Коронавирусы

Коронавирусы
	Схема, электронная микрофотография и геном коронавируса типов .
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Сорт:	Пизонивирицеты
Заказ:	Нидовиралес
Подотряд:	Корнидовиринеа
Семья:	Коронавирусы
Подсемейства и роды
	Летовиринэ Альфалетовирус ; ; Ортокоронавирусы Альфакоронавирус ; Бетакоронавирус ; Гаммакоронавирус ; Дельтакоронавирус ; ;

Coronaviridae — семейство оболочечных которые РНК - вирусов с положительной цепью, заражают амфибий , птиц и млекопитающих . В группу входят подсемейства Letovirinae и Orthocoronavirinae ; представители последних известны как коронавирусы .

вирусного генома составляет 26–32 тыс. нуклеотидов Длина . Частицы обычно украшены большими (~ 20 нм) поверхностными выступами в форме булавы или лепестков (« пепломеры » или «шипы»), которые на электронных микрофотографиях сферических частиц создают изображение, напоминающее солнечную корону . ^[1]^[2]^[3]

Вирусология

5'- и 3'-концы генома имеют кэп и поли(А)-тракт соответственно. Вирусная оболочка , полученная путем отпочкования через мембраны эндоплазматического ретикулума (ЭР) или аппарата Гольджи , специфичных для вируса , неизменно содержит два вида гликопротеинов , известных как шиповидный (S) и мембранный (М) белки. Белок -шип образует большие поверхностные выступы (иногда называемые пепломерами ), тогда как мембранный белок представляет собой тройной трансмембранный белок . Торовирусы и некоторые подгруппы коронавирусов (в частности, представители подгруппы А рода Betacoronavirus ) обладают, помимо пепломеров, состоящих из S, вторым типом поверхностных выступов, состоящих из белка гемагглютинин-эстеразы . Другим важным структурным белком является фосфопротеина белок нуклеокапсида (N), который отвечает за спиральную симметрию нуклеокапсида, окружающего геномную РНК. ^[4] Четвертый и наименьший структурный белок вируса известен как белок оболочки (E), который, как полагают, участвует в почковании вируса . ^[5]

Генетическая рекомбинация по крайней мере два вирусных генома может произойти, когда в одной и той же инфицированной клетке-хозяине присутствуют . Рекомбинация РНК, по-видимому, является основной движущей силой эволюции коронавируса. Рекомбинация может определять генетическую изменчивость внутри вида CoV, способность вида CoV переходить от одного хозяина к другому и, в редких случаях, появление нового CoV. ^[6] Точный механизм рекомбинации при CoV неизвестен, но, вероятно, включает переключение шаблона во время репликации генома. ^[6]

Таксономия

Систематика семейства *Coronaviridae* с видами, патогенными для человека

Семейство Coronaviridae состоит из 2 подсемейств, 5 родов, 26 подродов и 46 видов. ^[7] Дополнительные виды ожидаются или предполагаются. ^[8]

Коронавирусы
- Ортокоронавирусы ^[9]
- Летовиринэ
  - Альфалетовирус
    - Милековирус
      - Микрохила летовирус 1

Coronavirus

Коронавирус — это общее название для Coronaviridae и Orthocoronavirinae , также называемых Coronavirinae . ^[10]^[11] Коронавирусы вызывают заболевания у млекопитающих и птиц. У человека вирусы вызывают респираторные инфекции . Четыре человеческих коронавируса обычно вызывают незначительные симптомы простуды , тогда как известно, что три вызывают более серьезное заболевание и могут быть смертельными: SARS-CoV-1 , вызывающий атипичную пневмонию ; MERS-CoV , вызывающий MERS ; и SARS-CoV-2 , вызывающий COVID-19 . ^[12] У других видов симптомы различаются: у кур они вызывают заболевание верхних дыхательных путей, а у коров и свиней коронавирусы вызывают диарею. За исключением SARS-CoV-2, не существует вакцин или противовирусных препаратов для профилактики или лечения коронавирусных инфекций человека. Это оболочечные вирусы с одноцепочечной РНК геномом с положительным смыслом и нуклеокапсидом спиральной симметрии. коронавирусов Размер генома колеблется примерно от 26 до 32 килобаз , что является одним из крупнейших показателей среди РНК-вирусов (уступает только нидовирусу размером 41 т.п.н., недавно обнаруженному у планарий ). ^[13]

