Автографивирусиды
| Автографивирусиды | |
|---|---|
| |
Классификация вирусов 
| |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область : | Дуплоднавирия |
| Королевство: | Хынггунвирэ |
| Тип: | Уровироката |
| Сорт: | Каудовирицеты |
| Заказ: | Каудовирусы |
| Семья: | Автографивирусиды |
| Роды | |
| Синонимы | |
| |
Autographiviridae — семейство вирусов порядка Caudovirales . Бактерии служат естественными хозяевами. В этом семействе насчитывается 373 вида, отнесенных к 9 подсемействам и 133 родам. [ 1 ] [ 2 ]
История
[ редактировать ]С 1990-х годов термин «супергруппа Т7» был придуман для обозначения расширяющейся группы бактериофагов, родственных колифагу Т7 , как членов семейства Podoviridae . Фаги Enterobacteriaceae SP6 и K1-5 первыми стали рассматриваться как отчужденная подгруппа «супергруппы T7». [ 3 ] Фаг Pseudomonas phiKMV также имел общие черты на уровне организации генома. Таким образом, на основании имеющихся морфологических и протеомных данных эта клада вирусов была установлена как подсемейство семейства Podoviridae . Позже в 2019 году подсемейство было повышено до уровня семьи. [ 4 ]
Приложения
[ редактировать ]Терапевтическое использование антибиотиков
[ редактировать ]Некоторые эксперименты показывают, что бактериофаги Autographiviridae обещают регулировать и подавлять рост инфекционных бактерий, таких как Klebsiella pneumoniae , у людей. [ 5 ] Инфекционные бактерии, такие как K. pneumoniae, становятся все более устойчивыми к традиционным антибиотикам. Некоторые бактерии даже устойчивы к множеству антибиотиков и антибактериальных препаратов. [ 6 ] Эта проблема побудила исследователей обратить внимание на другие возможные регуляторы роста бактерий, такие как Autographiviridae . бактериофаги [ 5 ] Этот тип лечения называется фаготерапией . Фаготерапия эффективна против устойчивых к лекарствам бактерий, поскольку бактериофаги по своей природе склонны заражать и убивать определенные бактерии. [ 7 ]
За последние два десятилетия популярность изучения фаговой терапии возросла: в США, Польше, Грузии и Бельгии открылись крупные исследовательские центры. В свою очередь, многие биотехнологические компании переключили свое внимание на фаготерапию, а некоторые, такие как Armata Pharmaceuticals, полностью посвятили себя борьбе с проблемой устойчивости к антибиотикам. [ 8 ]
Autographiviridae также использовались в сочетании с существующими антибиотиками для достижения эффективных результатов. Недавнее исследование показало, что Autographiviridae в сочетании с антибиотиком тигециклином могут эффективно бороться с инфекциями кожи и мягких тканей, связанными с Acinetobacter baumannii , бактерией, которая ранее проявляла устойчивость к нескольким лекарствам. [ 9 ]
Однако фаготерапия имеет некоторые потенциальные недостатки. Антибиотики действуют, воздействуя на ключевую часть бактериальной структуры или препятствуя метаболической функции бактерий. Поскольку многие бактерии имеют схожие метаболические процессы и физическую структуру, антибиотик может быть эффективен против множества различных бактерий. С другой стороны, фаги гораздо более специфичны для отдельной бактерии. Это означает, что ученым придется приложить больше усилий, чтобы усовершенствовать фаготерапию, которая работает только против одной бактерии. Кроме того, некоторые клинические исследования, включающие фаготерапию, показали эффективность от низкой до умеренной и огромные различия в результатах для разных пациентов. [ 10 ]
