Липотриксвирусиды

Липотриксвирусиды
	Ацидианный нитевидный вирус 3 (AFV3), род Betalipothrixvirus
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Аднавирия
Королевство:	Зиллигвире
Тип:	Талеавирикота
Сорт:	Токивирицетес
Заказ:	Лигаменвирусы
Семья:	Липотриксвирусиды
Роды
	Альфалипотриксвирус ; Беталипотриксвирус ; Дельталипотриксвирус ;
Синонимы
	TTV1 group ICTV 1987 ;

Lipothrixviridae — семейство вирусов отряда Ligamenvirales . термофильные археи типа Thermoproteota Естественными хозяевами служат . В этом семействе 11 видов, отнесенных к 4 родам. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Таксономия

К семейству отнесены следующие роды и виды: ^{[ 2 ]}

Семейство состоит из трех родов: Alphalipothrixvirus , Betalipothrixvirus и Deltalipothrixvirus . Каптовирус раньше относился к этому семейству как род Gammalipothrixvirus, но сейчас это единственный род семейства Ungulaviridae . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Их классифицируют на роды на основании их геномных свойств и разнообразия их концевых придатков, которые участвуют в распознавании клеток-хозяев. Первоначально предложенный род Alphalipothrixvirus был переименован в Alphatristromavirus и перенесен в семейство Tristromaviridae . ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} В 2020 году род Alphalipothrixvirus был воссоздан для классификации нитчатого вируса Sulfolobus 1. ^{[ 10 ]} и нитевидный вирус Sulfolobales Beppu 2. ^{[ 11 ]}

У рода Gammalipothrixvirus когтеобразные структуры обнаруживаются на обоих концах вириона.

Члены Lipothrixviridae имеют общие структурные и геномные характеристики с вирусами семейства Rudiviridae , которое содержит палочковидные вирусы без оболочки. Вирусы этих двух семейств имеют линейные геномы дцДНК и имеют до девяти общих генов. Кроме того, нитчатые частицы рудивирусов и липотриксвирусов построены из структурно сходных, гомологичных основных капсидных белков. Из-за этих общих свойств вирусы этих двух семейств относят к порядку Ligamenvirales . ^{[ 12 ]}

Члены Ligamenvirales структурно родственны вирусам семейства Tristromaviridae , которые, подобно липотриксвирусам, имеют оболочку и кодируют два паралогичных основных капсидных белка с той же укладкой, что и у лигаменвирусов. ^{[ 13 ]} Из-за этого структурного сходства порядок Ligamenvirales и семейство Tristromaviridae было предложено объединить в класс Tokiviricetes (токи по-грузински означает «нить», а viricetes является официальным суффиксом класса вирусов). ^{[ 13 ]}

Вирусология

Вирусы имеют оболочку и нитевидную форму. Капсид значительно различается по длине — 410–1950 нанометров (нм) — и имеет диаметр 24–38 нм. Оболочка имеет монослойную структуру и включает липиды дифитанилтетраэфиров. ^{[ нужна ссылка ]}

С обоих концов вирона есть выступы, идущие от ядра через оболочку. Сам капсид удлинен и демонстрирует спиральную симметрию. Само ядро спиральное. ^{[ нужна ссылка ]}

Существует два основных белка капсида (MCP1 и MCP2). MCP1 и MCP2 образуют гетеродимер, который окружает линейный геном дцДНК, превращая его в А-форму. Взаимодействие генома и MCP приводит к конденсации генома в суперспираль вириона. ^{[ 10 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]} Геномы линейные, длиной до 40 т.п.н. ^{[ 1 ]}

Род	Структура	Симметрия	Капсид	Геномное расположение	Геномная сегментация
Альфалипотриксвирус	Нитчатый	спиральный	обернутый	Линейный	Однодольный
Беталипотриксвирус	Нитчатый	спиральный	обернутый	Линейный	Однодольный
Дельталипотриксвирус	Нитчатый	спиральный	обернутый	Линейный	Однодольный

