Геноскопа было проведено международным партнерством исследовательских лабораторий с участием исследователей из Университета Оклахомы , Института Дж. Крейга Вентера (США), (США ) (Франция) и Центра Сэнгера (Великобритания). Партнерские учреждения включали Университет Миннесоты (США), Калифорнийский университет в Дэвисе (США), Национальный центр геномных ресурсов (США), Центр Джона Иннеса (Великобритания), Национальный институт агрономических исследований (Франция), Мюнхенский информационный центр по Protein Sequences (Германия), Университет Вагенингена (Нидерланды) и Университет Гента (Бельгия). Консорциум по секвенированию Medicago truncatula начал свою деятельность в 2001 году с гранта на семена от Фонда Сэмюэля Робертса Нобла. В 2003 году Национальный научный фонд большую часть финансирования начали предоставлять и Шестая рамочная программа Европейского Союза. К 2009 году было завершено 84% сборки генома. ^{[ 5 ]}

Сборка последовательности генома M. truncatula была основана на бактериальных искусственных хромосомах (BAC). Тот же подход использовался для секвенирования геномов человека, плодовой мухи Drosophila melanogaster и модельного растения Arabidopsis thaliana . В июле 2013 года была выпущена версия генома 4.0. ^{[ 6 ]} Эта версия объединила последовательности, полученные в результате дробового секвенирования, со сборками последовательностей на основе BAC, что помогло заполнить пробелы в ранее нанесенных на карту последовательностях.

Параллельная группа, известная как Международная группа аннотаций генов Medicago ( IMGAG ), отвечает за идентификацию и описание предполагаемых последовательностей генов в последовательности генома.

Симбиозы с почвенными микроорганизмами

Исследователь Тоби Кирс из Университета Амстердама и его коллеги использовали M. truncatula для изучения симбиоза между растениями и грибами, а также для того, чтобы увидеть, могут ли партнеры в отношениях различать хороших и плохих торговцев/поставщиков. Используя меченый углерод для отслеживания источника питательных веществ, проходящих через арбускулярную микоризную систему, исследователи доказали, что растения действительно отдавали больше углерода более щедрым видам грибов. Ограничив количество углерода, который растения отдают грибу, исследователи также продемонстрировали, что грибы передают больше фосфора более щедрым растениям. ^{[ 7 ]}

Протеом

Протеомное исследование с помощью масс-спектрометрии было проведено Wiunkop et al 2004 и Larrainzar et al 2007. ^{[ 8 ]}

См. также

Геномика

Ссылки

^ Роудс, Л. (2016). « Медикаго усеченная » . Красный список исчезающих видов МСОП . 2016 . МСОП : e.T176489A19401776. doi : 10.2305/IUCN.UK.2016-3.RLTS.T176489A19401776.en .
^ Министерство сельского хозяйства США, NRCS (nd). « Медикаго усеченная » . База данных PLANTS (plants.usda.gov) . Гринсборо, Северная Каролина: Национальная группа по данным о растениях . Проверено 28 января 2016 г.
^ Список BSBI 2007 (xls) . Ботаническое общество Великобритании и Ирландии . Архивировано из оригинала (xls) 26 июня 2015 г. Проверено 17 октября 2014 г.
^ Jump up to: ^а ^б Янг, Невин Д.; Дебелле, Фредерик; Олдройд, Джайлз ЭД; Гертс, Рене; Кэннон, Стивен Б.; Удварди, Майкл К.; Бенедито, Вагнер А.; Майер, Клаус FX; Гузи, Джером; Шуф, Хейко; Ван де Пер, Ив; Пруст, Себастьян; Кук, Дуглас Р.; Мейерс, Блейк Дж.; Шпаннагль, Мануэль; Чунг, Фу; Де Мита, Стефан; Кришнакумар, Вивек; Гундлах, Хайдрун; Чжоу, Шиго; Мадж, Джоанн; Бхарти, Арвинд К.; Мюррей, Джереми Д.; Наумкина Марина Александровна; Розен, Бенджамин; Сильверстайн, Кевин А.Т.; Тан, Хайбао; Ромбо, Стефан; Чжао, Патрик X.; и др. (16 ноября 2011 г.). «Геном Medicago дает представление об эволюции ризобиальных симбиозов» . Природа . 480 (7378): 520–524. Бибкод : 2011Природа.480..520Y . дои : 10.1038/nature10625 . ПМЦ 3272368 . ПМИД 22089132 .
^ «Секвенирование Медикаго — статистика генома» . medicago.org . Архивировано из оригинала 9 июня 2007 года . Проверено 22 мая 2022 г.
^ «JCVI: Медикаго/Домой» . Архивировано из оригинала 10 ноября 2013 года . Проверено 20 февраля 2017 г.
^ Милиус, Сьюзен (23 сентября 2013 г.). «Растения и грибы признают щедрых торговых партнеров» . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 20 февраля 2017 г.
^ Шульце, Вальтрауд X.; Усадель, Бьорн (2 июня 2010 г.). «Количественный анализ в протеомике на основе масс-спектрометрии». Ежегодный обзор биологии растений . 61 (1). Годовые обзоры : 491–516. doi : 10.1146/annurev-arplant-042809-112132 . ISSN 1543-5008 . ПМИД 20192741 .