Аутографивирусы и другие литические фаги лизируют бактерии-хозяева посредством процесса, который начинается с адсорбции . [ 11 ] Как только Autographiviridae адсорбируются на поверхности клеток бактерий-хозяев, фермент, расположенный в их хвостовой структуре, может проникать через слой пептидогликана и внутреннюю мембрану бактерий-хозяев, где он высвобождает генетический материал во внутреннюю часть бактерий. Когда генетический материал фага интегрируется с генами бактериального хозяина, он реплицируется с образованием нового потомства фага с бактериолитической способностью. Инфицированные бактерии, наконец, лизируются, а дочерние фаги, высвобождаемые после лизиса, продолжают размножаться и лизировать окружающие бактерии-хозяева. [ 12 ]
Autographiviridae в рецептуре фагового коктейля
[ редактировать ]«Фаговые коктейли» — это форма фаговой терапии, которая предполагает использование как минимум двух фагов для воздействия на один бактериальный штамм. [ 13 ] создание формы терапии с большей «глубиной». Фаговые коктейли являются эффективной заменой антибиотиков, поскольку они создают более широкий круг хозяев и задерживают развитие устойчивости к фагам у бактерий. [ 14 ] Фаговые коктейли чаще всего используются для борьбы с инфекциями, вызванными Pseudomonas aeruginosa , Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli . [ 15 ]
В клинической практике фаговые коктейли используются для предотвращения образования бактериальных биопленок, что является одной из самых серьезных проблем в сфере здравоохранения. Недавнее исследование показало, что составленные фаговые коктейли, включающие Autographiviridae из ныне упраздненной семейной классификации Podoviridae, эффективно снижают рост Klebsiella pneumoniae. [ 13 ] [ 11 ]
Этимология
[ редактировать ]Название этого семейства, названного Autographiviridae , относится к «аутографеиновым» или «самотранскрибирующим» фагам , которые кодируют свою собственную (одну субъединичную) РНК- полимеразу , что является общей характеристикой среди его членов. [ нужна ссылка ]
Структура
[ редактировать ]Вирусы Autographiviridae не имеют оболочки, имеют икосаэдрическую геометрию и геометрию «голова-хвост», а также симметрию T = 7 . Диаметр около 60 нм. Геномы линейные, длиной около 40-42 КБ. [ 1 ]
Жизненный цикл
[ редактировать ]Репликация вируса цитоплазматическая. Транскрипция по шаблону ДНК - это метод транскрипции. Вирус выходит из клетки-хозяина путем лизиса и холина / эндолизина / спанина белков . Бактерии служат естественным хозяином. Пути передачи – пассивная диффузия. [ 1 ]
Основа таксономии
[ редактировать ]Бывшее семейство Podoviridae , которое содержало многие вирусы, которые сейчас классифицируются как Autographiviridae , было определено на основе морфологии и наличия коротких несокращающихся хвостов. [ 16 ] Семейство Podoviridae , наряду с семействами Myoviridae и Siphoviridae , было упразднено из-за полифилетичности , что означает, что вирусы одного семейства произошли от более чем одного общего предка и, следовательно, не подходят для помещения в один и тот же таксон. Однако эти термины ( Podoviridae , Myoviridae и Siphoviridae ) до сих пор используются для обозначения различных морфологических особенностей некоторых бактериофагов. [ 17 ]
