Джин Вики

Gene Wiki — это проект в рамках Википедии , целью которого является описание взаимоотношений и функций всех генов человека . Он был создан для переноса информации из научных ресурсов в незавершенные статьи Википедии. ^[1]^[2]^[3]

посвященных генам, Проект Gene Wiki также инициировал публикацию обзорных статей, в журнале Gene , а также редактирование страниц, посвященных генам, в Википедии. ^[4]

Проект Gene Wiki в сотрудничестве с журналом Gene был закрыт в мае 2022 года, через десять лет после начала проекта. В отчете лидеров проекта суммируются достижения проекта. ^[5]

Цели и объем проекта

Количество статей о генах

Геном человека содержит примерно 20 000–25 000 генов, кодирующих белки . ^[6] Целью проекта Gene Wiki является создание исходных статей для каждого известного человеческого гена, то есть каждого гена, функция которого была определена в рецензируемой научной литературе . Примерно половина человеческих генов имеет назначенную функцию, поэтому ожидается, что общее количество статей, размещенных в рамках проекта Gene Wiki, будет в диапазоне 10 000–15 000. На сегодняшний день, ^{[ на момент? ]} около 11 000 статей были созданы или дополнены содержанием проекта Gene Wiki. ^{[ нужна ссылка ]}

Расширение

После того как исходные статьи будут созданы, есть надежда и ожидание, что они будут аннотированы и расширены редакторами с самым разным опытом, от непрофессиональной аудитории до студентов, профессионалов и ученых. ^[1]

Белки, кодируемые генами

Только небольшая часть генома фактически кодирует белок человеческого генома. Понимание функции гена, кодирующего белок, обычно требует понимания функции соответствующего белка. Таким образом, помимо базовой информации о гене, проект также включает информацию о белке, кодируемом этим геном. Функции других частей генома, некодирующей ДНК , которую в прошлом также называли «мусорной» ДНК, поскольку у них не было очевидной функции, на самом деле считается, что они выполняют регуляторные функции.

Джин Wiki создал контент

Заглушки проекта Gene Wiki создаются ботом и содержат ссылки на следующие основные базы данных генов/белков:

Комитет по генной номенклатуре HUGO – официальное название гена
Энтрез – База данных генов
OMIM (Менделевское наследование у человека) - база данных, в которой каталогизированы все известные заболевания с генетическим компонентом.
Амиго – Онтология генов
HomoloGene генов - гомологи других видов.
SymAtlasRNA - образец экспрессии генов в тканях ^[7]
Банк данных белков - трехмерная структура белка, кодируемого геном.
UniProt ( универсальный ) ресурс белка – центральное хранилище данных о белках.

Ответ

В отчете говорится, что в период с 2013 по 2017 год контент, который Джин Вики вносил в Википедию, со временем получил краудсорсинговую разработку. ^[8]

