ПАТРИК

ПАТРИК ^[1] (Центр интеграции ресурсов патосистем) — веб-сайт по бактериальной биоинформатике Ресурсного центра биоинформатики , первоначально созданный в 2004 году. ^[2] С тех пор он был объединен с базой данных исследований гриппа, базой данных вирусных патогенов и ресурсным центром анализа для создания Ресурсного центра бактериальной и вирусной биоинформатики (BV-BRC). ^[3] Это информационная система, объединяющая базы данных и инструменты анализа. Основное внимание уделяется различным данным (транскриптомным, протеомным, структурным и биохимическим), связанным с бактериальными патогенами. PATRIC способствует интеграции различных типов информации о патогенах для поддержки биомедицинских исследований бактериальных инфекционных заболеваний.

История

PATRIC был запущен как проект Вирджинии Технологического института подразделения киберинфраструктуры и финансируется Национальными институтами аллергии и инфекционных заболеваний ( NIAID ), входящим в состав Национальных институтов здравоохранения ( NIH ). PATRIC использует доступные филогеномные данные бактерий, протеомные данные и другие различные экспериментальные данные, связанные с конкретными патогенами, из многочисленных источников. ^[4] Платформа PATRIC предоставляет интерфейс для сравнительной геномики . В 2019 году NIAID выделил дополнительное финансирование доктору Рику Стивенсу из Чикагского университета для Ресурсного центра биоинформатики, нынешнего зонтика, под которым находится PATRIC. ^[5]

Бактериальное покрытие

В PATRIC включены данные о следующих видах бактерий:

См. также

Ссылки

^ Гиллеспи Дж.Дж., Уоттам А.Р., Каммер С.А., Габбард Дж.Л., Шукла М.П., Делей О. и др. (ноябрь 2011 г.). «ПАТРИК: комплексный ресурс по бактериальной биоинформатике с акцентом на патогенные для человека виды» . Инфекция и иммунитет . 79 (11): 4286–4298. дои : 10.1128/IAI.00207-11 . ПМК 3257917 . ПМИД 21896772 .
^ Дэвис Дж.Дж., Уоттам А.Р., Азиз Р.К., Бреттин Т., Батлер Р., Батлер Р.М. и др. (январь 2020 г.). «Ресурсный центр биоинформатики PATRIC: расширение возможностей данных и анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д606–Д612. дои : 10.1093/nar/gkz943 . ПМЦ 7145515 . ПМИД 31667520 .
^ Олсон Р.Д., Ассаф Р., Бреттин Т., Конрад Н., Кучинелл С., Дэвис Дж.Дж. и др. (январь 2023 г.). «Представляем Ресурсный центр бактериальной и вирусной биоинформатики (BV-BRC): ресурс, объединяющий PATRIC, IRD и ViPR» . Исследования нуклеиновых кислот . 51 (Д1): Д678–Д689. дои : 10.1093/nar/gkac1003 . ПМЦ 9825582 . ПМИД 36350631 .
^ Собрал Б., Мао С., Шукла М., Салливан Д., Чжан С. (3 января 2013 г.). «Исследование инфекционных заболеваний, основанное на информатике». В Фред А., Гамбоа Х., Филипе Дж. (ред.). Биомедицинские инженерные системы и технологии . Шпрингер Берлин. стр. 3–11. ISBN 9783642297526 . Проверено 5 марта 2022 г.
^ «Ресурсные центры биоинформатики по инфекционным заболеваниям» . РЕПОРТЕР . Национальные институты здравоохранения США. Номер проекта 75N93019C00076-P00001-9999-1 . Проверено 1 декабря 2023 г.

Внешние ссылки

Официальный сайт
Ресурсные центры биоинформатики Страница NIAID, описывающая цели и деятельность BRC.
Сайт Pathogen Portal Hub для пяти BRC; предоставляет сводную информацию между BRC

[1] Гиллеспи Дж.Дж., Уоттам А.Р., Каммер С.А., Габбард Дж.Л., Шукла М.П., Делей О. и др. (ноябрь 2011 г.). «ПАТРИК: комплексный ресурс по бактериальной биоинформатике с акцентом на патогенные для человека виды» . Инфекция и иммунитет . 79 (11): 4286–4298. дои : 10.1128/IAI.00207-11 . ПМК 3257917 . ПМИД 21896772 .

[2] Дэвис Дж.Дж., Уоттам А.Р., Азиз Р.К., Бреттин Т., Батлер Р., Батлер Р.М. и др. (январь 2020 г.). «Ресурсный центр биоинформатики PATRIC: расширение возможностей данных и анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д606–Д612. дои : 10.1093/nar/gkz943 . ПМЦ 7145515 . ПМИД 31667520 .

[3] Олсон Р.Д., Ассаф Р., Бреттин Т., Конрад Н., Кучинелл С., Дэвис Дж.Дж. и др. (январь 2023 г.). «Представляем Ресурсный центр бактериальной и вирусной биоинформатики (BV-BRC): ресурс, объединяющий PATRIC, IRD и ViPR» . Исследования нуклеиновых кислот . 51 (Д1): Д678–Д689. дои : 10.1093/nar/gkac1003 . ПМЦ 9825582 . ПМИД 36350631 .

[Sobral2013-4] Собрал Б., Мао С., Шукла М., Салливан Д., Чжан С. (3 января 2013 г.). «Исследование инфекционных заболеваний, основанное на информатике». В Фред А., Гамбоа Х., Филипе Дж. (ред.). Биомедицинские инженерные системы и технологии . Шпрингер Берлин. стр. 3–11. ISBN 9783642297526 . Проверено 5 марта 2022 г.

[5] «Ресурсные центры биоинформатики по инфекционным заболеваниям» . РЕПОРТЕР . Национальные институты здравоохранения США. Номер проекта 75N93019C00076-P00001-9999-1 . Проверено 1 декабря 2023 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]