Таксономия
[ редактировать ]Выделяют следующие подсемейства: [ 2 ]
- Бейеринквиринае
- Колвеллвиринае
- Корк женщины
- Krylovirinae
- Мельниквирины
- Molineuxvirinae
- Из вирин
- Слопеквирины
- Женские исследования
Следующие роды не отнесены к подсемейству: [ 2 ]
- Эгирвирус
- Анчаингвирус
- аквавирус
- Ашивирус
- Атуфдуовирус
- Аяквирус
- Аяквирус
- Банчанвирус
- Бифсептвирус
- Боннеллвирус
- Ченгвирус
- Хосвирус
- Куэрнавакавирус
- циклитвирус
- Эрмолевавирус
- фотурвирус
- Вирус стопы
- Фуссвирус
- Вирус Гаджвадонг
- Кёнсанвирус
- Вирус
- Вирус стопы
- Джиаоазивирус
- Каффовирус
- Вирус Каджам
- Какивирус
- Кальпативирус
- Комемасвирус
- Камбевирус
- Краш-вирус
- Лаувирус
- Лаймлайтвирус
- Lingvirus
- Лирвирус
- Lullwaterвирус
- Макулвирус
- Получил вирус
- нохивирус
- Ойнезвирус
- Паадамвирус
- Спустя некоторое время
- Паровирус
- Педосвирус
- Pekhitvirus
- Пелагивирус
- Перцивирус
- Пьевирус
- Podivirus
- Поллицевирус
- Посейдонвирус
- Повирус
- Прадовирус
- Кадамвирус
- Скоттвирус
- Седнавирус
- Вирус Серкор
- Сиквирус
- Стомпельвирус
- Стопалавирус
- стопавирус
- Stupnyavirus
- Тангароавирус
- Тававирус
- Тиаматвирус
- Плиточный вирус
- Тритонвирус
- Вирус стопы
- Вирус Воткова
- Вирус стопы
- Уханьвирус (не путать с коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 )
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 1 июля 2015 г.
- ^ Jump up to: а б с «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 11 мая 2021 г.
- ^ Д., Шолль; Дж., Келечава; Кемп, П.; Раш, Дж.; Ричардсон, CC; Меррил, К.; Адхья, С.; Молино, IJ (2004). «Геномный анализ бактериофагов SP6 и K1-5, отчужденной подгруппы супергруппы T7». Журнал молекулярной биологии . 335 (5): 1151–71. дои : 10.1016/j.jmb.2003.11.035 . ПМИД 14729334 .
- ^ Кумар, Р.; Тао, М. (20 ноября 1975 г.). «Множественные формы казеинкиназы из эритроцитов кролика» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Энзимология . 410 (1): 87–98. дои : 10.1016/0005-2744(75)90209-0 . ISSN 0006-3002 . ПМИД 76 .
- ^ Jump up to: а б Городничев, РБ; Корниенко М.А.; Купцов Н.С.; Малахова, М.В.; Беспятых Д.А.; Веселовский, В.А.; Шитиков Е.А.; Ильина, ЕН (2021). «Молекулярно-генетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, пригодных для фаговой терапии» . Медицина экстремальных ситуаций . 2021 (3). дои : 10.47183/mes.2021.035 . Проверено 7 мая 2024 г.
- ^ Ли, Яньпин; Кумар, Суреш; Чжан, Лиху; Ву, Хунцзе; У, Хунъянь (01 января 2023 г.). «Особенности механизмов устойчивости к антибиотикам и генов Klebsiella pneumoniae» . Открытая медицина . 18 (1). дои : 10.1515/med-2023-0707 . ISSN 2391-5463 . ПМЦ 10183727 . ПМИД 37197355 .
- ^ «Что такое фаготерапия? - IPATH» . Медицинская школа Калифорнийского университета в Сан-Диего . Проверено 7 мая 2024 г.
- ^ «Обзор компании – Армата Фармасьютикалс» . Фармацевтическая компания Армата . Проверено 7 мая 2024 г.
- ^ Винтачай, Пхитчаяпак; Сурачат, Комвит; Сингхаманан, Камоннут (февраль 2022 г.). «Выделение и характеристика нового фага Autographiviridae и его комбинированного эффекта с тигециклином в борьбе с инфекциями кожи и мягких тканей, ассоциированными с множественной лекарственной устойчивостью Acinetobacter baumannii» . Вирусы . 14 (2): 194. дои : 10.3390/v14020194 . ISSN 1999-4915 . ПМЦ 8878389 . ПМИД 35215788 .
