Информационный центр по инструментам и ресурсам нейровизуализации
 | |
 Веб-инструменты и ресурсы для нейровизуализации: совместная работа, тестирование и вычисления | |
Тип сайта | Совместная работа , Система управления разработкой программного обеспечения , Наборы данных , Вычислительная среда |
|---|---|
| URL-адрес | www |
| Пользователи | Более 300 000 |
Совместная лаборатория инструментов и ресурсов нейровизуализации ( NITRC ) представляет собой информационную среду нейровизуализации для инструментов и ресурсов МРТ, ПЭТ/ОФЭКТ, КТ, ЭЭГ/МЭГ, оптической визуализации, клинической нейроинформатики, визуализационной геномики, а также инструментов и ресурсов вычислительной нейробиологии.
Описание
[ редактировать ]Инициирован в 2006 году и в настоящее время финансируется грантом NIH, номер: 1R24EB029173 . [1] [2] Миссия NITRC состоит в том, чтобы обеспечить удобную для пользователя среду знаний, которая позволяет распространять, совершенствовать и внедрять инструменты и ресурсы нейровизуализации и расширилась от МР до визуализационной геномики, ЭЭГ/МЭГ, ПЭТ/ОФЭКТ, КТ, оптической визуализации, клинической нейроинформатики, и вычислительная нейробиология. Поддерживая 143 000 просмотров страниц в месяц, более 1000 инструментов и ресурсов NITRC были загружены более 11,4 миллиона раз 1,4 миллионами пользователей.
Цель NITRC — поддержать исследователей, занимающихся улучшением, внедрением, распространением и содействием развитию ранее финансируемых инструментов и ресурсов нейровизуализационного анализа для более широкого использования сообществом. Продвигая программные инструменты, рабочие процессы, ресурсы, словари, тестовые данные и предварительно обработанные, созданные сообществом изображения через свой репозиторий изображений (NITRC-IR), NITRC предоставляет исследователям более широкий и эффективный доступ к необходимым им инструментам и ресурсам; лучшая категоризация и организация существующих инструментов и ресурсов с помощью контролируемого словаря; облегчение взаимодействия между исследователями и разработчиками через форумы, прямой контакт по электронной почте, рейтинги и обзоры; и содействие более эффективному использованию посредством расширенной документации.
Подход
[ редактировать ] |
Чтобы удовлетворить разрозненные потребности разработчиков и исследователей в области нейровизуализации, NITRC предлагает функции совместной работы, аналогичные тем, которые имеются на таких платформах, как GitHub и SourceForge . с открытым исходным кодом Чтобы обеспечить такую функциональность, мы настроили проект GForge . Таким образом, в рамках NITRC каждый инструмент или ресурс имеет возможность предлагать описательный контент, а также использовать MediaWiki, CVS/SVN, отслеживание ошибок, новости и форумы для распространения информации и загрузок. Размещенный на серверах NITRC и связанный с существующими веб-сайтами, NITRC является источником инструментов и ресурсов нейровизуализации.
Команда NITRC, созданная в 2007 году с гибким графиком программирования, продолжает расставлять приоритеты и внедрять функциональные и дизайнерские улучшения, чтобы сделать веб-сайт еще более доступным. По мере расширения научных возможностей расширяются и расширенные услуги NITRC, которые включают в себя репозиторий изображений для поддержки совместного использования данных изображений и службу вычислительной среды на Amazon Marketplace для поддержки выполнения сложного вычислительного анализа данных изображений.
Услуги
[ редактировать ]Пакет услуг Центра обмена информацией и ресурсами нейровизуализации (NITRC) включает в себя:
Репозиторий ресурсов NITRC (NITRC-R) — это среда для совместной работы, которая позволяет распространять, совершенствовать и внедрять инструменты и ресурсы нейроинформатики по всему миру. Научная сфера деятельности NITRC-R включает МРТ, ПЭТ/ОФЭКТ, КТ, ЭЭГ/МЭГ, оптическую визуализацию, клиническую нейроинформатику, визуализирующую геномику и, в последнее время, вычислительную нейробиологию.
Репозиторий изображений NITRC (NITRC-IR) , созданный на основе XNAT, представляет собой тщательно подобранный репозиторий сканированных изображений DICOM и NIfTI с возможностью поиска по метаданным, таким как диагноз, рука, пол или группа. Наборы данных NITRC-IR включают в себя: «Функциональные коннектомы», «Обмен данными о визуализации мозга при аутизме» (ABIDE), «Семпл», «СДВГ-200», «Пекинские глаза, открытые глаза, закрытые глаза».
Вычислительная среда NITRC (NITRC-CE) — это виртуальная служба вычислений больших данных, предварительно настроенная с использованием популярных инструментов анализа программного обеспечения для нейровизуализации, позволяющая оплачивать время вычислений по мере использования. Использование AWS EC2 и NeuroDebian, NITRC-CE [3] и NITRC-CE для экземпляров кластерных вычислений [4] доступны через AWS Marketplace. Также доступен общедоступный экземпляр машины Amazon (AMI).
Результаты
[ редактировать ] |
Триада услуг NITRC обслуживает глобальное исследовательское сообщество в области нейроинформатики, причем 64% ее пользователей приезжают из США, Китая, Германии, Великобритании и Канады. Имея более 3,2 миллиона просмотров страниц и 747 000 посещений 335 200 уникальных посетителей, NITRC-R облегчает доступ к постоянно растущему числу нейроинформатических инструментов и ресурсов (630).NITRC-IR предлагает 4800 объектов с возможностью поиска по 9 проектам, чтобы способствовать повторному использованию и интеграции этих ценных общих данных.В среднем 20 900 посещений и 76 200 просмотров страниц в месяц, программное обеспечение и данные NITRC-R и NITRC-IR были загружены более 1,3 миллиона раз.NITRC-CE обеспечивает упрощенное развертывание облачных вычислений, которые поддерживают FreeSurfer, FSL, AFNI и многие другие программные ресурсы. В реальных тестах обработки репрезентативные вычисления, которые на мощном настольном компьютере заняли бы 24 часа, заняли 25% времени (8 часов) и стоили всего 4 доллара. Тест представлял собой вычисление морфометрии на основе вокселей FSL (VBM) на 64 испытуемых из CANDIShare, выполненное на настольном компьютере Intel Xeon Mac с тактовой частотой 2,8 ГГц в сравнении с экземпляром AWS Large (m1.large) с использованием распараллеливания SGE на 4 ядрах.
Участники
[ редактировать ]NITRC возглавляет Медицинская школа Массачусетского университета в Вустере, Массачусетс; и построен и эксплуатируется в сотрудничестве с TCG, Inc. из Вашингтона, округ Колумбия; Preuss Enterprises, Inc., Флорида; и The Paulson Venture, Калифорния. NITRC-R и NITRC-IR расположены в Центре исследований биологических систем Калифорнийского университета в Сан-Диего. В настоящее время в состав команды входят: Дэвид Кеннеди и Кристиан Хазелгроув, UMMS; Нина Пройсс, PMP, Preuss Enterprises Inc.; Мэтью Трэверс и Эл Кроули, TCG, Inc.; и Эбби Полсон, The Paulson Venture.