Каудовирицеты

Каудовирицеты
	Заказать Каудовирал. Структуры Т-бактериофагов, представляющих семь Т-типов фагов Escherichia coli, описанных Максом Дельбрюком в 1940-х годах. Т4 семейства Myoviridae, Т5 семейства Siphoviridae и Т7 семейства Podoviridae. Структуры были построены на основе файлов банка данных отдельных белков (pdb) в программном обеспечении UCSF Chimera, которое было обновлено к 2024 году и в реальном масштабе.
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Дуплоднавирия
Королевство:	Хынггунвирэ
Тип:	Уровироката
Сорт:	Каудовирицеты
Подразделения
	Посмотреть текст

Caudoviricetes — это класс вирусов, известных как хвостатые бактериофаги ( cauda в переводе с латыни означает «хвост»). ^{[ 1 ]} Согласно классификации Балтимора , Caudoviricetes относятся к вирусам группы I, поскольку они имеют геномы двухцепочечной ДНК (дцДНК), длина которых может составлять от 18 000 до 500 000 пар оснований. ^{[ 2 ]} Вирусные частицы имеют четкую форму; Каждый вирион имеет икосаэдрическую головку, содержащую вирусный геном, и прикрепленную к гибкому хвосту с помощью соединительного белка. ^{[ 2 ]} Отряд включает широкий спектр вирусов, многие из которых содержат гены со схожей нуклеотидной последовательностью и функцией. Однако геномы некоторых хвостатых бактериофагов могут весьма существенно различаться по нуклеотидной последовательности даже среди одного и того же рода. Из-за их характерной структуры и наличия потенциально гомологичных генов считается, что эти бактериофаги имеют общее происхождение. ^{[ 2 ]}

В классе 4 порядка, 47 семейств, 98 подсемейств, 1197 родов, 3601 вид. Это делает Caudoviricetes самым многочисленным классом вирусов, на его долю приходится около 30% всех известных видов вирусов и почти половина всех родов вирусов. ^{[ 3 ]}

Инфекция

При встрече с бактерией-хозяином хвостовая часть вириона связывается с рецепторами на поверхности клетки и доставляет ДНК в клетку с помощью инъекционоподобного механизма (инъектисома — это наномашина, развившаяся для доставки белков по типу III). секреция ). Хвостовая часть вируса пробивает дыру в стенке бактериальной клетки и плазматической мембране , и геном проходит по хвосту в клетку. Попав внутрь, гены экспрессируются из транскриптов, созданных механизмом хозяина, с использованием рибосом хозяина . Обычно геном реплицируется с использованием конкатемеров , в которых создаются перекрывающиеся сегменты ДНК, а затем соединяются вместе, образуя целый геном. ^{[ 2 ]}

Сборка и созревание

Белки вирусного капсида объединяются, образуя проголовку- предшественник , в которую входит геном. Как только это произошло, проголовка подвергается созреванию путем расщепления субъединиц капсида с образованием икосаэдрической головки фага с 5-кратной симметрией. После созревания головки хвост соединяется одним из двух способов: либо хвост конструируется отдельно и соединяется с соединителем, либо хвост конструируется непосредственно на головке фага. Хвосты состоят из белков на основе спирали с 6-кратной симметрией. После созревания вирусных частиц клетка лизируется лизинами , холинами или их комбинацией. ^{[ 2 ]}

Таксономия

История

На протяжении большей части вирусологической истории Caudoviricetes , известный как отряд Caudovirales , имел более низкие таксоны, определяемые по морфологии и сократительной способности их «хвостов». У Myoviridae были длинные сократительные хвосты; у Podoviridae были короткие несокращающиеся хвосты; а у Siphoviridae были длинные несокращающиеся хвосты. ^{[ 4 ]} Siphoviridae составляют большинство известных хвостатых вирусов. ^{[ 2 ]}^{[ 5 ]}

Брэдли назвал Myoviridae типом A, Siphoviridae — типом B, а Podoviridae — типом C. Он также разделил свои группы на основе морфологии головы: внутри группы A A1 имеют небольшие изометрические головы; У А2 вытянутая голова; и А3 имеют удлиненные головки. Внутри групп Б и С номера были присвоены аналогично: Б1 и С1 имеют небольшие изометрические головы; Головки B2 и C2 вытянутые; а B3 и C3 имеют удлиненные головки. ^{[ нужна ссылка ]}

Поскольку «семейства» Myoviridae , Podoviridae и Siphoviridae были упразднены из-за их полифилетичности, теперь в классе существует множество свободно плавающих семейств, подсемейств и родов без каких-либо предшествующих таксонов до Caudoviricetes . В настоящее время класс насчитывает 7 отрядов, 63 семейства, 109 подсемейств, 1360 родов и 4079 видов. В этой статье перечислены все официальные и предлагаемые таксоны Caudoviricetes . (Примечание: кавычки означают, что таксон предложен, но еще не ратифицирован ICTV.)

