Цистовирус

Цистовирус
	Частица фага phi6 Pseudomonas , реконструкция и геном
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Дуплорнавирикота
Сорт:	Видавервирицетес
Заказ:	Минидивирал
Семья:	Цистовирусиды
Род:	Цистовирус
Разновидность
	Посмотреть текст

Цистовирус — род вирусов с двухцепочечной РНК, поражающих бактерии . Это единственный род семейства Cystoviridae . Название группы cysto происходит от греческого kystis , что означает пузырь или мешок. В этом роде семь видов. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Открытие

Вирус Pseudomonas phi6 был первым обнаруженным вирусом этого семейства и первоначально был охарактеризован в 1973 году Энн Видавер из Университета Небраски . Она обнаружила, что когда она культивировала бактериальный штамм Pseudomonasphaseolicola HB1OY с галобиозом соломой фасоли, зараженной , на культивируемых газонах были обнаружены цитопатические эффекты, что указывает на присутствие литического микроба или бактериофага . ^{[ 4 ]}

В 1999 году фи7–14 были идентифицированы лабораторией Леонарда Миндича в Научно-исследовательском институте общественного здравоохранения при Нью-Йоркском университете . Они сделали это, культивируя различные листья в бульоне лизогении , а затем высевая бульон на газоны с Pseudomonas syringae pvphaseolicola . На основе этого они смогли идентифицировать вирусные бляшки , а затем секвенировать их геномы. ^{[ 5 ]}

Микробиология

Структура

Частицы цистовируса имеют оболочку , икосаэдрическую и сферическую геометрию, симметрию T=13, T=2. Диаметр вириона составляет около 85 нм. Цистовирусы отличаются белком внешнего слоя и липидной оболочкой. Ни один другой бактериофаг не имеет липидов в своей внешней оболочке, хотя у Tectiviridae и Corticoviridae липиды имеются в составе капсидов . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Геном

Цистовирусы имеют трехчастный геном из двухцепочечной РНК, которого составляет примерно 14 т.п.н. общая длина Геном линейный и сегментированный, его длина обозначена как большой (L) 6,4 кб, средний (M) 4 кб и малый (S) 2,9 кб. Геном кодирует двенадцать белков. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Жизненный цикл

Цитовирусы проникают в бактерию путем адсорбции на ее волосках и последующего слияния мембран. Репликация вируса цитоплазматическая. Репликация соответствует модели репликации вируса с двухцепочечной РНК. Транскрипция вируса двухцепочечной РНК - это метод транскрипции. Вирусы-потомки высвобождаются из клетки путем лизиса . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Большинство идентифицированных цистовирусов инфицируют виды Pseudomonas , но это, вероятно, необъективно из-за метода скрининга и обогащения. ^{[ 6 ]} Есть много предполагаемых членов этого семейства. Вирусы Pseudomonas φ7, φ8, φ9, φ10, φ11, φ12 и φ13 были идентифицированы и названы. ^{[ 5 ]} но были выделены и другие цистовирусоподобные вирусы. ^{[ 6 ]} Эти семь предполагаемых родственников классифицируются как близкие (φ7, φ9, φ10, φ11) или дальние (φ8, φ12, φ13) родственники φ6, ^{[ 5 ]} Считается, что дальние родственники заразились через ЛПС, а не через пили. ^{[ 7 ]}

Однако цистовирусы поражают не только Pseudomonas . А также бактерии рода Streptomyces , ^{[ 8 ]} Микровиргула , ^{[ 9 ]} Ацинетобактер , ^{[ 10 ]} лактококк , пектобактерия , ^{[ 11 ]} и, возможно, другие бактериальные роды.

Таксономия

Представители семейства Cystoviridae, по-видимому, наиболее тесно связаны с Reoviridae . ^{[ 12 ]} но также имеют гомологию с Totiviridae . В частности, структурные гены цистовирусов очень похожи на те, которые используются рядом вирусов с дцРНК, инфицирующих эукариот. ^{[ 13 ]} Род Cystovirus насчитывает семь видов: ^{[ 1 ]}

Другие неназначенные фаги:

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и "ICTV Report Cystoviridae" .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.
^ «Браузер таксономии NCBI: Cystoviridae» . НКБИ . Проверено 19 июня 2016 г.
^ Видавер А.К., Коски Р.К., Ван Эттен Дж.Л. (май 1973 г.). «Бактериофаг Φ6, липидсодержащий вирус Pseudomonasphaseolicola» . Журнал вирусологии . 11 (15): 799–805. doi : 10.1128/jvi.11.5.799-805.1973 . ПМК 355178 . ПМИД 16789137 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Миндич Л., Цяо Икс, Цяо Дж, Онодера С., Романчук М., Хугстратен Д. (август 1999 г.). «Выделение дополнительных бактериофагов с геномами сегментированной двухцепочечной РНК» . Дж. Бактериол . 181 (15): 4505–8. дои : 10.1128/JB.181.15.4505-4508.1999 . ПМЦ 103579 . ПМИД 10419946 .
^ Jump up to: ^а ^б Силандер ОК, Вайнрайх Д.М., Райт К.М. и др. (декабрь 2005 г.). «Широкий генетический обмен между наземными бактериофагами» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 102 (52): 19009–14. Бибкод : 2005PNAS..10219009S . дои : 10.1073/pnas.0503074102 . ПМЦ 1323146 . ПМИД 16365305 .
^ Готлиб П., Потгитер С., Вэй Х. и Топоровский I (2002). «Характеристика φ12, бактериофага, родственного φ6: нуклеотидная последовательность большой двухцепочечной РНК» . Вирусология . 295 (2): 266–271. дои : 10.1006/виро.2002.1436 . ПМИД 12033785 .
^ Jump up to: ^а ^б Сиддхарт Р. Кришнамурти, Эндрю Б. Яновский, Гоянь Чжао, Дэн Баруш, Дэвид Ван (2016). Гиперрасширение разнообразия РНК-бактериофагов . ПлосУан.
^ Jump up to: ^а ^б Сяояо Цай, Фэнцзюань Тянь, Ли Тэн, Хунмэй Лю, Иган Тонг Тонг, Шуай Ле, Тинтин Чжан (2021). Культивирование литического бактериофага с двухцепочечной РНК, инфицирующего Microvirgula aerodenitrificans, выявило мутуалистический паразитический образ жизни . Американское общество микробиологии.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Клей С. Криппен, Биби Чжоу и Кристин М. Шимански (2021 г.). РНК и сахара, уникальные свойства бактериофагов, инфицирующих штамм Acinetobacter radioresistens с множественной лекарственной устойчивостью LH6 . НКБИ.
^ Jump up to: ^а ^б ^с Цистовирусы . Таксономия NCBI.
^ Батчер С.Дж., Докланд Т., Оджала П.М., Бэмфорд Д.Х., Фуллер С.Д. (июль 1997 г.). «Промежуточные соединения в пути сборки двухцепочечной РНК вируса phi6» . ЭМБО Дж . 16 (14): 4477–87. дои : 10.1093/emboj/16.14.4477 . ПМК 1170074 . ПМИД 9250692 .
^ Кунин Евгений Владимирович; Доля, Валериан В.; Крупович, Март (2015). «Происхождение и эволюция вирусов эукариот: предельная модульность» . Вирусология . 479–480: 2–25. дои : 10.1016/j.virol.2015.02.039 . ПМЦ 5898234 . ПМИД 25771806 .

Внешние ссылки

[ICTVReport-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и "ICTV Report Cystoviridae" .

[ViralZone-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.

[NCBI-3] «Браузер таксономии NCBI: Cystoviridae» . НКБИ . Проверено 19 июня 2016 г.

[Vidaver_1973-4] Видавер А.К., Коски Р.К., Ван Эттен Дж.Л. (май 1973 г.). «Бактериофаг Φ6, липидсодержащий вирус Pseudomonasphaseolicola» . Журнал вирусологии . 11 (15): 799–805. doi : 10.1128/jvi.11.5.799-805.1973 . ПМК 355178 . ПМИД 16789137 .

[Mindich_1999-5] Jump up to: ^а ^б ^с Миндич Л., Цяо Икс, Цяо Дж, Онодера С., Романчук М., Хугстратен Д. (август 1999 г.). «Выделение дополнительных бактериофагов с геномами сегментированной двухцепочечной РНК» . Дж. Бактериол . 181 (15): 4505–8. дои : 10.1128/JB.181.15.4505-4508.1999 . ПМЦ 103579 . ПМИД 10419946 .

[Silander_2005-6] Jump up to: ^а ^б Силандер ОК, Вайнрайх Д.М., Райт К.М. и др. (декабрь 2005 г.). «Широкий генетический обмен между наземными бактериофагами» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 102 (52): 19009–14. Бибкод : 2005PNAS..10219009S . дои : 10.1073/pnas.0503074102 . ПМЦ 1323146 . ПМИД 16365305 .

[Gottleib_2002-7] Готлиб П., Потгитер С., Вэй Х. и Топоровский I (2002). «Характеристика φ12, бактериофага, родственного φ6: нуклеотидная последовательность большой двухцепочечной РНК» . Вирусология . 295 (2): 266–271. дои : 10.1006/виро.2002.1436 . ПМИД 12033785 .

[Siddhart-8] Jump up to: ^а ^б Сиддхарт Р. Кришнамурти, Эндрю Б. Яновский, Гоянь Чжао, Дэн Баруш, Дэвид Ван (2016). Гиперрасширение разнообразия РНК-бактериофагов . ПлосУан.

[Cai-9] Jump up to: ^а ^б Сяояо Цай, Фэнцзюань Тянь, Ли Тэн, Хунмэй Лю, Иган Тонг Тонг, Шуай Ле, Тинтин Чжан (2021). Культивирование литического бактериофага с двухцепочечной РНК, инфицирующего Microvirgula aerodenitrificans, выявило мутуалистический паразитический образ жизни . Американское общество микробиологии.

[crippen-10] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Клей С. Криппен, Биби Чжоу и Кристин М. Шимански (2021 г.). РНК и сахара, уникальные свойства бактериофагов, инфицирующих штамм Acinetobacter radioresistens с множественной лекарственной устойчивостью LH6 . НКБИ.

[ncbi-11] Jump up to: ^а ^б ^с Цистовирусы . Таксономия NCBI.

[Butcher_1997-12] Батчер С.Дж., Докланд Т., Оджала П.М., Бэмфорд Д.Х., Фуллер С.Д. (июль 1997 г.). «Промежуточные соединения в пути сборки двухцепочечной РНК вируса phi6» . ЭМБО Дж . 16 (14): 4477–87. дои : 10.1093/emboj/16.14.4477 . ПМК 1170074 . ПМИД 9250692 .

[13] Кунин Евгений Владимирович; Доля, Валериан В.; Крупович, Март (2015). «Происхождение и эволюция вирусов эукариот: предельная модульность» . Вирусология . 479–480: 2–25. дои : 10.1016/j.virol.2015.02.039 . ПМЦ 5898234 . ПМИД 25771806 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]