База данных вирусных патогенов и ресурсы для анализа

ВИПР БРК
ВИПР БРК
	Логотип ВИПР
Веб-сайт	www.viprbrc.org

База данных вирусных патогенов и ресурс анализа (ViPR) ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} представляет собой комплексную и всеобъемлющую общедоступную базу данных и аналитический ресурс для поиска, анализа, визуализации, сохранения и обмена данными о вирусных патогенах в списках приоритетных патогенов категории AC Национального института аллергии и инфекционных заболеваний США (NIAID) для исследований в области биозащиты и других вирусных заболеваний. патогены, вызывающие возникающие/возобновляющиеся инфекционные заболевания. ViPR — один из пяти ресурсных центров биоинформатики (BRC), финансируемых NIAID , компонентом Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США .

Семейства вирусов, включенные в ViPR

База данных ViPR включает геномы следующих вирусных семейств: Arenaviridae , Bunyaviridae , Caliciviridae , Coronaviridae , Filoviridae , Flaviviridae , Hepeviridae , Herpesviridae , Paramyxoviridae , Picornaviridae , Poxviridae , Reoviridae , Rhabdoviridae и Togaviridae .

Типы данных в ViPR

Геномы
генома Аннотации
Гены и белки
Предсказанные белковые домены и мотивы
Иммунные эпитопы
Особенности последовательности ^{[ 4 ]}
Ортологичные белковые кластеры
3D protein structure
Клинические метаданные
Данные фактора хозяина

Инструменты анализа и визуализации в ViPR

BLAST: предоставляет множество пользовательских баз данных ViPR для идентификации наиболее связанных последовательностей.
Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить любую пептидную последовательность, используя точное, нечеткое сопоставление или сопоставление с образцом.
Анализ вариаций последовательностей ([Однонуклеотидный полиморфизм] SNP): вычисляет вариации последовательностей, существующие в указанных последовательностях.
Инструмент сравнительного анализа последовательностей на основе метаданных (Meta-CATS): автоматизированный сравнительный статистический анализ для определения позиций в множественном выравнивании последовательностей , которые значительно различаются между группами последовательностей, обладающих определенными фенотипическими характеристиками.
Множественное выравнивание последовательностей: выравнивает небольшие геномы, последовательности генов/белков или большие последовательности вирусного генома, используя один из нескольких алгоритмов, наиболее подходящих для подачи конкретного задания.
Визуализация выравнивания последовательностей: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей.
Генерация филогенетического дерева: вычисляет дерево, используя один из нескольких доступных алгоритмов и эволюционных моделей.
Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штамма с цветовой кодировкой на дереве с помощью программы просмотра Archeopteryx.
GBrowse: обеспечивает возможность просмотра больших ДНК-геномов вирусов (Herpesviridae и Poxviridae) с интеграцией функций последовательностей ViPR для вируса коровьей оспы.
Анализ типа варианта признака последовательности (SFVT): ^{[ 4 ]} обеспечивает централизованное хранилище функциональных областей и автоматически рассчитывает все наблюдаемые вариации последовательностей внутри каждой определенной области.
3D-визуализация структуры белка: интегрирует файлы структуры белка PDB с функциями последовательностей ViPR, когда это применимо, и предоставляет интерактивное средство просмотра 3D-структуры белка с использованием Jmol.
Геномный аннотатор (GATU): позволяет пользователям аннотировать новые последовательности генома, предоставленные пользователем.
Определение генотипа и обнаружение рекомбинации: прогнозирует генотип для последовательностей, предоставленных пользователем, и идентифицирует возможные сайты рекомбинации вирусов семейства Flaviviridae.
PCR Primer Design: позволяет пользователю автоматически прогнозировать идеальные праймеры на основе последовательности и заданных параметров.
ReadSeq: преобразует различные форматы последовательностей.
Инструмент отправки функции последовательности: позволяет пользователям определять функцию последовательности, заполнив веб-форму.
Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа.
Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализом.

