Миовирусиды

Миовирусиды
	ПЭМ- изображение синехококкового фага S-PM2 вириона
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Дуплоднавирия
Королевство:	Хынггунвирэ
Тип:	Уровироката
Сорт:	Каудовирицеты
Заказ:	Каудовирусы
Семья:	Миовирусиды
Подсемейства и роды
	см. текст

Myoviridae — семейство бактериофагов отряда Caudovirales . Семейство Myoviridae и порядок Caudovirales теперь упразднены, а термин «миовирус» теперь используется для обозначения морфологии вирусов этого бывшего семейства. ^{[ 1 ]} бактерии и археи Естественными хозяевами служат . В этом семействе насчитывалось 625 видов, отнесенных к восьми подсемействам и 217 родам. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Подразделения

Подсемейство Tevenvirinae (синоним: Tequatrovirinae ) названо в честь типового вида Enterobacteria, фага T4 . Члены этого подсемейства морфологически неотличимы и имеют умеренно удлиненные головки длиной около 110 нанометров (нм), длинные хвосты с воротником длиной 114 нм, базовые пластинки с короткими шипами и шесть длинных извитых хвостовых волокон. Роды в этом подсемействе делятся на основе морфологии головки: род Tequatrovirus (Предварительное название: T4virus ) имеет длину головки 137 нм, а род Schizotequatrovirus - 111 нм в длину. Внутри родов на основании гомологии белков виды разделены на ряд групп.

Подсемейство Peduovirinae имеет вирионы с головками диаметром 60 нм и хвостами 135 × 18 нм. Эти фаги легко идентифицировать, поскольку сморщенные оболочки имеют тенденцию соскальзывать с ядра хвоста. Фаг Р" является типовым видом.

Все подсемейство Spounavirinae представляют собой вирулентные фаги с широким диапазоном хозяев, которые заражают представителей Bacillota . Они обладают изометрическими головками диаметром 87–94 нм и заметными капсомерами , полосатыми длинными хвостами длиной 140–219 нм и двойной базовой пластиной. На кончике хвоста расположены шаровидные структуры, которые теперь известны как шипы базовой пластины и короткие изогнутые волокна хвоста с шестикратной симметрией. Члены этой группы обычно обладают большими (127–142 т.п.н.) неперестановочными геномами с терминальными избыточностями 3,1–20 т.п.н. Название этого подсемейства происходит от SPO plus una (один латинский).

Галовирусы HF1 и HF2 принадлежат к одному и тому же роду, но, поскольку они инфицируют архей, а не бактерии, их, скорее всего, будут отнесены к отдельному роду после того, как будет установлена их классификация. ^{[ 4 ]}

Группа карликов была предложена на морфологических и геномных основаниях. В эту группу входят фаги Aeromonas Salmonicida фаг 56, фаги Vibrio cholerae 138 и CP-T1, фаг Bdellovibrio φ1422 и фаг Pectobacterium carotovorum ZF40. ^{[ 5 ]} Их общие характеристики включают идентичную морфологию вирионов, обычно характеризующиеся короткими сократительными хвостами, и все они имеют размеры генома примерно 45 килобаз. Порядок генов в структурной единице генома следующий: терминаза — портал — головка — хвост — базовая пластинка — хвостовые волокна.

Вирусология

Вирусы бывшего семейства Myoviridae не имеют оболочки, имеют геометрию «голова-хвост» (с шеей). Геномы представляют собой линейную двухцепочечную ДНК длиной около 33–244 КБ. Геном кодирует от 40 до 415 белков. ^{[ 2 ]} Он имеет неизлечимо избыточные последовательности. Содержание GC составляет ~35%. Геном кодирует 200–300 белков, которые транскрибируются в опероны. В геноме может присутствовать 5-гидроксиметилцитозин (вместо тимидина ).

Трубчатый хвост имеет спиральную симметрию и имеет диаметр 16-20 нм. Он состоит из центральной трубки, сократительной оболочки, воротника, опорной пластинки, шести хвостовых штифтов и шести длинных волокон. Он похож на Tectiviridae , но отличается тем, что хвост у миовируса постоянный.

Сокращения хвоста требуют АТФ . При сокращении оболочки субъединицы оболочки скользят друг по другу, и хвост укорачивается до 10–15 нм в длину.

Жизненный цикл

Прикрепляясь к клетке-хозяину, вирус использует свою сократительную оболочку как шприц, прокалывая клеточную стенку центральной трубкой и вводя генетический материал в хозяина. клетки-хозяина Введенная ДНК берет на себя механизмы транскрипции и трансляции и начинает производить новые вирусы. Репликация следует модели репликативной транспозиции. Транскрипция с помощью ДНК-матрицы - это метод транскрипции. Трансляция происходит посредством сдвига рамки рибосомы -1 . Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса холина белков / эндолизина / спанина . бактерии и археи Естественным хозяином служат . Путь передачи – пассивная диффузия . ^{[ 2 ]}

Хотя миовирусы, как правило , литические и лишены генов, необходимых для лизогенности ряд видов умеренного климата , известен .

