Нидовирус секреторных клеток планарий

Нидовирус секреторных клеток планарий
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Сорт:	Пизонивирицеты
Заказ:	Ты этого не делал
Семья:	Мононивирусы
Род:	Альфамононивирус
Разновидность:	Планидовирус 1
Вирус:	Нидовирус секреторных клеток планарий

Нидовирус секреторных клеток планарий (PSCNV) представляет собой вирус вида Planidovirus 1 , ^{[ 1 ]} нидовирус , отличающийся чрезвычайно большим геномом . Его длина составляет 41,1 тысяч оснований , и это самый большой известный геном РНК-вируса . Он был обнаружен путем изучения транскриптомов планарий . плоского червя Schmidtea mediterranea и является первым известным РНК-вирусом, заражающим планарий Впервые он был описан в 2018 году. ^{[ 2 ]}

Геном и экспрессия

Сравнение генома и белковых доменов PSCNV (внизу) с другими нидовирусами: артеривирусами ( вирус артериита лошадей ), мезонивирусами ( вирус Нам Динь ) и коронавирусами ( SARS-CoV ) ^{[ 2 ]}

Геном PSCNV имеет длину 41,1 тыс. оснований и является самым большим известным геномом РНК-вируса. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Он значительно больше, чем коронавирусы , другая группа нидовирусов, известная своими большими геномами, размер которых обычно составляет 27–32 т.п.н. ^{[ 4 ]} PSCNV имеет необычную геномную организацию, состоящую из одной чрезвычайно большой открытой рамки считывания (ORF), которая кодирует полипротеин из 13 556 аминокислот – самый крупный белок, который, как известно, кодируется РНК-вирусом. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Биоинформатический анализ генома предполагает, что он организован аналогично каноническим геномам нидовирусов, в которых ORF1a и ORF1b кодируют вирусные неструктурные белки , а дополнительные ORF на 3'-конце генома кодируют вирусные структурные белки ; однако при PSCNV эти ORF сливаются , и образующийся полипротеин подвергается протеолитическому процессингу . В то время как другие нидовирусы используют запрограммированный рибосомальный сдвиг рамки, отделяющий ORF1a от ORF1b, для регулирования стехиометрии белков, кодируемых двумя ORF, было предсказано, что геном PSCNV содержит альтернативный механизм сдвига рамки считывания для контроля относительной экспрессии белка. По сравнению с геномами других нидовирусов, область, соответствующая ORF1b, которая кодирует основные компоненты репликации вируса , больше всего расширилась в геноме PSCNV. ^{[ 2 ]}

Белковые компоненты

Сохранено

Геном PSCNV кодирует идентифицируемые белковые домены , которые консервативны среди нидовирусов, а именно: основная протеаза подобная протеаза), фланкированная с обоих концов трансмембранными доменами , домен нуклеотидилтрансферазы, известный как NiRAN , РНК-зависимая РНК-полимераза (RdRp), цинк- (3CL - связывающий домен и хеликазу . Он также содержит метилтрансферазы и – как и другие нидовирусы с большими геномами – корректирующую экзорибонуклеазу (ExoN), которая, вероятно, необходима для достаточной точности репликации для репликации большого генома. Однако структура ExoN и остатки активного центра отличаются от других примеров нидовирусов, и 3CL-подобная протеаза, по-видимому, использует серин - гистидин - аспартат каталитическую триаду , в отличие от цистеинового нуклеофила , типичного для других нидовирусов. ^{[ 2 ]}

Роман

Уникальный среди известных нидовирусов, PSCNV также кодирует несколько других идентифицируемых белковых доменов, возможно, полученных от хозяина. PSCNV кодирует рибонуклеазу Т2 , два домена фибронектина типа II и три анкириновых повтора. ^{[ 2 ]}

Хозяин

Экспериментально было показано, что PSCNV инфицирует секреторные клетки планарий вида Schmidtea mediterranea , включая как бесполое размножение, так и половые штаммы. Это было обнаружено путем поиска в транскриптомах этих организмов последовательностей, сходных с геномом коронавируса . По-видимому, он присутствует во многих таких наборах данных транскриптома, что позволяет предположить, что заражение лабораторным S. mediterranea является обычным явлением, особенно половыми штаммами. ^{[ 2 ]}

