Редондовирусиды

Редондовирусиды
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Моноднавирия
Королевство:	Шотокувираэ
Тип:	Крессднавирикота
Сорт:	Арфивирицетес
Заказ:	Рекревирусы
Семья:	Редондовирусиды
Род и вид
	Торбевирус Ветровирус ; Брисавирус ; ;

Редондовирусы (представители Redondoviridae ) — семейство ДНК-вирусов, ассоциированных с человеком . ^{[ 2 ]} Их название происходит от предполагаемой кольцевой структуры вирусного генома (« redondo означает «круглый» » в переводе с испанского ). Редондовирусы были идентифицированы в ходе исследований образцов ДНК человека, в первую очередь образцов из ротовой полости и верхних дыхательных путей, основанных на изучении последовательностей ДНК. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Вирусология

Таксономия

отнес редондовирусы к новому семейству — Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) Redondoviridae . ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Классификация

Семейство Redondoviridae делится на два вида: Brisavirus и Vientovirus . ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]} Названия происходят от слов «бриза» и «ветер» на испанском языке (« brisa » и « viento »), что указывает на связь с дыхательными путями человека. На основе структуры вирусного генома было предложено несколько штаммов. ^{[ нужна ссылка ]}

Редондовирусы относятся к группе вирусов с кольцевой повторной ДНК (CRESS). ^{[ 7 ]}

Тип: Крессднавирикота. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}
Класс: Арфивирицетес ^{[ 8 ]} ( Ar от аргинина ; fi от пальца; описывает особенность белка Rep, консервативную среди вирусов этого класса)
Порядок: Рекревирусы ^{[ 8 ]} ( Re от редондовирусов; cre от CRESS)

Геном

Геном редондовируса имеет кольцевую форму и, по аналогии с другими вирусами CRESS, вероятно, одноцепочечный. Размер геномов варьируется от 3,0 до 3,1 тыс. нуклеотидов. Геном кодирует три предполагаемых белка: ^{[ нужна ссылка ]}

Белок Rep, который, вероятно, инициирует репликацию ДНК по типу катящегося круга.
Белок Cap , который, вероятно, самособирается с образованием икосаэдрических частиц.
Белок ORF3 неизвестной функции. ORF3 полностью кодируется в области кодирования Cap в другом кадре считывания.

Эпидемиология

Распределение

Геномы редондовирусов были обнаружены в основном из образцов человека, исследованных с использованием метагеномного секвенирования ДНК . Они были обнаружены в основном в образцах ротовой полости и дыхательных путей. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}В некоторых популяциях людей образцы из ротовой полости могут показывать до 80% положительных результатов на редондовирус. ^{[ 10 ]}

Анализ различных типов образцов человеческого происхождения показал сильную положительную корреляцию ДНК редондовируса и ДНК оральной амебы Entamoeba gingivalis . Последующие исследования показали, что ксеновая культура, содержащая Entamoeba gingivalis и питающие бактерии, также была положительной на ДНК и РНК редондовируса. Анализ с использованием внутриклеточного перекрестного связывания (Hi-C) показал перекрестное связывание ДНК редондовируса с ДНК Entamoeba , что подтверждает Entamoeba gingivalis в качестве хозяина. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Ассоциации заболеваний

Неизвестно, вызывают ли редондовирусы заболевания человека. Некоторые вирусы CRESS являются известными патогенами, например, цирковирус свиней типа 2. ^{[ 13 ]}