Присвоенные таксоны

Заказать крассвирусные
- Семейство Crevaviridae
  - Подсемейство Coarsevirinae.
  - Подсемейство Doltivirinae.
- Семейство Intestiviridae
  - Подсемейство Чуривиринае.
  - Подсемейство Crudevirinae.
  - Подсемейство Obtuvirinae.
- Семейство Steigviridae
  - Подсемейство Asinivirinae.
- Семейство Suoliviridae
  - Подсемейство Bearivirinae.
  - Подсемейство Boorivirinae.
  - Подсемейство Loutivirinae.
  - Подсемейство Oafivirinae.
  - Подсемейство Uncouvirinae.
Заказать Журавиралес
Заказать Кирьокансивиралес
Заказать Магровирас
Заказать метановирусы
Заказать Наконвиралес
Заказать Тумлеймавиралеса

Неназначенные таксоны

имеется много неназначенных таксонов . у Caudoviricetes По данным ICTV (2022 г.), ^{[ 3 ]}

Неназначенный род отряда Crassvirales.

Семейство Suoliviridae
- Другие присвоенные подсемейства
- Род Дечшавирус

Неназначенные семьи

Неназначенные роды семейства Ackermannviridae.

Неназначенные роды семейства Autographiviridae.

Эгирвирус
Анчаингвирус
аквавирус
Ашивирус
Атуфдуовирус
Аяквирус
Аяквирус
Банчанвирус
Бифсептвирус
Боннеллвирус
Ченгвирус
Хосвирус
Куэрнавакавирус
циклитвирус
Эрмолевавирус
фотурвирус
Вирус стопы
Фуссвирус
Вирус Гаджвадонг
Кёнсанвирус
Вирус
Вирус стопы
Джиаоазивирус
Каффовирус
Вирус Каджам
Какивирус
Кальпативирус
Комемасвирус
Камбевирус
Краш-вирус
Лаувирус
Лаймлайтвирус
Lingvirus
Лирвирус
Lullwaterвирус
Макулвирус
Получил вирус
нохивирус
Ойнезвирус
Паадамвирус
Спустя некоторое время
Паровирус
Педосвирус
Pekhitvirus
Пелагивирус
Перцивирус
Пьевирус
Podivirus
Поллицевирус
Посейдонвирус
Повирус
Прадовирус
Кадамвирус
Скоттвирус
Седнавирус
Вирус Серкор
Сиквирус
Стомпельвирус
Стопалавирус
стопавирус
Stupnyavirus
Тангароавирус
Тававирус
Тиаматвирус
Плиточный вирус
Тритонвирус
Вирус стопы
Вирус Воткова
Вирус стопы
Уханьский вирус (не путать с SARS-CoV-2 , соответствующее заболевание которого — коронавирусная болезнь 2019 — впервые было выявлено в Ухане, Китай )
Янгвирус

Неназначенный род семейства Chaseviridae.

Шантоувирус

Неназначенные роды семейства Demerecviridae.

Неназначенные роды семейства Drexlerviridae.

Неназначенные роды семейства Guelinviridae.

Неназначенные роды семейства Herelleviridae.

Неназначенный род семейства Mesyanzhinovviridae.

Кейларговирус

Неназначенные роды семейства Pootjesviridae.

Неназначенные роды семейства Roundtreeviridae.

Неназначенные роды семейства Salasmaviridae.

Неназначенные роды семейства Schitoviridae.

Неназначенные роды семейства Straboviridae.

Неназначенные роды семейства Vilmaviridae.

Неназначенные роды семейства Zobellviridae.

Неназначенные подсемейства

Неназначенные роды

Этимология

Crassvirales заражает бактерии и назван в честь компьютерной программы crAss, которая использовалась для идентификации первого представителя отряда Crassvirales . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Остальные (включая предложенные отряды) заражают архей . Kirjokansivirales , Thumleimavirales и Nakonvirales названы в честь мифологических объектов или божеств; Methanobavirales и Magrovirales названы в честь архаичных синонимов архей, которых они заражают.