ортокоронавирусов Таксономия

Ортокоронавирусы

Ссылки

^ Альфарук, Халид О.; Аль-Хуфи, Сари Т.С.; Ахмед, Самрейн Б.М.; Шабана, Мона; Ахмед, Ахмед; Алькахтани, Саад С.; Алькахтани, Али С.; Алькахтани, Али М.; Рамадан, Абдель Рахман М.; Ахмед, Мохамед Э.; Али, Хейам С.; Башир, Адиль; Девеша, Иисус; Кардоне, Роза А.; Ибрагим, Мунтасер Э.; Шварц, Лоран; Решкин, Стефан Дж. (21 мая 2021 г.). «Патогенез и лечение COVID-19» . Журнал ксенобиотиков . 11 (2): 77–93. дои : 10.3390/jox11020006 . ПМЦ 8163157 . ПМИД 34063739 .
^ Кинг, Эндрю MQ; Адамс, Майкл Дж.; Карстенс, Эрик Б.; Лефковиц, Эллиот Дж., ред. (01.01.2012), «Отряд - Nidovirales» , Таксономия вирусов , Elsevier: 784–794, doi : 10.1016/B978-0-12-384684-6.00066-5 , ISBN 978-0-12-384684-6 , S2CID 218627729 , получено 8 июня 2020 г.
^ Бухари, Хулуд; Малли, Джеральдин; Гуляева Анастасия Александровна; Чжао, Ланьин; Шу, Гочэн; Цзян, Цзяньпин; Нойман, Бенджамин В. (01 ноября 2018 г.). «Описание и первоначальная характеристика метатранскриптомных нидовирусоподобных геномов из предлагаемого нового семейства Abyssoviridae и из сестринской группы Coronavirinae, предлагаемого рода Alphaletovirus» . Вирусология . 524 : 160–171. дои : 10.1016/j.virol.2018.08.010 . ISSN 0042-6822 . ПМК 7112036 . ПМИД 30199753 .
^ Макбрайд Р., ван Зил М., Филдинг BC (август 2014 г.). «Нуклеокапсид коронавируса представляет собой многофункциональный белок» . Вирусы . 6 (8): 2991–3018. дои : 10.3390/v6082991 . ПМК 4147684 . ПМИД 25105276 .
^ Шуман, Девальд; Филдинг, Бертрам К. (декабрь 2019 г.). «Белок оболочки коронавируса: современные знания» . Вирусологический журнал . 16 (1): 69. дои : 10.1186/s12985-019-1182-0 . ПМЦ 6537279 . ПМИД 31133031 .
^ Jump up to: ^а ^б Су С., Вонг Г., Ши В., Лю Дж., Лай А.К., Чжоу Дж., Лю В., Би Ю., Гао Г.Ф. Эпидемиология, генетическая рекомбинация и патогенез коронавирусов. Тенденции Микробиол. июнь 2016 г.;24(6):490-502. DOI: 10.1016/j.tim.2016.03.003. Epub, 21 марта 2016 г. Обзор. ПМИД 27012512
^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 11 мая 2020 г.
^ Горбаленя А, Бейкер С, Барич Р, де Гроот Р, Дростен С, Гуляева А, Хаагманс Б, Лаубер С, Леонтович А, Нойман Б, Пензар Д, Перлман С, Пун Л, Самборский Д, Сидоров И, Сола И, Зибур Дж (2020). «Вид коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом: классификация 2019-nCoV и присвоение ему названия SARS-CoV-2» . Природная микробиология . 5 (4): 536–44. дои : 10.1038/s41564-020-0695-z . ПМК 7095448 . ПМИД 32123347 .
^ Фань Ю, Чжао К., Ши З.Л., Чжоу П. (март 2019 г.). «Коронавирусы летучих мышей в Китае» . Вирусы . 11 (3): 210. дои : 10.3390/v11030210 . ПМК 6466186 . ПМИД 30832341 .
^ «2017.012-015S» (xlsx) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Октябрь 2018. Архивировано из оригинала 14 мая 2019 года . Проверено 24 января 2020 г.
^ «История таксономии ICTV: Orthocoronavirinae » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 24 января 2020 г.
^ «Пандемия нового коронавируса (коронавирус 2 тяжелого острого респираторного синдрома) 2019–2020 гг.: Консенсусный документ Объединенного американского колледжа академической международной медицины — Всемирного академического совета по неотложной медицинской помощи многопрофильной рабочей группы по COVID-19» . Исследовательские ворота . Проверено 16 мая 2020 г.
^ Сабери А., Гуляева А.А., Брубахер Дж.Л., Ньюмарк П.А., Горбаленя А.Е. (ноябрь 2018 г.). Стэнли П. (ред.). «Нидовирус планарий расширяет пределы размера РНК-генома» . ПЛОС Патогены . 14 (11): e1007314. дои : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ПМК 6211748 . ПМИД 30383829 .