Сообщалось, что редондовирусы связаны с пародонтитом . В одном исследовании уровни снизились при успешном лечении. ^{[ 5 ]} Также было обнаружено, что численность геномов редондовируса высока у некоторых пациентов отделений интенсивной терапии и у пациентов с тяжелой формой COVID-19. ^{[ 14 ]} В настоящее время основа этих ассоциаций заболеваний неясна. ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д "ICTV Report Redondoviridae" .
^ Аббас А., Тейлор Л.Дж., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д., Консорциум отчетов ICTV (январь 2021 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Redondoviridae » . Журнал общей вирусологии . 102 (1). дои : 10.1099/jgv.0.001526 . ПМЦ 8116785 . ПМИД 33258767 .
^ Ноэлл К., Коллс Дж.К. (май 2019 г.). «Дальнейшее определение вирома человека с использованием NGS: идентификация редондовирусов» . Клетка-хозяин и микроб . 25 (5): 634–635. дои : 10.1016/j.chom.2019.04.010 . ПМК 6849504 . ПМИД 31071291 .
^ Jump up to: ^а ^б Цуй Л, Ву Б, Чжу Х, Го Х, Гэ Ю, Чжао К, Ци Х, Ши З, Чжу Ф, Сунь Л, Чжоу М (ноябрь 2017 г.). «Идентификация и генетическая характеристика нового кольцевого одноцепочечного ДНК-вируса в образце верхних дыхательных путей человека». Архив вирусологии . 162 (11): 3305–3312. дои : 10.1007/s00705-017-3481-3 . ISSN 0304-8608 . ПМИД 28707271 . S2CID 9239411 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Дотард М.И., Лейби Дж.С., Фицджеральд А.С., Хатиб Л.А., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д. (август 2019 г.). «Redondoviridae, семейство небольших кольцевых ДНК-вирусов рото-дыхательного тракта человека, связанных с пародонтитом и критическими заболеваниями» . Клетка-хозяин и микроб . 26 (2): 719–729.e4. дои : 10.1016/j.chom.2019.07.015 . ПМК 6510254 . ПМИД 31071295 .
^ Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д. (14 октября 2019 г.). «Создайте одно новое семейство ( Redondoviridae ) для кольцевых ДНК-вирусов, кодирующих Rep» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 25 февраля 2020 г. ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Чжао Л., Розарио К., Брейтбарт М., Даффи С. (2019), «Эукариотические вирусы с кольцевой повторной кодировкой одноцепочечной ДНК (ДНК CRESS): вездесущие вирусы с небольшими геномами и разнообразным диапазоном хозяев», Достижения в области вирусных исследований , 103 , Elsevier: 71–133, doi : 10.1016/bs.aivir.2018.10.001 , ISBN. 978-0-12-817722-8 , PMID 30635078 , S2CID 58636379
^ Jump up to: ^а ^б ^с Уокер П.Дж. «2019.012DAv1.Cressdnaviricota» (XLSX) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 25 февраля 2020 г. Крессднавирикота Arfiviricetes Recrevirales Redondoviridae ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Крупович М, Варсани А, Кун Дж, Казлаускас Д, Брейтбарт М, Дельварт Е, Розарио К, Ютин Н, Вольф ЮИ, Харрах Б, Зербини Ф.М., Доля В.В., Кунин Е.В. (2019). «Создать 1 новый тип (Cressdnaviricota), включающий 2 класса и 6 порядков для классификации CRESS-ДНК-вирусов» . Предложение по таксономии ICTV 2019.012DAv1.Cressdnaviricota . Архивировано из оригинала 12 февраля 2020 года. {{cite web}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ [ В PubMed ] Тейлор Л.Дж., Дотхард М.И., Рубель М.А., Аллен А.А., Хван Й., Рош А.М., Грэм-Вутен Дж., Фицджеральд А.С., Хатиб Л.А., Ранчиаро А., Томпсон С.Р., Беггс В.Р., Кэмпбелл М.С., Моконе Г.Г., Мполока С.В., Фокунанг С., Ньямнши А.К., Мбунве Э., Вольдемескел Д., Белай Г., Ньямбо Т., Тишкофф С.А., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д. (октябрь 2021 г.). «Разнообразие и эволюция редондовирусов в глобальном, индивидуальном и молекулярном масштабах» . Джей Вирол 95 (21):e0081721. дои : 10.1128/JVI.00817-21 . ПМЦ 8513488 . ПМИД 34406857 .
^ Килер Э., Меренштейн С., Редди С., Тейлор Л., Кобиан-Гемес А., Занхария У., Коллман Р., Бушман Ф. (1 декабря 2022 г.). «Широко распространенные редондовирусы, связанные с человеком, поражают комменсальных простейших Entamoeba gingivalis» . Клетка-хозяин и микроб . 31 (1): 58–68.e5. дои : 10.1016/j.chom.2022.11.002 . ПМЦ 9969835 . ПМИД 36459997 . S2CID 254179614 .
^ Кинселла С., Дейс М., Беккер С., Брукхейзен П., ван Гул Т., Барт А., Шефер А., ван дер Хук Л. (16 сентября 2022 г.). «Прогнозирование хозяина желудочно-кишечных крессднавирусов, связанных с заболеваниями» . Вирус Эвол . 8 (2): veac087. дои : 10.1093/ve/veac087 . ПМЦ 9615429 . ПМИД 36325032 .
^ Мэн XJ (январь 2013 г.). «Цирковирус свиней типа 2 (ЦВС2): патогенез и взаимодействие с иммунной системой». Ежегодный обзор биологических наук о животных . 1 (1): 43–64. doi : 10.1146/annurev-animal-031412-103720 . ISSN 2165-8102 . ПМИД 25387012 .
^ Меренштейн С., Лян Дж., Уайтсайд С.А., Кобиан-Гуэмес А.Г., Мерлино М.С., Тейлор Л.Дж., Гласкок А., Биттингер К., Тейнс К., Грэм-Вутен Дж., Хатиб Л.А., Фицджеральд А.С., Редди С., Бакстер А.Э., Джайлс Дж.Р., Олдридж Д.А., Мейер, Нью-Джерси, Уэрри Э.Дж., Макгиннисс Дж.Э., Бушман Ф.Д., Коллман Р.Г. (август 2021 г.). «Признаки тяжести COVID-19 и иммунный ответ в микробиоме дыхательных путей» . мБио . 12 (4): e0177721. doi : 10.1128/mBio.01777-21 . ПМЦ 8406335 . ПМИД 34399607 .

