Мимивирусиды
| Мимивирусиды | |
|---|---|
 | |
| Тупанвирус | |
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область : | Вариднавирия |
| Королевство: | Бэмфордвире |
| Тип: | Нуклеоцитовирикота |
| Сорт: | Мегавирицеты |
| Заказ: | Имитервирусы |
| Семья: | Мимивирусиды |
| Подсемейства и роды | |
| |
Mimiviridae — семейство вирусов . Амеба и другие протисты служат естественными хозяевами. Семейство делится на 4 подсемейства. [1] [2] [3] [4] Вирусы этого семейства принадлежат к кладе нуклеоцитоплазматических вирусов с большой ДНК (NCLDV), также называемых гигантскими вирусами .
Mimiviridae — единственный признанный представитель отряда Imitervirales . Phycodnaviridae и Pandoraviridae Algavirales во многих являются сестринскими группами Mimiviridae филогенетических анализах. [5]
История
[ редактировать ]Первый представитель этого семейства, Мимивирус, был обнаружен в 2003 году. [6] а первая полная последовательность генома была опубликована в 2004 году. [7] Однако мимивирус Cafeteria roenbergensis вирус [8] был выделен и частично охарактеризован в 1995 г. [9] хотя в то время хозяин был идентифицирован неправильно, и вирус получил обозначение BV-PW1. [8]
Таксономия
[ редактировать ]Группа: дцДНК
Семейство Mimiviridae в настоящее время разделено на три подсемейства. [2] [3] [10]
- Одно подсемейство (род Mimivirus , предлагаемые названия: Megavirinae или Megamimivirinae ) делится на три «линии»:
- А — Группа мимивирусов: включает мимивирус Acanthamoeba polyphaga , гирудовирус, мамавирус , вирус Крона, вирус чечевицы , Terra2, вирус Нимейера, вирус Самба. [11] [12]
- B — Группа мумувирусов: включает мумувирус , саудовский мумувирус, мумувирус гулятки , вирус Монве (он же Мумувирус монве) и вирус Очан . [13] [11] [14] [12]
- C — группа вирусов Courdo11: включает Mont1 , [11] Courdo7, Courdo11, Megavirus chilensis, LBA111, мегавирус озера Повай и Terra1. [15] [16]
- Большинство Mimiviridae , по-видимому, принадлежат к этому подсемейству (Mimiviruses). [10]
- Иногда его также называют группой Mimiviridae I. [17]
- Ко второму подсемейству ( Cafeteriavirus или Mimiviridae группы II) относится вирус Cafeteria roenbergensis (CroV). [8]
- Klosneuvirinae Indivirus третье подсемейство и разделены на четыре «линии»: Klosneuvirus , и , Catovirus Hokovirus были предложены как . [3] По-видимому, они тесно связаны с подсемейством мимивирусов, а не с подсемейством кафетериавирусов (и поэтому могут быть также объединены в группу мимивирусов I). [3] Первым изолятом из этой группы является вирус Bodo saltans, инфицирующий кинетопластиду Bodo saltans . [18]
- тупанвируса составляют сестринскую группу мимивирусов. Обсуждается, что штаммы [4]
Кроме того, было предложено либо расширить Mimiviridae за счет дополнительной предварительной группы III (подсемейство Mesomimivirinae ), либо вместо этого классифицировать эту группу как сестринское семейство Mesomimiviridae . [19] включая устаревшую OLPG (Organic Lake Phycodna Group). Это расширение (или родственное семейство) может состоять из следующего:
- Вирус Phaeocystis globosa (PgV, представлен штаммом PgV-16T) и вирус Phaeocystis pouchetii (PpV, например PpV 01)
- «Фикоднавирус Organic Lake» 1 и 2 (OLV1, OLV2, хозяева вирофага Organic Lake )
- «Мимивирус Йеллоустонского озера» [12] [20] также известный как «Фикоднавирус Йеллоустонского озера» 4 ( YSLGV4 )
- Вирус хризохромолина эрицина (CeV, например CeV 01)
- Вирус Aureococcus anophagefferens (англ. [21] АаВ)
- Вирус Pyramimonas orientalis (PoV)
- Вирус Тетраселмис (TetV-1) [22]
Эта группа, по-видимому, тесно связана с Mimiviridae, а не с Phycodnaviridae , и поэтому иногда ее называют еще одним кандидатом в подсемейство Mesomimivirinae . Иногда расширенное семейство Mimiviridae называют Megaviridae, хотя ICTV это не признает; в качестве альтернативы расширенную группу можно назвать просто Mimiviridae . [3] [23] [24] [25] [26] [17]
С признанием ICTV нового порядка Imitervirales в марте 2020 года больше нет необходимости расширять семейство Mimiviridae , чтобы включить в него группу вирусов с наблюдаемым высоким разнообразием. Вместо этого расширение (или, по крайней мере, его основная клада ) может называться сестринским семейством Mesomimiviridae . [19]
