Бетакоронавирус

Бетакоронавирус
	мышиного коронавируса (MHV) вириона Электронная микрофотография , схематическая структура и геном
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Сорт:	Пизонивирицеты
Заказ:	Нидовиралес
Семья:	Коронавирусы
Подсемейство:	Ортокоронавирусы
Род:	Бетакоронавирус
Подроды и виды
	Посмотреть текст

Бетакоронавирус (β-CoV или Beta-CoV) — один из четырех родов ( Альфа- , Бета- , Гамма- и Дельта- ) коронавирусов . Вирусы-члены представляют собой РНК оболочечные -вирусы с положительной цепью , которые заражают млекопитающих , включая человека . Естественным резервуаром бетакоронавирусов являются летучие мыши и грызуны. Грызуны являются резервуаром подрода Embecovirus , а летучие мыши — резервуаром других подродов. ^[1]

Каждый род коронавируса состоит из различных вирусных линий, при этом род бетакоронавирусов содержит четыре таких линии: A, B, C, D. В более старой литературе этот род также известен как «коронавирусы группы 2». Род относится к подсемейству Orthocoronavirinae семейства Coronaviridae отряда Nidovirales .

Бета-коронавирусами, имеющими наибольшее клиническое значение для человека, являются OC43 и HKU1 (которые могут вызывать простуду ) линии А, SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2 (возбудители SARS и COVID-19 соответственно) линии B. , ^[2] и MERS-CoV (причина MERS ) линии C. MERS-CoV — первый бетакоронавирус, принадлежащий к линии C, который, как известно, заражает людей. ^[3]^[4]

Этимология

Название «бетакоронавирус» происходит от древнегреческого βῆτα ( bē̂ta , «вторая буква греческого алфавита ») и κορώνη (korṓnē, «гирлянда, венок»), что означает корону, что описывает внешний вид поверхностных выступов, видимых под электронная микроскопия, напоминающая солнечную корону . Эта морфология создается вирусных шипов (S) пепломерами , которые представляют собой белки, которые заселяют поверхность вируса и определяют тропизм хозяина . Отряд Nidovirales назван в честь латинского nidus , что означает «гнездо». Это относится к продукции этого порядка 3'-котерминального вложенного набора субгеномных мРНК во время инфекции. ^[5]

Структура

Были раскрыты несколько структур шиповатых белков. Рецептор-связывающий домен в белке-шипе альфа- и бетакоронавирусов каталогизирован как InterPro : IPR018548 . ^[6] Белок-шип, машина слияния типа 1 , собирается в тример ( PDB : 3jcl , 6acg ); его основная структура напоминает структуру парамиксовируса . белков F (слияния) ^[7] Использование рецептора не очень консервативно; например, среди сарбековирусов только сублиния, содержащая SARS, имеет общий рецептор ACE2 .

Вирусы подрода Embecovirus отличаются от всех остальных представителей этого рода тем, что имеют дополнительный более короткий (8 нм) шипообразный белок, называемый гемагглютининэстеразой (HE) ( P15776 ). Считается, что он был получен от вируса гриппа С. ^[5]^[8]

Геном

Коронавирусы имеют большой размер генома , который колеблется от 26 до 32 тысяч оснований. Общая структура генома β-CoV аналогична структуре генома других CoV: полипротеин репликазы ORF1ab ( rep , pp1ab ) предшествует другим элементам. Этот полипротеин расщепляется на 16 неструктурных белков SARS (см. аннотацию UniProt представителя , P0C6X7 ).

По состоянию на май 2013 года в GenBank имеется 46 опубликованных полных геномов α- (группа 1), β- (группа 2), γ- (группа 3) и δ- (группа 4) CoV. ^[9]

Рекомбинация

Генетическая рекомбинация может произойти, когда два или более вирусных генома присутствуют в одной и той же клетке-хозяине. Дромадер . Beta-CoV HKU23 демонстрирует генетическое разнообразие в африканской популяции верблюдов ^[10] Этому разнообразию способствуют несколько событий рекомбинации, которые произошли в прошлом между близкородственными бетакоронавирусами подрода Embecovirus . ^[10] Кроме того, бета-коронавирус человека SARS-CoV , по-видимому, имел сложную историю рекомбинации между предковыми коронавирусами , которые находились в нескольких различных группах животных. ^[11]^[12]

Патогенез

Альфа- и бетакоронавирусы в основном заражают летучих мышей, но они также заражают и другие виды, такие как люди , верблюды и грызуны . ^[13]^[14]^[15] Бетакоронавирусы, вызвавшие эпидемии среди людей, обычно вызывают лихорадку и респираторные симптомы. Они включают в себя:

SARS-CoV , вызывающий SARS .
MERS-CoV , вызывающий MERS .
SARS-CoV-2 , вызывающий COVID-19 .

