Redondoviridae

Redondoviridae
Классификация вирусов
(не вмешательство):	Вирус
Область :	Моноднавирия
Королевство:	Shotokuvirae
Филум:	Cressdnaviricota
Сорт:	Arfiviricetes
Заказ:	Отрезевирус
Семья:	Redondoviridae
Род и виды
	Торбевирус Виндовирус ; Брисавирус ; ;

Реддовирусы (члены Redondoviridae ) представляют собой семейство вирусов ДНК , связанных с человеком . ^{[ 2 ]} Их название происходит от предполагаемой круговой структуры вирусного генома (« Редондо » означает, что на испанском языке означает ). Реддовирусы были идентифицированы в обследованиях на основе последовательностей ДНК образцов от людей, в первую очередь образцы из полости рта и верхних дыхательных путей. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Вирусология

Таксономия

Реддовирусы назначаются в новую семью Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV), Redondoviridae . ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Классификация

Семейство Redondoviridae делится на два вида, брисавирус и виовирус . ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]} Имена проистекают из слова для ветерки и ветра на испанском языке (« Бриса » и « Винто »), обозначающие связь с человеческими дыхательными путями. Многочисленные штаммы были предложены на основе структуры вирусного генома. ^{[ Цитация необходима ]}

Редондовирусы являются членами круговой границы, содержащей отдельные (кресс-образную) группу ДНК. ^{[ 7 ]}

Phylum: Cressdnaviricota ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}
Класс: Arfiviricetes ^{[ 8 ]} ( AR из аргинина ; Fi от пальца; описывает особенность белка Rep, консервативный среди вирусов в этом классе)
Заказ: Ревирал ^{[ 8 ]} ( Re от redondovirus; cre от cress)

Геном

Геном Redondovirus является круглым, и по аналогии с другими вирусами Cress, вероятно, одиночными. Геномы варьируются в размере от 3,0 до 3,1 килобаз. Геном кодирует три предполагаемых белка: ^{[ Цитация необходима ]}

Белок повторения, который, вероятно, инициирует репликацию ДНК-круговой цирки.
Белок CAP , который, вероятно, самоотверждается, чтобы получить икосаэдрические частицы.
Белок ORF3 неизвестной функции. ORF3 полностью закодирован в области кодирования CAP в другой рамке считывания.

Эпидемиология

Распределение

Реддовирусные геномы были зарегистрированы в основном из образцов человека, обследованных с использованием секвенирования метагеномной ДНК . Они были найдены в основном в образцах пероральных и дыхательных путей. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}В некоторых человеческих популяциях пероральные образцы могут показать до 80% положительность руддовируса. ^{[ 10 ]}

Анализ различных типов образцов, полученных из человека, показал сильную положительную корреляцию ДНК Реддовируса и ДНК пероральной амебы etamoeba gingivalis . Последующие исследования показали, что ксеническая культура, содержащая entamoeba gingivalis и фидерные бактерии, также была положительной для ДНК и РНК Реддовируса. Анализ с использованием внутриклеточного перекрестного связывания (HI-C) показал сшивание ДНК Реддовируса с ДНК entamoeba , поддерживая entamoeba gingivalis . в качестве хозяина ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Болезни ассоциации

Неизвестно, вызывают ли руддовирусы болезнь человека. Некоторые вирусы Cress известны патогены, такие как цирковирус свиньи типа 2 ^{[ 13 ]}

