Каулимовирусиды

Каулимовирусиды
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Паранавиры
Тип:	Артвервирикота
Сорт:	Ревтравирицеты
Заказ:	Ортервирусы
Семья:	Каулимовирусиды

Caulimoviridae — семейство вирусов, поражающих растения. ^[1] В этом семействе 94 вида, отнесенных к 11 родам. ^[2]^[3] Вирусы, принадлежащие к семейству Caulimoviridae, называются вирусами с обратной транскрипцией двухцепочечной ДНК (дцДНК) (или параретровирусами), т.е. вирусами, которые содержат стадию обратной транскрипции в своем цикле репликации. В это семейство входят все вирусы растений с геномом дцДНК, которые имеют фазу обратной транскрипции в своем жизненном цикле.

Таксономия

Выделяют следующие роды: ^[3]

Структура вирусных частиц

Все вирусы этого семейства являются безоболочечными. Вирусные частицы бывают палочковидными или изометрическими. Тип нуклеокапсида, включенного в структуру вируса, определяет размер вирусных частиц. Бациллообразные частицы имеют диаметр примерно 35–50 нм и длину до 900 нм. Изометрические частицы имеют средний диаметр 45–50 нм и обладают икосаэдрической симметрией.

Структура генома и репликация

Геномная карта CaMV , хорошо изученного представителя этого семейства. ORF: 1 — белок движения, 2 — фактор передачи тли, 3 — вирион-ассоциированный белок, 4 — gag-капсид, 5 — про/пол- А3-протеаза и RT/РНКаза H, 6 — трансактиватор/вироплазмин. Среди этого семейства распространены MP, CP, PRO, POL. Аранжировка варьируется.

Геномы вирусов этого семейства содержат моночастную, нековалентно замкнутую кольцевую дцДНК размером 7,2–9,3 т.п.н. с разрывами в обеих цепях генома в определенных местах. Эти геномы содержат одну открытую рамку считывания (ORF), как это наблюдается у петувирусов , и восемь ORF, как у соевых вирусов . Белки, кодируемые вирусными геномами, включают обратную транскриптазу -рибонуклеазу H, аспарагиновые протеазы , нуклеокапсиды и трансактиваторы - есть и другие белки, необходимые для репликации, которым еще предстоит присвоить определенную функцию.

Репликация происходит как в цитоплазме, так и в ядре клеток-хозяев. Сначала вирусный геном попадает в цитоплазму . Вирусная ДНК образует сверхспиральные мини-хромосомные структуры при попадании в ядро хозяина, где она транскрибируется в полиаденилированную РНК , которая является терминально избыточной (из-за того, что для некоторых частей ДНК транскрипция происходит дважды). Вновь транскрибируемая РНК попадает в цитоплазму, где она либо транслируется в вирусные белки, либо ретротранскрибируется в новые копии вирусного генома дцДНК с помощью вирусной обратной транскриптазы . Новые геномы дцДНК инкапсидируются в цитоплазме и высвобождаются.

Процесс репликации включает стадию ретро-транскрипции и промежуточную РНК, поэтому вирусы семейства Caulimoviridae не считаются истинными вирусами дцДНК - вместо этого их называют вирусами с обратной транскрипцией ДНК. Они разделяют эту характеристику с ретровирусами . Однако, в отличие от ретровирусов, вирусам семейства Caulimoviridae для репликации не требуется интеграция вирусного генома в геном хозяина, и по этой причине их геном не кодирует ферментативную белковую интегразу .

Присутствие эндогенных вирусных элементов (ЭВЭ) в геномах растений широко распространено. ^[4]^[5]^[6] и наиболее известные растительные EVE происходят от вирусов с ДНК-геномами семейства Caulimoviridae . Считается, что интеграция происходит посредством негомологичного соединения концов (незаконной рекомбинации) во время механизмов репарации ДНК. Большинство EVE растений не заразны. Однако Caulimoviridae . в геноме петунии обнаружены инфекционные EVE ^[7] ( вирус очистки вен петунии ), банан ^[8] ( вирус банановой полоски OL , вирус банановой полоски GF , вирус банановой полоски IM ) и Nicotiana edwardsonii ^[9] ( Вирус очистки табачных вен ).

