✖


Jump to content

РаТГ13

Статья с расширенной защитой

БатКоВ RaTG13
Классификация вирусов Изменить эту классификацию
(без рейтинга): Вирус
Область : Рибовирия
Королевство: Орторнавиры
Тип: Писувирикота
Сорт: Пизонивирицеты
Заказ: Нидовиралес
Семья: Коронавирусы
Род: Бетакоронавирус
Подрод: Сарбековирус
Разновидность:
Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом
Напряжение:
БатКоВ RaTG13
Синонимы [1]
  • Коронавирус летучей мыши Ra4991

Коронавирус летучих мышей RaTG13 представляет собой SARS-подобный бетакоронавирус, идентифицированный в помете подковоноса Rhinolophus affinis . [2] [3] Он был обнаружен в 2013 году в помете летучих мышей из шахтерской пещеры недалеко от города Тунгуань в уезде Модзян провинции Юньнань , Китай . [4] В феврале 2020 года [5] он был идентифицирован как ближайший известный родственник SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 , с идентичностью нуклеотидов на 96,1% . [6] [7] Однако в 2022 году ученые обнаружили три более близких совпадения у летучих мышей, найденных в 530 км к югу, в Фьюанге , Лаос, обозначенных как BANAL-52 (96,8% идентичности), BANAL-103 и BANAL-236 . [8] [9] [10]

История

Весной 2012 года у трех шахтеров, очищающих фекалии летучих мышей на заброшенном медном руднике недалеко от города Тунгуань в автономном округе Модзян-Хани, развилась смертельная пневмония . [11] Из-за опасений, что случаи заболевания шахтера могут представлять собой новую болезнь, [12] Образцы сыворотки, собранные у шахтеров, были отправлены в Уханьский институт вирусологии и проверены Ши Чжэнли и ее группой на вирус Эбола , вирус Нипах и SARSr-CoV Rp3 летучих мышей. Пробы дали отрицательный результат. [3] [13] [11]

Чтобы выяснить возможную причину заражения, различных животных (включая летучих мышей, крыс и мускусных землеройок в шахтерской пещере и вокруг нее также были взяты пробы у ). В период с 2012 по 2015 год Ши Чжэнли и ее группа выделили 293 различных коронавируса (284 альфа- и 9 бета-коронавирусов ) из образцов фекалий летучих мышей в пещере. Один из образцов, собранных в 2013 году у Rhinolophus affinis (подковоноса промежуточного уровня), содержал новую последовательность рибонуклеиновых кислот, позже идентифицированную как «RaTG13». [3] [13]

В 2020 году Ши и ее группа повторно протестировали образцы сыворотки шахтеров на наличие SARS-CoV-2. Пробы дали отрицательный результат. [3]

В 2020 году штамм, идентифицированный в образце, был переименован из исходного Ra4991 (4991-й образец, собранный из Rhinolophus affinis ) в «RaTG13», чтобы отразить исходный вид летучих мышей (Ra из Rhinolophus affinis ), географическое положение (TG из Тунгуана) и год сбора (13 с 2013). [14] сочли изменение названия инсинуацией Сторонники теории лабораторных утечек в связи с пандемией COVID-19 . [14]

Вирусология

Последовательность RaTG13 была реконструирована на основе метагеномных образцов (обычная практика в экологической вирусологии). [15] и, как таковое, потенциально может быть химерой in silico . [16] Не было подтверждено существование RaTG13 в природе, его культивирование или выделение в какой-либо лаборатории. [12] или быть жизнеспособным патогеном человека. [16] Живой вирус «RaTG13» никогда не был обнаружен ни в одном лабораторном образце из WIV или где-либо еще. [16]

Судя по последовательности, RaTG13 представляет собой РНК-вирус с положительной цепью и внешней мембраной. Его геном составляет примерно 29 800 нуклеотидов. Геном кодирует репликазу (ORF1a/1b) и четыре структурных белка; включая белок-шип (S), мембранный белок (М), белок оболочки (Е) и белок нуклеокапсида (N); и пять вирусных вспомогательных белков , включая ORF3a (NS3), ORF6 (NS6), ORF7a (NS7a), ORF7b (NS7b) и ORF8 (NS8). [3] [17]