Ссылки

^ База данных вирусных патогенов и ресурс анализа (ViPR)
^ Пикетт, Бретт Э.; Садат, Ева Л.; Чжан, Юн; Норонья, Джьоти М.; Сквайрс, Р. Берк; Хант, Виктория; Лю, Менгья; Кумар, Санджив; Заремба, Сэм; Гу, Чжипин; Чжоу, Ливэй; Ларсон, Кристофер Н.; Дитрих, Джонатан; Клем, Эдвард Б.; Шойерманн, Ричард Х. (2012). «ViPR: открытая база данных биоинформатики и аналитический ресурс для вирусологических исследований» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D593–D598. дои : 10.1093/nar/gkr859 . ПМК 3245011 . ПМИД 22006842 .
^ Пикетт, Бретт; Грир, Дуглас; Чжан, Юн; Стюарт, Люси; Чжоу, Ливэй; Сунь, Гуанъюй; Гу, Чжипин; Кумар, Санджив; Заремба, Сэм; Ларсен, Кристофер; Джен, Вэй; Клем, Эдвард; Шойерманн, Ричард (2012). «База данных вирусных патогенов и ресурс анализа (ViPR): комплексная база данных биоинформатики и ресурс анализа для сообщества исследователей коронавируса» . Вирусы . 4 (11): 3209–3226. дои : 10.3390/v4113209 . ПМК 3509690 . ПМИД 23202522 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Норонья, Джьоти М.; Лю, Менгья; Сквайрс, Р. Берк; Пикетт, Бретт Э.; Хейл, Бенджамин Г.; Эйр, Джиллиан М.; Галлоуэй, Саммер Э.; Такимото, Тору; Шмолке, Мирко; Хант, Виктория; Клем, Эдвард; Гарсиа-Тейлор, Адольф; МакГи, Монни; Шойерманн, Ричард Х. (2012). «Анализ типа варианта особенности последовательности вируса гриппа: доказательства роли NS1 в ограничении диапазона хозяев вируса гриппа» . Журнал вирусологии . 86 (10): 5857–5866. дои : 10.1128/JVI.06901-11 . ПМЦ 3347290 . ПМИД 22398283 .

Внешние ссылки

ВиПР БРК
Ресурсные центры биоинформатики Страница NIAID, описывающая цели и деятельность BRC.

[1] База данных вирусных патогенов и ресурс анализа (ViPR)

[2] Пикетт, Бретт Э.; Садат, Ева Л.; Чжан, Юн; Норонья, Джьоти М.; Сквайрс, Р. Берк; Хант, Виктория; Лю, Менгья; Кумар, Санджив; Заремба, Сэм; Гу, Чжипин; Чжоу, Ливэй; Ларсон, Кристофер Н.; Дитрих, Джонатан; Клем, Эдвард Б.; Шойерманн, Ричард Х. (2012). «ViPR: открытая база данных биоинформатики и аналитический ресурс для вирусологических исследований» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D593–D598. дои : 10.1093/nar/gkr859 . ПМК 3245011 . ПМИД 22006842 .

[3] Пикетт, Бретт; Грир, Дуглас; Чжан, Юн; Стюарт, Люси; Чжоу, Ливэй; Сунь, Гуанъюй; Гу, Чжипин; Кумар, Санджив; Заремба, Сэм; Ларсен, Кристофер; Джен, Вэй; Клем, Эдвард; Шойерманн, Ричард (2012). «База данных вирусных патогенов и ресурс анализа (ViPR): комплексная база данных биоинформатики и ресурс анализа для сообщества исследователей коронавируса» . Вирусы . 4 (11): 3209–3226. дои : 10.3390/v4113209 . ПМК 3509690 . ПМИД 23202522 .

[SFVT-4] Перейти обратно: ^а ^б Норонья, Джьоти М.; Лю, Менгья; Сквайрс, Р. Берк; Пикетт, Бретт Э.; Хейл, Бенджамин Г.; Эйр, Джиллиан М.; Галлоуэй, Саммер Э.; Такимото, Тору; Шмолке, Мирко; Хант, Виктория; Клем, Эдвард; Гарсиа-Тейлор, Адольф; МакГи, Монни; Шойерманн, Ричард Х. (2012). «Анализ типа варианта особенности последовательности вируса гриппа: доказательства роли NS1 в ограничении диапазона хозяев вируса гриппа» . Журнал вирусологии . 86 (10): 5857–5866. дои : 10.1128/JVI.06901-11 . ПМЦ 3347290 . ПМИД 22398283 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]