Ссылки

^ Тейчени, П.Ю.; Геринг, ADW; Дасгупта, я; Халл, Р; Кройце, Дж. Ф.; Локхарт, Б; Мюллер, Э; Ольшевский, Н; Паппу, Х; Пуггин, ММ; Рихерт-Пёггелер, КР; Шельц, Дж. Э.; Печать, С; Ставолоне, Л; Умбер, М; Консорциум отчетов ICTV (октябрь 2020 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Caulimoviridae » . Журнал общей вирусологии . 101 (10): 1025–1026. дои : 10.1099/jgv.0.001497 . ПМК 7660458 . ПМИД 32940596 .
^ «Репортаж ICTV Caulimoviridae» .
^ Jump up to: ^а ^б «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 21 мая 2021 г.
^ Последние достижения вирусологии растений . Каранта, Кэрол. Норфолк, Великобритания: Caister Academic Press. 2011. ISBN 9781904455752 . OCLC 644654169 . {{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )
^ Геринг, Эндрю Д.В.; Маумус, Флориан; Копетти, Дарио; Шуан, Натали; Цвикль, Деррик Дж.; Зитницки, Матиас; МакТаггарт, Алистер Р.; Скалабрин, Симона; Веццулли, Сильвия (10 ноября 2014 г.). «Эндогенные флорендовирусы являются основными компонентами геномов растений и признаками эволюции вирусов» . Природные коммуникации . 5 (1): 5269. Бибкод : 2014NatCo...5.5269G . дои : 10.1038/ncomms6269 . ISSN 2041-1723 . ПМК 4241990 . ПМИД 25381880 .
^ Диоп, Сейдина Исса; Геринг, Эндрю Д.В.; Альфама-Депау, Франсуаза; Лоаек, Микаэль; Тейчени, Пьер-Ив; Маумус, Флориан (12 января 2018 г.). «Геномы трахеофитов отслеживают глубокую эволюцию Caulimoviridae» . Научные отчеты . 8 (1): 572. Бибкод : 2018НатСР...8..572Д . дои : 10.1038/s41598-017-16399-x . ISSN 2045-2322 . ПМК 5766536 . ПМИД 29330451 .
^ Рихерт-Пёггелер, Катя Р.; Норин, Фаиза; Шварцахер, Труде; Харпер, Глин; Хон, Томас (15 сентября 2003 г.). «Индукция инфекционного вируса очистки вен петунии (параретро) от эндогенного провируса в петунии» . Журнал ЭМБО . 22 (18): 4836–4845. дои : 10.1093/emboj/cdg443 . ISSN 0261-4189 . ПМК 212712 . ПМИД 12970195 .
^ Гайрал, Филипп; Ноа-Карразана, Хуан-Карлос; Лескот, Магали; Лере, Фабрис; Локхарт, Бенхэм Э.Л.; Мацумото, Такаши; Пиффанелли, Пьетро; Искра-Каруана, Мари-Лин (1 июля 2008 г.). «Единственное событие интеграции вируса банановой полоски в геном банана как источник инфекционного эндогенного параретровируса» . Журнал вирусологии . 82 (13): 6697–6710. дои : 10.1128/JVI.00212-08 . ISSN 0022-538X . ПМК 2447048 . ПМИД 18417582 .
^ Локхарт, Б.Э.; Менке, Дж.; Дахал, Г.; Ольшевский, Н.Е. (2000). «Характеристика и геномный анализ вируса очистки вен табака, параретровируса растений, который передается вертикально и связан с последовательностями, интегрированными в геном хозяина» . Журнал общей вирусологии . 81 (6): 1579–1585. дои : 10.1099/0022-1317-81-6-1579 . ПМИД 10811941 .