RaTG13 очень похож на геном SARS-CoV-2 (он имеет сходство нуклеотидов на 96,1%), а его идентификация в помете животных является подтверждающим доказательством естественного происхождения SARS-CoV-2. [7] Основная область расхождения между RaTG13 и SARS-CoV-2 находится в рецептор-связывающем домене (RBD) шиповидного белка (S), который представляет собой часть, которая связывается с рецепторным белком на поверхности клетки-хозяина и вызывает инфекция. Расхождение в этом домене указывает на то, что, в отличие от SARS-CoV-2, вирус RaTG13 может не использовать ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2) в качестве места входа в клетку. [18] Кроме того, в белке S вируса RaTG13 отсутствует мотив расщепления фурином RRAR↓S. [18]

Сродство связывания между RATG13 и hACE2 ниже, чем между SARS-CoV-2 RBD и hACE2. [19]

Филогенетика

Филогенетическое дерево

Филогенетическое дерево, основанное на полногеномных последовательностях SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов: [20] [21]

Коронавирус, родственный SARS‑CoV‑2

( Летучая мышь ) Rc-o319 , 81% к SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus , Ивате , Япония [22]

Летучая мышь SL-ZXC21 , 88% к SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Чжоушань , Чжэцзян [23]

Летучая мышь SL-ZC45 , 88% к SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Чжоушань, Чжэцзян [23]

Панголин SARSr-CoV-GX, 85,3% к SARS-CoV-2, Manis javanica , контрабандой доставлен из Юго-Восточной Азии. [24]

Панголин SARSr-CoV-GD, 90,1% SARS-CoV-2, Manis javanica , контрабандой доставлен из Юго-Восточной Азии. [25]

Летучая мышь RshSTT182, 92,6% к SARS-CoV-2, Rhinolophus шамли , Стеунг Тренг , Камбоджа [26]

Летучая мышь RshSTT200, 92,6% к SARS-CoV-2, Rhinolophushamli , Стунг Тренг, Камбоджа [26]

(Летучая мышь) RacCS203 , 91,5% к SARS-CoV-2, Rhinolophus acuminatus , Чаченгсао , Таиланд [21]

(Летучая мышь) RmYN02 , 93,3% к SARS-CoV-2, Rhinolophus malayanus , Менгла , Юньнань [27]

(Летучая мышь) RpYN06 , 94,4% к SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Сишуанбаньна , Юньнань [20]

(Летучая мышь) RaTG13 , 96,1% к SARS-CoV-2, Rhinolophus affinis , Модзян , Юньнань [28]

(Летучая мышь) BANAL-52 , 96,8% к SARS-CoV-2, Rhinolophus malayanus , Вьентьян , Лаос [29]