Классификация

Филогенетическое древо линий рода *Betacoronavirus* с подробным описанием SARS-CoV и MERS-CoV.

Внутри рода Betacoronavirus (группа 2 CoV) традиционно выделяют четыре подрода или линии (A, B, C и D). ^[5] Четыре линии передачи также были названы греческими буквами или цифрами. ^[9] Совсем недавно был добавлен пятый подрод, Hibecovirus . ^[16] Подроды и виды членов включают: ^[17]

См. также

Вирусы животных

Ссылки

^ Вартецкий, Адриан; Ржимский, Петр (июнь 2020 г.). «О коронавирусах и их связи с водной средой и сточными водами» . Вода . 12 (6): 1598. дои : 10.3390/w12061598 .
^ «Филогения SARS-подобных бетакоронавирусов» . следующий штамм . Проверено 18 января 2020 г.
^ ПроМЕД. MERS-CoV – Восточное Средиземноморье (06) ( http://www.promedmail.org/ )
^ Мемиш, З.А.; Зумла, А.И.; Аль-Хаким, РФ; Аль-Рабиа, А.А.; Стивенс, генеральный директор (2013). «Семейный кластер коронавирусных инфекций ближневосточного респираторного синдрома» . Медицинский журнал Новой Англии . 368 (26): 2487–94. дои : 10.1056/NEJMoa1303729 . ПМИД 23718156 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ву, Патрик Сай; Хуан, И; Лау, Сюзанна КП; Юэнь, Квок-Юнг (24 августа 2010 г.). «Геномика и биоинформатический анализ коронавируса» . Вирусы . 2 (8): 1804–20. дои : 10.3390/v2081803 . ПМК 3185738 . ПМИД 21994708 .
^ Хуанг, К; Ци, Дж; Лу, Г; Ван, Кью; Юань, Ю; Ву, Ю; Чжан, Ю; Ян, Дж; Гао, Г.Ф. (1 ноября 2016 г.). «Предполагаемый рецептор-связывающий домен шипованного белка HKU9, полученного от летучих мышей: эволюция мотивов, связывающих рецептор бетакоронавируса» . Биохимия . 55 (43): 5977–88. doi : 10.1021/acs.biochem.6b00790 . ПМК 7075523 . ПМИД 27696819 .
^ Уоллс, Александра К.; Торторичи, М. Алехандра; Босх, Беренд-Ян; Френц, Брэндон; Ротье, Питер Дж. М.; ДиМайо, Фрэнк; Рей, Феликс А.; Вислер, Дэвид (8 февраля 2016 г.). «Криоэлектронная микроскопия структуры тримера гликопротеина спайка коронавируса» . Природа . 531 (7592): 114–117. Бибкод : 2016Natur.531..114W . дои : 10.1038/nature16988 . ПМК 5018210 . ПМИД 26855426 .
^ Бейкерс, Марк Дж.Г.; Лонг, Ифэй; Фейтсма, Лоурис Дж.; Хулсвит, Рубен Дж.Г.; Пут, Стефани А.Х. де; Влит, фургон Арно LW; Маргина, Ирина; Гроот-Мейнес, Йоланда Д.Ф. де; Куппевельд, Фрэнк Дж. М. Ван; Лангерайс, Мартин А.; Хейзинга, Эрик Г. (08 марта 2017 г.). «Адаптация бетакоронавируса к человеку связана с прогрессирующей потерей активности лектина гемагглютинин-эстеразы» . Клетка-хозяин и микроб . 21 (3): 356–366. дои : 10.1016/j.chom.2017.02.008 . ISSN 1931-3128 . ПМК 7104930 . ПМИД 28279346 .
^ Jump up to: ^а ^б Коттен, Мэтью; Лам, Томми Т.; Уотсон, Саймон Дж.; Палсер, Энн Л.; Петрова, Велислава; Грант, Пол; Пайбус, Оливер Г.; Рамбо, Эндрю; Гуань, И; Пиллэй, Динан; Келлам, Пол; Настули, Элени (19 мая 2013 г.). «Полногеномное глубокое секвенирование и филогенетический анализ нового бетакоронавируса человека» . Новые инфекционные заболевания . 19 (5): 736–42Б. дои : 10.3201/eid1905.130057 . ПМК 3647518 . ПМИД 23693015 .
^ Jump up to: ^а ^б Разнообразие коронавируса HKU23 одноцветных верблюдов у африканских верблюдов выявило множественные события рекомбинации среди близкородственных бетакоронавирусов подрода Embecovirus. Итак, RTY и др. Дж Вирол. 2019. ПМИД 31534035
^ Стэнхоуп М.Дж., Браун Дж.Р., Амрин-Мэдсен Х. Данные эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей для рекомбинантной истории SARS-CoV. Заразить Генет Эвол. Март 2004 г.;4(1):15-9. ПМИД 15019585
^ Чжан XW, Яп Ю.Л., Данчин А. Проверка гипотезы о рекомбинантном происхождении коронавируса, связанного с атипичной пневмонией. Арх Вирол. Январь 2005 г.;150(1):1-20. Электронная публикация 2004 г., 11 октября. PMID 15480857
^ Ву, ПК; Ван, М.; Лау, СК; Сюй, Х.; Пун, RW; Го, Р.; Вонг, Б.Х.; Гао, К.; Цой, Х.В.; Хуанг, Ю.; Ли, К.С.; Лам, CS; Чан, К.Х.; Чжэн, Би Джей; Юэнь, Кентукки (2007). «Сравнительный анализ двенадцати геномов трех новых коронавирусов группы 2c и группы 2d выявил уникальные особенности групп и подгрупп» . Журнал вирусологии . 81 (4): 1574–85. дои : 10.1128/JVI.02182-06 . ПМЦ 1797546 . ПМИД 17121802 .
^ Лау, СК; Ву, ПК; Ага, CC; Фан, Р.Ю.; Хуанг, Ю.; Ван, М.; Го, Р.; Лам, CS; Цанг, АК; Лай, КК; Чан, К.Х.; Че, XY; Чжэн, Би Джей; Юэнь, Кентукки (2012). «Выделение и характеристика нового коронавируса бета-коронавируса подгруппы А, кроличьего коронавируса HKU14, от домашних кроликов» . Журнал вирусологии . 86 (10): 5481–96. дои : 10.1128/JVI.06927-11 . ПМЦ 3347282 . ПМИД 22398294 .
^ Чжан, Сяо-Шуан, Омме, Шейла; Ван, Нин; Ян, Син-Лу; Киса-Джума, Ху, Бен; Андерсон, Даниэль Э.; Чжоу, Ши, Чжэн-Ли (24 октября 2019 г.) . CoV, . Доказательства сочетанной у , связанной HKU8 и CoV - инфекции MERS верблюдов " с кенийских
^ Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сюзанна КП; Ву, Патрик Сай (2019). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей» . Вирусы . 11 (2): 174. дои : 10.3390/v11020174 . ПМК 6409556 . ПМИД 30791586 .
^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 20 июня 2020 г.

