Международный консорциум эпигенома человека
Международный консорциум эпигенома человека (IHEC) — научная организация, основанная в 2010 году, которая помогает координировать глобальные усилия в области эпигеномики . [1] [2] [3] [4] Первоначальная цель заключалась в том, чтобы создать по меньшей мере 1000 эталонных (базовых) эпигеномов человека из различных типов нормальных и связанных с заболеваниями типов клеток человека . [5] [6] [7]
Структура и финансирование
[ редактировать ]Деятельность IHEC финансируется его полноправными членами (национальными и региональными агентствами, финансирующими научные исследования), а персонал укомплектован в основном на добровольной основе учеными и другими экспертами из участвующих финансирующих агентств и проектов картирования эпигенома. [8]
Текущие страны-члены IHEC
[ редактировать ]- Канадские институты медицинских исследований (Канада) [9]
- Европейская комиссия (ЕС) [10] [11] [12] [13] [14]
- Федеральное министерство образования и исследований , Агентство управления проектами Немецкого аэрокосмического центра (Германия) [15] [16]
- Институт генома Сингапура (Сингапур) [17]
- Гонконгский проект эпигеномики (Гонконг) [18] [19]
- Японское агентство медицинских исследований и разработок (Япония) [20]
- Национальный институт здравоохранения (Южная Корея)
- Национальные институты здравоохранения : Программа эпигеномики «Дорожная карта» [21] и проект Энциклопедия элементов ДНК ( ENCODE ) (США)
Кроме того, страны и агентства, поддерживающие цели IHEC, — это организации, которые еще не внесли полный финансовый вклад в проект, но чьи члены предоставляют время и опыт: [22]
- Европейский институт онкологии , Фонд Института молекулярной онкологии FIRC, Итальянский технологический институт , Центр геномных наук (Италия)
- Национальное агентство исследований (Франция)
- Национальный совет здравоохранения и медицинских исследований (Австралия)
- Альянс спонсоров Великобритании: Совет медицинских исследований , Совет по исследованиям в области биотехнологий и биологических наук , Фонд исследований рака Великобритании и Wellcome Trust (Великобритания)
Надзор за IHEC осуществляется исполнительным комитетом, члены которого назначаются организациями-полноправными членами. [23] Этот комитет тесно сотрудничает с Международным научным руководящим комитетом, членами которого являются научные руководители участвующих проектов и другие лидеры в области эпигенетики, а также с Центром координации данных. Дополнительный опыт вносят рабочие группы, состоящие из участников участвующих исследовательских проектов.
IHEC взаимодействует и координирует свои усилия с другими крупномасштабными международными проектами в области геномики, такими как Международный консорциум генома рака (ICGC), [24] КОДИРОВАТЬ ., [25] [26] и Глобальный альянс по геномике и здоровью. [27] Члены комитетов и рабочих групп, а также другие лица, участвующие в IHEC, встречаются ежегодно на мероприятии, проводимом странами-членами на ротационной основе. [28] Большинство встреч проводятся одновременно с научными симпозиумами, некоторые из которых открыты для ученых, не входящих в IHEC, а иногда и для представителей общественности.
Цели
[ редактировать ]Конечная цель IHEC — определить, как эпигеном формировал человеческие популяции на протяжении поколений и в ответ на окружающую среду. [25] [29] Первый этап деятельности IHEC включает в себя координацию производства как минимум 1000 эталонных эпигеномов из здоровых и больных клеток человека, а также ограниченного числа модельных организмов, соответствующих конкретным заболеваниям человека. Первоначальное внимание уделяется клеточным состояниям, включая стволовость, бессмертие, пролиферацию , дифференцировку , старение и стресс. Эталонный эпигеном для каждого образца содержит карты метилирования ДНК и ключевых регуляторных модификаций гистонов с высоким разрешением , а также соответствующую информацию о типе и уровне экспрессии всех транскрибируемых генов ( кодирующих белки , а также некодирующих /малых РНК). [30] Полученные данные предоставляются исследовательскому сообществу бесплатно через портал данных IHEC. [31] [32] Европейский геном-феномный архив (EGA), [33] и другие площадки. [34] [25] [35]
Кроме того, участвующие исследовательские проекты занимаются разработкой новых методов эпигеномики и связанных с ней биоинформатики .
В ноябре 2016 года члены IHEC из Канады, Консорциума BLUEPRINT Европейского Союза, немецкой программы эпигенома «DEEP», Японии, Сингапура и США опубликовали группу из 41 скоординированной статьи в Cell Press и других журналах. [36] [37] [38] [39] Документы включали описания молекулярной биологии и вычислительных методов, а также новые исследования в области биологии нормального состояния и болезней. [40] [41] [42] [43]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Время эпигенома: Статья: Природа» .
- ^ Проект по картированию меток генома: Nature 463: 596-597 (2010) doi: 10.1038/463596b
- ^ Бэ, JB (2013). «Перспективы международного консорциума по эпигеному человека» . Геномика Информ . 11 (1): 7–14. дои : 10.5808/GI.2013.11.1.7 . ПМК 3630389 . ПМИД 23613677 .
- ^ «BioNews - Запущен проект эпигенома человека». Архивировано 28 декабря 2010 г. в Wayback Machine .