SARS-CoV-2

SARS-CoV-1 , 79% до SARS-CoV-2

См. также

Ссылки

  1. ^ «Таксономический браузер (Bat Coronavirus RaTG13)» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 02 января 2021 г.
  2. ^ Ge XY, Ван Н., Чжан В., Ху Б., Ли Б., Чжан Ю.З. и др. (февраль 2016 г.). «Сосуществование нескольких коронавирусов в нескольких колониях летучих мышей в заброшенной шахте» . Вирусология Синика . 31 (1): 31–40. дои : 10.1007/s12250-016-3713-9 . ПМК   7090819 . ПМИД   26920708 .
  3. ^ Jump up to: а б с д и Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (декабрь 2020 г.). «Приложение: Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом, вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 588 (7836): Е6. Бибкод : 2020Natur.588E...6Z . дои : 10.1038/s41586-020-2951-z . ПМЦ   9744119 . ПМИД   33199918 .
  4. ^ Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (декабрь 2020 г.). «Приложение: Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом, вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 588 (7836): Е6. Бибкод : 2020Natur.588E...6Z . дои : 10.1038/s41586-020-2951-z . ПМЦ   9744119 . ПМИД   33199918 .
  5. ^ Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 579 (7798): 270–273. Бибкод : 2020Natur.579..270Z . дои : 10.1038/s41586-020-2012-7 . ПМК   7095418 . ПМИД   32015507 .
  6. ^ Пудель У, Субеди Д, Панта С, Дакал С (октябрь 2020 г.). «Коронавирусы животных и коронавирусные заболевания 2019: Урок подхода «Единое здоровье»» . Открытый ветеринарный журнал . 10 (3): 239–251. дои : 10.4314/ovj.v10i3.1 . ПМК   7703617 . ПМИД   33282694 .
  7. ^ Jump up to: а б Хаким М.С. (ноябрь 2021 г.). «SARS-CoV-2, Covid-19 и развенчание теорий заговора» . Обзоры по медицинской вирусологии (обзор). 31 (6): e2222. дои : 10.1002/rmv.2222 . ПМЦ   7995093 . ПМИД   33586302 .
  8. ^ Теммам С., Вонгфайлот К., Бакеро Е., Мунье С., Бономи М., Рено Б. и др. (апрель 2022 г.). «Коронавирусы летучих мышей, родственные SARS-CoV-2 и инфекционные для клеток человека» . Природа . 604 (7905): 330–336. Бибкод : 2022Natur.604..330T . дои : 10.1038/s41586-022-04532-4 . ПМИД   35172323 . S2CID   246902858 .
  9. ^ Маллапати С (сентябрь 2021 г.). «Ближайшие известные родственники вируса, вызывающего COVID-19, обнаружены в Лаосе» . Природа . 597 (7878): 603. Бибкод : 2021Natur.597..603M . дои : 10.1038/d41586-021-02596-2 . ПМИД   34561634 . S2CID   237626322 .
  10. ^ «Недавно обнаруженные вирусы летучих мышей намекают на происхождение Covid» . Нью-Йорк Таймс . 14 октября 2021 г.
  11. ^ Jump up to: а б У Цзы, Ян Л., Ян Ф., Рен Икс, Цзян Дж., Донг Дж. и др. (июнь 2014 г.). «Новый Henipa-подобный вирус, Mojiang Paramyxovirus, у крыс, Китай, 2012 г.» . Новые инфекционные заболевания . 20 (6): 1064–1066. дои : 10.3201/eid2006.131022 . ПМК   4036791 . ПМИД   24865545 .
  12. ^ Jump up to: а б «Аргумент о бритве Оккама» не изменился в пользу утечки из лаборатории» . Snopes.com . Сноупы. 16 июля 2021 г. Проверено 18 июля 2021 г.
  13. ^ Jump up to: а б Ge XY, Ван Н., Чжан В., Ху Б., Ли Б., Чжан Ю.З. и др. (февраль 2016 г.). «Сосуществование нескольких коронавирусов в нескольких колониях летучих мышей в заброшенной шахте» . Вирусология Синика . 31 (1): 31–40. дои : 10.1007/s12250-016-3713-9 . ПМК   7090819 . ПМИД   26920708 .
  14. ^ Jump up to: а б «Аргумент «бритвы Оккама» не изменился в пользу утечки из лаборатории COVID» . Snopes.com . Сноупы. 16 июля 2021 г.
  15. ^ Харви Э., Холмс ЕС (июнь 2022 г.). «Разнообразие и эволюция вирома животных» . Обзоры природы. Микробиология . 20 (6): 321–334. дои : 10.1038/s41579-021-00665-x . ПМИД   34983966 . S2CID   245703661 .
  16. ^ Jump up to: а б с Фрутос Р., Плиз О., Гавотт Л., Дево, Калифорния (май 2022 г.). «У SARS-CoV-2 нет никакого «происхождения» . Экологические исследования . 207 . Elsevier: 112173. Бибкод : 2022ER....20712173F . дои : 10.1016/j.envres.2021.112173 . ПМЦ   8493644 . ПМИД   34626592 .
