Аднавирия

Аднавирия
	Вирион нитчатого вируса Acidianus 3 (AFV3)
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Аднавирия
Королевство:	Зиллигвире
Тип:	Талеавирикота
Сорт:	Токивирицетес
Подтаксоны
	Посмотреть текст

Аднавирия — это царство вирусов , , включающее архейные вирусы имеющие нитевидный вирион (т.е. тело) и линейный двухцепочечный ДНК-геном. ^[1] Геном существует в А-форме ( А-ДНК ) и кодирует димерный главный капсидный белок (MCP), который содержит складку SIRV2, тип пучка альфа-спиралей, содержащий четыре спирали. Вирион состоит из генома, заключенного в капсидные белки, образующие спиральный нуклеопротеиновый комплекс. У некоторых вирусов эта спираль окружена липидной мембраной, называемой оболочкой . Некоторые содержат дополнительный белковый слой между спиралью нуклеопротеина и оболочкой. Полные вирионы длинные и тонкие, могут быть гибкими или жесткими, как стержень.

Аднавирия была создана в 2020 году после того, как криогенная электронная микроскопия показала, что вирусы в этой сфере связаны общей структурой MCP, А-ДНК и общей вирионной структурой. Вирусы Adnaviria заражают гипертермофильные археи , то есть археи, обитающие в средах с очень высокими температурами, таких как горячие источники. Их геном А-ДНК может быть адаптацией к этой экстремальной среде. Вирусы в аднавирии потенциально существовали в течение длительного времени, поскольку считается, что они могли заразить последнего общего предка архей. В общем, они не обнаруживают генетической связи с какими-либо вирусами за пределами этого мира.

Этимология

Аднавирия берет первую часть своего названия, Адна -, от А-ДНК, что относится к А-форме геномной ДНК всех вирусов в этой сфере. Вторая часть — вирия — это суффикс, обозначающий вирусные миры. Единственное королевство в королевстве, Zilligvirae , названо в честь Вольфрама Зиллига (1925–2005) за его исследования гипертермофильных архей, с суффиксом вирусного царства — virae . Название единственного типа, Taleaviricota , происходит от латинскогоtalea , что означает «стержень», что указывает на морфологию вирусов в данной сфере, и суффикса вирусного типа — viricota . Наконец, единственный класс в области, Tokiviricetes , построен из грузинского токи (თოკი), что означает «нить», и суффикса, используемого для классов вирусов, — viricetes . ^[2]

Характеристики

Вирусы Adnaviria заражают гипертермофильные археи и имеют геномы с линейной двухцепочечной ДНК (дцДНК) длиной от 16 до 56 пар оснований. Концы их геномов содержат инвертированные терминальные повторы. ^[3]^[4]^[5] Примечательно, что их геномы существуют в А-форме, также называемой А-ДНК. ^[1] Предполагается, что А-форма является адаптацией, позволяющей ДНК выживать в экстремальных условиях, поскольку ее хозяевами являются гипертермофильные и ацидофильные микроорганизмы из домена архей . ^[6] Кроме того, вирусы аднавирии обладают высокой избыточностью генома — механизмом адаптации, позволяющим выжить в таких экстремальных условиях. ^[7]

Создание геномной А-ДНК происходит в результате взаимодействия с димерами главного капсидного белка (MCP), которые во время сборки вириона покрывают прегеномную B-ДНК с образованием спирального нуклеопротеинового комплекса, содержащего геномную А-ДНК. ^[2]

Спираль нуклеопротеина состоит из асимметричных единиц двух MCP. Для рудивирусов это гомодимер, тогда как липотриксвирусов и тристромавирусов для ^[8] это гетеродимер паралогичных MCP. MCP вирусов Adnaviria содержат складчатую структуру, состоящую из пучка альфа-спиралей, содержащего четыре спирали. ^[4] называется сгибом SIRV2, названным в честь одноименного вируса, палочковидного вируса 2 Sulfolobus Islandicus (SIRV2). Существуют вариации в структуре белка, но у всех аднавирусов сохраняется одна и та же базовая структура. ^[2]

Аднавирусы имеют нитевидные вирионы, т. е. длинные, тонкие и цилиндрические. Липотриксвирусы имеют гибкие вирионы длиной около 900 нанометров (нм) и шириной 24 нм, в которых спираль нуклеопротеина окружена липидной оболочкой. ^[3] Тристромавирусы размером примерно 400 на 32 нм также имеют гибкие вирионы с оболочкой и содержат дополнительный слой белковой оболочки между нуклеопротеиновым комплексом и оболочкой. ^[5]^[9] Рудвирусы имеют жесткие палочковидные вирионы размером примерно 600–900 на 23 нм. ^[4] На обоих концах вириона липотриксвирусы имеют структуры, похожие на швабру или коготь, соединенные с воротником, тогда как рудивирусы и тристромавирусы имеют пробки на каждом конце, от которых отходят пучки тонких нитей. ^[3]^[5]^[10]