Эволюция бактериофагов

Бактериофаги встречаются более чем в 1100 родах бактерий и архей. ^{[ 3 ]} С 1959 года в электронном микроскопе было исследовано более 6300 бактериофагов. Из них более 96 процентов имеют хвосты. Из хвостатых фагов около 57 процентов имеют длинные несокращающиеся хвосты ( «Siphoviridae» ). Хвостатые фаги кажутся монофилетическими и представляют собой старейшую из известных групп вирусов. ^{[ 5 ]}^{[ 8 ]}

См. также

вирус WO

Ссылки

^ Акерманн Х.В. (1998). Хвостатые бактериофаги: порядок caudovirales . Том. 51. С. 135–201. doi : 10.1016/S0065-3527(08)60785-X . ISBN 9780120398515 . ПМК 7173057 . ПМИД 9891587 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж «Двухцепочечные ДНК-бактериофаги» . Безграничный. 11 ноября 2017 г. Архивировано из оригинала 28 июня 2013 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Таксономия вирусов: выпуск 2022 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2023 года . Проверено 5 ноября 2023 г.
^ Манилофф Дж., Акерманн Х.В. (1998). «Таксономия бактериальных вирусов: установление родов хвостатых вирусов и порядка Caudovirales» . Архив вирусологии . 143 (10): 2051–63. дои : 10.1007/s007050050442 . ПМИД 9856093 . S2CID 34921877 .
^ Jump up to: ^а ^б Акерманн Х.В. (май 2003 г.). «Наблюдения и эволюция бактериофагов» . Исследования в области микробиологии . 154 (4): 245–51. дои : 10.1016/S0923-2508(03)00067-6 . ПМИД 12798228 .
^ Тернер, Данн; и др. (2023). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .
^ «Скачать предложение ICTV» .
^ Акерманн Х.В., Прангишвили Д. (октябрь 2012 г.). «Прокариотные вирусы, изученные методом электронной микроскопии». Архив вирусологии . 157 (10): 1843–9. дои : 10.1007/s00705-012-1383-y . ПМИД 22752841 . S2CID 16699662 .

Дальнейшее чтение

Сюй Дж., Хендрикс Р.В., Дуда Р.Л. (октябрь 2004 г.). «Консервативный сдвиг рамки трансляции в генах сборки хвоста бактериофага дцДНК» . Молекулярная клетка . 16 (1): 11–21. doi : 10.1016/j.molcel.2004.09.006 . ПМИД 15469818 .
Касьенс С.Р. (август 2005 г.). «Сравнительная геномика и эволюция хвостатых бактериофагов». Современное мнение в микробиологии . 8 (4): 451–8. дои : 10.1016/j.mib.2005.06.014 . ПМИД 16019256 .

[ack98-1] Акерманн Х.В. (1998). Хвостатые бактериофаги: порядок caudovirales . Том. 51. С. 135–201. doi : 10.1016/S0065-3527(08)60785-X . ISBN 9780120398515 . ПМК 7173057 . ПМИД 9891587 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )

[caudo-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж «Двухцепочечные ДНК-бактериофаги» . Безграничный. 11 ноября 2017 г. Архивировано из оригинала 28 июня 2013 г.

[ictv-3] Jump up to: ^а ^б ^с «Таксономия вирусов: выпуск 2022 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2023 года . Проверено 5 ноября 2023 г.

[order-4] Манилофф Дж., Акерманн Х.В. (1998). «Таксономия бактериальных вирусов: установление родов хвостатых вирусов и порядка Caudovirales» . Архив вирусологии . 143 (10): 2051–63. дои : 10.1007/s007050050442 . ПМИД 9856093 . S2CID 34921877 .

[phageevo-5] Jump up to: ^а ^б Акерманн Х.В. (май 2003 г.). «Наблюдения и эволюция бактериофагов» . Исследования в области микробиологии . 154 (4): 245–51. дои : 10.1016/S0923-2508(03)00067-6 . ПМИД 12798228 .

[6] Тернер, Данн; и др. (2023). «Отмена таксонов, основанных на морфологии, и переход на биномиальные названия видов: обновление таксономии подкомитета ICTV по бактериальным вирусам к 2022 году» . Архив вирусологии . 168 (2): 74. doi : 10.1007/s00705-022-05694-2 . ПМЦ 9868039 . ПМИД 36683075 .

[crass-7] «Скачать предложение ICTV» .

[8] Акерманн Х.В., Прангишвили Д. (октябрь 2012 г.). «Прокариотные вирусы, изученные методом электронной микроскопии». Архив вирусологии . 157 (10): 1843–9. дои : 10.1007/s00705-012-1383-y . ПМИД 22752841 . S2CID 16699662 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]