Внешние ссылки

Отчет ICTV: Caulimoviridae
«Каулимовирусиды» . Виралзона.
Спумавирус в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
«Каулимовирусиды» . Браузер таксономии NCBI . 186534.

[1] Тейчени, П.Ю.; Геринг, ADW; Дасгупта, я; Халл, Р; Кройце, Дж. Ф.; Локхарт, Б; Мюллер, Э; Ольшевский, Н; Паппу, Х; Пуггин, ММ; Рихерт-Пёггелер, КР; Шельц, Дж. Э.; Печать, С; Ставолоне, Л; Умбер, М; Консорциум отчетов ICTV (октябрь 2020 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Caulimoviridae » . Журнал общей вирусологии . 101 (10): 1025–1026. дои : 10.1099/jgv.0.001497 . ПМК 7660458 . ПМИД 32940596 .

[ICTVReport-2] «Репортаж ICTV Caulimoviridae» .

[ictv2020-3] Jump up to: ^а ^б «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 21 мая 2021 г.

[4] Последние достижения вирусологии растений . Каранта, Кэрол. Норфолк, Великобритания: Caister Academic Press. 2011. ISBN 9781904455752 . OCLC 644654169 . {{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )

[5] Геринг, Эндрю Д.В.; Маумус, Флориан; Копетти, Дарио; Шуан, Натали; Цвикль, Деррик Дж.; Зитницки, Матиас; МакТаггарт, Алистер Р.; Скалабрин, Симона; Веццулли, Сильвия (10 ноября 2014 г.). «Эндогенные флорендовирусы являются основными компонентами геномов растений и признаками эволюции вирусов» . Природные коммуникации . 5 (1): 5269. Бибкод : 2014NatCo...5.5269G . дои : 10.1038/ncomms6269 . ISSN 2041-1723 . ПМК 4241990 . ПМИД 25381880 .

[6] Диоп, Сейдина Исса; Геринг, Эндрю Д.В.; Альфама-Депау, Франсуаза; Лоаек, Микаэль; Тейчени, Пьер-Ив; Маумус, Флориан (12 января 2018 г.). «Геномы трахеофитов отслеживают глубокую эволюцию Caulimoviridae» . Научные отчеты . 8 (1): 572. Бибкод : 2018НатСР...8..572Д . дои : 10.1038/s41598-017-16399-x . ISSN 2045-2322 . ПМК 5766536 . ПМИД 29330451 .

[7] Рихерт-Пёггелер, Катя Р.; Норин, Фаиза; Шварцахер, Труде; Харпер, Глин; Хон, Томас (15 сентября 2003 г.). «Индукция инфекционного вируса очистки вен петунии (параретро) от эндогенного провируса в петунии» . Журнал ЭМБО . 22 (18): 4836–4845. дои : 10.1093/emboj/cdg443 . ISSN 0261-4189 . ПМК 212712 . ПМИД 12970195 .

[8] Гайрал, Филипп; Ноа-Карразана, Хуан-Карлос; Лескот, Магали; Лере, Фабрис; Локхарт, Бенхэм Э.Л.; Мацумото, Такаши; Пиффанелли, Пьетро; Искра-Каруана, Мари-Лин (1 июля 2008 г.). «Единственное событие интеграции вируса банановой полоски в геном банана как источник инфекционного эндогенного параретровируса» . Журнал вирусологии . 82 (13): 6697–6710. дои : 10.1128/JVI.00212-08 . ISSN 0022-538X . ПМК 2447048 . ПМИД 18417582 .

[9] Локхарт, Б.Э.; Менке, Дж.; Дахал, Г.; Ольшевский, Н.Е. (2000). «Характеристика и геномный анализ вируса очистки вен табака, параретровируса растений, который передается вертикально и связан с последовательностями, интегрированными в геном хозяина» . Журнал общей вирусологии . 81 (6): 1579–1585. дои : 10.1099/0022-1317-81-6-1579 . ПМИД 10811941 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]