Внешние ссылки

[1] Альфарук, Халид О.; Аль-Хуфи, Сари Т.С.; Ахмед, Самрейн Б.М.; Шабана, Мона; Ахмед, Ахмед; Алькахтани, Саад С.; Алькахтани, Али С.; Алькахтани, Али М.; Рамадан, Абдель Рахман М.; Ахмед, Мохамед Э.; Али, Хейам С.; Башир, Адиль; Девеша, Иисус; Кардоне, Роза А.; Ибрагим, Мунтасер Э.; Шварц, Лоран; Решкин, Стефан Дж. (21 мая 2021 г.). «Патогенез и лечение COVID-19» . Журнал ксенобиотиков . 11 (2): 77–93. дои : 10.3390/jox11020006 . ПМЦ 8163157 . ПМИД 34063739 .

[2] Кинг, Эндрю MQ; Адамс, Майкл Дж.; Карстенс, Эрик Б.; Лефковиц, Эллиот Дж., ред. (01.01.2012), «Отряд - Nidovirales» , Таксономия вирусов , Elsevier: 784–794, doi : 10.1016/B978-0-12-384684-6.00066-5 , ISBN 978-0-12-384684-6 , S2CID 218627729 , получено 8 июня 2020 г.

[3] Бухари, Хулуд; Малли, Джеральдин; Гуляева Анастасия Александровна; Чжао, Ланьин; Шу, Гочэн; Цзян, Цзяньпин; Нойман, Бенджамин В. (01 ноября 2018 г.). «Описание и первоначальная характеристика метатранскриптомных нидовирусоподобных геномов из предлагаемого нового семейства Abyssoviridae и из сестринской группы Coronavirinae, предлагаемого рода Alphaletovirus» . Вирусология . 524 : 160–171. дои : 10.1016/j.virol.2018.08.010 . ISSN 0042-6822 . ПМК 7112036 . ПМИД 30199753 .

[4] Макбрайд Р., ван Зил М., Филдинг BC (август 2014 г.). «Нуклеокапсид коронавируса представляет собой многофункциональный белок» . Вирусы . 6 (8): 2991–3018. дои : 10.3390/v6082991 . ПМК 4147684 . ПМИД 25105276 .

[schoeman_2019-5] Шуман, Девальд; Филдинг, Бертрам К. (декабрь 2019 г.). «Белок оболочки коронавируса: современные знания» . Вирусологический журнал . 16 (1): 69. дои : 10.1186/s12985-019-1182-0 . ПМЦ 6537279 . ПМИД 31133031 .

[Su2016-6] Jump up to: ^а ^б Су С., Вонг Г., Ши В., Лю Дж., Лай А.К., Чжоу Дж., Лю В., Би Ю., Гао Г.Ф. Эпидемиология, генетическая рекомбинация и патогенез коронавирусов. Тенденции Микробиол. июнь 2016 г.;24(6):490-502. DOI: 10.1016/j.tim.2016.03.003. Epub, 21 марта 2016 г. Обзор. ПМИД 27012512

[7] «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 11 мая 2020 г.

[Consensus2020-8] Горбаленя А, Бейкер С, Барич Р, де Гроот Р, Дростен С, Гуляева А, Хаагманс Б, Лаубер С, Леонтович А, Нойман Б, Пензар Д, Перлман С, Пун Л, Самборский Д, Сидоров И, Сола И, Зибур Дж (2020). «Вид коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом: классификация 2019-nCoV и присвоение ему названия SARS-CoV-2» . Природная микробиология . 5 (4): 536–44. дои : 10.1038/s41564-020-0695-z . ПМК 7095448 . ПМИД 32123347 .

[FanZhao2019-9] Фань Ю, Чжао К., Ши З.Л., Чжоу П. (март 2019 г.). «Коронавирусы летучих мышей в Китае» . Вирусы . 11 (3): 210. дои : 10.3390/v11030210 . ПМК 6466186 . ПМИД 30832341 .

[2017.012-015S-10] «2017.012-015S» (xlsx) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Октябрь 2018. Архивировано из оригинала 14 мая 2019 года . Проверено 24 января 2020 г.

[OrthocoronavirinaeICTV-11] «История таксономии ICTV: Orthocoronavirinae » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 24 января 2020 г.

[ACAIM-WACEM_COVID-19_Consensus_Paper-12] «Пандемия нового коронавируса (коронавирус 2 тяжелого острого респираторного синдрома) 2019–2020 гг.: Консенсусный документ Объединенного американского колледжа академической международной медицины — Всемирного академического совета по неотложной медицинской помощи многопрофильной рабочей группы по COVID-19» . Исследовательские ворота . Проверено 16 мая 2020 г.

[13] Сабери А., Гуляева А.А., Брубахер Дж.Л., Ньюмарк П.А., Горбаленя А.Е. (ноябрь 2018 г.). Стэнли П. (ред.). «Нидовирус планарий расширяет пределы размера РНК-генома» . ПЛОС Патогены . 14 (11): e1007314. дои : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ПМК 6211748 . ПМИД 30383829 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]