Подовирусиды

Подовирусиды
	Типичная структура подовируса
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Дуплоднавирия
Королевство:	Хынггунвирэ
Тип:	Уровироката
Сорт:	Каудовирицеты
Заказ:	Каудовирусы
Семья:	Подовирусиды
Подсемейства и роды
	см. текст

Podoviridae — семейство бактериофагов отряда Caudovirales, часто связанных с Т-7-подобными фагами. ^{[ 1 ]} Семейство и отряд Caudovirales в настоящее время упразднены , а термин подовирус теперь используется для обозначения морфологии вирусов этого бывшего семейства. ^{[ 2 ]} В этом семействе насчитывалось 130 видов, отнесенных к 3 подсемействам и 52 родам. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Для этого семейства характерны очень короткие несокращающиеся хвосты. Многие бывшие фаги бывшего семейства Podoviriade теперь отнесены к Autographiviridae.

Структура

Электронная микрофотография подовируса ΦCP7R *Clostridium perfringens* .

Геномы некоторых подовирусов *Clostridium perfringens*

Вирусы бывшего семейства Podoviridae не имеют оболочки, имеют икосаэдрическую геометрию и геометрию «голова-хвост». Диаметр около 60 нм. ^{[ 3 ]} и состоит из 72 капсомеров. Головной белок имеет молекулярную массу ~38 килодальтон и присутствует в количестве 460 копий на вирион. Существует 9 структурных белков. Хвост несокращающийся, имеет 6 коротких субтерминальных волокон. Он толстый, имеет форму стержня и состоит из сложенных друг на друга дисков. Максимальная длина составляет ~17 нм. ^{[ нужна ссылка ]}

Геном двухцепочечной ДНК линейный, длиной около 40-42 т.п.н. ^{[ 3 ]} и кодирует ~55 генов. Содержание гуанина цитозина + составляет ~ 50%. Он имеет терминально избыточные последовательности и не является перестановочным. По массе геном составляет ~50% вирона. Геном кодирует 9 структурных белков, аденилированную трансферазу B-типа ДНК-полимеразу и РНК-полимеразу. Три внутренних белка составляют полимеразный комплекс. Выделяют два класса генов (ранние и поздние). Эта классификация основана на времени транскрипции, которая регулируется во времени. Гены со схожими функциями сгруппированы вместе. Репликация генома является двунаправленной. ^{[ нужна ссылка ]}

Жизненный цикл

Репликация вируса цитоплазматическая. Проникновение в клетку-хозяина достигается путем адсорбции в клетку-хозяина. Репликация следует модели смещения цепи ДНК. Транскрипция с помощью ДНК-матрицы - это метод транскрипции. Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса белков холина/эндолизина/спанина. Бактерии служат естественным хозяином. Пути передачи – пассивная диффузия. ^{[ 3 ]} Фаговая инфекция считается самодозирующейся, следовательно, самоограничивающейся. После лизиса хозяина новые фаги запускают новый цикл заражения окружающих биодоступных видов хозяев, что приводит к росту и расширению. ^{[ 5 ]}

Таксономия

Роды этого семейства имеют ~ 40% идентичности между соответствующими белками. Подсемейства имеют ~ 20% идентичности между соответствующими белками.

Распознаются следующие подсемейства и их роды (- virinae обозначает подсемейство и - вирус обозначает род): ^{[ 4 ]}

Следующие роды не отнесены к подсемейству: ^{[ 4 ]}

Наконец, вид вируса Pseudomonas 119X не отнесен к роду или подсемейству. ^{[ 4 ]}

Ссылки

^ Нгуен Д., Эли Б. (июнь 2018 г.). «Сравнение геномов Т7-подобных подовирусов, инфицирующих Caulobacter crescentus». Современная микробиология . 75 (6): 760–765. дои : 10.1007/s00284-018-1445-9 . ПМИД 29423729 . S2CID 253813804 .
^ Тернер Д., Шкопоров А.Н., Луд С., Миллард А.Д., Дутиль Б.Е., Альфенас-Зербини П. и др. (январь 2023 г.). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Неразрешимый таксон: 10744» . Вирусная зона . ЭксПАСи . Проверено 1 июля 2015 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 12 мая 2021 г.
^ Крискуоло Э., Спадини С., Ламанна Дж., Ферро М., Буриони Р. (2017). «Бактериофаги и их иммунологические применения против инфекционных угроз» . Журнал иммунологических исследований . 2017 : 3780697. doi : 10.1155/2017/3780697 . ПМЦ 5412166 . ПМИД 28484722 .

Внешние ссылки

[:0-1] Нгуен Д., Эли Б. (июнь 2018 г.). «Сравнение геномов Т7-подобных подовирусов, инфицирующих Caulobacter crescentus». Современная микробиология . 75 (6): 760–765. дои : 10.1007/s00284-018-1445-9 . ПМИД 29423729 . S2CID 253813804 .

[2] Тернер Д., Шкопоров А.Н., Луд С., Миллард А.Д., Дутиль Б.Е., Альфенас-Зербини П. и др. (январь 2023 г.). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .

[ViralZone-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Неразрешимый таксон: 10744» . Вирусная зона . ЭксПАСи . Проверено 1 июля 2015 г.

[ICTV-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 12 мая 2021 г.

[5] Крискуоло Э., Спадини С., Ламанна Дж., Ферро М., Буриони Р. (2017). «Бактериофаги и их иммунологические применения против инфекционных угроз» . Журнал иммунологических исследований . 2017 : 3780697. doi : 10.1155/2017/3780697 . ПМЦ 5412166 . ПМИД 28484722 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]