Филогенетика

Вирусы в аднавирии потенциально существовали в течение длительного времени, поскольку считается, что они могли заразить последнего общего предка архей. ^[11] В общем, они не обнаруживают никакой генетической связи с вирусами за пределами этой области. Единственные гены, которые являются общими с другими вирусами, — это гликозилтрансферазы , факторы транскрипции «лента-спираль-спираль» и анти- CRISPR белки . Аднавирусы морфологически сходны с неархейными нитчатыми вирусами, но их вирионы построены из других капсидных белков. Вирусы Clavaviridae , семейства нитчатых архейных вирусов, морфологически сходных с аднавирусами, также обладают MCP, которые не имеют никакого отношения к MCP вирусов Adnaviria и по этой причине исключены из области. ^[2]

Классификация

Аднавирия монотипична вплоть до ранга своего единственного класса Tokiviricetes , насчитывающего три порядка. Эта таксономия показана ниже: ^[2]^[12]

Царство: Аднавирия
- Королевство: Зиллигвире
  - Тип: Талеавирикота
    - Класс: Токивирицетес
      - Отряд: Ligamenvirales , который содержит вирусы, поражающие архей порядка Sulfolobales , содержащие семейства Lipothrixviridae и Rudiviridae.
      - Отряд: Maximonvirales , который содержит вирусы, поражающие архей Candidatus порядка Menathophagales , в настоящее время содержащий единственный вид Yumkaaxvirus pescaderoense.
      - Отряд: Primavirales , который содержит вирусы, поражающие архей порядка Thermoproteales , содержащие семейство Tristromaviridae.

История

Вирусы аднавирии начали открывать в 1980-х годах Вольфрам Циллиг и его коллеги. ^[13] Чтобы обнаружить эти вирусы, Зиллиг разработал методы культивирования их хозяев. ^[14] Первыми из них, которые были описаны в 1983 году, были TTV1, TTV2 и TTV3. ^[15] TTV1 был классифицирован как первый липотриксвирус, но теперь классифицируется как тристромавирус. ^[16] SIRV2, рудивирус, стал моделью для изучения взаимодействия вируса с хозяином. ^[13] после его открытия в 1998 году. ^[17] Затем в 2012 году семейства Lipothrixviridae и Rudiviridae были объединены в отряд Ligamenvirales на основании доказательств их родства. ^[18]^[19] Позже, в 2020 году, криогенная электронная микроскопия покажет, что MCP тристромавирусов содержат складку, подобную SIRV2, как и лигаменвирусы, что дает оправдание для создания аднавирии в том же году. ^[8]^[20]

