База данных ЭзТаксон
В биоинформатике база данных EzTaxon представляет собой веб-инструмент для идентификации прокариот на основе последовательностей генов 16S рибосомальной РНК . [1] EzTaxon — это база данных с открытым доступом , созданная и поддерживаемая ChunLab, Inc.
База данных EzTaxon содержит последовательности типовых штаммов прокариотических видов с достоверно опубликованными названиями. Хотя EzTaxon в основном используется для рутинной идентификации изолятов прокариот, последовательности некультивируемых таксонов не были включены. Таким образом, в 2012 году база данных EzTaxon была расширена за счет включения некультивируемых прокариот, а название базы данных было изменено на EzTaxon-e. [2]
Соглашение об именах
[ редактировать ]Названия таксонов , включенные в EzTaxon-e, представляют собой группы некультивируемых последовательностей, обнаруженных в общедоступных базах данных. Названия, включенные в EzTaxon-e, не имеют статуса в формальной номенклатуре, но они были созданы, чтобы помочь в сравнении микробных сообществ и разнообразия в природе.
- Новые имена, найденные в EzTaxon-e, образуются путем добавления специальных суффиксов к регистрационным номерам последовательностей в банке генов (например, AB177171_s -> вид, типу которого соответствует запись последовательности AB177171; AB177171_g -> род; AB177171_f -> семейство; AB177171_o -> отряд; AB177171_c -> класс; AB177171_p -> тип).
- Известные имена сохранились по историческим причинам. SAR11 , знаменитый морской обитатель, обозначен как SAR11 (отряд) и разделен на 4 семейства (от SAR11-1_f до SAR11-4_f).
- На основании филогении последовательности 16S рРНК некоторые явно неправильно классифицированные виды были переименованы с использованием специальных суффиксов. Например, Bacteroides pectinophilus не является подлинным представителем рода Bacteroides. Однако он может представлять собой новый род семейства Lachnospiraceae. Поэтому в базе данных EzTaxon-e Bacteroides pectinophilus отнесен к новому роду с предварительным названием Bacteroides_g1.
- Последовательности и предварительные таксоны, начинающиеся с «4P», являются продуктами системы Roche 454 GS FLX Titanium.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чун, Чонсик; Ли, Джэ-Хак; Юнг, Юнён; Ким, Мёнджин; Ким, Сейл; Квон Ким, Бён; Лим, Ён Вун (2007). «EzTaxon: веб-инструмент для идентификации прокариотов на основе последовательностей генов 16S рибосомальной РНК» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (10): 2259–2261. дои : 10.1099/ijs.0.64915-0 . ПМИД 17911292 .
- ^ Ким, ОС; Чо, Ю.Дж.; Лук-порей; Юн, Ш.; Ким, М; На, Ч; Парк, Южная Каролина; Чон, Ю.С.; Ли, Дж. Х.; Йи, Х; Выиграл, С; Чун, Дж (2012). «Представляем EzTaxon-e: базу данных последовательностей генов 16S рРНК прокариот с филотипами, которые представляют некультивируемые виды». Int J Syst Evol Microbiol . 62 (3): 716–21. дои : 10.1099/ijs.0.038075-0 . ПМИД 22140171 .