Жизненный цикл

Репликация вируса цитоплазматическая. Проникновение в клетку-хозяина достигается путем адсорбции на ней. Было обнаружено, что нитевидный вирус Acidianus 1 связывается с клеточными пилеобразными придатками. Транскрипция по шаблону ДНК - это метод транскрипции. Археи служат естественным хозяином. Пути передачи – пассивная диффузия. ^{[ 1 ]}

Сборка и выход вирионов были изучены на примере нитчатого вируса Sulfolobus Islandicus (SIFV). Вирионы собираются внутри клетки. Связывание димеров основных капсидных белков с линейным геномом дцДНК приводит к сборке нуклеокапсидов, которые впоследствии окутываются внутриклеточно посредством неизвестного механизма. ^{[ 16 ]} Все липотриксвирусы, вероятно, являются литическими вирусами. В случае беталипотриксвирусов и дельталипотриксвирусов вирионы высвобождаются через пирамидальные порталы, называемые вирус-ассоциированными пирамидами (ВАП). ВАП SIFV имеют шестиугольное основание (т. е. построены из шести треугольных граней). ^{[ 16 ]}

Род	Сведения о хосте	Тканевой тропизм	Детали входа	Подробности выпуска	Сайт репликации	Монтажный участок	Передача инфекции
Альфалипотриксвирус	Архея: Сахаролобус	Никто	Инъекция	Неизвестный	Цитоплазма	Цитоплазма	Пассивная диффузия
Беталипотриксвирус	Археи: Acidianus , Saccharolobus.	Никто	Инъекция	Литический	Цитоплазма	Цитоплазма	Пассивная диффузия
Дельталипотриксвирус	Архея: Ацидиан	Никто	Инъекция	Литический	Цитоплазма	Цитоплазма	Пассивная диффузия

