Метавирус
| Метавирус | |
|---|---|
Классификация вирусов 
| |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область : | Рибовирия |
| Королевство: | Паранавиры |
| Тип: | Артвервирикота |
| Сорт: | Ревтравирицеты |
| Заказ: | Ортервирусы |
| Семья: | Метавирусиды |
| Род: | Метавирус |
Метавирусы — род вирусов семейства Metaviridae . [ 1 ] Это ретротранспозоны , которые вторгаются в геном эукариотического хозяина и могут реплицироваться только после заражения хозяина вирусом. [ 2 ] Эти генетические элементы существуют для инфицирования и репликации в геноме хозяина и происходят от наследственных элементов, не связанных с хозяином. Метавирус может использовать для передачи несколько разных хозяев, и было обнаружено, что он передается через семяпочки и пыльцу некоторых растений. [ 3 ]
Метавирус содержит пять семейств элемента Ty3/Gypsy с одной или двумя открытыми рамками считывания ; эти семейства — mdg1, mdg3, бластопия, 412 и микропия . [ 4 ] Каждое из пяти семейств содержит одну или две рамки открытого считывания, gag3 и/или pol3 . [ 5 ] Есть доказательства, подтверждающие, что недостаток аминокислот в геноме хозяина часто вызывает сдвиг рамки считывания в сторону элемента Ty3 . [ 6 ] Метавирус соответствует линии генов Ogre/Tat . [ 7 ]
Морфология
[ редактировать ]Виды метавирусов представляют собой ретротранспозоны одноцепочечной РНК. Они имеют икосаэдрическую и линейную конформацию и не заключены в оболочку. [ 8 ] Их диаметр составляет примерно 50 нм, а длина обычно составляет от 42 до 52 нм. [ 8 ] Эти генетические элементы содержат ядро и капсид. [ нужна ссылка ]
Разновидность
[ редактировать ]Признаны следующие виды: [ 1 ]
- Вирус Arabidopsis thaliana Athila
- Вирус Tat4 Arabidopsis thaliana
- Вирус Bombyx mori Mag
- Вирус Caenorhabditis elegans Cer1
- Вирус Cladosporium желтый Т-1
- Вирус Dictyostelium discoideum Skipper
- Вирус Освальдо Drosophila buzzatii
- Вирус Drosophila melanogaster 412
- Вирус Blastopia Drosophila melanogaster
- Вирус Drosophila melanogaster Mdg1
- Вирус Drosophila melanogaster Mdg3
- Вирус микропии Drosophila melanogaster
- Вирус Улисса мужского пола дрозофилы
- Вирус Fusarium oxysporum Skippy
- Вирус Лили Генри Del1
- Вирус Saccharomyces cerevisiae Ty3
- Вирус Schizosaccharomyces pombe Tf1
- Вирус Schizosaccharomyces pombe Tf2
- Такифугу уничтожает вирус суши
- Вирус Tribolium castaneum Woot
- Вирус Tripneustis gratilla SURL
Эволюция
[ редактировать ]Из-за высокой скорости мутаций и рекомбинации, а также их способности осуществлять горизонтальный перенос генов , эволюционную историю многих ретроэлементов может быть сложно проследить (Benachenhou et al., 2013). [ 9 ] Ученые часто обращаются к геномам метавируса , чтобы сравнить последовательности нуклеиновых кислот с последовательностями других вирусов, построить линии и предложить общих предков. [ нужна ссылка ]
Множественные таксоны метавируса имеют геномную последовательность, гомологичную другим родам метавирусов, и предполагают общего предка и/или коэволюцию. [ 10 ] Ученые часто изучают капсидные белки в поисках доказательств эволюции метавирусов . [ 11 ] Большая часть линии метавируса остается невыясненной и в настоящее время исследуется. [ нужна ссылка ]
Исследования
[ редактировать ]Масканьи и др. (2017) провели исследования по поиску гомологов и идентификации цепей у видов подсолнечника. В ходе эксперимента из различных видов гелиантуса была выделена ДНК и идентифицированы геномы ретротранспозонов с помощью BLASTX- анализа. Филогенетические деревья были построены с использованием метода кластеризации соседей, а также был построен биоинформационный конвейер для проведения геномного анализа. Два элемента, SURE и Helicopia, были идентифицированы и отнесены к надсемействам Gypsy и Copia соответственно. [ 12 ] Таким образом, элемент SURE принадлежит к группе Gypsy , линии Ogre/Tat , рода Metavirus . [ 12 ] Дальнейший анализ привел Mascagni et al. (2017), чтобы идентифицировать мутации и сделать вывод, что линия метавируса возникла раньше сиревируса. Масканьи и др. (2017) также обнаружили доказательства того, что элементы SURE и элементы Helicopia гибридизировались, что потенциально может привести к появлению новых линий.