Дальнейшее чтение

Курти, Пьер Эммануэль; Смит, Пенелопа; Когель, Салли; Редекер, Дирк; Випф, Дэниел (1 июня 2015 г.). «Поглощение и транспорт неорганического азота при полезных взаимодействиях корней растений и микробов». Критические обзоры по наукам о растениях . 34 (1–3): 4–16. дои : 10.1080/07352689.2014.897897 . S2CID 85772198 .

Внешние ссылки

Консорциум truncatula Medicago
Проект Medicago truncatula Hapmap
Ссылка TIGR на браузер генома и индекс генов
Атлас экспрессии генов Medicago в Фонде Сэмюэля Робертса Нобла
Medicago truncatula eFP Browser Viewer для просмотра данных об экспрессии генов из проекта Medicago Gene Expression Atlas на веб-сайте ресурсов Bio-Array лаборатории Provart Lab.
INRA Medicago truncatula – Франция Складской центр
Чой, Хонг-Кю; Мун, Чон Хван; Ким, Донг-Джин; Чжу, Хунъянь; Пэк, Чон Мин; Мадж, Джоанна; Роу, Брюс; Эллис, Ноэль; Дойл, Джефф; Поцелуй, Дьёрдь Б.; Янг, Невин Д.; Кук, Дуглас Р. (26 октября 2004 г.). «Оценка сохранения генома сельскохозяйственных культур и модельных видов бобовых» . Труды Национальной академии наук . 101 (43): 15289–15294. Бибкод : 2004PNAS..10115289C . дои : 10.1073/pnas.0402251101 . ПМК 524433 . ПМИД 15489274 .
Янг, Невин Д.; Кэннон, Стивен Б.; Сато, Сюсэй; Ким, Донджин; Кук, Дуглас Р.; Таун, Крис Д.; Роу, Брюс А.; Табата, Сатоши (1 апреля 2005 г.). «Секвенирование генопространств Medicago truncatula и Lotus japonicus» . Физиология растений . 137 (4): 1174–1181. дои : 10.1104/стр.104.057034 . ПМЦ 1088310 . ПМИД 15824279 .
НЦГР
Европейские исследовательские программы по модельным бобовым Medicago truncatula
Почему последовательность Medicago truncatula?

[iucn-1] Роудс, Л. (2016). « Медикаго усеченная » . Красный список исчезающих видов МСОП . 2016 . МСОП : e.T176489A19401776. doi : 10.2305/IUCN.UK.2016-3.RLTS.T176489A19401776.en .

[2] Министерство сельского хозяйства США, NRCS (nd). « Медикаго усеченная » . База данных PLANTS (plants.usda.gov) . Гринсборо, Северная Каролина: Национальная группа по данным о растениях . Проверено 28 января 2016 г.

[BSBI07-3] Список BSBI 2007 (xls) . Ботаническое общество Великобритании и Ирландии . Архивировано из оригинала (xls) 26 июня 2015 г. Проверено 17 октября 2014 г.

[Young-4] Jump up to: ^а ^б Янг, Невин Д.; Дебелле, Фредерик; Олдройд, Джайлз ЭД; Гертс, Рене; Кэннон, Стивен Б.; Удварди, Майкл К.; Бенедито, Вагнер А.; Майер, Клаус FX; Гузи, Джером; Шуф, Хейко; Ван де Пер, Ив; Пруст, Себастьян; Кук, Дуглас Р.; Мейерс, Блейк Дж.; Шпаннагль, Мануэль; Чунг, Фу; Де Мита, Стефан; Кришнакумар, Вивек; Гундлах, Хайдрун; Чжоу, Шиго; Мадж, Джоанн; Бхарти, Арвинд К.; Мюррей, Джереми Д.; Наумкина Марина Александровна; Розен, Бенджамин; Сильверстайн, Кевин А.Т.; Тан, Хайбао; Ромбо, Стефан; Чжао, Патрик X.; и др. (16 ноября 2011 г.). «Геном Medicago дает представление об эволюции ризобиальных симбиозов» . Природа . 480 (7378): 520–524. Бибкод : 2011Природа.480..520Y . дои : 10.1038/nature10625 . ПМЦ 3272368 . ПМИД 22089132 .

[5] «Секвенирование Медикаго — статистика генома» . medicago.org . Архивировано из оригинала 9 июня 2007 года . Проверено 22 мая 2022 г.

[6] «JCVI: Медикаго/Домой» . Архивировано из оригинала 10 ноября 2013 года . Проверено 20 февраля 2017 г.

[7] Милиус, Сьюзен (23 сентября 2013 г.). «Растения и грибы признают щедрых торговых партнеров» . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 20 февраля 2017 г.

[Schulze-Usadel-2010-8] Шульце, Вальтрауд X.; Усадель, Бьорн (2 июня 2010 г.). «Количественный анализ в протеомике на основе масс-спектрометрии». Ежегодный обзор биологии растений . 61 (1). Годовые обзоры : 491–516. doi : 10.1146/annurev-arplant-042809-112132 . ISSN 1543-5008 . ПМИД 20192741 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]