Внешние ссылки

Данные, относящиеся к Redondoviridae , в Wikispecies

ICTV Report: Redondoviridae

[ICTVReport-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д "ICTV Report Redondoviridae" .

[2] Аббас А., Тейлор Л.Дж., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д., Консорциум отчетов ICTV (январь 2021 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Redondoviridae » . Журнал общей вирусологии . 102 (1). дои : 10.1099/jgv.0.001526 . ПМЦ 8116785 . ПМИД 33258767 .

[3] Ноэлл К., Коллс Дж.К. (май 2019 г.). «Дальнейшее определение вирома человека с использованием NGS: идентификация редондовирусов» . Клетка-хозяин и микроб . 25 (5): 634–635. дои : 10.1016/j.chom.2019.04.010 . ПМК 6849504 . ПМИД 31071291 .

[:0-4] Jump up to: ^а ^б Цуй Л, Ву Б, Чжу Х, Го Х, Гэ Ю, Чжао К, Ци Х, Ши З, Чжу Ф, Сунь Л, Чжоу М (ноябрь 2017 г.). «Идентификация и генетическая характеристика нового кольцевого одноцепочечного ДНК-вируса в образце верхних дыхательных путей человека». Архив вирусологии . 162 (11): 3305–3312. дои : 10.1007/s00705-017-3481-3 . ISSN 0304-8608 . ПМИД 28707271 . S2CID 9239411 .

[:1-5] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Дотард М.И., Лейби Дж.С., Фицджеральд А.С., Хатиб Л.А., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д. (август 2019 г.). «Redondoviridae, семейство небольших кольцевых ДНК-вирусов рото-дыхательного тракта человека, связанных с пародонтитом и критическими заболеваниями» . Клетка-хозяин и микроб . 26 (2): 719–729.e4. дои : 10.1016/j.chom.2019.07.015 . ПМК 6510254 . ПМИД 31071295 .