Реддовирусы сообщались, что связаны с периодонтитом . В одном исследовании уровни упали с успешным лечением. ^{[ 5 ]} Было также обнаружено, что изобилие геномов Redondovirus является высоким у некоторых пациентов с отделением интенсивной терапии и у пациентов с тяжелым Covid-19. ^{[ 14 ]} В настоящее время неясно, что основание этих ассоциаций заболеваний неясно. ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} «ICTV сообщает Redondoviridae» .
^ Аббас А., Тейлор Л.Дж., Колман Р.Г., Бушман Ф.Д., Консорциум отчета ICTV (январь 2021 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Redondoviridae » . Журнал общей вирусологии . 102 (1). doi : 10.1099/jgv.0.001526 . PMC 8116785 . PMID 33258767 .
^ Ноэлл К, Коллс Дж.К. (май 2019). «Дальнейшее определение вирума человека с использованием NGS: идентификация Redondoviridae» . Ячейка и микроб . 25 (5): 634–635. doi : 10.1016/j.chom.2019.04.010 . PMC 6849504 . PMID 31071291 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Cui L, Wu B, Zhu X, Guo X, Ge Y, Zhao K, Qi X, Shi Z, Zhu F, Sun L, Zhou M (ноябрь 2017). «Идентификация и генетическая характеристика нового круглого одноцепочечного вируса ДНК в образце верхних дыхательных путей человека». Архив вирусологии . 162 (11): 3305–3312. doi : 10.1007/s00705-017-3481-3 . ISSN 0304-8608 . PMID 28707271 . S2CID 9239411 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Дотард М.И., Лейби Дж.С., Фицджеральд А.С., Хатиб Л.А., Колман Р.Г., Бушман Ф.Д. (август 2019). «Redondoviridae, семейство небольших круглых вирусов ДНК человеческих оро-респираторных трактов, связанных с периодонтитом и критическими заболеваниями» . Ячейка и микроб . 26 (2): 719–729.e4. doi : 10.1016/j.chom.2019.07.015 . PMC 6510254 . PMID 31071295 .
^ Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Колман Р.Г., Бушман Ф.Д. (14 октября 2019 г.). «Создайте одно новое семейство ( Redondoviridae ) для круговых, репутационных ДНК-вирусов» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Получено 25 февраля 2020 года . ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Zhao L, Rosario K, Breitbart M, Duffy S (2019), «Вирусы одноцепожного одноцепочечного кодировки (2019): повсеместные вирусы с небольшими геномами и разнообразным диапазоном хозяина», « Достижения в исследовании вирусов» , 103 , Elsevier: 71–133, doi : 10.1016/bs.aivir.2018.10.001 , ISBN 978-0-12-817722-8 , PMID 30635078 , S2CID 58636379
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Уокер PJ. "2019.012dav1.cressdnaviricota" (XLSX) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Получено 25 февраля 2020 года . Cressdnaviricota arfiviricetes recrevirales redondoviridae ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Крупович М., Варсани А., Кун Дж., Казлаускас Д., Брейтбарт М., Делварт Е., Росарио К., Ютин Н., Вольф Й.И., Харрач Б., Зербини Ф.М., Долха В.В., Кунин Э.В. (2019). «Создайте 1 новый филом (Cressdnaviricota), включая 2 класса и 6 заказов для классификации вирусов Cress-DNA» . ICTV Proposal 2019.012DAV1.Cressdnaviricota . Архивировано из оригинала 12 февраля 2020 года. {{cite web}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Тейлор Л.Дж., Мы Дотард, Рубель М.А., Аллен А.А., Хван Й.Ю., Роше А.М., Грэм-Вутен Дж., Фицджеральд А.С., Хатин Л.А., Рандацяро А., Томпсон С.Р., Беггисс В.Р., Кэмпбелл М.С., Мполока С.В., Фолсонг С., Фокл М.К. Foltong C, Njamnshi I Am, Kbunwe E, Whitemeskel D, Beray G, Nyambo T, Tishkoff SA, Collman RG, Bushman FD (октябрь 2021 г.). «Разнообразие и эволюция Реддовируса в глобальных, индивидуальных и молекулярных масштабах » J Virol 95 (21): E0 Doi : 10.1128/ jvi.00817-2 PMC 8513488 PMID 344406857
^ Килер Э., Меренштейн С., Редди С., Тейлор Л., Кобиан-Гемес А., Занкхария У, Колман Р., Бушман Ф. (1 декабря 2022 года). «Широко распространенные, связанные с человеком Редондовирусы заражают комменсальную простейшую энтамоэба gingivalis» . Ячейка и микроб . 31 (1): 58–68.e5. doi : 10.1016/j.chom.2022.11.002 . PMC 9969835 . PMID 36459997 . S2CID 254179614 .
^ Kinsella C, Deijs M, Becker C, Broekhuizen P, Van Gool T, Bart A, Schaefer A, Van der Hoek L (16 сентября 2022 г.). «Прогнозирование хозяина при заболевании желудочно-кишечника Cressdnavuses» . Вирус Эвол . 8 (2): VEAC087. doi : 10.1093/ve/veac087 . PMC 9615429 . PMID 36325032 .
^ Мэн XJ (январь 2013 г.). «Циквирусная свиная типа 2 (PCV2): патогенез и взаимодействие с иммунной системой». Ежегодный обзор Biosciences Animal . 1 (1): 43–64. doi : 10.1146/annurev-animal-031412-103720 . ISSN 2165-8102 . PMID 25387012 .
^ Merenstein C, Liang G, Whiteside SA, Cobián-Güemes AG, Merlino MS, Taylor LJ, Glascock A, Bittinger K, Tanes C, Graham-Wooten J, Khatib La, Fitzgerald AS, Reddy S, Baxter AE, Giles Jr, Oldridge DA, Meyer NJ, Wherry EJ, McGinniss JE, Bushman FD, Collman RG (Август 2021 г.). «Подписание тяжести Covid-19 и иммунного ответа в микробиоме дыхательных путей» . Мбио . 12 (4): E0177721. doi : 10.1128/mbio.01777-21 . PMC 8406335 . PMID 34399607 .