Хотя подробно описано лишь несколько членов этого ордена, вполне вероятно, что еще многие ждут описания и назначения. [27] [28] Неназначенные члены включают вирус Aureococcus anophagefferens (AaV), CpV-BQ2 и Terra2. [ нужна ссылка ]
Структура
[ редактировать ]
[18] Вирусы Mimiviridae имеют икосаэдрическую и круглую геометрию с симметрией от T = 972 до T = 1141 или T = 1200. Диаметр около 400 нм, длина 125 нм. Геномы линейные и несегментированные, длиной около 1200 КБ. В геноме имеется 911 открытых рамок считывания. [1]
| Род | Структура | Симметрия | Геномное расположение | Геномная сегментация |
|---|---|---|---|---|
| Мимивирус | икосаэдрический | Т=972-1141 или Т=1200 (Н=19 +/- 1, К=19 +/- 1) | Линейный | Однодольный |
| Клошневирус | икосаэдрический | |||
| Кафетерийвирус | икосаэдрический | Т=499 | Линейный | Однодольный |
| Тупанвирус | Хвостатый |
Жизненный цикл
[ редактировать ]Репликация следует модели смещения цепи ДНК. Транскрипция с использованием шаблона ДНК - это метод транскрипции. Амеба служит естественным хозяином. [1]
| Род | Сведения о хосте | Тканевой тропизм | Детали входа | Подробности выпуска | Сайт репликации | Монтажный участок | Передача инфекции |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Мимивирус | Амеба | Никто | Неизвестный | Неизвестный | Неизвестный | Неизвестный | Пассивная диффузия |
| Клошневирус | микрозоопланктон | Никто | Неизвестный | Неизвестный | Неизвестный | Цитоплазма | Пассивная диффузия |
| Кафетерийвирус | микрозоопланктон | Никто | Неизвестный | Неизвестный | Неизвестный | Цитоплазма | Пассивная диффузия |
Молекулярная биология
[ редактировать ]Три предполагаемых фермента эксцизионной репарации оснований ДНК были охарактеризованы из мимивируса. [29] Путь эксцизионной репарации оснований (BER) был экспериментально восстановлен с использованием очищенных рекомбинантных белков урацил-ДНК-гликозилазы (mvUDG), эндонуклеазы AP (mvAPE) и белка ДНК-полимеразы X (mvPolX). [29] При восстановлении mvUDG in vitro, mvAPE и mvPolX функционируют сплоченно, восстанавливая урацил-содержащую ДНК преимущественно путем эксцизионного восстановления длинных патч-баз, и, таким образом, эти процессы, вероятно, участвуют в пути BER на ранних этапах жизненного цикла мимивируса. [29]
Клинический
[ редактировать ]Мимивирусы были связаны с пневмонией, но их значение в настоящее время неизвестно. [30] Единственный вирус этого семейства, выделенный на сегодняшний день от человека, — LBA 111. [31] В Институте Пастера в Иране (Тегеран) исследователи идентифицировали ДНК мимивируса в образцах бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ) и мокроты ребенка-пациента с помощью ПЦР в реальном времени (2018). Анализ показал 99% гомологию LBA111, линия C Megavirus chilensis . [32] Поскольку до этого открытия было зарегистрировано всего несколько случаев, легитимность мимивируса как нового инфекционного заболевания у людей остается спорной. [33] [34]
Мимивирус также вовлечен в развитие ревматоидного артрита . [35]
См. также
[ редактировать ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.» . Проверено 15 июня 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и Шульц, Фредерик; Ютин, Наталья; Иванова Наталья Н.; Ортега, Дави Р.; Ли, Тэ Квон; Фиерхейлиг, Юлия; Даймс, Хольгер; Хорн, Матиас; Вагнер, Михаэль (7 апреля 2017 г.). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы трансляции» (PDF) . Наука . 356 (6333): 82–85. Бибкод : 2017Sci...356...82S . дои : 10.1126/science.aal4657 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 28386012 . S2CID 206655792 . , Идентификатор UCPMS: 1889607, PDF
- ^ Перейти обратно: а б Абраао, Йонатас; Сильва, Лорена; Сильва, Людмила Сантос; Халил, Жак Якуб Бу; Родригес, Родриго; Арантес, Талита; Ассис, Фелипе; Боратто, Пауло; Андраде, Мигель; Крун, Эрна Гессен; Рибейро, Бергманн; Бержье, Иван; Селигманн, Эрве; Гиго, Эрик; Колсон, Филипп; Левассер, Энтони; Кремер, Гвидо; Рауль, Дидье; Скола, Бернар Ла (27 февраля 2018 г.). «Хвостатый гигантский Тупанвирус обладает наиболее полным трансляционным аппаратом из известных виросфере» . Природные коммуникации . 9 (1): 749. Бибкод : 2018NatCo...9..749A . дои : 10.1038/s41467-018-03168-1 . ПМЦ 5829246 . ПМИД 29487281 . Рис. 4 и §Обсуждение: «Учитывая, что тупанвирусы составляют сестринскую группу амебных мимивирусов...»
