Флавивирусиды

Флавивирусиды
	вируса Зика Структура и геном вириона
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Китриновирикота
Сорт:	Фласувирицеты
Заказ:	Амарилловирусы
Семья:	Флавивирусиды
Роды
	Флавивирус ; гепацивирус ; пегивирус ; Пестивирус ;

Flaviviridae — семейство оболочечных РНК-вирусов с положительной цепью , которые в основном поражают млекопитающих и птиц . ^{[ 1 ]} Они в основном передаются через членистоногих- переносчиков (в основном клещей и комаров ). ^{[ 2 ]} Семья получила свое название от вируса желтой лихорадки ; flavus в переводе с латыни означает «желтый», а желтая лихорадка, в свою очередь, была названа из-за ее склонности вызывать желтуху у жертв. ^{[ 3 ]} В семействе 89 видов, разделенных на четыре рода. ^{[ 2 ]} К заболеваниям, связанным с этой группой, относятся: гепатит ( гепацивирусы ), геморрагические синдромы , фатальные заболевания слизистых оболочек ( пестивирусы ), геморрагическая лихорадка , энцефалит и врожденная дефектная микроцефалия ( флавивирусы ). ^{[ 4 ]}

Структура

Вирусные частицы имеют оболочку и сферическую форму с икосаэдрической геометрией, имеющей псевдосимметрию T=3. Их около 40–60 нм . диаметр составляет ^{[ 2 ]}^{[ 4 ]}

Геном

Члены семейства Flaviviridae имеют моночастные, линейные, одноцепочечные РНК- геномы положительной полярности и общей длиной от 9,6 до 12,3 тысяч оснований. 5'-концы флавивирусов несут метилированный нуклеотидный кэп, в то время как другие члены этого семейства не имеют кэпа и кодируют внутренний сайт входа в рибосому.

Геном кодирует один полипротеин с множеством трансмембранных доменов, который расщепляется как хозяйскими, так и вирусными протеазами на структурные и неструктурные белки. Среди неструктурных белковых продуктов (NS) места и последовательности NS3 и NS5, которые содержат мотивы, необходимые для процессинга полипротеинов и репликации РНК соответственно, относительно хорошо консервативны во всем семействе и могут быть полезны для филогенетического анализа.

Жизненный цикл

Репликация вируса цитоплазматическая. Проникновение в клетку-хозяина достигается путем прикрепления белка Е вирусной оболочки к рецепторам хозяина, что опосредует клатрин -опосредованный эндоцитоз. Репликация соответствует модели репликации вируса с положительной цепью РНК. Транскрипция вируса с положительной цепью РНК - это метод транскрипции. Трансляция происходит путем вирусной инициации. Вирион собирается путем отпочкования через внутриклеточные мембраны и покидает клетку-хозяина путем экзоцитоза. ^{[ 2 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Род	Сведения о хосте	Тканевой тропизм	Детали входа	Подробности выпуска	Сайт репликации	Монтажный участок	Передача инфекции
Flavivirus	Humans; mammals; mosquitoes; ticks	Epithelium: skin; epithelium: kidney; epithelium: intestine; epithelium: testes	Clathrin-mediated endocytosis	Secretion	Cytoplasm	Cytoplasm	Zoonosis; arthropod bite
Hepacivirus	Humans	Epithelium: skin; epithelium: kidney; epithelium: intestine; epithelium: testes	Clathrin-mediated endocytosis	Secretion	Cytoplasm	Cytoplasm	Sex; blood
Pegivirus	Mammals	None	Clathrin-mediated endocytosis	Secretion	Cytoplasm	Cytoplasm	Unknown
Pestivirus	Mammals	None	Clathrin-mediated endocytosis	Secretion	Cytoplasm	Cytoplasm	Vertical: parental

Диапазон хозяев и история эволюции

используют широкий спектр естественных хозяев Различные представители Flaviviridae , включая рыбу, млекопитающих, включая человека, и различных беспозвоночных, например, специфичных для моллюсков и ракообразных. ^{[ 6 ]} Геномы этих флавивирусов обнаруживают близкую синтению с геномами типового вида флавивирусов — вируса желтой лихорадки. ^{[ 7 ]} Один флавивирус, флавивирус акулы Вэньчжоу , заражает как тихоокеанских лопатоносых акул ( Scoliodon macrorhynchos ), так и крабов Газами ( Portunus trituberculatus ) с перекрывающимися ареалами, что повышает вероятность морского жизненного цикла с двумя хозяевами. ^{[ 6 ]} Однако другая клада флавивирусов, флавивирусы, специфичные для насекомых, имеют геномы, которые не демонстрируют сильной синтении ни с одной из этих групп, что предполагает сложную эволюционную историю. ^{[ 2 ]}^{[ 8 ]}