Классификация

Геном PSCNV содержит пять различных белковых доменов, консервативных во всех нидовирусах. На основании филогенетического анализа его генома он кластеризуется с другими нидовирусами, которые, как известно, заражают беспозвоночных- хозяев. ^{[ 2 ]} PSCNV является единственным представителем подрода Dumedivirus , в свою очередь единственным представителем рода Alphamononivirus . ^{[ 1 ]}

Дальнейший анализ больших групп геномов РНК-вирусов на основе их последовательностей РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) помещает нидовирусы в так называемую « супергруппу пикорнавирусов », очень разнообразную группу вирусов, охватывающую широкий диапазон размеров генома - от PSCNV. , самого большого РНК-вируса, до собемовирусов , среди самых маленьких РНК-вирусов, не имеющих общих генов, кроме RdRp. ^{[ 5 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б «История таксономии ICTV: Планидовирус 1» . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 5 декабря 2021 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я Сабери, Амир; Гуляева Анастасия Александровна; Брубахер, Джон Л.; Ньюмарк, Филипп А.; Горбаленя, Александр Евгеньевич (1 ноября 2018 г.). «Нидовирус планарии расширяет пределы размера РНК-генома» . ПЛОС Патогены . 14 (11): e1007314. дои : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ПМК 6211748 . ПМИД 30383829 .
^ Jump up to: ^а ^б Гуляева Анастасия Александровна; Горбаленя, Александр Евгеньевич (январь 2021 г.). «Взгляд на SARS-CoV-2 с точки зрения нестовируса» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 24–34. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.11.015 . ISSN 0006-291X . ПМЦ 7664520 . ПМИД 33413979 .
^ Хартениан, Элла; Нандакумар, Дивья; Ларри, Азра; Ли, Майкл; Такер, Джессика М.; Глаунсингер, Бритт А. (сентябрь 2020 г.). «Молекулярная вирусология коронавирусов » Журнал биологической химии . 295 (37): 12910–12934. дои : 10.1074/jbc.REV120.013930 . ПМЦ 7489918 . ПМИД 32661197 .
^ Кунин Евгений Владимирович; Доля, Валериан В.; Крупович, Март; Варсани, Арвинд; Вольф, Юрий И.; Ютин, Наталья; Зербини, Ф. Мурило; Кун, Йенс Х. (20 мая 2020 г.). «Глобальная организация и предлагаемая мегатаксономия мира вирусов» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 84 (2). дои : 10.1128/MMBR.00061-19 . ПМК 7062200 . ПМИД 32132243 .

[ictv-1] Jump up to: ^а ^б «История таксономии ICTV: Планидовирус 1» . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 5 декабря 2021 г.

[saberi_2018-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я Сабери, Амир; Гуляева Анастасия Александровна; Брубахер, Джон Л.; Ньюмарк, Филипп А.; Горбаленя, Александр Евгеньевич (1 ноября 2018 г.). «Нидовирус планарии расширяет пределы размера РНК-генома» . ПЛОС Патогены . 14 (11): e1007314. дои : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ПМК 6211748 . ПМИД 30383829 .

[gulyaeva_2021-3] Jump up to: ^а ^б Гуляева Анастасия Александровна; Горбаленя, Александр Евгеньевич (январь 2021 г.). «Взгляд на SARS-CoV-2 с точки зрения нестовируса» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 24–34. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.11.015 . ISSN 0006-291X . ПМЦ 7664520 . ПМИД 33413979 .

[hartenian_2020-4] Хартениан, Элла; Нандакумар, Дивья; Ларри, Азра; Ли, Майкл; Такер, Джессика М.; Глаунсингер, Бритт А. (сентябрь 2020 г.). «Молекулярная вирусология коронавирусов » Журнал биологической химии . 295 (37): 12910–12934. дои : 10.1074/jbc.REV120.013930 . ПМЦ 7489918 . ПМИД 32661197 .

[koonin_2020-5] Кунин Евгений Владимирович; Доля, Валериан В.; Крупович, Март; Варсани, Арвинд; Вольф, Юрий И.; Ютин, Наталья; Зербини, Ф. Мурило; Кун, Йенс Х. (20 мая 2020 г.). «Глобальная организация и предлагаемая мегатаксономия мира вирусов» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 84 (2). дои : 10.1128/MMBR.00061-19 . ПМК 7062200 . ПМИД 32132243 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]