Хламидофила

Хламидофила
	Хламидофила psittaci
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Хламидиота
Сорт:	Хламидии
Заказ:	Хламидии
Семья:	Хламидиевые
Род:	Хламидофила ; Эверетт, Буш и Андерсен, 1999 г.
Типовой вид
	Хламидофила psittaci ; (Лилли, 1930) Эверетт, Буш и Андерсен, 1999
Разновидность
	C. аборт ; C. морские свинки ; С. триггер ; " С. парапситаци " ; C. крупный рогатый скот ; С. пневмонии ; C. psittaci ;
Синонимы
	" Бедсония " Мейер 1953 г. экс Левадити, Роджер и Дестомб 1964 г. ; « Микробактерия » Левинталь 1930 г. нон Орла-Йенсен 1919 г. ;

Chlamydophila — спорный бактерий, род принадлежащий к семейству Chlamydiaceae . ^{[ 2 ]}

Таксономия

Все Chlamydiota являются анаэробными бактериями с двухфазным жизненным циклом развития, который зависит от облигатного внутриклеточного роста в эукариотических клетках-хозяевах.

Хламидофила была признана рядом ученых в 1999 г. ^{[ 3 ]} с шестью видами Chlamydophila и тремя видами исходного рода Chlamydia . Это сразу было воспринято как спорное. ^{[ 4 ]} В 2015 году вид Chlamydophila был реклассифицирован как Chlamydia . ^{[ 4 ]} История классификации и реклассификации такова.

Ранее критерии дифференциации видов хламидий не всегда срабатывали. Например, в то время род C. psittaci отличался от C. trachomatis устойчивостью к сульфадиазину как C. psittaci, , хотя не все штаммы, идентифицированные в то время были устойчивыми, а C. pneumoniae классифицировали по внешнему виду при электронной микроскопии (ЭМ). и его способность заражать людей, хотя внешний вид ЭМ может отличаться от одной исследовательской группы к другой, и многие из этих видов заражали людей.

Систематическая таксономия, установленная для Chlamydiota (ранее Chlamydiae) в 1999 году, использовала реассоциацию ДНК-ДНК , сходство генов 16S и 23S рибосомальных РНК , кластеризацию сходства последовательностей генов, кодирующих белки , и размер генома в качестве критериев классификации. Поддерживающие критерии, такие как обнаружение антигена , ^{[ 5 ]} окрашивание гликогена , ассоциация хозяина и морфология ЭМ также использовались в зависимости от применимости и доступности.

Сравнительный геномный анализ в 2006 году выявил ряд характерных белков, которые уникально присутствовали у видов родов Chlamydia и Chlamydophila , что подтвердило отличимость Chlamydophila . ^{[ 6 ]} Три года спустя эта точка зрения была оспорена новыми методами анализа всего генома, что привело к предложению «воссоединить Chlamydiaceae в единый род Chlamydia ». ^{[ 7 ]} К 2010-м годам эта реклассификация «не была полностью принята и принята». ^{[ 8 ]} среди микробиологов, что «привело к возврату к единственному исходному роду Chlamydia , который теперь охватывает все 9 видов, включая Chlamydia psittaci ». ^{[ 8 ]} По состоянию на 2013 год хламидофила все еще упоминалась в некоторых базах данных, но вызывала споры. ^{[ 9 ]} объединение рода Chlamydophila обратно в род Chlamydia . В настоящее время общепринято ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

хламидофил Дифференциация

По данным авторов исследования 1999 года, средняя разница в реассоциации ДНК-ДНК, отличающая хламидофилы от хламидий, составляет 10,1%, что является общепринятым значением для разделения родов. Хотя последовательности генов 16S рибосомальной РНК этих двух видов идентичны почти на 95%, в отличие от других ранее установленных родов, авторы считали сходство менее 95% лишь ориентиром для создания новых родов в хламидийных семействах. В исследовании авторы использовали сходство мест кодирования генов белка и рибосомальной РНК в геноме (кластеры генов), чтобы отличить хламидофилу от хламидий . Кроме того, гены полноразмерной 23S рибосомальной РНК видов двух родов были идентичны менее чем на 95%.