См. также

Список высших таксонов вирусов

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Крупович, М; Кун, Дж. Х.; Ван, Ф; Бакеро, ДП; Доля, В.В.; Эгельман, Э.Х.; Прангишвили, Д; Кунин Е.В. (12 июля 2021). « Аднавирия : новое царство архейных нитчатых вирусов с линейными геномами двухцепочечной ДНК А-формы» . Журнал вирусологии . 95 (15): e0067321. дои : 10.1128/JVI.00673-21 . ПМЦ 8274609 . ПМИД 34011550 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Крупович М., Кун Дж.Х., Ван Ф., Бакеро Д.П., Эгельман Э.Х., Кунин Е.В., Прангишвили Д. (31 июля 2020 г.). «Создать одну новую область ( Аднавирию ) для классификации нитчатых архейных вирусов с линейными геномами дцДНК» (docx) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Липотриксвирусиды» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г. ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Рудивирусиды» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г. ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Jump up to: ^а ^б ^с Прангишвили Д., Ренсен Э., Мочизуки Т., Крупович М. (февраль 2019 г.). «Профиль таксономии ICTV: тристромавирусы» (PDF) . Джей Ген Вирол . 100 (2): 135–136. дои : 10.1099/jgv.0.001190 . ПМИД 30540248 . S2CID 54475961 .
^ Крупович, Март; Кун, Йенс Х.; Ван, Фэнбинь; Бакеро, Диана П.; Доля, Валериан В.; Эгельман, Эдвард Х.; Прангишвили, Давид; Кунин, Евгений В. (12 июля 2021 г.). Сандри-Голдин, Розанна М. (ред.). «Аднавирия: новое царство архейных нитчатых вирусов с линейными геномами двухцепочечной ДНК А-формы» . Журнал вирусологии . 95 (15): e00673–21. дои : 10.1128/JVI.00673-21 . ISSN 0022-538X . ПМЦ 8274609 . ПМИД 34011550 .
^ Сильва, Хорхе Мигель; Пратас, Диого; Каэтано, Таня; Матос, Сержио (11 августа 2022 г.). «Сложность вирусных геномов» . ГигаСайенс . 11 : giac079. doi : 10.1093/gigascience/giac079 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 9366995 . ПМИД 35950839 .
^ Jump up to: ^а ^б Ван Ф., Бакеро Д.П., Су З., Осински Т., Прангишвили Д., Эгельман Э.Х., Крупович М. (29 апреля 2020 г.). «Структура нитчатого вируса раскрывает семейные связи внутри виросферы архей» . Вирус Эвол . 6 (1): veaa023. дои : 10.1093/ve/veaa023 . ПМЦ 7189273 . ПМИД 32368353 .
^ Прангшвили Д., Крупович М. (июль 2016 г.). «Создать род Alphatristromavirus в новом семействе Tristromaviridae и удалить род Alphalipothrixvirus из семейства Lipothrixviridae » (PDF) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.
^ Лоуренс СМ, Менон С., Эйлерс Б.Дж., Ботнер Б., Хаят Р., Дуглас Т., Янг М.Дж. (8 мая 2009 г.). «Структурно-функциональные исследования архейных вирусов» . J Биол Хим . 284 (19): 12599–12603. дои : 10.1074/jbc.R800078200 . ПМК 2675988 . ПМИД 19158076 .
^ Крупович М., Доля В.В., Кунин Е.В. (ноябрь 2020 г.). «LUCA и его комплексный виром» (PDF) . Nat Rev Микробиол . 18 (11): 661–670. дои : 10.1038/s41579-020-0408-x . PMID 32665595 . S2CID 220516514 .
^ «Таксономия вирусов: выпуск 2022 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 20 июля 2021 г.
^ Jump up to: ^а ^б Снайдер Дж.С., Булдок Б., Янг М.Дж. (май 2015 г.). «40 лет архейной вирусологии: расширение вирусного разнообразия» . Вирусология . 479–480: 369–378. дои : 10.1016/j.virol.2015.03.031 . ПМИД 25866378 .
^ Стедман К. «Письмо Вольфрама ASM» (PDF) . Портлендский государственный университет . Проверено 20 июля 2021 г.
^ Янекович Д., Вундерл С., Хольц И., Зиллиг В., Герл А., Нойманн Х. (1983). «TTV1, TTV2 и TTV3, семейство вирусов чрезвычайно термофильной, анаэробной, сероредуцирующей архебактерии Thermoproteus tenax ». Мол Ген Генет . 192 (1–2): 39–45. дои : 10.1007/BF00327644 . S2CID 46094905 .
^ «История таксономии ICTV: Бетатристромавирус TTV1 » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.
^ Прангишвили Д., Арнольд Х.П., Готц Д., Зизе У., Хольц И., Кристьянссон Дж.К., Зиллиг В. (август 1999 г.). «Новое семейство вирусов Rudiviridae: структура, взаимодействие вирус-хозяин и изменчивость генома сульфолобусных вирусов SIRV1 и SIRV2» . Генетика . 152 (4): 1387–1396. дои : 10.1093/генетика/152.4.1387 . ПМК 1460677 . ПМИД 10430569 .
^ «История таксономии ICTV: Ligamenvirales » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.
^ Прангишвили Д., Крупович М. (21 июня 2012 г.). «Создайте отряд Ligamenvirales , содержащий семейства Rudiviridae и Lipothrixviridae » (PDF) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.
^ «История таксономии ICTV: Аднавирия » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

Внешние ссылки

СМИ, связанные с Аднавирией, на Викискладе?

[Adnaviria-1] Jump up to: ^а ^б Крупович, М; Кун, Дж. Х.; Ван, Ф; Бакеро, ДП; Доля, В.В.; Эгельман, Э.Х.; Прангишвили, Д; Кунин Е.В. (12 июля 2021). « Аднавирия : новое царство архейных нитчатых вирусов с линейными геномами двухцепочечной ДНК А-формы» . Журнал вирусологии . 95 (15): e0067321. дои : 10.1128/JVI.00673-21 . ПМЦ 8274609 . ПМИД 34011550 .

[proposal-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Крупович М., Кун Дж.Х., Ван Ф., Бакеро Д.П., Эгельман Э.Х., Кунин Е.В., Прангишвили Д. (31 июля 2020 г.). «Создать одну новую область ( Аднавирию ) для классификации нитчатых архейных вирусов с линейными геномами дцДНК» (docx) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

[lipothrixprofile-3] Jump up to: ^а ^б ^с «Липотриксвирусиды» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г. ^{[ мертвая ссылка ]}

[rudiprofile-4] Jump up to: ^а ^б ^с «Рудивирусиды» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г. ^{[ мертвая ссылка ]}

[tristromaprofile-5] Jump up to: ^а ^б ^с Прангишвили Д., Ренсен Э., Мочизуки Т., Крупович М. (февраль 2019 г.). «Профиль таксономии ICTV: тристромавирусы» (PDF) . Джей Ген Вирол . 100 (2): 135–136. дои : 10.1099/jgv.0.001190 . ПМИД 30540248 . S2CID 54475961 .