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Хасс Дж.В., Ороско С., Гудейл Дж., Ву С., Баталов С., Викерс Т.Дж., Валафар Ф., Су А.И. (июль 2008 г.). «Вики-сайт генов для аннотаций функций генов сообщества» . ПЛОС Биология . 6 (7): е175. дои : 10.1371/journal.pbio.0060175 . ПМЦ 2443188 . ПМИД 18613750 .
^ Хасс Дж.В., Ороско К., Гудейл Дж., Ву К., Баталов С., Викерс Т.Дж., Валафар Ф., Су А.И. «SciVee Pubcast: Gene Wiki для аннотаций сообщества по функциям генов» . Архивировано из оригинала 24 июля 2010 г. Проверено 19 ноября 2008 г.
^ Хусс Дж.В.; Линденбаум П; Мартоне М; и др. (январь 2010 г.). «Gene Wiki: общественная разведка применительно к аннотациям генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D633–9. дои : 10.1093/nar/gkp760 . ПМК 2808918 . ПМИД 19755503 .
^ Цуенг Г., Гуд Б.М., Пинг П., Големис Э., Ханукоглу И., ван Вейнен А.Дж., Су А.И. (2 мая 2016 г.). «Обзоры Gene Wiki-Повышение качества и доступности информации о геноме человека» . Джин . 592 (2): 235–8. дои : 10.1016/j.gene.2016.04.053 . ПМК 5944608 . ПМИД 27150585 .
^ ван Вейнен А.Дж., Големис Э., Ханукоглу И., Цуй С.К., Ху Э, Уль-Хасан С., Джой Дж., Су А.И., Цуенг Г. (июль 2022 г.). «Ретроспективная оценка десятилетия обзоров Gene Wiki и их влияния» (PDF) . Джин . 830 : 146534. doi : 10.1016/j.gene.2022.146534 . ПМИД 35525475 .
^ Зажим М; Фрай Б; Камаль М; Се Х; Манжета J; Лин М.Ф.; Келлис М ; Линдблад-Тох К; Лендер Э.С. (декабрь 2007 г.). «Различие кодирующих и некодирующих белок генов в геноме человека» . Труды Национальной академии наук США . 104 (49): 19428–33. дои : 10.1073/pnas.0709013104 . ПМК 2148306 . ПМИД 18040051 .
^ Су А.И., Уилтшир Т., Баталов С., Лапп Х., Чинг К.А., Блок D, Чжан Дж., Соден Р., Хаякава М., Крейман Г., Кук М.П., Уокер Дж.Р., Хогенеш Дж.Б. (апрель 2004 г.). «Атлас генов транскриптомов, кодирующих белки мыши и человека» . Труды Национальной академии наук США . 101 (16): 6062–7. Бибкод : 2004PNAS..101.6062S . дои : 10.1073/pnas.0400782101 . ПМЦ 395923 . ПМИД 15075390 .
^ Зиновьев Андрей; Червинска, Уршула; Кантини, Лаура; Барийо, Эммануэль; Фрам, Клаус М.; Шепелянский Дима Л.; Ржецкий, Андрей (18 февраля 2020 г.). «Коллективный разум определяет биологические функции в Википедии как сообщества в скрытой сети белковых связей» . PLOS Вычислительная биология . 16 (2): e1007652. Бибкод : 2020PLSCB..16E7652Z . дои : 10.1371/journal.pcbi.1007652 . ПМК 7048313 . ПМИД 32069277 .

Дальнейшее чтение

Гуд Б.М., Хоу Д.Г., Лин С.М., Киббе В.А., Су А.И. (2011). «Исследование Gene Wiki для получения функциональных геномных знаний» . БМК Геномика . 12 :603. дои : 10.1186/1471-2164-12-603 . ПМК 3271090 . ПМИД 22165947 .
Гуд Б.М., Кларк Э.Л., де Альфаро Л., Су А.И. (январь 2012 г.). «Gene Wiki в 2011 году: анализ общественного мнения применён к аннотациям генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с базой данных): D1255–61. дои : 10.1093/nar/gkr925 . ПМЦ 3245148 . ПМИД 22075991 .
Гуд Б.М., Кларк Э.Л., Логерсио С., Су А.И. (2012). «Связывание генов с болезнями с помощью коллажа SNPedia-Gene Wiki» . J Биомедицинская семантика . 3 (Дополнение 1): S6. дои : 10.1186/2041-1480-3-S1-S6 . ПМЦ 3337266 . ПМИД 22541597 .
Су А.И., Гуд Б.М., ван Вейнен А.Дж. (декабрь 2013 г.). «Обзоры Gene Wiki: сочетание краудсорсинга с традиционным рецензированием». Джин . 531 (2): 125. doi : 10.1016/j.gene.2013.08.093 . ПМИД 24012870 .

Внешние ссылки

Спагат Э (9 июля 2008 г.). «Отредактируйте свою ДНК: «Gene wiki» дебютирует в Википедии» . Ассошиэйтед Пресс (в ABC News . Проверено 29 сентября 2011 г.) .
Маккенни А.С. (08 июля 2008 г.). «Архивирование информации о геноме человека с помощью Википедии» . IT/Интернет/Электронная почта Новости . Медицинские новости сегодня . Проверено 19 июля 2008 г.
Тэй Л. (10 июля 2008 г.). «В Википедии есть хранилище генов человека» . iTnews Австралия . Хеймаркет Медиа. Архивировано из оригинала 13 июля 2008 г. Проверено 19 июля 2008 г.
Митч Уолдроп (3 сентября 2008 г.). «Большие данные: Викиомика» . Природа . 455 (7209): 22–25. дои : 10.1038/455022a . ПМИД 18769412 .