Некоторые молекулярные критерии различия родов Chlamydiaceae
Род	Приблизительный размер генома (миллион пар оснований ДНК)	Обнаруживаемый гликоген	Количество рибосомальных оперонов
Хламидофила	1.2	Нет	1
Хламидии	1.0	Да	2

Филогения

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}

120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}

Хламидофила пневмонии

	Хламидофилы крупного рогатого скота

	Хламидии

Хламидофила

С. триггер

	C. морские свинки

	Хламидии пойкилотермные

	Хламидия авиам

	Хламидия галлинацеа

C. psittaci

	C. аборт

	« Хламидия бутеонис »

Хламидофила

C. pecorum (Фукуси и Хираи, 1992 г.) Эверетт, Буш и Андерсен, 1999 г.

« Chlamydia serpentis » Staub et al. 2018 год

	" Ca. Chlamydia coralla" правильно. Тейлор-Браун и др. 2017 год

	C. pneumoniae (Grayston et al. 1989) Everett, Bush & Andersen 1999

« Chlamydia ibidis » Vorimore et al. 2013 год

	Chlamydia avium Sachse et al. 2015 год

	Chlamydia Gallinacea Sachse et al. 2015 год

К. Фелис Эверетт, Буш и Андерсен, 1999 г.

	C. caviae Эверетт, Буш и Андерсен, 1999 г.

	Chlamydia poikilotherma Staub et al. 2022 год

« Chlamydia Buteonis » Laroucau et al. 2019 год

	C. abortus Эверетт, Буш и Андерсен, 1999 г.

	C. psittaci (Лилли, 1930 г.) Эверетт, Буш и Андерсен, 1999 г.

См. также

Ссылки

^ Ж. П. Эзеби. «Хламидофила» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 11 июня 2011 г.
^ Хламидофилы в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
^ Эверетт К.Д., Буш Р.М., Андерсен А.А. (апрель 1999 г.). «Исправленное описание порядка Chlamydiales, предложение Parachlamydiaceae семейства nov. и Simkaniaceae семейства nov., каждый из которых содержит один монотипический род, пересмотренная таксономия семейства Chlamydiaceae, включающая новый род и пять новых видов, а также стандарты для идентификации организмы» . Международный журнал систематической бактериологии . 49, часть 2 (2): 415–40. дои : 10.1099/00207713-49-2-415 . ПМИД 10319462 .
^ Jump up to: ^а ^б Парте, АЦ «Хламидии» . ЛПСН .
^ Буш Р.М., Эверетт К.Д. (январь 2001 г.). «Молекулярная эволюция хламидийных» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (Часть 1): 203–20. дои : 10.1099/00207713-51-1-203 . ПМИД 11211261 .
^ Гриффитс Э., Вентреска М.С., Гупта Р.С. (январь 2006 г.). «BLAST-скрининг геномов хламидий для выявления сигнатурных белков, уникальных для групп видов Chlamydiales, Chlamydiaceae, Chlamydophila и Chlamydia» . БМК Геномика . 7:14 . дои : 10.1186/1471-2164-7-14 . ПМЦ 1403754 . ПМИД 16436211 .
^ Стивенс Р.С., Майерс Г., Эппингер М., Бавойл П.М. (март 2009 г.). «Расхождение без различия: решены филогенетика и таксономия хламидий» . ФЭМС Иммунология и медицинская микробиология . 55 (2): 115–9. дои : 10.1111/j.1574-695X.2008.00516.x . ПМИД 19281563 .
^ Jump up to: ^а ^б Бальзамо Дж., Макстед А.М., Мидла Дж.В., Мерфи Дж.М., Уорле Р., Эдлинг Т.М. и др. (сентябрь 2017 г.). «Сборник мер по борьбе с инфекцией Chlamydia psittaci среди людей (пситтакоз) и домашних птиц (птичий хламидиоз), 2017» . Журнал птичьей медицины и хирургии . 31 (3): 262–282. дои : 10.1647/217-265 . ПМИД 28891690 . S2CID 26000244 .
^ «Группа хламидий/хламидофил» . Таксономическая база данных NCBI . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США . Проверено 26 марта 2013 г. Учитывая спорный характер вопроса, база данных таксономии NCBI сохраняет названия обоих родов для использования заявителями.
^ Бавойл П., Кальтенбек Б., Греуб Г. (март 2013 г.). «In Chlamydia veritas» . Патогены и болезни . 67 (2): 89–90. дои : 10.1111/2049-632X.12026 . ПМИД 23620152 . S2CID 31730015 .
^ Бахманн Н.Л., Полкингхорн А., Тиммс П. (август 2014 г.). «Геномика хламидий: новое понимание биологии хламидий». Тенденции в микробиологии . 22 (8): 464–72. дои : 10.1016/j.tim.2014.04.013 . ПМИД 24882432 .
^ Саксе К., Бавоил П.М., Кальтенбёк Б., Стивенс Р.С., Куо К.С., Росселло-Мора Р., Хорн М. (март 2015 г.). «Изменение семейства Chlamydiaceae: предложение о включении одного рода Chlamydia в все признанные в настоящее время виды». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (2): 99–103. дои : 10.1016/j.syapm.2014.12.004 . hdl : 10261/123714 . ПМИД 25618261 .
^ Борель Н., Полкингхорн А., Поспищил А. (май 2018 г.). «Обзор хламидийных заболеваний у животных: все еще проблема для патологоанатомов?» . Ветеринарная патология . 55 (3): 374–390. дои : 10.1177/0300985817751218 . ПМИД 29310550 .
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.