- ^ Бэкстрем Д., Ютин Н., Йоргенсен С.Л., Дхарамши Дж., Хома Ф., Заремба-Недведска К., Спанг А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Эттема Т.Дж. (2019). «Вирусные геномы из глубоководных отложений расширяют океанский мегавиром и поддерживают независимое происхождение вирусного гигантизма» . мБио . 10 (2): e02497-18. дои : 10.1128/mBio.02497-18 . ПМК 6401483 . ПМИД 30837339 . PDF
- ^ Сюзан-Монти, М; Ла Скола, Б; Рауль, Д. (2006). «Геномные и эволюционные аспекты мимивируса». Вирус Рес . 117 (1): 145–155. doi : 10.1016/j.virusres.2005.07.011 . ПМИД 16181700 .
- ^ Рауль, Д.; Аудик, С; Роберт, К; Абергель, К; Ренесто, П; Огата, Х; Ла Скола, Б; Сьюзан, М; Клавери, Дж. М. (2004). «Геномная последовательность мимивируса размером 1,2 мегабазы». Наука . 306 (5700): 1344–50. Бибкод : 2004Sci...306.1344R . дои : 10.1126/science.1101485 . ПМИД 15486256 . S2CID 84298461 .
- ^ Перейти обратно: а б с Матиас Г. Фишер; Майкл Дж. Аллен; Уильям Х. Уилсон; Кертис А. Саттл (2010). «Гигантский вирус с замечательным набором генов поражает морской зоопланктон» . Труды Национальной академии наук . 107 (45): 19508–13. Бибкод : 2010PNAS..10719508F . дои : 10.1073/pnas.1007615107 . ПМЦ 2984142 . ПМИД 20974979 .
- ^ Д.Р. Гарза; Калифорния Саттл (1995). «Крупные двухцепочечные ДНК-вирусы, вызывающие лизис морских гетеротрофных нанофлагеллят ( Bodo sp .), встречаются в естественных морских вирусных сообществах» . Водная микробная экология . 9 (3): 203–210. дои : 10.3354/ame009203 .
- ^ Перейти обратно: а б Колсон П., Фурнус Дж., Дьен С.М., Рауль Д. (2013). «Использование кодонов, использование аминокислот, транспортная РНК и аминоацил-тРНК-синтетазы в мимивирусах» . Интервирусология . 56 (6): 364–75. дои : 10.1159/000354557 . ПМИД 24157883 .
- ^ Перейти обратно: а б с Гайя М., Бенамар С., Бугалми М., Панье И., Кроче О., Колсон П., Рауль Д., Ла Скола Б. (2014). «Замилон, новый вирофаг со специфичностью хозяина Mimiviridae» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е94923. Бибкод : 2014PLoSO...994923G . дои : 10.1371/journal.pone.0094923 . ПМЦ 3991649 . ПМИД 24747414 .