[pmid18613750-1] Перейти обратно: ^а ^б Хасс Дж.В., Ороско С., Гудейл Дж., Ву С., Баталов С., Викерс Т.Дж., Валафар Ф., Су А.И. (июль 2008 г.). «Вики-сайт генов для аннотаций функций генов сообщества» . ПЛОС Биология . 6 (7): е175. дои : 10.1371/journal.pbio.0060175 . ПМЦ 2443188 . ПМИД 18613750 .

[SciVee_Pubcast-2] Хасс Дж.В., Ороско К., Гудейл Дж., Ву К., Баталов С., Викерс Т.Дж., Валафар Ф., Су А.И. «SciVee Pubcast: Gene Wiki для аннотаций сообщества по функциям генов» . Архивировано из оригинала 24 июля 2010 г. Проверено 19 ноября 2008 г.

[pmid19755503-3] Хусс Дж.В.; Линденбаум П; Мартоне М; и др. (январь 2010 г.). «Gene Wiki: общественная разведка применительно к аннотациям генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D633–9. дои : 10.1093/nar/gkp760 . ПМК 2808918 . ПМИД 19755503 .

[4] Цуенг Г., Гуд Б.М., Пинг П., Големис Э., Ханукоглу И., ван Вейнен А.Дж., Су А.И. (2 мая 2016 г.). «Обзоры Gene Wiki-Повышение качества и доступности информации о геноме человека» . Джин . 592 (2): 235–8. дои : 10.1016/j.gene.2016.04.053 . ПМК 5944608 . ПМИД 27150585 .

[pmid35525475-5] ван Вейнен А.Дж., Големис Э., Ханукоглу И., Цуй С.К., Ху Э, Уль-Хасан С., Джой Дж., Су А.И., Цуенг Г. (июль 2022 г.). «Ретроспективная оценка десятилетия обзоров Gene Wiki и их влияния» (PDF) . Джин . 830 : 146534. doi : 10.1016/j.gene.2022.146534 . ПМИД 35525475 .

[pmid18040051-6] Зажим М; Фрай Б; Камаль М; Се Х; Манжета J; Лин М.Ф.; Келлис М ; Линдблад-Тох К; Лендер Э.С. (декабрь 2007 г.). «Различие кодирующих и некодирующих белок генов в геноме человека» . Труды Национальной академии наук США . 104 (49): 19428–33. дои : 10.1073/pnas.0709013104 . ПМК 2148306 . ПМИД 18040051 .

[pmid15075390-7] Су А.И., Уилтшир Т., Баталов С., Лапп Х., Чинг К.А., Блок D, Чжан Дж., Соден Р., Хаякава М., Крейман Г., Кук М.П., Уокер Дж.Р., Хогенеш Дж.Б. (апрель 2004 г.). «Атлас генов транскриптомов, кодирующих белки мыши и человека» . Труды Национальной академии наук США . 101 (16): 6062–7. Бибкод : 2004PNAS..101.6062S . дои : 10.1073/pnas.0400782101 . ПМЦ 395923 . ПМИД 15075390 .

[Zinovyev_2020-8] Зиновьев Андрей; Червинска, Уршула; Кантини, Лаура; Барийо, Эммануэль; Фрам, Клаус М.; Шепелянский Дима Л.; Ржецкий, Андрей (18 февраля 2020 г.). «Коллективный разум определяет биологические функции в Википедии как сообщества в скрытой сети белковых связей» . PLOS Вычислительная биология . 16 (2): e1007652. Бибкод : 2020PLSCB..16E7652Z . дои : 10.1371/journal.pcbi.1007652 . ПМК 7048313 . ПМИД 32069277 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]