Внешние ссылки

Геномы хламидофилы и соответствующая информация в PATRIC , Ресурсном центре биоинформатики, финансируемом NIAID.
Таксономический обзор прокариотов, Руководство Берджи по систематической бактериологии, второе издание, выпуск 1.0, апрель c. [1]

[1] Ж. П. Эзеби. «Хламидофила» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 11 июня 2011 г.

[2] Хламидофилы в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

[3] Эверетт К.Д., Буш Р.М., Андерсен А.А. (апрель 1999 г.). «Исправленное описание порядка Chlamydiales, предложение Parachlamydiaceae семейства nov. и Simkaniaceae семейства nov., каждый из которых содержит один монотипический род, пересмотренная таксономия семейства Chlamydiaceae, включающая новый род и пять новых видов, а также стандарты для идентификации организмы» . Международный журнал систематической бактериологии . 49, часть 2 (2): 415–40. дои : 10.1099/00207713-49-2-415 . ПМИД 10319462 .

[Chlamydia-4] Jump up to: ^а ^б Парте, АЦ «Хламидии» . ЛПСН .

[5] Буш Р.М., Эверетт К.Д. (январь 2001 г.). «Молекулярная эволюция хламидийных» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (Часть 1): 203–20. дои : 10.1099/00207713-51-1-203 . ПМИД 11211261 .

[6] Гриффитс Э., Вентреска М.С., Гупта Р.С. (январь 2006 г.). «BLAST-скрининг геномов хламидий для выявления сигнатурных белков, уникальных для групп видов Chlamydiales, Chlamydiaceae, Chlamydophila и Chlamydia» . БМК Геномика . 7:14 . дои : 10.1186/1471-2164-7-14 . ПМЦ 1403754 . ПМИД 16436211 .

[7] Стивенс Р.С., Майерс Г., Эппингер М., Бавойл П.М. (март 2009 г.). «Расхождение без различия: решены филогенетика и таксономия хламидий» . ФЭМС Иммунология и медицинская микробиология . 55 (2): 115–9. дои : 10.1111/j.1574-695X.2008.00516.x . ПМИД 19281563 .

[Balsamo2017-8] Jump up to: ^а ^б Бальзамо Дж., Макстед А.М., Мидла Дж.В., Мерфи Дж.М., Уорле Р., Эдлинг Т.М. и др. (сентябрь 2017 г.). «Сборник мер по борьбе с инфекцией Chlamydia psittaci среди людей (пситтакоз) и домашних птиц (птичий хламидиоз), 2017» . Журнал птичьей медицины и хирургии . 31 (3): 262–282. дои : 10.1647/217-265 . ПМИД 28891690 . S2CID 26000244 .

[9] «Группа хламидий/хламидофил» . Таксономическая база данных NCBI . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США . Проверено 26 марта 2013 г. Учитывая спорный характер вопроса, база данных таксономии NCBI сохраняет названия обоих родов для использования заявителями.

[10] Бавойл П., Кальтенбек Б., Греуб Г. (март 2013 г.). «In Chlamydia veritas» . Патогены и болезни . 67 (2): 89–90. дои : 10.1111/2049-632X.12026 . ПМИД 23620152 . S2CID 31730015 .

[11] Бахманн Н.Л., Полкингхорн А., Тиммс П. (август 2014 г.). «Геномика хламидий: новое понимание биологии хламидий». Тенденции в микробиологии . 22 (8): 464–72. дои : 10.1016/j.tim.2014.04.013 . ПМИД 24882432 .

[12] Саксе К., Бавоил П.М., Кальтенбёк Б., Стивенс Р.С., Куо К.С., Росселло-Мора Р., Хорн М. (март 2015 г.). «Изменение семейства Chlamydiaceae: предложение о включении одного рода Chlamydia в все признанные в настоящее время виды». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (2): 99–103. дои : 10.1016/j.syapm.2014.12.004 . hdl : 10261/123714 . ПМИД 25618261 .

[13] Борель Н., Полкингхорн А., Поспищил А. (май 2018 г.). «Обзор хламидийных заболеваний у животных: все еще проблема для патологоанатомов?» . Ветеринарная патология . 55 (3): 374–390. дои : 10.1177/0300985817751218 . ПМИД 29310550 .

[LTP-14] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[15] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[16] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-17] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-18] "bac120_r214.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-19] «История таксонов» . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]