Нидовиралес

Нидовиралес
	Жизненный цикл нидовирусов
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Сорт:	Пизонивирицеты
Заказ:	Нидовиралес

Nidovirales — отряд оболочечных РНК- содержащих вирусов с положительной цепью , которые заражают позвоночных и беспозвоночных . К организмам-хозяевам относятся млекопитающие , птицы , рептилии , земноводные , рыбы , членистоногие , моллюски и гельминты . ^[1] В отряд входят семейства Coronaviridae , Arteriviridae , Roniviridae , Tobaniviridae и Mesoniviridae . ^[2]

члены Вирусы- имеют вирусную оболочку и с положительным смыслом одноцепочечный РНК-геном , который кэпирован и полиаденилирован . ^[3] Нидовирусы названы в честь латинского nidus , что означает «гнездо», поскольку все вирусы в этом порядке во время инфекции производят 3'-котерминальный вложенный набор субгеномных мРНК . ^[4]

Вирусология

Структура

Сравнение геномов и протеомов разных семейств нидовирусов

Нидовирусы имеют вирусную оболочку и геном из одноцепочечной РНК с положительным смыслом, который кэпирован и полиаденилирован. ^[3] Группа экспрессирует структурные белки отдельно от неструктурных. Структурные белки кодируются в 3'-области генома и экспрессируются набором субгеномных мРНК . ^{[ нужна ссылка ]}

Вирусы-члены кодируют одну основную протеиназу и от одной до трех вспомогательных протеиназ, которые в основном участвуют в экспрессии гена репликазы . Эти протеиназы также отвечают за активацию или инактивацию определенных белков в нужный момент жизненного цикла вируса, гарантируя, что репликация происходит в нужное время. ^{[ нужна ссылка ]}

Геном

Нидовирусы можно отличить от других РНК-вирусов по совокупности семи консервативных доменов — 5’-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3’ — первые три из которых кодируются в ORF1a , а остальные четыре — в ORF1b. . TM2 и TM3 и трансмембранные домены; RdRp — РНК-зависимая РНК-полимераза ; Zm представляет собой Zn-кластерсвязывающий домен, слитый с хеликазой (HEL1); 3CLpro представляет собой 3C-подобную протеазу ; NendoU представляет собой уридилат -специфическую эндонуклеазу . 3CLpro имеет каталитическую диаду His - Cys и связан с основной протеиназой (Mpro) коронавируса SARS . ^{[ нужна ссылка ]}

Большинство, но не все, субгеномные РНК нидовирусов содержат 5'-лидерную последовательность, происходящую от 5'-конца геномной РНК. Сдвиг рамки считывания , который генерирует сдвиг рамки ORF 1b, происходит в «скользкой» последовательности гептануклеотида UUUAAAC , расположенной выше стоп-кодона ORF1a и предполагаемой структуры псевдоузла РНК . ^{[ нужна ссылка ]}

идентифицировано множество белков В геномах Nidovirales , но их функция еще не определена. Другие ферменты, которые могут присутствовать в геноме, включают папаин -подобные протеазы, активность АДФ-рибозо/поли(АДФ-рибозы)-связывающей или АДФ-рибозо-1''-фосфатфосфатазы и циклическую нуклеотидную фосфодиэстеразу . ^{[ нужна ссылка ]}

Филогенетика

Отряд Nidovirales можно разделить на две клады в зависимости от размера генома: с крупными геномами (26,3–31,7 тыс. нуклеотидов), к которым относятся Coronaviridae и Roniviridae (крупные нидовирусы), и с небольшими геномами (малые нидовирусы). клада, включающая отдаленно родственных Arteriviridae (12,7–15,7 т.п.н.). ^{[ нужна ссылка ]}

Крупные нидовирусы кодируют как 2'-О- метилтрансферазу , так и 3'-5'- экзорибонуклеазу (ExoN), причем последняя очень необычна для РНК-вируса. суперсемейства 1 Они также кодируют хеликазу , уридилат-специфическую эндонуклеазу (фермент, уникальный для нидовирусов) и несколько протеаз. ^{[ нужна ссылка ]}

Нидовирусы как группа имеют самые большие РНК-геномы среди вирусов. Член группы нидовирус секреторных клеток планарий (PSCNV) имеет самый большой известный геном несегментированной РНК размером 41,1 т.п.н. ^[6] Его хозяин — планарий плоский червь . ^[7]

Таксономия

Выделяют следующие подотряды и семейства (- virineae обозначает подотряды и - viridae обозначает семейства): ^[8]

