Халспивиридиды
| Салтерпровирус | |
|---|---|
 | |
| Схема вириона структуры | |
 | |
| Просвечивающая электронная микрофотография вирионов, отрицательно окрашенных уранилацетатом . Масштабная линейка = 100 нм. | |
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Семья: | Халспивиридиды |
| Род: | Салтерпровирус |
| Разновидность | |
| |
  | |
| Место выделения: соляной кристаллизатор в Авалоне, Виктория, Австралия. | |
| Синонимы | |
Салтерпровирус
Салтерпровирус His1
| |
Halspiviridae — семейство вирусов, состоящее из одного рода Salterprovirus , который состоит из одного признанного вида; Салтерпровирус His1 (далее «His1»). Этот вирус был выделен из гиперсоленой воды в Австралии и его удалось культивировать на галофильной архее Haloarcula hispanica . напоминающий лимоноподобную форму Как и многие другие археовирусы, His1 имеет вирион, . [1] [2] [3] [4]
Этимология
[ редактировать ]Название семейства Halspiviridae происходит от слов « галофильный » и «веретенообразный » в зависимости от среды обитания и морфологии вириона соответственно. Название рода Salterprovirus происходит от соленого терминального белка вируса - 5' , поскольку линейный геном дцДНК имеет белки, прикрепленные к концам . [1]
Таксономия
[ редактировать ]Вирион имеет веретенообразную морфологию и по форме похож на вирусы, заражающие термофильные археи Fuselloviridae , и His1 первоначально был описан как вероятный член этой группы. [1] Однако позже было обнаружено, что генетического родства нет, а их стратегии репликации совершенно разные, и поэтому His1 был отнесен к новой группе, роду Salterprovirus внутри семейства Halspiviridae . [5] Halspiviridae не были отнесены к каким-либо таксонам более высокого ранга. [ нужна ссылка ]
Последовательности ДНК окружающей среды, полученные из соляных бассейнов Намиб, указывают на присутствие в настоящее время нераспознанных дальних родственников His1. [6]
Другой вид вируса, получивший теперь название Gammapleolipovirus His2 (далее «His2»), первоначально считался родственным His1. [2] [3] но более поздний анализ вириона His2 показал, что этот вид на самом деле принадлежит к семейству Pleolipoviridae . [7]
Структура
[ редактировать ]Вирус имеет оболочку, лимонообразную или веретенообразную морфологию. Геномы линейные, длиной около 14,5 КБ. Геном имеет 35 открытых рамок считывания. [3] Негативно окрашенное электронно-микроскопическое (ЭМ) изображение вирионов His1 показано в правой части этой страницы. Существуют некоторые различия в длине частиц (например, пример виден слева от центра), но большинство из них имеют типичный лимонообразный капсид с коротким хвостом. Микрофотографии высокого разрешения и криоЭМ-реконструкции были опубликованы Hong et al. (2015), [8] который дал средние размеры 92 x 40 нм с хвостом 12 нм.
| Структура | Капсид | Геномное расположение | Геномная сегментация |
|---|---|---|---|
| лимониформный | Белок | Линейный | Однодольный |
Цикл репликации
[ редактировать ]Репликация вируса цитоплазматическая. Проникновение в клетку-хозяина достигается путем прикрепления вируса к клетке-хозяину. Константа скорости адсорбции His1 равна 1,9 x 10. −12 мл мин −1 было экспериментально определено Pietilä et al. (2013). [9] Транскрипция с использованием шаблона ДНК - это метод транскрипции. Haloarcula hispanica Хозяином может служить . Передача происходит посредством пассивной диффузии. [3]
| Сведения о хосте | Тканевой тропизм | Детали входа | Подробности выпуска | Сайт репликации | Монтажный участок | Передача инфекции |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Архея: Haloarcula hispanica. | Никто | Инъекция | Литический | Цитоплазма | Цитоплазма | Пассивная диффузия |
Геном
[ редактировать ]| NCBI Идентификатор генома | NC_007914 |
|---|---|
| Размер генома | 14 464 нуклеотида |
| Год завершения | 2020 |
Линейный геном дцДНК His1 состоит из 14 464 пар оснований (п.н.), имеет несовершенные инвертированные концевые повторяющиеся последовательности длиной 105 п.о. и отмечен как несущий 35 генов, кодирующих белок, включая ген, определяющий ДНК-полимеразу с белком (B- семья). На концах генома прикреплен белок. [2] Белковая последовательность полимеразы на 42% идентична полимеразе гаммаплеолиповируса His2, хотя эти два вируса принадлежат к очень разным таксономическим группам. [ нужна ссылка ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Бат С, Дьял-Смит ML (ноябрь 1998 г.). «His1, архейный вирус семейства Fuselloviridae, поражающий Haloarcula hispanica» . Журнал вирусологии . 72 (11): 9392–5. doi : 10.1128/JVI.72.11.9392-9395.1998 . ПМЦ 110367 . ПМИД 9765495 .
- ^ Jump up to: а б с Бат С, Кукалак Т, Портер К, Дьял-Смит МЛ (июнь 2006 г.). «His1 и His2 являются отдаленно родственными галовирусами веретенообразной формы, принадлежащими к новой группе вирусов Salterprovirus». Вирусология . 350 (1): 228–39. дои : 10.1016/j.virol.2006.02.005 . ПМИД 16530800 .
- ^ Jump up to: а б с д «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.
- ^ ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.» . Проверено 15 июня 2015 г.
- ^ Адриансенс Э.М., Салливан М.Б., Кнежевич П., ван Зил Л.Дж., Саркар Б.Л., Дутиль Б.Е. и др. (май 2020 г.). «Таксономия прокариотических вирусов: обновление 2018-2019 гг. от Подкомитета ICTV по бактериальным и архейным вирусам» . Архив вирусологии . 165 (5): 1253–1260. дои : 10.1007/s00705-020-04577-8 . hdl : 2381/43909 . ПМИД 32162068 .
- ^ Адриенссенс Э.М., ван Зил Л.Дж., Коуэн Д.А., Триндаде М.И. (январь 2016 г.). «Метавиромика соляных котлов пустыни Намиб: новая линия галоархейных сальтерпровирусов и богатый источник вирусов оцДНК» . Вирусы . 8 (1): 14. дои : 10.3390/v8010014 . ПМЦ 4728574 . ПМИД 26761024 .
- ^ Бэмфорд Д.Х., Пиетиля М.К., Ройне Э., Атанасова Н.С., Динстбир А., Оксанен Х.М. (декабрь 2017 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Pleolipoviridae» . Журнал общей вирусологии . 98 (12): 2916–2917. дои : 10.1099/jgv.0.000972 . ПМЦ 5882103 . ПМИД 29125455 .
- ^ Хонг С., Пиетиля М.К., Фу С.Дж., Шмид М.Ф., Бэмфорд Д.Х., Чиу В. (февраль 2015 г.). «Архейный вирус His1 с ореолом в форме лимона с однородным хвостом, но с изменчивой структурой капсида» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (8): 2449–54. Бибкод : 2015PNAS..112.2449H . дои : 10.1073/pnas.1425008112 . ПМЦ 4345568 . ПМИД 25675521 .
- ^ Пиетиля М.К., Атанасова Н.С., Оксанен Х.М., Бэмфорд Д.Х. (июнь 2013 г.). «Модифицированный белок оболочки образует гибкий веретенообразный вирион галоархейного вируса His1». Экологическая микробиология . 15 (6): 1674–86. Бибкод : 2013EnvMi..15.1674P . дои : 10.1111/1462-2920.12030 . ПМИД 23163639 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]