  17. ^ «Коронавирус летучих мышей RaTG13, полный геном» . НКБИ . Проверено 28 марта 2020 г.
  18. ^ Jump up to: а б Андерсен К.Г., Рамбо А., Липкин В.И., Холмс Э.К., Гарри РФ (апрель 2020 г.). «Проксимальное происхождение SARS-CoV-2» . Природная медицина . 26 (4): 450–452. дои : 10.1038/s41591-020-0820-9 . ПМК   7095063 . ПМИД   32284615 .
  19. ^ Лю К., Пань Икс, Ли Л, Ю Ф, Чжэн А, Ду П и др. (июнь 2021 г.). «Связывание и молекулярная основа вируса RaTG13 коронавируса летучих мышей с ACE2 у людей и других видов» . Клетка . 184 (13): 3438–3451.e10. дои : 10.1016/j.cell.2021.05.031 . ПМЦ   8142884 . ПМИД   34139177 .
  20. ^ Jump up to: а б Чжоу Х., Цзи Дж., Чен Х., Би Ю., Ли Дж., Ван Ц. и др. (август 2021 г.). «Идентификация новых коронавирусов летучих мышей проливает свет на эволюционное происхождение SARS-CoV-2 и родственных вирусов» . Клетка . 184 (17): 4380–4391.e14. doi : 10.1016/j.cell.2021.06.008 . ПМЦ   8188299 . ПМИД   34147139 .
  21. ^ Jump up to: а б Вачараплуесади С., Тан К.В., Маниорн П., Дуэнкэ П., Чжу Ф., Джойджинда Ю. и др. (февраль 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ПМЦ   7873279 . ПМИД   33563978 .
  22. ^ Мураками С., Китамура Т., Сузуки Дж., Сато Р., Аой Т., Фуджи М. и др. (декабрь 2020 г.). «Обнаружение и характеристика сарбековируса летучих мышей, филогенетически родственного SARS-CoV-2, Япония» . Новые инфекционные заболевания . 26 (12): 3025–3029. дои : 10.3201/eid2612.203386 . ПМК   7706965 . ПМИД   33219796 .
  23. ^ Jump up to: а б Чжоу Х, Чен X, Ху Т, Ли Дж, Сун Х, Лю Ю и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в сайте расщепления S1/S2 белка-шипа» . Современная биология . 30 (11): 2196–2203.e3. дои : 10.1016/j.cub.2020.05.023 . ПМЦ   7211627 . ПМИД   32416074 .
  24. ^ Лам Т.Т., Цзя Н., Чжан Ю.В., Шум М.Х., Цзян Дж.Ф., Чжу Х.К. и др. (июль 2020 г.). «Идентификация коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, у малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 282–285. Бибкод : 2020Natur.583..282L . дои : 10.1038/s41586-020-2169-0 . ПМИД   32218527 . S2CID   214683303 .
  25. ^ Сяо К., Чжай Дж., Фэн Ю., Чжоу Н., Чжан Х., Цзоу Дж.Дж. и др. (июль 2020 г.). «Выделение коронавируса, связанного с SARS-CoV-2, от малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 286–289. Бибкод : 2020Natur.583..286X . дои : 10.1038/s41586-020-2313-x . ПМИД   32380510 . S2CID   256822274 .
  26. ^ Jump up to: а б Делон Д., Хул В., Карлссон Е.А., Хассанин А., Оу Т.П., Байдалюк А. и др. (ноябрь 2021 г.). «Новый коронавирус, связанный с SARS-CoV-2, у летучих мышей из Камбоджи» . Природные коммуникации . 12 (1): 6563. Бибкод : 2021NatCo..12.6563D . дои : 10.1038/s41467-021-26809-4 . ПМЦ   8578604 . ПМИД   34753934 .
  27. ^ Чжоу Х, Чен X, Ху Т, Ли Дж, Сун Х, Лю Ю и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в сайте расщепления S1/S2 белка-шипа» . Современная биология . 30 (11): 2196–2203.e3. дои : 10.1016/j.cub.2020.05.023 . ПМЦ   7211627 . ПМИД   32416074 .
  28. ^ Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 579 (7798): 270–273. Бибкод : 2020Natur.579..270Z . дои : 10.1038/s41586-020-2012-7 . ПМК   7095418 . ПМИД   32015507 .
  29. ^ Теммам С., Вонгфайлот К., Бакеро Е., Мунье С., Бономи М., Рено Б. и др. (апрель 2022 г.). «Коронавирусы летучих мышей, родственные SARS-CoV-2 и заразные для клеток человека». Природа . 604 (7905): 330–336. Бибкод : 2022Natur.604..330T . дои : 10.1038/s41586-022-04532-4 . ПМИД   35172323 . S2CID   246902858 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=RaTG13&oldid=1229721737"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: b0ec8e87f44f088154aa6322cdf5d099__1718697720
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b0/99/b0ec8e87f44f088154aa6322cdf5d099.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
RaTG13 - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)