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 14 мая 2021 г.
^ Арнольд, Х.П., Зиллиг, В., Цизе, У., Хольц, И., Кросби, М., Аттербек, Т., Вайдманн, Дж.Ф., Кристьянсон, Дж.К., Кленк, Х.П., Нельсон, К.Э. и Фрейзер, К.М. ( 2000). Новый липотриксвирус, SIFV, крайне теплолюбивого кренархеона Sulfolobus. Вирусология, 267, 252–266.
^ Янекович Д., Вундерл С., Хольц И., Зиллиг В., Герл А., Нойманн Х. (1983) TTV1, TTV2 и TTV3, семейство вирусов чрезвычайно термофильных анаэробных, восстанавливающих серу археабактерий Thermoproteus tenax. Мол. Генерал Жене. 19239–19245
^ Беттстеттер, М., Пэн, X., Гаррет, Р.А. и Прангишвили, Д. (2003). AFV-1 — новый вирус, поражающий гипертермофильные археи рода Acidianus. Вирусология, 315, 68–79.
^ «Текущий выпуск таксономии ICTV | ICTV» .
^ Херинг М., Вестергаард Г., Брюггер К., Рэйчел Р., Гарретт Р.А., Прангишвили Д. (2005) Структура и организация генома AFV2, нового архейного липотриксвируса с необычной концевой и основной структурой. J Бактериол 187(11): 3855–3858 два : 10.1128/JB.187.11.3855-3858.2005
^ Прангишвили, Д; Ренсен, Э; Мочизуки, Т; Крупович, М; Отчет ICTV, Консорциум (февраль 2019 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: тристромавирусы» . Журнал общей вирусологии . 100 (2): 135–136. дои : 10.1099/jgv.0.001190 . ПМИД 30540248 .
^ «Репортаж ICTV о тристромавирусах» .
^ Jump up to: ^а ^б Лю, Ю; Осинский, Т; Ван, Ф; Крупович, М; Схаутен, С; Кассон, П; Прангишвили, Д; Эгельман, Э.Х. (2018). «Структурная консервативность нитчатого вируса с мембранной оболочкой, инфицирующего гипертермофильный ацидофил» . Природные коммуникации . 9 (1): 3360. Бибкод : 2018NatCo...9.3360L . дои : 10.1038/s41467-018-05684-6 . ПМК 6105669 . ПМИД 30135568 .
^ Лю, Ю; Брандт, Д; Ишино, С; Исино, Ю; Кунин Е.В.; Калиновский, Дж; Крупович, М; Прангишвили, Д (2019). «Новые архейные вирусы, обнаруженные с помощью метагеномного анализа вирусных сообществ в накопительных культурах» . Экологическая микробиология . 21 (6): 2002–2014. Бибкод : 2019EnvMi..21.2002L . дои : 10.1111/1462-2920.14479 . ПМЦ 11128462 . ПМИД 30451355 . S2CID 53950297 .
^ Прангишвили Д, Крупович М (2012). «Новый предложенный таксон вирусов с двухцепочечной ДНК, порядок «Ligamenvirales» » . Арх Вирол . 157 (4): 791–795. дои : 10.1007/s00705-012-1229-7 . ПМИД 22270758 .
^ Jump up to: ^а ^б Ван, Фэнбинь; Бакеро, Диана П; Су, Чжанли; Осинский, Томаш; Прангишвили, Давид; Эгельман, Эдвард Х; Крупович, Март (2020). «Структура нитчатого вируса раскрывает семейные связи внутри виросферы архей» . Эволюция вирусов . 6 (1): veaa023. дои : 10.1093/ve/veaa023 . ПМЦ 7189273 . ПМИД 32368353 .
^ Кассон, П; ДиМайо, Ф; Ю, Х; Лукас-Стаат, С; Крупович, М; Схаутен, С; Прангишвили, Д; Эгельман, Э.Х. (2017). «Модель новой мембранной оболочки нитчатого гипертермофильного вируса» . электронная жизнь . 6 : е26268. дои : 10.7554/eLife.26268 . ПМК 5517147 . ПМИД 28639939 .
^ Ван, Ф; Бакеро, ДП; Бельтран, ЖК; Су, З; Осинский, Т; Чжэн, Вт; Прангишвили, Д; Крупович, М; Эгельман, Э.Х. (2020). «Структуры нитчатых вирусов, заражающих гипертермофильные археи, объясняют стабилизацию ДНК в экстремальных условиях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 117 (33): 19643–19652. Бибкод : 2020PNAS..11719643W . дои : 10.1073/pnas.2011125117 . ПМЦ 7443925 . ПМИД 32759221 .
^ Jump up to: ^а ^б Бакеро, ДП; Гази, AD; Саксе, М; Лю, Дж; Шмитт, К; Мойя-Нильгес, М; Схаутен, С; Прангишвили, Д; Крупович, М (2021). «Нитевидный архейный вирус окутывается внутри клетки и высвобождается через пирамидальные порталы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 118 (32): e2105540118. Бибкод : 2021PNAS..11805540B . дои : 10.1073/pnas.2105540118 . ПМЦ 8364153 . ПМИД 34341107 .

Внешние ссылки

СМИ, связанные с Lipothrixviridae , на Викискладе?
Вирусная зона : Lipothrixviridae.

[ViralZone-1] Jump up to: ^а ^б ^с «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.

[ICTV-2] Jump up to: ^а ^б «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 года . Проверено 14 мая 2021 г.

[3] Арнольд, Х.П., Зиллиг, В., Цизе, У., Хольц, И., Кросби, М., Аттербек, Т., Вайдманн, Дж.Ф., Кристьянсон, Дж.К., Кленк, Х.П., Нельсон, К.Э. и Фрейзер, К.М. ( 2000). Новый липотриксвирус, SIFV, крайне теплолюбивого кренархеона Sulfolobus. Вирусология, 267, 252–266.

[Janekovic1983-4] Янекович Д., Вундерл С., Хольц И., Зиллиг В., Герл А., Нойманн Х. (1983) TTV1, TTV2 и TTV3, семейство вирусов чрезвычайно термофильных анаэробных, восстанавливающих серу археабактерий Thermoproteus tenax. Мол. Генерал Жене. 19239–19245

[5] Беттстеттер, М., Пэн, X., Гаррет, Р.А. и Прангишвили, Д. (2003). AFV-1 — новый вирус, поражающий гипертермофильные археи рода Acidianus. Вирусология, 315, 68–79.

[6] «Текущий выпуск таксономии ICTV | ICTV» .