Нефедова и Ким (2009) провели исследование Drosophila melanogaster для дальнейшей идентификации линий метавируса . Гомологи были идентифицированы из ранее выделенной ДНК ретротранспозонов и Drosophila melanogaster и построены филогенетические деревья. [ 13 ] Метавирусы обладают геном env, позволяющим им быть инфекционными, который, как пришли к выводу Нефедова и Ким (2009), был получен в результате горизонтального переноса генов от бакуловирусов. [ 13 ] Метавирус содержит элемент roo, который, как полагают, был получен в результате переноса гена от Errantivirus , или, что более вероятно, эти два рода имеют общего предка . [ 13 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б «Отчет ICTV о метавирусах» .
- ^ Зиберт, К. (2006). «Неразумный замысел» (PDF) . Обнаружить .
- ^ Сингх, Р; Финни, Р. (сентябрь 1973 г.). «Семенная передача метавируса веретена клубня картофеля через семязачаток Scopolia sinensis». Канадский журнал болезней растений . 53 : 153–154.
- ^ Нефедова, Лидия; Ким, Александр. «Механизмы транспозиции LTR-ретроэлементов: уроки Drosophila melanogaster». Вирусы . 9 : 1–10.
- ^ Леви, Камилла; и др. (2013). «Вакцина на основе вирусоподобных частиц вызывает перекрестную защиту от метапневмовирусных инфекций человека у мышей». Вакцина . 31 (25): 2778–2785. doi : 10.1016/j.vaccine.2013.03.051 . ПМИД 23583815 .
- ^ Тюркель, Сезай (июнь 2016 г.). «Аминокислотное голодание усиливает запрограммированный сдвиг рамки рибосом в метавирусе Ty3 Saccharomyces cerevisiae» . Достижения биологии . 2016 : 1–6. дои : 10.1155/2016/1840782 .
- ^ Нойманн, П; Позаркова Д; Макас, Дж (2003). «Высоко распространенный ретротранспозон LTR гороха Ogre конститутивно транскрибируется и частично сплайсируется». Молекулярная биология растений . 53 (3): 399–410. doi : 10.1023/B:PLAN.0000006945.77043.ce . ПМИД 14750527 . S2CID 13412101 .
- ^ Jump up to: а б Менис, Томас (2018). Индекс вирусов Спрингера . Спрингер Природа. стр. 843–849.
- ^ Бенашену, Фарид; Спербер, Йоран О.; Бонгкам-Рудлофф, Эрик; Андерссон, Йоран; Буке, Джеф Д.; Бломберг, Йонас (2013). «Консервативная структура и предполагаемая эволюционная история длинных концевых повторов (LTR)» . Мобильная ДНК . 4 (1): 5. дои : 10.1186/1759-8753-4-5 . ПМК 3601003 . ПМИД 23369192 .
- ^ Кунин, М; Доля, В; Крупович, М (2015). «Происхождение и эволюция вирусов эукариот: предельная модульность» . Вирусология . 479–480: 2–25. дои : 10.1016/j.virol.2015.02.039 . ПМЦ 5898234 . ПМИД 25771806 .
- ^ Гонг, З; Хан, Дж. (2018). «Ретроэлементы насекомых дают новое представление о происхождении вирусов гепатита В» . Молекулярная биология и эволюция . 35 (9): 2254–2259. дои : 10.1093/molbev/msy129 . ПМИД 29924338 .
- ^ Jump up to: а б Масканьи, Фарид (2017). «Различные истории двух сильно изменчивых ретротранспозонов LTR у видов подсолнечника» (PDF) . Джин . 634 : 5–14. дои : 10.1016/j.gene.2017.08.014 . hdl : 11568/885451 . ПМИД 28867564 .
- ^ Jump up to: а б с Нефедово, Л (2009). «Молекулярная филогения и систематика ретротранспозонов и ретровирусов дрозофилы». Молекулярная биология . 43 (5): 747–756. дои : 10.1134/S0026893309050069 . S2CID 6078688 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Отчет ICTV: Метавирусы
- «Метавирусиды» . Браузер таксономии NCBI . 186665.
- Описания растительных вирусов, заархивированные 20 ноября 2019 г. на Wayback Machine.