Обелиск (биология)
Обелиск элемент» , — это « вироидоподобный впервые описанный в препринте от января 2024 года , авторы которого говорят, что «обелиски образуют свою собственную отдельную филогенетическую группу ». [1] [2] [3] поскольку их последовательности РНК , обнаруженные с помощью компьютерной метатранскриптомики , не гомологичны геномной последовательности любой другой формы жизни. [1] В настоящее время доступно лишь несколько методов идентификации этих элементов по данным NGS. [4]
Поскольку их отношение к другим организмам неизвестно, они являются примером incertae sedis , или «загадочных таксонов».
Распространение и патология
[ редактировать ]
Обелиски были обнаружены в образцах стула человека и внутри образцов Streptococcus sanguinis , вида бактерий, взятых изо рта человека. Некоторые люди укрывали обелиски более 300 дней. Первоначальное исследование показало наличие обелисков примерно в 7 процентах образцов стула и примерно в 50 процентах образцов слюны людей, живущих на всех континентах. [1]
Влияние обелисков на здоровье человека, если таковое имеется, еще предстоит определить. [2] а также такие вопросы, как их жизненные циклы и факторы, от которых зависит их репликация. [1]
Генетика и биохимия
[ редактировать ]Особенности обелисков включают в себя кольцевые сборки генома РНК, содержащие около 1000 пар оснований, и стержнеобразные вторичные структуры, охватывающие весь геном. В отличие от вироидов, их РНК транслируется в белки, условно названные « облинами в препринте ». Два перечисленных там белка получили названия Облин-1 и Облин-2. [1]
Первые структурные предсказания говорят, что Oblin-1 может связывать ионы металлов и, таким образом, может участвовать в клеточной передаче сигналов . Облин-2 имеет сайт связывания, типичный для белковых комплексов , и поэтому может связываться с ферментами клетки-хозяина. [2]
Имя
[ редактировать ]В препринте говорится: «Благодаря четко предсказанной палочковидной вторичной структуре мы называем эту группу РНК Обелиск-альфа».… «При длине 1164 нт палочковидная вторичная структура была поразительной…» [1] (Вторично по отношению к круговой структуре сборки.)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д и ж Желудев Иван Н.; Роберт С. Эдгар; Мария Хосе Лопес-Гальяно; Маркос де ла Пенья; Артем Бабаян; Ами С. Бхатт; Эндрю З. Файер (21 января 2024 г.). «Вироидоподобные колонисты микробиомов человека» . биоRxiv . дои : 10.1101/2024.01.20.576352 . ПМЦ 10827157 . ПМИД 38293115 . Викиданные Q124389714 .
- ^ Перейти обратно: а б с Сидик, Сайма (29 января 2024 г.). « Обнаружены «дико странные» кусочки РНК, заражающие микробы в нашем кишечнике» . Природа . дои : 10.1038/d41586-024-00266-7 . ПМИД 38291328 . S2CID 267332809 . Архивировано из оригинала 30 января 2024 года . Проверено 31 января 2024 г.
- ^ Пенниси, Элизабет (26 января 2024 г.). « Это безумие: в микробах кишечника человека обнаружены новые вирусоподобные сущности» . Наука . doi : 10.1126/science.znxt3dk . Архивировано из оригинала 30 января 2024 года . Проверено 31 января 2024 г.
- ^ Кремер, Фредерико; де Баррос, Даниэле. «Мучитель: конвейер прогнозирования и аннотирования обелиска» . BioRxiv.org . БиоРксив . Проверено 3 июня 2024 г.