- ^ «Франция: Консорциум эпигенома человека делает первые шаги». Архивировано 8 июля 2015 г. в Wayback Machine . 5 марта 2010 г.
- ^ «Границы | Многослойный омический анализ рака человека: исследование биомаркеров и мишеней для лекарств на основе деятельности Международного консорциума эпигенома человека | Эпигеномика и эпигенетика» . Границы .
- ^ GmbH, Эурис. «О МВЭК · МВЭК» . ihec-epigenomes.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ GmbH, Эурис. «Страны IHEC · IHEC» . ihec-epigenomes.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Обзор Канадского консорциума исследований в области эпигенетики, окружающей среды и здоровья» .
- ^ «ЕС инвестирует 30 миллионов евро в картографирование новой территории в области медицинских исследований» .
- ^ «Раскрыт путь от стволовой клетки к клетке крови: исследование BLUEPRINT каталогизирует события, которые регулируют создание клеток крови» .
- ^ «Каталог того, как белые клетки образуются из стволовых клеток крови» .
- ^ «Европа составит карту эпигенома человека» .
- ^ GmbH, Эурис. «IHEC приветствует два новых европейских членских проекта | IHEC» . ihec-epigenomes.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Deutsche Beteiligung am International Human Epigenome Consortium (IHEC)» . Архивировано 8 июля 2015 г. в Wayback Machine .
- ^ "Проект DEEP (Немецкая эпигенная программа)" .
- ^ GmbH, Эурис. «Сингапур · IHEC» . ihec-epigenomes.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ GmbH, Эурис. «IHEC приветствует Гонконгский проект эпигеномики в качестве нового члена консорциума | IHEC» . ihec-epigenomes.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Гонконгский проект эпигеномики» . epihk.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Международный консорциум эпигенома человека (IHEC) | Сотрудничество / сотрудничество с внешними учреждениями | Японское агентство медицинских исследований и разработок» . www.amed.go.jp. Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Дорожная карта проекта эпигеномики — Главная» . www.roadmapepigenomics.org . Архивировано из оригинала 8 апреля 2021 г. Проверено 18 июля 2017 г.
- ^ Эурис ГмбХ. «Члены IHEC · IHEC» . Архивировано 8 октября 2013 г. в Wayback Machine .
- ^ GmbH, Эурис. «Рабочие группы IHEC · IHEC» . ihec-epigenomes.org . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Геномная медицина | Авторизация | Синергия и конкуренция между проектами секвенирования ракового генома и картирования эпигенома» .
- ^ Jump up to: а б с Эурис ГмбХ. «Цели» .
- ^ «Углубляясь в геном животных» .
- ^ «Главная | Глобальный альянс за геномику и здоровье» . genomicsandhealth.org . Проверено 18 июля 2017 г.
- ^ Эурис ГмбХ. «Новости+События · МВЭК» .
- ^ Станненберг, Хендрик Г.; Абриньяни, Серджио; Адамс, Дэвид; Алмейда, Мелани; Альтуччи, Люсия; Всё, Вирен; Амит, Идол; Антонаракис, Стилианс Э.; Явление, Сэмюэл (17 ноября 2016 г.). «Международный консорциум эпигенома человека: план научного сотрудничества и открытий» . Ячейка 167 (5): 1145–1149. дои : 10.1016/j.cell.2016.11.007 . hdl : 2445/124834 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 27863232 .
- ^ Протоколы и стандарты'
- ^ «Портал данных | IHEC» . epigenomesportal.ca . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ Буджолд, Дэвид; Мораис, Дэвид Андерсон де Лима; Готье, Кэрол; Коте, Катрин; Кэрон, Максим; Кван, Тони; Чен, Куанг Чунг; Лаперл, Джонатан; Марковиц, Алексей Норделл (23 ноября 2016 г.). «Портал данных Международного консорциума эпигенома человека» . Клеточные системы . 3 (5): 496–499.д2. дои : 10.1016/j.cels.2016.10.019 . ISSN 2405-4712 . ПМИД 27863956 .
- ^ «Координированный IHEC выпуск бумаги» . Блог ЕГА . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ Эурис ГмбХ. «О МВЭК» .
- ^ "Портал данных IHEC" .
- ^ «Консорциум: IHEC: Cell Press» . Проверено 23 июня 2017 г.
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Редакция ячейки (17.11.2016). «Рог изобилия достижений в эпигеномике человека» . Клетка . 167 (5): 1139. doi : 10.1016/j.cell.2016.11.001 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 27863229 .
- ^ «Эпигенетика в Интернете: главные эпигенетические истории 2016 года — Эпигенетика» . Эпигенетика . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Опубликовано более 40 новых статей по эпигенетике | Журнал Scientist Magazine®» . Ученый . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Сингапурские ученые – часть прорыва в исследованиях аутизма» . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Эпигеномные данные о раке, представленные членами международных консорциумов» . ГеномВеб . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Исследовательские группы консорциума Эпигенома занимаются эпигенетикой иммунного ответа» . ГеномВеб . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Как генетические вариации клеток крови влияют на распространенные заболевания» . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ «Интегративная функциональная геномика идентифицирует энхансер, повторяющийся в гене SOX9, разрушенный локусом риска рака простаты 17q24.3» .