См. также

Ссылки

^ Огандо, Наташа С.; Феррон, Франсуа; Декроли, Этьен; Канард, Бруно; Постума, Клара К.; Снейдер, Эрик Дж. (2019). «Загадочный случай экзорибонуклеазы нидовируса: ее роль в синтезе РНК и точности репликации» . Границы микробиологии . 10 : 1813. doi : 10.3389/fmicb.2019.01813 . ISSN 1664-302X . ПМК 6693484 . ПМИД 31440227 .
^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . talk.ictvonline.org . Проверено 8 июня 2020 г.
^ Jump up to: ^а ^б Кинг, Эндрю MQ; Адамс, Майкл Дж.; Карстенс, Эрик Б.; Лефковиц, Эллиот Дж., ред. (01.01.2012), «Отряд - Nidovirales» , Таксономия вирусов , Elsevier: 784–794, doi : 10.1016/B978-0-12-384684-6.00066-5 , ISBN 978-0-12-384684-6 , S2CID 218627729 , получено 8 июня 2020 г.
^ Антуан А.Ф. де Врис; Мариан К. Хорзинек; Питер Дж. М. Ротье; Рауль Дж. де Гроот (1997). «Организация генома нидовирусов: сходства и различия между артерии-, торо- и коронавирусами» . Семинары по вирусологии . 8 (1): 33–47. CiteSeerX 10.1.1.462.1825 . дои : 10.1006/smvy.1997.0104 . ПМК 7128191 . ПМИД 32288441 . S2CID 85383257 .
^ Гуляева Анастасия Александровна; Горбаленя, Александр Евгеньевич (январь 2021 г.). «Нидовирусный взгляд на SARS-CoV-2» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 24–34. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.11.015 . ПМЦ 7664520 . ПМИД 33413979 .
^ «Браузер таксономии (Планидовирус 1)» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 июня 2020 г.
^ Сабери, Амир; Гуляева Анастасия Александровна; Брубахер, Джон Л.; Ньюмарк, Филипп А.; Горбаленя, Александр Евгеньевич (01.11.2018). «Нидовирус планарий расширяет пределы размера РНК-генома» . ПЛОС Патогены . 14 (11): e1007314. дои : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ISSN 1553-7374 . ПМК 6211748 . ПМИД 30383829 .
^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 30 апреля 2020 г.

Зибур, Дж; Снейдер, Э.Дж.; Горбаленя А.Е. (апрель 2000 г.). «Кодируемые вирусом протеиназы и протеолитический процессинг у Nidovirales» . Журнал общей вирусологии . 81 (Часть 4): 853–79. дои : 10.1099/0022-1317-81-4-853 . ПМИД 10725411 .

Внешние ссылки

Nidovirales —ICTVdB — Универсальная база данных вирусов, версия 4.
Nidovirales в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
НИЗ/Меш
«Нидовирусы» ISBN 0306466341

[1] Огандо, Наташа С.; Феррон, Франсуа; Декроли, Этьен; Канард, Бруно; Постума, Клара К.; Снейдер, Эрик Дж. (2019). «Загадочный случай экзорибонуклеазы нидовируса: ее роль в синтезе РНК и точности репликации» . Границы микробиологии . 10 : 1813. doi : 10.3389/fmicb.2019.01813 . ISSN 1664-302X . ПМК 6693484 . ПМИД 31440227 .

[2] «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . talk.ictvonline.org . Проверено 8 июня 2020 г.

[:0-3] Jump up to: ^а ^б Кинг, Эндрю MQ; Адамс, Майкл Дж.; Карстенс, Эрик Б.; Лефковиц, Эллиот Дж., ред. (01.01.2012), «Отряд - Nidovirales» , Таксономия вирусов , Elsevier: 784–794, doi : 10.1016/B978-0-12-384684-6.00066-5 , ISBN 978-0-12-384684-6 , S2CID 218627729 , получено 8 июня 2020 г.

[4] Антуан А.Ф. де Врис; Мариан К. Хорзинек; Питер Дж. М. Ротье; Рауль Дж. де Гроот (1997). «Организация генома нидовирусов: сходства и различия между артерии-, торо- и коронавирусами» . Семинары по вирусологии . 8 (1): 33–47. CiteSeerX 10.1.1.462.1825 . дои : 10.1006/smvy.1997.0104 . ПМК 7128191 . ПМИД 32288441 . S2CID 85383257 .

[gulyaeva_2021-5] Гуляева Анастасия Александровна; Горбаленя, Александр Евгеньевич (январь 2021 г.). «Нидовирусный взгляд на SARS-CoV-2» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 24–34. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.11.015 . ПМЦ 7664520 . ПМИД 33413979 .

[6] «Браузер таксономии (Планидовирус 1)» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 июня 2020 г.

[7] Сабери, Амир; Гуляева Анастасия Александровна; Брубахер, Джон Л.; Ньюмарк, Филипп А.; Горбаленя, Александр Евгеньевич (01.11.2018). «Нидовирус планарий расширяет пределы размера РНК-генома» . ПЛОС Патогены . 14 (11): e1007314. дои : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ISSN 1553-7374 . ПМК 6211748 . ПМИД 30383829 .

[8] «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 30 апреля 2020 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]