[6] Крупович, Март; Кун, Йенс Х.; Ван, Фэнбинь; Бакеро, Диана П.; Доля, Валериан В.; Эгельман, Эдвард Х.; Прангишвили, Давид; Кунин, Евгений В. (12 июля 2021 г.). Сандри-Голдин, Розанна М. (ред.). «Аднавирия: новое царство архейных нитчатых вирусов с линейными геномами двухцепочечной ДНК А-формы» . Журнал вирусологии . 95 (15): e00673–21. дои : 10.1128/JVI.00673-21 . ISSN 0022-538X . ПМЦ 8274609 . ПМИД 34011550 .

[7] Сильва, Хорхе Мигель; Пратас, Диого; Каэтано, Таня; Матос, Сержио (11 августа 2022 г.). «Сложность вирусных геномов» . ГигаСайенс . 11 : giac079. doi : 10.1093/gigascience/giac079 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 9366995 . ПМИД 35950839 .

[wang-8] Jump up to: ^а ^б Ван Ф., Бакеро Д.П., Су З., Осински Т., Прангишвили Д., Эгельман Э.Х., Крупович М. (29 апреля 2020 г.). «Структура нитчатого вируса раскрывает семейные связи внутри виросферы архей» . Вирус Эвол . 6 (1): veaa023. дои : 10.1093/ve/veaa023 . ПМЦ 7189273 . ПМИД 32368353 .

[tristromaproposal-9] Прангшвили Д., Крупович М. (июль 2016 г.). «Создать род Alphatristromavirus в новом семействе Tristromaviridae и удалить род Alphalipothrixvirus из семейства Lipothrixviridae » (PDF) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

[lawrence-10] Лоуренс СМ, Менон С., Эйлерс Б.Дж., Ботнер Б., Хаят Р., Дуглас Т., Янг М.Дж. (8 мая 2009 г.). «Структурно-функциональные исследования архейных вирусов» . J Биол Хим . 284 (19): 12599–12603. дои : 10.1074/jbc.R800078200 . ПМК 2675988 . ПМИД 19158076 .

[krupovic2020-11] Крупович М., Доля В.В., Кунин Е.В. (ноябрь 2020 г.). «LUCA и его комплексный виром» (PDF) . Nat Rev Микробиол . 18 (11): 661–670. дои : 10.1038/s41579-020-0408-x . PMID 32665595 . S2CID 220516514 .

[ictv-12] «Таксономия вирусов: выпуск 2022 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 20 июля 2021 г.

[snyder-13] Jump up to: ^а ^б Снайдер Дж.С., Булдок Б., Янг М.Дж. (май 2015 г.). «40 лет архейной вирусологии: расширение вирусного разнообразия» . Вирусология . 479–480: 369–378. дои : 10.1016/j.virol.2015.03.031 . ПМИД 25866378 .

[stedman-14] Стедман К. «Письмо Вольфрама ASM» (PDF) . Портлендский государственный университет . Проверено 20 июля 2021 г.

[janekovic-15] Янекович Д., Вундерл С., Хольц И., Зиллиг В., Герл А., Нойманн Х. (1983). «TTV1, TTV2 и TTV3, семейство вирусов чрезвычайно термофильной, анаэробной, сероредуцирующей архебактерии Thermoproteus tenax ». Мол Ген Генет . 192 (1–2): 39–45. дои : 10.1007/BF00327644 . S2CID 46094905 .

[ttv1history-16] «История таксономии ICTV: Бетатристромавирус TTV1 » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

[prangishvili1999-17] Прангишвили Д., Арнольд Х.П., Готц Д., Зизе У., Хольц И., Кристьянссон Дж.К., Зиллиг В. (август 1999 г.). «Новое семейство вирусов Rudiviridae: структура, взаимодействие вирус-хозяин и изменчивость генома сульфолобусных вирусов SIRV1 и SIRV2» . Генетика . 152 (4): 1387–1396. дои : 10.1093/генетика/152.4.1387 . ПМК 1460677 . ПМИД 10430569 .

[ligamenhistory-18] «История таксономии ICTV: Ligamenvirales » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

[ligamenproposal-19] Прангишвили Д., Крупович М. (21 июня 2012 г.). «Создайте отряд Ligamenvirales , содержащий семейства Rudiviridae и Lipothrixviridae » (PDF) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

[adnahistory-20] «История таксономии ICTV: Аднавирия » . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 20 июля 2021 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]