- ^ Перейти обратно: а б с См. также Абраао и др. 2018 год , рис. 4 на стр. 5
- ^ Десню С., Ла Скола Б., Ютин Н., Фурнус Г., Роберт С., Азза С., Жардо П., Монтей С., Кампокассо А., Кунин Е.В., Рауль Д. (октябрь 2012 г.). «Провирофаги и трансповироны как разнообразный мобилом гигантских вирусов» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 109 (44): 18078–83. Бибкод : 2012PNAS..10918078D . дои : 10.1073/pnas.1208835109 . ПМЦ 3497776 . ПМИД 23071316 .
- ^ Ютин Н., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (октябрь 2014 г.). «Происхождение гигантских вирусов от более мелких ДНК-вирусов, а не из четвертого домена клеточной жизни» . Вирусология . 466–467: 38–52. дои : 10.1016/j.virol.2014.06.032 . ПМК 4325995 . ПМИД 25042053 .
- ^ Гайя М., Панье И., Кампокассо А., Фурнус Дж., Рауль Д., Ла Скола Б. (2013). «Широкий спектр вирофагов мимивирусов позволяет выделить их с помощью репортера мимивируса» . ПЛОС ОДИН . 8 (4): e61912. Бибкод : 2013PLoSO...861912G . дои : 10.1371/journal.pone.0061912 . ПМЦ 3626643 . ПМИД 23596530 .
- ^ О LBA111 и мегавирусе озера Повай см. также Abrahão & et al. 2018 год , рис. 4 на стр. 5
- ^ Перейти обратно: а б Чжан В., Чжоу Дж., Лю Т., Ю Ю., Пан Ю., Ян С., Ван Ю. (октябрь 2015 г.). «Четыре новых генома вируса водорослей, обнаруженные в метагеномах Йеллоустонского озера» . Научный представитель . 5 : 15131. Бибкод : 2015NatSR...515131Z . дои : 10.1038/srep15131 . ПМК 4602308 . ПМИД 26459929 .
- ^ Перейти обратно: а б Диг, CM; Чоу, ECT; Саттл, Калифорния (2018). «Вирус Бодо Салтанс (BsV), инфицирующий кинетопластиды, — окно в наиболее распространенные гигантские вирусы в море» . электронная жизнь . 7 : e33014. doi : 10.7554/eLife.33014 . ПМЦ 5871332 . ПМИД 29582753 .
- ^ Перейти обратно: а б Джонатан Файле: Гигантские вирусы и их мобильные генетические элементы: гипотеза молекулярного симбиоза , в: Current Opinion in Virology, Volume 33, декабрь 2018 г., стр. 81–88; bioRxiv 2018/04/11/299784
- ^ Полные геномы NCBI: вирусы , ищите «Йеллоустонское озеро».
- ^ Монируззаман, Мохаммед; ЛеКлер, Гэри Р.; Браун, Кристофер М.; Гоблер, Кристофер Дж.; Бидл, Кей Д.; Уилсон, Уильям Х.; Вильгельм, Стивен В. (2014). «Геном вируса коричневого прилива (AaV), маленького гиганта из семейства Megaviridae, объясняет расширение генома NCLDV и коэволюцию вируса-хозяина» . Вирусология . 466–467: 60–70. дои : 10.1016/j.virol.2014.06.031 . ПМИД 25035289 .
- ^ Шварц ЧР, стюард ГФ (май 2018 г.). «Гигантский вирус, поражающий зеленые водоросли, кодирует ключевые гены ферментации» . Вирусология . 518 : 423–433. дои : 10.1016/j.virol.2018.03.010 . ПМИД 29649682 .
- «Новый гигантский вирус обнаружен в водах острова Оаху, Гавайи» . ScienceDaily (пресс-релиз). 3 мая 2018 г.
- ^ Кунин Е.В., Крупович М., Ютин Н. (апрель 2015 г.). «Эволюция двухцепочечных ДНК-вирусов эукариот: от бактериофагов к транспозонам и гигантским вирусам» . Энн. Н-Й акад. Наука . 1341 (1): 10–24, см. рисунок 3. Бибкод : 2015NYASA1341...10K . дои : 10.1111/nyas.12728 . ПМК 4405056 . ПМИД 25727355 .
- ^ Ютин Н., Колсон П., Рауль Д., Кунин Е.В. (апрель 2013 г.). «Мимивирусы: кластеры ортологичных генов, реконструкция эволюции репертуара генов и предполагаемое расширение семейства гигантских вирусов» . Вирол. Дж . 10 :106. дои : 10.1186/1743-422X-10-106 . ПМЦ 3620924 . ПМИД 23557328 .