Внешние ссылки

Данные, связанные с Redondoviridae в Wikispecies

Отчет ICTV: Redondoviridae

[ICTVReport-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} «ICTV сообщает Redondoviridae» .

[2] Аббас А., Тейлор Л.Дж., Колман Р.Г., Бушман Ф.Д., Консорциум отчета ICTV (январь 2021 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Redondoviridae » . Журнал общей вирусологии . 102 (1). doi : 10.1099/jgv.0.001526 . PMC 8116785 . PMID 33258767 .

[3] Ноэлл К, Коллс Дж.К. (май 2019). «Дальнейшее определение вирума человека с использованием NGS: идентификация Redondoviridae» . Ячейка и микроб . 25 (5): 634–635. doi : 10.1016/j.chom.2019.04.010 . PMC 6849504 . PMID 31071291 .

[:0-4] Jump up to: ^а ^{беременный} Cui L, Wu B, Zhu X, Guo X, Ge Y, Zhao K, Qi X, Shi Z, Zhu F, Sun L, Zhou M (ноябрь 2017). «Идентификация и генетическая характеристика нового круглого одноцепочечного вируса ДНК в образце верхних дыхательных путей человека». Архив вирусологии . 162 (11): 3305–3312. doi : 10.1007/s00705-017-3481-3 . ISSN 0304-8608 . PMID 28707271 . S2CID 9239411 .

[:1-5] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Дотард М.И., Лейби Дж.С., Фицджеральд А.С., Хатиб Л.А., Колман Р.Г., Бушман Ф.Д. (август 2019). «Redondoviridae, семейство небольших круглых вирусов ДНК человеческих оро-респираторных трактов, связанных с периодонтитом и критическими заболеваниями» . Ячейка и микроб . 26 (2): 719–729.e4. doi : 10.1016/j.chom.2019.07.015 . PMC 6510254 . PMID 31071295 .

