Скользкая последовательность
— Скользкая последовательность это небольшой участок нуклеотидной последовательности кодонов (обычно UUUAAAC), который контролирует скорость и вероятность сдвига рамки рибосомы . Скользкая последовательность вызывает более быстрый перенос рибосомы, что, в свою очередь, может привести к «проскальзыванию» считывающей рибосомы. Это позволяет тРНК сместиться на 1 основание (-1) после того, как она соединилась со своим антикодоном, изменяя рамку считывания. [2] [3] [4] [5] [6] Сдвиг рамки -1, запускаемый такой последовательностью, представляет собой запрограммированный сдвиг рамки рибосомы -1 . За ним следует спейсерная область и вторичная структура РНК. Такие последовательности часто встречаются в вирусных полипротеинах . [1]
Сдвиг кадра происходит из-за колебания спаривания. Свободная энергия Гиббса вторичных структур ниже по течению дает подсказку о том, как часто происходит сдвиг рамки. [7] Натяжение молекулы мРНК также играет роль. [8] Список скользких последовательностей, обнаруженных в вирусах животных, доступен у Huang et al. [9]
На основе последовательности ВИЧ UUUUUUA были сконструированы «скользкие» последовательности, вызывающие сдвиг рамки на 2 основания (сдвиг -2). [8]
См. также
[ редактировать ]- Третичная структура нуклеиновой кислоты
- Открытая рамка чтения
- Рибосомальный сдвиг рамки
- Трансляционный сдвиг рамки
- Мобильный элемент
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Джекс Т., Мадхани Х.Д., Масиарз Ф.Р., Вармус Х.Э. (ноябрь 1988 г.). «Сигналы для сдвига рамки рибосомы в области gag-pol вируса саркомы Рауса» . Клетка . 55 (3): 447–58. дои : 10.1016/0092-8674(88)90031-1 . ПМЦ 7133365 . ПМИД 2846182 . S2CID 25672863 .
- ^ Грин Л., Ким CH, Бустаманте C, Тиноко I (январь 2008 г.). «Характеристика механического разворачивания псевдоузлов РНК» . Журнал молекулярной биологии . 375 (2): 511–28. дои : 10.1016/j.jmb.2007.05.058 . ПМК 7094456 . ПМИД 18021801 .
- ^ Ю CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (декабрь 2010 г.). «Стимуляция сдвига рамки рибосом антисмысловой LNA» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (22): 8277–83. дои : 10.1093/nar/gkq650 . ПМК 3001050 . ПМИД 20693527 .
- ^ «Описание исследования доктора Яна Бриерли» . Кафедра патологии Кембриджского университета . Архивировано из оригинала 2 октября 2013 г. Проверено 28 июля 2013 г.
- ^ «Молекулярная биология: сдвиг рамки происходит в скользких последовательностях» . Molecularstudy.blogspot.com. 16 октября 2012 г. Проверено 28 июля 2013 г.
- ^ Фарабо П.Дж., Бьорк Г.Р. (март 1999 г.). «Как точность перевода влияет на обслуживание рамки считывания» . Журнал ЭМБО . 18 (6): 1427–34. дои : 10.1093/emboj/18.6.1427 . ПМЦ 1171232 . ПМИД 10075915 .
- ^ Цао С., Чен С.Дж. (март 2008 г.). «Прогнозирование эффективности сдвига рамки считывания рибосом» . Физическая биология . 5 (1): 016002. Бибкод : 2008PhBio...5a6002C . дои : 10.1088/1478-3975/5/1/016002 . ПМЦ 2442619 . ПМИД 18367782 .
- ^ Jump up to: а б Лин З., Гилберт Р.Дж., Бриерли И. (сентябрь 2012 г.). «Зависимость запрограммированного сдвига рамки рибосомы -1 или -2 от длины спейсера на гептамере U6A подтверждает роль напряжения информационной РНК (мРНК) в сдвиге рамки считывания» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (17): 8674–89. дои : 10.1093/nar/gks629 . ПМЦ 3458567 . ПМИД 22743270 .
- ^ Хуан Икс, Ченг Ц, Ду Цзы (2013). «Полногеномный анализ псевдоузлов РНК, которые стимулируют эффективный сдвиг рамки рибосомы -1 или считывание в вирусах животных» . БиоМед Исследования Интернэшнл . 2013 : 984028. doi : 10.1155/2013/984028 . ПМЦ 3835772 . ПМИД 24298557 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Псевдобаза
- Перекодировать
- Сдвиг рамки, + рибосомы Национальной медицинской библиотеки США в медицинских предметных рубриках (MeSH)
- Wise2 - выравнивает белок по последовательности ДНК , допуская сдвиги рамки и интроны.
- FastY — сравнение последовательности ДНК с базой данных последовательностей белков , с учетом пропусков и сдвигов рамки считывания.
- Path — инструмент, который сравнивает два сдвига рамки считывания белка ( обратной трансляции ). принцип
- Recode2 — База данных перекодированных генов, в том числе требующих запрограммированного трансляционного сдвига рамки считывания.
- Страница с элементом стимуляции сдвига рамки коронавируса в Rfam