[2019.011D-6] Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д. (14 октября 2019 г.). «Создайте одно новое семейство ( Redondoviridae ) для кольцевых ДНК-вирусов, кодирующих Rep» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 25 февраля 2020 г. ^{[ мертвая ссылка ]}

[7] Чжао Л., Розарио К., Брейтбарт М., Даффи С. (2019), «Эукариотические вирусы с кольцевой повторной кодировкой одноцепочечной ДНК (ДНК CRESS): вездесущие вирусы с небольшими геномами и разнообразным диапазоном хозяев», Достижения в области вирусных исследований , 103 , Elsevier: 71–133, doi : 10.1016/bs.aivir.2018.10.001 , ISBN. 978-0-12-817722-8 , PMID 30635078 , S2CID 58636379

[2019.012D-8] Jump up to: ^а ^б ^с Уокер П.Дж. «2019.012DAv1.Cressdnaviricota» (XLSX) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 25 февраля 2020 г. Крессднавирикота Arfiviricetes Recrevirales Redondoviridae ^{[ мертвая ссылка ]}

[9] Крупович М, Варсани А, Кун Дж, Казлаускас Д, Брейтбарт М, Дельварт Е, Розарио К, Ютин Н, Вольф ЮИ, Харрах Б, Зербини Ф.М., Доля В.В., Кунин Е.В. (2019). «Создать 1 новый тип (Cressdnaviricota), включающий 2 класса и 6 порядков для классификации CRESS-ДНК-вирусов» . Предложение по таксономии ICTV 2019.012DAv1.Cressdnaviricota . Архивировано из оригинала 12 февраля 2020 года. {{cite web}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[10] [ В PubMed ] Тейлор Л.Дж., Дотхард М.И., Рубель М.А., Аллен А.А., Хван Й., Рош А.М., Грэм-Вутен Дж., Фицджеральд А.С., Хатиб Л.А., Ранчиаро А., Томпсон С.Р., Беггс В.Р., Кэмпбелл М.С., Моконе Г.Г., Мполока С.В., Фокунанг С., Ньямнши А.К., Мбунве Э., Вольдемескел Д., Белай Г., Ньямбо Т., Тишкофф С.А., Коллман Р.Г., Бушман Ф.Д. (октябрь 2021 г.). «Разнообразие и эволюция редондовирусов в глобальном, индивидуальном и молекулярном масштабах» . Джей Вирол 95 (21):e0081721. дои : 10.1128/JVI.00817-21 . ПМЦ 8513488 . ПМИД 34406857 .

[11] Килер Э., Меренштейн С., Редди С., Тейлор Л., Кобиан-Гемес А., Занхария У., Коллман Р., Бушман Ф. (1 декабря 2022 г.). «Широко распространенные редондовирусы, связанные с человеком, поражают комменсальных простейших Entamoeba gingivalis» . Клетка-хозяин и микроб . 31 (1): 58–68.e5. дои : 10.1016/j.chom.2022.11.002 . ПМЦ 9969835 . ПМИД 36459997 . S2CID 254179614 .

[12] Кинселла С., Дейс М., Беккер С., Брукхейзен П., ван Гул Т., Барт А., Шефер А., ван дер Хук Л. (16 сентября 2022 г.). «Прогнозирование хозяина желудочно-кишечных крессднавирусов, связанных с заболеваниями» . Вирус Эвол . 8 (2): veac087. дои : 10.1093/ve/veac087 . ПМЦ 9615429 . ПМИД 36325032 .

[13] Мэн XJ (январь 2013 г.). «Цирковирус свиней типа 2 (ЦВС2): патогенез и взаимодействие с иммунной системой». Ежегодный обзор биологических наук о животных . 1 (1): 43–64. doi : 10.1146/annurev-animal-031412-103720 . ISSN 2165-8102 . ПМИД 25387012 .

[14] Меренштейн С., Лян Дж., Уайтсайд С.А., Кобиан-Гуэмес А.Г., Мерлино М.С., Тейлор Л.Дж., Гласкок А., Биттингер К., Тейнс К., Грэм-Вутен Дж., Хатиб Л.А., Фицджеральд А.С., Редди С., Бакстер А.Э., Джайлс Дж.Р., Олдридж Д.А., Мейер, Нью-Джерси, Уэрри Э.Дж., Макгиннисс Дж.Э., Бушман Ф.Д., Коллман Р.Г. (август 2021 г.). «Признаки тяжести COVID-19 и иммунный ответ в микробиоме дыхательных путей» . мБио . 12 (4): e0177721. doi : 10.1128/mBio.01777-21 . ПМЦ 8406335 . ПМИД 34399607 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]