Альфаспутник
| Альфасателлитиды | |
|---|---|
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Семья: | Альфасателлитиды |
Альфасателлиты с одноцепочечной ДНК — это семейство вирусов-сателлитов которых зависит от присутствия другого вируса ( вирусов-помощников , репликация геномов ). Таким образом, они имеют минимальные геномы с очень низкой геномной избыточностью. Геном представляет собой одну кольцевую одноцепочечную молекулу ДНК . [1] Первые альфа-сателлиты были описаны в 1999 году и были связаны с болезнью скручивания листьев хлопчатника и болезнью желтых жилок Ageratum. [2] [3] По мере того как бегомовирусы характеризуются на молекулярном уровне, описывается все большее число альфа-сателлитов.
Эти вирусы ранее были известны как компоненты ДНК 1. [4]
Эти вирусы обычно встречаются в Старом Свете. Некоторые из них были изолированы из Нового Света, но их связь с вирусами-хозяевами все еще изучается.
Геном
[ редактировать ]Геном имеет длину от 1300 до 1400 нуклеотидов и имеет три консервативные особенности: шпильчную структуру, единственную открытую рамку считывания (ORF) и богатую аденином область. [5]
Структура шпильки имеет петлю, включающую нонануклеотид TAGTATTAC, общий для нановирусов и отличающийся от последовательности TAATATTAC геминивирусов на один нуклеотид. Как в геминивирусах, так и в нановирусах эта последовательность содержит точку начала репликации ( ori ) и разрывается белком-инициатором репликации по вращающемуся кругу , чтобы инициировать репликацию вирусной ДНК. По типу шпилечных структур альфасателлиты можно разделить на 5 клад. [6]
Открытая рамка считывания кодирует белок-инициатор репликации по катящемуся кругу (Rep), аналогичный тому, который обнаружен в нановирусах . Кодируемый белок имеет молекулярную массу 32–37 кДа и содержит ~320 аминокислот. Он высококонсервативен: идентичность аминокислотных последовательностей между изолятами составляет 86,3–100,0%. [ нужна ссылка ]
Богатая аденином область находится сразу после Rep- гена и имеет длину примерно 153–169 нуклеотидов с содержанием аденина 52,3–58,4%. Филогенектический анализ этого региона показывает, что их можно разделить на три клады, соответствующие обнаруженным при филогенетическом анализе всего генома. [6] Эта часть генома кажется избыточной. [7]
Описана предполагаемая вторая ORF в геноме альфасателлитного вируса. [8] Значение этого открытия (если таковое имеется) неизвестно.
Рекомбинация происходит между альфа-сателлитами. [9]
Вирусология
[ редактировать ]Отличительных вирионов нет, поскольку вирусные геномы заключены в оболочке вируса-помощника. [ нужна ссылка ]
Альфасателлиты, связанные с бегомовирусами, нуждаются в бегомовирусе для передвижения в растениях и передачи насекомых, но способны к саморепликации в растениях-хозяевах. По-видимому, они не вызывают заболеваний растений и не изменяют течение заражения бегомовирусом. Они могут снизить тяжесть инфекции, вызванной бегомовирусами. [10] [11]
Альфасателлиты также были описаны в связи с Nanoviridae . Они, как правило, немного короче (1100–1300 нуклеотидов), но помимо гена Rep кодируют белки . Из-за многокомпонентного генома Nanoviridae они изначально не были признаны отдельными геномами. [12] [13] [14]
Альфасателлиты могут быть мишенью подавления РНК. [15]
Таксономия
[ редактировать ]Альфасателлиты сгруппированы в семейство Alphasatellitidae . В этом семействе три подсемейства, 18 родов и 85 видов. Распознаются следующие подсемейства и роды (- satellitinae обозначает подсемейство и - сателлит обозначает род): [16]
Эволюция
[ редактировать ]Учитывая сходство между белками Rep альфасателлитов и нановирусов , вполне вероятно, что альфасателлиты произошли от нановирусов. [6]
Использование
[ редактировать ]Эти вирусы использовались при разработке исследований по подавлению вирусных генов. [17]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Сильва, Хорхе Мигель; Пратас, Диого; Каэтано, Таня; Матос, Сержио (11 августа 2022 г.). «Сложность вирусных геномов» . ГигаСайенс . 11 : giac079. doi : 10.1093/gigascience/giac079 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 9366995 . ПМИД 35950839 .
- ^ Сондерс К., Стэнли Дж. (ноябрь 1999 г.). «Нановирусоподобный компонент ДНК, связанный с болезнью желтых вен Ageratum conyzoides: доказательства межсемейной рекомбинации между ДНК-вирусами растений» . Вирусология . 264 (1): 142–52. дои : 10.1006/виро.1999.9948 . ПМИД 10544139 .
- ^ Мансур С., Хан Ш., Башир А. и др. (июнь 1999 г.). «Идентификация новой кольцевой одноцепочечной ДНК, связанной с болезнью скручивания листьев хлопка в Пакистане» . Вирусология . 259 (1): 190–9. дои : 10.1006/виро.1999.9766 . ПМИД 10364503 .