- ^ Блог Каролины Рейес, Кеннета Стедмана: Являются ли вирусы Phaeocystis globosa (OLPG) и фикоднавирус Organic Lake частью Phycodnaviridae или Mimiviridae? , на ResearchGate, 8 января 2016 г.
- ^ Маруяма Ф, Уэки С (2016). «Эволюция и филогения крупных ДНК-вирусов, мимивирусов и фикоднавирусов, включая недавно охарактеризованный Heterosigma akashiwo вирус » . Передний микробиол . 7 : 1942. doi : 10.3389/fmicb.2016.01942 . ПМК 5127864 . ПМИД 27965659 .
- ^ Гедин Э., Клавери Дж. М. (август 2005 г.). «Родственники мимивирусов в Саргассовом море» . Вирол. Дж . 2 : 62. arXiv : q-bio/0504014 . Бибкод : 2005q.bio.....4014G . дои : 10.1186/1743-422X-2-62 . ПМЦ 1215527 . ПМИД 16105173 .
- ^ Монье А., Клавери Ж.М., Огата Х. (2008). «Таксономическое распространение крупных ДНК-вирусов в море» . Геном Биол . 9 (7): Р106. дои : 10.1186/gb-2008-9-7-r106 . ПМК 2530865 . ПМИД 18598358 .
- ^ Перейти обратно: а б с Лад С.Б., Упадхьяй М., Торат П., Наир Д., Мозли Г.В., Шривастава С., Прадипкумар П.И., Кондабагил К. Биохимическое восстановление пути эксцизионной репарации мимивирусной основы. Дж Мол Биол. 1 сентября 2023 г.; 435 (17): 168188. дои: 10.1016/j.jmb.2023.168188. Epub, 26 июня 2023 г. PMID 37380013.
- ^ Саади Х., Панье И., Колсон П., Шериф Дж.К., Беджи М., Бугалми М., Азза С., Армстронг Н., Роберт С., Фурнус Дж., Ла Скола Б., Рауль Д. (август 2013 г.). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией» . Клин. Заразить. Дис . 57 (4): e127–34. дои : 10.1093/cid/cit354 . ПМИД 23709652 .
- ^ Юсуф Н., Панье И., Фурнус Дж., Роберт С., Ла Скола Б., Рауль Д., Колсон П. (апрель 2014 г.). «Полная последовательность генома вируса Courdo11, члена семейства Mimiviridae». Гены вирусов . 48 (2): 218–23. дои : 10.1007/s11262-013-1016-x . ПМИД 24293219 . S2CID 12038772 .
- ^ Сахаи, Фатима; Вазири, Фарзам; Бахрамали, Гольназ; Давар Сиадат, Сейед; Фатех, Абольфазл (октябрь 2020 г.). «Легочная инфекция, связанная с мимивирусом, у пациента с первичной цилиарной дискинезией» . Новые инфекционные заболевания . 26 (10): 2524–2526. дои : 10.3201/eid2610.191613 . ПМК 7510730 . ПМИД 32946733 .
- ^ Ла Скола, Бернар; Марри, Томас Дж.; Офре, Жан-Пьер; Рауль, Дидье (март 2005 г.). «Мимивирус у больных пневмонией» . Новые инфекционные заболевания . 11 (3): 449–452. дои : 10.3201/eid1103.040538 . ПМК 3298252 . ПМИД 15757563 .
- ^ Саади, Ханене; Панье, Изабель; Колсон, Филипп; Канун Шериф, Джуда; Беджи, Маджед; Бугалми, Мондер; Азза, Саид; Армстронг, Николас; Роберт, Кэтрин; Фурнус, Гислен; Ла Скола, Бернар (24 мая 2013 г.). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией» . Клинические инфекционные болезни . 57 (4): e127–e134. дои : 10.1093/cid/cit354 . PMID 23709652 – через Oxford Academic.
- ^ Шах, Н.; Хюльсмайер, Эй Джей; Хоххольд, Н.; Нейдхарт, М.; Гей, С.; Хеннет, Т. (2013). «Воздействие коллагенового мимивируса способствует развитию артрита» . Журнал вирусологии . 88 (2): 838–45. дои : 10.1128/JVI.03141-13 . ПМЦ 3911627 . ПМИД 24173233 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
| Базы данных органов управления : Национальные |
|---|