[2019.011D-6] Аббас А.А., Тейлор Л.Дж., Колман Р.Г., Бушман Ф.Д. (14 октября 2019 г.). «Создайте одно новое семейство ( Redondoviridae ) для круговых, репутационных ДНК-вирусов» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Получено 25 февраля 2020 года . ^{[ мертвая ссылка ]}

[7] Zhao L, Rosario K, Breitbart M, Duffy S (2019), «Вирусы одноцепожного одноцепочечного кодировки (2019): повсеместные вирусы с небольшими геномами и разнообразным диапазоном хозяина», « Достижения в исследовании вирусов» , 103 , Elsevier: 71–133, doi : 10.1016/bs.aivir.2018.10.001 , ISBN 978-0-12-817722-8 , PMID 30635078 , S2CID 58636379

[2019.012D-8] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Уокер PJ. "2019.012dav1.cressdnaviricota" (XLSX) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Получено 25 февраля 2020 года . Cressdnaviricota arfiviricetes recrevirales redondoviridae ^{[ мертвая ссылка ]}

[9] Крупович М., Варсани А., Кун Дж., Казлаускас Д., Брейтбарт М., Делварт Е., Росарио К., Ютин Н., Вольф Й.И., Харрач Б., Зербини Ф.М., Долха В.В., Кунин Э.В. (2019). «Создайте 1 новый филом (Cressdnaviricota), включая 2 класса и 6 заказов для классификации вирусов Cress-DNA» . ICTV Proposal 2019.012DAV1.Cressdnaviricota . Архивировано из оригинала 12 февраля 2020 года. {{cite web}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[10] Тейлор Л.Дж., Мы Дотард, Рубель М.А., Аллен А.А., Хван Й.Ю., Роше А.М., Грэм-Вутен Дж., Фицджеральд А.С., Хатин Л.А., Рандацяро А., Томпсон С.Р., Беггисс В.Р., Кэмпбелл М.С., Мполока С.В., Фолсонг С., Фокл М.К. Foltong C, Njamnshi I Am, Kbunwe E, Whitemeskel D, Beray G, Nyambo T, Tishkoff SA, Collman RG, Bushman FD (октябрь 2021 г.). «Разнообразие и эволюция Реддовируса в глобальных, индивидуальных и молекулярных масштабах » J Virol 95 (21): E0 Doi : 10.1128/ jvi.00817-2 PMC 8513488 PMID 344406857

[11] Килер Э., Меренштейн С., Редди С., Тейлор Л., Кобиан-Гемес А., Занкхария У, Колман Р., Бушман Ф. (1 декабря 2022 года). «Широко распространенные, связанные с человеком Редондовирусы заражают комменсальную простейшую энтамоэба gingivalis» . Ячейка и микроб . 31 (1): 58–68.e5. doi : 10.1016/j.chom.2022.11.002 . PMC 9969835 . PMID 36459997 . S2CID 254179614 .

[12] Kinsella C, Deijs M, Becker C, Broekhuizen P, Van Gool T, Bart A, Schaefer A, Van der Hoek L (16 сентября 2022 г.). «Прогнозирование хозяина при заболевании желудочно-кишечника Cressdnavuses» . Вирус Эвол . 8 (2): VEAC087. doi : 10.1093/ve/veac087 . PMC 9615429 . PMID 36325032 .

[13] Мэн XJ (январь 2013 г.). «Циквирусная свиная типа 2 (PCV2): патогенез и взаимодействие с иммунной системой». Ежегодный обзор Biosciences Animal . 1 (1): 43–64. doi : 10.1146/annurev-animal-031412-103720 . ISSN 2165-8102 . PMID 25387012 .

[14] Merenstein C, Liang G, Whiteside SA, Cobián-Güemes AG, Merlino MS, Taylor LJ, Glascock A, Bittinger K, Tanes C, Graham-Wooten J, Khatib La, Fitzgerald AS, Reddy S, Baxter AE, Giles Jr, Oldridge DA, Meyer NJ, Wherry EJ, McGinniss JE, Bushman FD, Collman RG (Август 2021 г.). «Подписание тяжести Covid-19 и иммунного ответа в микробиоме дыхательных путей» . Мбио . 12 (4): E0177721. doi : 10.1128/mbio.01777-21 . PMC 8406335 . PMID 34399607 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]