- ^ Стэнли Дж. (февраль 2004 г.). «Субвирусные ДНК, связанные с комплексами геминивирусных заболеваний». Ветеринар. Микробиол . 98 (2): 121–9. дои : 10.1016/j.vetmic.2003.10.005 . ПМИД 14741124 .
- ^ Бриддон Р.В., Булл С.Э., Амин И. и др. (июль 2004 г.). «Разнообразие ДНК 1: сателлитная молекула, связанная с моночастными бета-комплексами бегомовирус-ДНК» . Вирусология . 324 (2): 462–74. дои : 10.1016/j.virol.2004.03.041 . ПМИД 15207631 .
- ^ Перейти обратно: а б с Се Ю, Ву П, Лю П, Гун Х, Чжоу Икс (2010). «Характеристика альфа-сателлитов, связанных с моночастными комплексами бегомовируса и бетасателлитов в Юньнани, Китай» . Вирол. Дж . 7 : 178. дои : 10.1186/1743-422X-7-178 . ПМЦ 2922188 . ПМИД 20678232 .
- ^ Шахид М.С., Али Л., Андлиб С. (2009). «Функция богатой альфа-сателлитом области, связанной с болезнью скручивания листьев хлопчатника в Пакистане» (PDF) . ЕврАзия J BioSci . 3 : 152–6. Архивировано из оригинала (PDF) 8 марта 2014 г. Проверено 8 марта 2014 г.
- ^ Ромай Дж., Киринос Д., Жеро-Пуи Ф., Десби К. (ноябрь 2010 г.). «Ассоциация атипичного альфаспутника с двудольным бегомовирусом Нового Света» . Арх. Вирол . 155 (11): 1843–7. дои : 10.1007/s00705-010-0760-7 . ПМИД 20665058 . S2CID 20039085 .
- ^ Кумар Дж., Кумар А., Рой Дж.К., Тули Р., Хан Дж.А. (август 2010 г.). «Идентификация и молекулярная характеристика бегомовируса и связанных с ним молекул сателлитной ДНК, инфицирующих Cyamopsis Tetragonoloba». Гены вирусов . 41 (1): 118–25. дои : 10.1007/s11262-010-0482-7 . ПМИД 20405195 . S2CID 6790138 .
- ^ Идрис А.М., Шахид М.С., Бриддон Р.В., Хан А.Дж., Чжу Дж.К., Браун Дж.К. (март 2011 г.). «Необычный альфа-сателлит, связанный с моночастными бегомовирусами, ослабляет симптомы и уменьшает накопление бета-сателлитов» (pdf) . Дж. Генерал Вирол . 92 (Часть 3): 706–17. дои : 10.1099/vir.0.025288-0 . ПМИД 21084498 .
- ^ Наваз-Уль-Рехман М.С., Нахид Н., Мансур С., Бриддон Р.В., Фоке К.М. (сентябрь 2010 г.). «Супрессорная активность посттранскрипционного подавления генов двух непатогенных альфа-сателлитов, связанных с бегомовирусом» . Вирусология . 405 (2): 300–8. дои : 10.1016/j.virol.2010.06.024 . ПМИД 20598726 .
- ^ Катул Л., Майсс Э., Веттен Х.Дж. (февраль 1995 г.). «Анализ последовательности компонента ДНК вируса некротической желтизны фасоли, содержащего предполагаемый ген репликазы» (pdf) . Дж. Генерал Вирол . 76 (Часть 2): 475–9. дои : 10.1099/0022-1317-76-2-475 . ПМИД 7844570 .
- ^ Катул Л., Тимченко Т., Гроненборн Б., Веттен Х.Дж. (декабрь 1998 г.). «Десять различных компонентов кольцевой оцДНК, четыре из которых кодируют предполагаемые белки, связанные с репликацией, связаны с геномом вируса некротической желтой фасоли» (pdf) . Дж. Генерал Вирол . 79 (Часть 12): 3101–9. дои : 10.1099/0022-1317-79-12-3101 . ПМИД 9880028 .
- ^ Сано Ю, Вада М, Хашимото Ю, Мацумото Т, Кодзима М (декабрь 1998 г.). «Последовательности десяти кольцевых компонентов оцДНК, связанных с геномом вируса карликовости молочной вики» (pdf) . Дж. Генерал Вирол . 79 (Часть 12): 3111–8. дои : 10.1099/0022-1317-79-12-3111 . ПМИД 9880029 .
- ^ Амин И., Хусейн К., Акбергенов Р. и др. (август 2011 г.). «Супрессоры молчания РНК, кодируемые компонентами комплекса бегомовирус-бетасателит курчавости листьев хлопчатника» . Мол. Взаимодействие с растительными микробами . 24 (8): 973–83. дои : 10.1094/MPMI-01-11-0001 . ПМИД 21751853 .
- ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2022 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2023 года . Проверено 14 августа 2023 г.
- ^ Хуан CJ, Чжан Т, Ли ФФ, Чжан XY, Чжоу XP (февраль 2011 г.). «Разработка и применение эффективной системы подавления вирус-индуцированного гена у Nicotiana tabacum с использованием альфаспутника геминивируса» . J Чжэцзянский университет, бакалавр наук . 12 (2): 83–92. дои : 10.1631/jzus.B1000157 . ПМК 3030953 . ПМИД 21265040 .