Внешние ссылки

[1] Вартецкий, Адриан; Ржимский, Петр (июнь 2020 г.). «О коронавирусах и их связи с водной средой и сточными водами» . Вода . 12 (6): 1598. дои : 10.3390/w12061598 .

[2] «Филогения SARS-подобных бетакоронавирусов» . следующий штамм . Проверено 18 января 2020 г.

[3] ПроМЕД. MERS-CoV – Восточное Средиземноморье (06) ( http://www.promedmail.org/ )

[4] Мемиш, З.А.; Зумла, А.И.; Аль-Хаким, РФ; Аль-Рабиа, А.А.; Стивенс, генеральный директор (2013). «Семейный кластер коронавирусных инфекций ближневосточного респираторного синдрома» . Медицинский журнал Новой Англии . 368 (26): 2487–94. дои : 10.1056/NEJMoa1303729 . ПМИД 23718156 .

[Woo10-5] Jump up to: ^а ^б ^с Ву, Патрик Сай; Хуан, И; Лау, Сюзанна КП; Юэнь, Квок-Юнг (24 августа 2010 г.). «Геномика и биоинформатический анализ коронавируса» . Вирусы . 2 (8): 1804–20. дои : 10.3390/v2081803 . ПМК 3185738 . ПМИД 21994708 .

[6] Хуанг, К; Ци, Дж; Лу, Г; Ван, Кью; Юань, Ю; Ву, Ю; Чжан, Ю; Ян, Дж; Гао, Г.Ф. (1 ноября 2016 г.). «Предполагаемый рецептор-связывающий домен шипованного белка HKU9, полученного от летучих мышей: эволюция мотивов, связывающих рецептор бетакоронавируса» . Биохимия . 55 (43): 5977–88. doi : 10.1021/acs.biochem.6b00790 . ПМК 7075523 . ПМИД 27696819 .

[7] Уоллс, Александра К.; Торторичи, М. Алехандра; Босх, Беренд-Ян; Френц, Брэндон; Ротье, Питер Дж. М.; ДиМайо, Фрэнк; Рей, Феликс А.; Вислер, Дэвид (8 февраля 2016 г.). «Криоэлектронная микроскопия структуры тримера гликопротеина спайка коронавируса» . Природа . 531 (7592): 114–117. Бибкод : 2016Natur.531..114W . дои : 10.1038/nature16988 . ПМК 5018210 . ПМИД 26855426 .