[Häring2005-7] Херинг М., Вестергаард Г., Брюггер К., Рэйчел Р., Гарретт Р.А., Прангишвили Д. (2005) Структура и организация генома AFV2, нового архейного липотриксвируса с необычной концевой и основной структурой. J Бактериол 187(11): 3855–3858 два : 10.1128/JB.187.11.3855-3858.2005

[8] Прангишвили, Д; Ренсен, Э; Мочизуки, Т; Крупович, М; Отчет ICTV, Консорциум (февраль 2019 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: тристромавирусы» . Журнал общей вирусологии . 100 (2): 135–136. дои : 10.1099/jgv.0.001190 . ПМИД 30540248 .

[9] «Репортаж ICTV о тристромавирусах» .

[SFV1-10] Jump up to: ^а ^б Лю, Ю; Осинский, Т; Ван, Ф; Крупович, М; Схаутен, С; Кассон, П; Прангишвили, Д; Эгельман, Э.Х. (2018). «Структурная консервативность нитчатого вируса с мембранной оболочкой, инфицирующего гипертермофильный ацидофил» . Природные коммуникации . 9 (1): 3360. Бибкод : 2018NatCo...9.3360L . дои : 10.1038/s41467-018-05684-6 . ПМК 6105669 . ПМИД 30135568 .

[11] Лю, Ю; Брандт, Д; Ишино, С; Исино, Ю; Кунин Е.В.; Калиновский, Дж; Крупович, М; Прангишвили, Д (2019). «Новые архейные вирусы, обнаруженные с помощью метагеномного анализа вирусных сообществ в накопительных культурах» . Экологическая микробиология . 21 (6): 2002–2014. Бибкод : 2019EnvMi..21.2002L . дои : 10.1111/1462-2920.14479 . ПМЦ 11128462 . ПМИД 30451355 . S2CID 53950297 .

[12] Прангишвили Д, Крупович М (2012). «Новый предложенный таксон вирусов с двухцепочечной ДНК, порядок «Ligamenvirales» » . Арх Вирол . 157 (4): 791–795. дои : 10.1007/s00705-012-1229-7 . ПМИД 22270758 .

[tristroma-13] Jump up to: ^а ^б Ван, Фэнбинь; Бакеро, Диана П; Су, Чжанли; Осинский, Томаш; Прангишвили, Давид; Эгельман, Эдвард Х; Крупович, Март (2020). «Структура нитчатого вируса раскрывает семейные связи внутри виросферы архей» . Эволюция вирусов . 6 (1): veaa023. дои : 10.1093/ve/veaa023 . ПМЦ 7189273 . ПМИД 32368353 .

[14] Кассон, П; ДиМайо, Ф; Ю, Х; Лукас-Стаат, С; Крупович, М; Схаутен, С; Прангишвили, Д; Эгельман, Э.Х. (2017). «Модель новой мембранной оболочки нитчатого гипертермофильного вируса» . электронная жизнь . 6 : е26268. дои : 10.7554/eLife.26268 . ПМК 5517147 . ПМИД 28639939 .

[15] Ван, Ф; Бакеро, ДП; Бельтран, ЖК; Су, З; Осинский, Т; Чжэн, Вт; Прангишвили, Д; Крупович, М; Эгельман, Э.Х. (2020). «Структуры нитчатых вирусов, заражающих гипертермофильные археи, объясняют стабилизацию ДНК в экстремальных условиях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 117 (33): 19643–19652. Бибкод : 2020PNAS..11719643W . дои : 10.1073/pnas.2011125117 . ПМЦ 7443925 . ПМИД 32759221 .

[Baquero2021-16] Jump up to: ^а ^б Бакеро, ДП; Гази, AD; Саксе, М; Лю, Дж; Шмитт, К; Мойя-Нильгес, М; Схаутен, С; Прангишвили, Д; Крупович, М (2021). «Нитевидный архейный вирус окутывается внутри клетки и высвобождается через пирамидальные порталы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 118 (32): e2105540118. Бибкод : 2021PNAS..11805540B . дои : 10.1073/pnas.2105540118 . ПМЦ 8364153 . ПМИД 34341107 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]