флавивируса Эндогенные вирусные элементы , следы геномов флавивируса, интегрированные в ДНК хозяина, обнаружены у многих видов, в том числе у головастика-креветки Lepidurus articus , водяной блохи Daphnia magna и пресноводной медузы Craspedacusta sowerbii , 1999. ^{[ 7 ]} предполагая древнюю коэволюцию между линиями животных и флавивирусов. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Многие из хорошо известных представителей семейства, вызывающих заболевания у позвоночных, передаются через членистоногих-переносчиков (клещей и комаров). ^{[ 2 ]}^{[ 4 ]}^{[ 7 ]}

Таксономия

Филогенетическое древо *Flaviviridae* с использованием последовательностей белков NS3.

Flaviviridae , в которую входят некоторые вирусы растений и бактериальные вирусы входят в супергруппу II РНК-вирусов . ^{[ 2 ]}

В семействе четыре рода: ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Род Flavivirus , переименованный в 2023 году в Orthoflavivirus (включает вирус Денге , японский энцефалит , лесную болезнь Кьясанур , вирус Повассан , вирус Западного Нила , вирус желтой лихорадки и вирус Зика ).
Род Hepacivirus (включает гепацивирус C ( вирус гепатита C ) и гепацивирус B (вирус GB B))
Род Pegivirus (включает пегивирус A (вирус GB A), пегивирус C (вирус C GB) и пегивирус B (вирус D GB))
Род Pestivirus (включает пестивирус А ( вирус вирусной диареи крупного рогатого скота 1 ) и пестивирус С ( вирус классической чумы свиней , ранее вирус холеры свиней)). Вирусы этого рода поражают млекопитающих, кроме человека.

Неклассифицированный

Известны и другие ортофлавивирусы, которые еще предстоит классифицировать. К ним относится вирус акулы Венлин.

Вирус Цзинмэнь представляет собой группу неклассифицированных вирусов семейства, в которое входят вирус Алонгшань , вирус Гуайко Кулекс, вирус клеща Цзинмэнь и вирус клеща Могиана. Эти вирусы имеют сегментированный геном из четырех или пяти частей. Два из этих сегментов происходят от флавивирусов. ^{[ нужна ссылка ]}

Ряд вирусов могут быть родственны флавивирусам, но имеют особенности, нетипичные для флавивирусов. К ним относятся цитрусовый Цзинмэнь-подобный вирус, вирус соевой нематоды 5, возбудитель личинок Toxocara canis, вирус сверчка Ухань и, возможно, вирус, ассоциированный с горечавкой Кобу-сё. ^{[ нужна ссылка ]}

Клиническое значение

Основные заболевания, вызываемые членами семейства Flaviviridae, включают:

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Симмондс, П; Бехер, П; Бух, Дж; Гулд, Э; Мейерс, Дж; Месяц, Т; Мюерхофф, С; Плетнев А; Рико-Гессен, Р.; Смит, Д; Стэплтон, Дж; Консорциум отчетов ICTV (2017). «Профиль таксономии вируса ICTV: Flaviviridae» . Журнал общей вирусологии . 98 (1): 2–3. дои : 10.1099/jgv.0.000672 . ПМК 5370391 . ПМИД 28218572 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Рикко-Гессен, Ребекка (2023). Ноулз, Ник Дж.; Сидделл, Стюарт Г. (ред.). «Флавивирусиды» . Онлайн-репортаж ICTV . Проверено 11 июля 2024 г.
^ «Флавивирусиды » Микроб вики . Получено 22 . июля
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 11 июля 2024 г.
^ Симмондс П., Бехер П., Бух Дж., Гулд Э.А., Мейерс Г., Монат Т., Мюерхофф С., Плетнет А., Рико-Гессен Р., Смит Д.Б., Стэплтон Дж.Т., Консорциум отчетов ICTV (2017). «Профиль таксономии вирусов ICTV: Flaviviridae » . Журнал общей вирусологии . 98 (1): 2–3. дои : 10.1099/jgv.0.000672 . ПМК 5370391 . ПМИД 28218572 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ленсинк М.Дж., Ли Ю, Леким С. (2022). «Водные флавивирусы» . Журнал вирусологии . 96 (17):e0043922. дои : 10.1128/jvi.00439-22 . ПМЦ 9472621 . ПМИД 35975997 . Искусство. Нет. e00439-22.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Парри Р., Асгари С. (2019). «Открытие новых флавивирусов ракообразных и головоногих: понимание эволюции и циркуляции флавивирусов между морскими беспозвоночными и позвоночными-хозяевами» . Журнал вирусологии . 93 (14). дои : 10.1128/JVI.00432-19 . ПМК 6600200 . PMID 31068424 . Искусство. № e00432-19.
^ Ши М., Лин XD, Василакис Н., Тянь Дж.Х., Ли CX, Чен Л.Дж. и др. (2015). «Дивергентные вирусы, обнаруженные у членистоногих и позвоночных, пересматривают эволюционную историю Flaviviridae и родственных вирусов» . Журнал вирусологии . 90 (2): 659–669. дои : 10.1128/JVI.02036-15 . ПМК 4702705 . ПМИД 26491167 .