[8] Бейкерс, Марк Дж.Г.; Лонг, Ифэй; Фейтсма, Лоурис Дж.; Хулсвит, Рубен Дж.Г.; Пут, Стефани А.Х. де; Влит, фургон Арно LW; Маргина, Ирина; Гроот-Мейнес, Йоланда Д.Ф. де; Куппевельд, Фрэнк Дж. М. Ван; Лангерайс, Мартин А.; Хейзинга, Эрик Г. (08 марта 2017 г.). «Адаптация бетакоронавируса к человеку связана с прогрессирующей потерей активности лектина гемагглютинин-эстеразы» . Клетка-хозяин и микроб . 21 (3): 356–366. дои : 10.1016/j.chom.2017.02.008 . ISSN 1931-3128 . ПМК 7104930 . ПМИД 28279346 .

[lin-9] Jump up to: ^а ^б Коттен, Мэтью; Лам, Томми Т.; Уотсон, Саймон Дж.; Палсер, Энн Л.; Петрова, Велислава; Грант, Пол; Пайбус, Оливер Г.; Рамбо, Эндрю; Гуань, И; Пиллэй, Динан; Келлам, Пол; Настули, Элени (19 мая 2013 г.). «Полногеномное глубокое секвенирование и филогенетический анализ нового бетакоронавируса человека» . Новые инфекционные заболевания . 19 (5): 736–42Б. дои : 10.3201/eid1905.130057 . ПМК 3647518 . ПМИД 23693015 .

[So2019-10] Jump up to: ^а ^б Разнообразие коронавируса HKU23 одноцветных верблюдов у африканских верблюдов выявило множественные события рекомбинации среди близкородственных бетакоронавирусов подрода Embecovirus. Итак, RTY и др. Дж Вирол. 2019. ПМИД 31534035

[11] Стэнхоуп М.Дж., Браун Дж.Р., Амрин-Мэдсен Х. Данные эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей для рекомбинантной истории SARS-CoV. Заразить Генет Эвол. Март 2004 г.;4(1):15-9. ПМИД 15019585

[Zhang2005-12] Чжан XW, Яп Ю.Л., Данчин А. Проверка гипотезы о рекомбинантном происхождении коронавируса, связанного с атипичной пневмонией. Арх Вирол. Январь 2005 г.;150(1):1-20. Электронная публикация 2004 г., 11 октября. PMID 15480857

[b1-13] Ву, ПК; Ван, М.; Лау, СК; Сюй, Х.; Пун, RW; Го, Р.; Вонг, Б.Х.; Гао, К.; Цой, Х.В.; Хуанг, Ю.; Ли, К.С.; Лам, CS; Чан, К.Х.; Чжэн, Би Джей; Юэнь, Кентукки (2007). «Сравнительный анализ двенадцати геномов трех новых коронавирусов группы 2c и группы 2d выявил уникальные особенности групп и подгрупп» . Журнал вирусологии . 81 (4): 1574–85. дои : 10.1128/JVI.02182-06 . ПМЦ 1797546 . ПМИД 17121802 .

[b2-14] Лау, СК; Ву, ПК; Ага, CC; Фан, Р.Ю.; Хуанг, Ю.; Ван, М.; Го, Р.; Лам, CS; Цанг, АК; Лай, КК; Чан, К.Х.; Че, XY; Чжэн, Би Джей; Юэнь, Кентукки (2012). «Выделение и характеристика нового коронавируса бета-коронавируса подгруппы А, кроличьего коронавируса HKU14, от домашних кроликов» . Журнал вирусологии . 86 (10): 5481–96. дои : 10.1128/JVI.06927-11 . ПМЦ 3347282 . ПМИД 22398294 .

[15] Чжан, Сяо-Шуан, Омме, Шейла; Ван, Нин; Ян, Син-Лу; Киса-Джума, Ху, Бен; Андерсон, Даниэль Э.; Чжоу, Ши, Чжэн-Ли (24 октября 2019 г.) . CoV, . Доказательства сочетанной у , связанной HKU8 и CoV - инфекции MERS верблюдов " с кенийских

[Wong2019-16] Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сюзанна КП; Ву, Патрик Сай (2019). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей» . Вирусы . 11 (2): 174. дои : 10.3390/v11020174 . ПМК 6409556 . ПМИД 30791586 .

[17] «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 20 июня 2020 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

Этимология

Структура

Геном

Рекомбинация

Патогенез

Классификация

Эмбековирус (линия А)

Сарбековирус (линия B)

Мербековирус (линия C)

Нобековирус (линия D)

Гибековирус

См. также

Ссылки

Внешние ссылки