- ^ Нильссон, Андерс С. (14 ноября 2019 г.). «Фармакологические ограничения фаготерапии» . Упсальский журнал медицинских наук . 124 (4): 218–227. дои : 10.1080/03009734.2019.1688433 . ISSN 2000-1967 . ПМК 6968538 . ПМИД 31724901 .
- ^ Jump up to: а б Ли, Фэй; Тянь, Фэнцзюань; Назир, Амина; Суй, Шуцзин; Ли, Мэнчжэ; Ченг, Дунсяо; Нонг, Сыцинь; Али, Азам; КаКар, Мохиб-Улла; Ли, Лу; Фэн, Цян; Тонг, Иган (октябрь 2022 г.). «Выделение и геномная характеристика нового бактериофага Autographiviridae IME184 с литической активностью против Klebsiella pneumoniae» . Вирусные исследования . 319 : 198873. doi : 10.1016/j.virusres.2022.198873 . ISSN 0168-1702 . ПМИД 35868353 .
- ^ Сюй, Хао-Мин; Сюй, Вэнь-Мин; Чжан, Лонг (3 октября 2022 г.). «Современное состояние фаготерапии против инфекционных заболеваний и потенциальное применение за пределами инфекционных заболеваний» . Международный журнал клинической практики . 2022 : e4913146. дои : 10.1155/2022/4913146 . ISSN 1368-5031 . ПМК 9550513 . ПМИД 36263241 .
- ^ Jump up to: а б Мани, Индра (2023), «Составы фагов и фаговых коктейлей» , Фаговая терапия - Часть A , Progress in Molecular Biology and Translation Science, vol. 200, Elsevier, стр. 159–169, doi : 10.1016/bs.pmbts.2023.04.007 , ISBN. 978-0-323-95563-8 , PMID 37739554 , получено 7 мая 2024 г.
- ^ Рибейро, Джонатан Маседо; Перейра, Джованна Николете; Дерли Младший, Итамар; Тейшейра, Густаво Маноэль; Бертоцци, Мариана Маркес; Верри, Вальдичев А.; Кобаяши, Рената Кацуко Такаяма; Наказато, Герсон (11 августа 2023 г.). «Сравнительный анализ эффективности разработки фагового коктейля против нескольких сероваров сальмонеллы и его активности по контролю биопленок» . Научные отчеты 13 (1): 13054. Бибкод : 2023NatSR..1313054R . дои : 10.1038/s41598-023-40228-z . ISSN 2045-2322 . ПМК 10421930 . ПМИД 37567926 .
- ^ Корниенко Мария; Купцов, Никита; Городничев Роман; Беспятых Дмитрий; Гуляев Андрей; Летарова, Мария; Куликов, Евгений; Веселовский Владимир; Малахова, Майя; Летаров, Андрей; Ильина, Елена; Шитиков, Егор (29.10.2020). «Вклад бактериофагов Podoviridae и Myoviridae в эффективность антистафилококковых лечебных коктейлей» . Научные отчеты 10 (1): Бибкод : 2020NatSR..1018612K 18612. дои : 10.1038/s41598-020-75637-x . ISSN 2045-2322 . ПМК 7596081 . ПМИД 33122703 .
- ^ Акерманн, Х.-В. (май 2003 г.). «Наблюдения и эволюция бактериофагов» . Исследования в области микробиологии . 154 (4): 245–251. дои : 10.1016/S0923-2508(03)00067-6 . ПМИД 12798228 .
- ^ Тернер, Данн; Шкопоров Андрей Н.; Лоод, Седрик; Миллард, Эндрю Д.; Дутил, Бас Э.; Альфенас-Зербини, Поляне; ван Зил, Леонардо Дж.; Азиз, Рами К.; Оксанен, Ханна М.; Поранен, Минна М.; Кропински, Эндрю М.; Барильски, Якуб; Бристер, Дж. Родни; Чанисвили, Нина; Эдвардс, Роб А. (февраль 2023 г.). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ISSN 0304-8608 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]