Внешние ссылки

Отчет ICTV : Flaviviridae
геномов Flaviviridae Результаты поиска в базе данных из Ресурсного центра вирусной биоинформатики
Вирусная зона : Flaviviridae
База данных и ресурс анализа вирусных патогенов (ViPR): Flaviviridae
« Флавивирусиды » . таксономии NCBI Браузер 11050

[ICTVProfile-1] Jump up to: ^а ^б Симмондс, П; Бехер, П; Бух, Дж; Гулд, Э; Мейерс, Дж; Месяц, Т; Мюерхофф, С; Плетнев А; Рико-Гессен, Р.; Смит, Д; Стэплтон, Дж; Консорциум отчетов ICTV (2017). «Профиль таксономии вируса ICTV: Flaviviridae» . Журнал общей вирусологии . 98 (1): 2–3. дои : 10.1099/jgv.0.000672 . ПМК 5370391 . ПМИД 28218572 .

[ICTVReport-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Рикко-Гессен, Ребекка (2023). Ноулз, Ник Дж.; Сидделл, Стюарт Г. (ред.). «Флавивирусиды» . Онлайн-репортаж ICTV . Проверено 11 июля 2024 г.

[3] «Флавивирусиды » Микроб вики . Получено 22 . июля

[ViralZone-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 11 июля 2024 г.

[5] Симмондс П., Бехер П., Бух Дж., Гулд Э.А., Мейерс Г., Монат Т., Мюерхофф С., Плетнет А., Рико-Гессен Р., Смит Д.Б., Стэплтон Дж.Т., Консорциум отчетов ICTV (2017). «Профиль таксономии вирусов ICTV: Flaviviridae » . Журнал общей вирусологии . 98 (1): 2–3. дои : 10.1099/jgv.0.000672 . ПМК 5370391 . ПМИД 28218572 .

[lensink2022-6] Jump up to: ^а ^б ^с Ленсинк М.Дж., Ли Ю, Леким С. (2022). «Водные флавивирусы» . Журнал вирусологии . 96 (17):e0043922. дои : 10.1128/jvi.00439-22 . ПМЦ 9472621 . ПМИД 35975997 . Искусство. Нет. e00439-22.

[parryasgari2019-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Парри Р., Асгари С. (2019). «Открытие новых флавивирусов ракообразных и головоногих: понимание эволюции и циркуляции флавивирусов между морскими беспозвоночными и позвоночными-хозяевами» . Журнал вирусологии . 93 (14). дои : 10.1128/JVI.00432-19 . ПМК 6600200 . PMID 31068424 . Искусство. № e00432-19.

[8] Ши М., Лин XD, Василакис Н., Тянь Дж.Х., Ли CX, Чен Л.Дж. и др. (2015). «Дивергентные вирусы, обнаруженные у членистоногих и позвоночных, пересматривают эволюционную историю Flaviviridae и родственных вирусов» . Журнал вирусологии . 90 (2): 659–669. дои : 10.1128/JVI.02036-15 . ПМК 4702705 . ПМИД 26491167 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

Флавивирусиды

вируса Зика Структура и геном вириона
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Китриновирикота
Сорт:	Фласувирицеты
Заказ:	Амарилловирусы
Семья:	*Флавивирусиды*
Роды
Флавивирус гепацивирус пегивирус Пестивирус