Приложения

Поскольку большинство Myoviridae являются литическими, а не умеренными фагами, некоторые исследователи исследовали их использование в качестве терапии бактериальных заболеваний у людей и других животных. ^{[ 7 ]}

Таксономия

Выделяются следующие восемь подсемейств: ^{[ 3 ]}

Кроме того, следующие роды не отнесены к подсемейству: ^{[ 3 ]}

Ссылки

^ Тернер Д., Шкопоров А.Н., Луд Дж., Миллард А.Д., Дутиль Б.Е., Альфенас-Зербини П., ван Зил Л.Дж., Азиз Р.К., Оксанен Х.М., Поранен М.М., Кропински А.М., Барыльски Дж., Бристер Дж.Р., Чанисвили Н., Эдвардс Р.А., Эно Ф. , Гиллис А, Кнежевич П, Крупович М, Куртбёке И, Кушкина А, Лавин Р, Леман С, Лобочка М, Морару С, Морено Свитт А, Морозова В, Накавума Дж, Рейес Муньос А, Румниекс Дж, Саркар Б.Л, Салливан МБ , Утияма Дж., Виттманн Дж., Йиганг Т., Адриансенс Э.М. (январь 2023 г.). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 1 июля 2015 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 11 мая 2021 г.
^ Тан, СЛ; Наттолл, С; Дьял-Смит, М. (2004). «Галовирусы HF1 и HF2: свидетельства недавнего и крупного события рекомбинации» . J Бактериол . 186 (9): 2810–7. дои : 10.1128/JB.186.9.2810-2817.2004 . ПМЦ 387818 . ПМИД 15090523 .
^ Комо, AM; Трамбле, Д; Муано, С; Раттей, Т; Кушкина А.И.; Товкач, Ф.И.; Криш, Х.М.; Акерманн, HW (2012). «Морфология фага повторяет филогению: сравнительная геномика новой группы миовирусов» . ПЛОС ОДИН . 7 (7): е40102. Бибкод : 2012PLoSO...740102C . дои : 10.1371/journal.pone.0040102 . ПМК 3391216 . ПМИД 22792219 .
^ Дж. Бернард Хейманн, Бинг Ван, Уильям В. Ньюкомб, Веймин Ву, Деннис К. Винклер, Найцянь Ченг, Эрин Р. Рейли, Жу-Чинг Ся, Джули А. Томас, Аласдер К. Стивен: Пятнистый капсид Гигантский фаг сальмонеллы SPN3US, вероятный промежуточный продукт созревания с новой внутренней оболочкой. В: Вирусы 2020, 12(9). Специальный выпуск «Гигантские или гигантские фаги» , 910. doi:10.3390/v12090910 .
^ Каппарелли, Розанна; и др. (август 2007 г.). «Экспериментальная фаговая терапия против золотистого стафилококка на мышах» . Антимикробные средства и химиотерапия . 51 (8): 2765–73. дои : 10.1128/AAC.01513-06 . ЧВК 1932491 . ПМИД 17517843 .

Внешние ссылки

[pmid36683075-1] Тернер Д., Шкопоров А.Н., Луд Дж., Миллард А.Д., Дутиль Б.Е., Альфенас-Зербини П., ван Зил Л.Дж., Азиз Р.К., Оксанен Х.М., Поранен М.М., Кропински А.М., Барыльски Дж., Бристер Дж.Р., Чанисвили Н., Эдвардс Р.А., Эно Ф. , Гиллис А, Кнежевич П, Крупович М, Куртбёке И, Кушкина А, Лавин Р, Леман С, Лобочка М, Морару С, Морено Свитт А, Морозова В, Накавума Дж, Рейес Муньос А, Румниекс Дж, Саркар Б.Л, Салливан МБ , Утияма Дж., Виттманн Дж., Йиганг Т., Адриансенс Э.М. (январь 2023 г.). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .

[ViralZone-2] Jump up to: ^а ^б ^с «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 1 июля 2015 г.

[ICTV-3] Jump up to: ^а ^б ^с «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 11 мая 2021 г.

[Tang2004-4] Тан, СЛ; Наттолл, С; Дьял-Смит, М. (2004). «Галовирусы HF1 и HF2: свидетельства недавнего и крупного события рекомбинации» . J Бактериол . 186 (9): 2810–7. дои : 10.1128/JB.186.9.2810-2817.2004 . ПМЦ 387818 . ПМИД 15090523 .

[Comeau2012-5] Комо, AM; Трамбле, Д; Муано, С; Раттей, Т; Кушкина А.И.; Товкач, Ф.И.; Криш, Х.М.; Акерманн, HW (2012). «Морфология фага повторяет филогению: сравнительная геномика новой группы миовирусов» . ПЛОС ОДИН . 7 (7): е40102. Бибкод : 2012PLoSO...740102C . дои : 10.1371/journal.pone.0040102 . ПМК 3391216 . ПМИД 22792219 .

[Heymann2020-6] Дж. Бернард Хейманн, Бинг Ван, Уильям В. Ньюкомб, Веймин Ву, Деннис К. Винклер, Найцянь Ченг, Эрин Р. Рейли, Жу-Чинг Ся, Джули А. Томас, Аласдер К. Стивен: Пятнистый капсид Гигантский фаг сальмонеллы SPN3US, вероятный промежуточный продукт созревания с новой внутренней оболочкой. В: Вирусы 2020, 12(9). Специальный выпуск «Гигантские или гигантские фаги» , 910. doi:10.3390/v12090910 .

[7] Каппарелли, Розанна; и др. (август 2007 г.). «Экспериментальная фаговая терапия против золотистого стафилококка на мышах» . Антимикробные средства и химиотерапия . 51 (8): 2765–73. дои : 10.1128/AAC.01513-06 . ЧВК 1932491 . ПМИД 17517843 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]