РакCS203

РакCS203
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Сорт:	Пизонивирицеты
Заказ:	Нидовиралес
Семья:	Коронавирусы
Род:	Бетакоронавирус
Подрод:	Сарбековирус
Разновидность:	Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом
Напряжение:	РакCS203

RacCS203 — это штамм коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом, полученный от летучих мышей , собранный у заостренных подковоносов в Таиланде и секвенированный командой Лин-Фа Ванга. Он имеет сходство последовательности с SARS-CoV-2 на 91,5% и больше всего связан со штаммом RmYN02 . Его шиповый белок тесно связан с шипом RmYN02, оба из которых сильно отличаются от шипа SARS-CoV-2. ^[1]^[2]

Филогенетика

Филогенетическое дерево

Филогенетическое дерево, основанное на полногеномных последовательностях SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов: ^[3]^[4]

Коронавирус, родственный SARS‑CoV‑2

( Летучая мышь ) Rc-o319 , 81% к SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus , Ивате , Япония ^[5]

	Летучая мышь SL-ZXC21 , 88% к SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Чжоушань , Чжэцзян ^[6]

	Летучая мышь SL-ZC45 , 88% к SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Чжоушань, Чжэцзян ^[6]

Панголин SARSr-CoV-GX, 85,3% к SARS-CoV-2, Manis javanica , контрабандой доставлен из Юго-Восточной Азии. ^[7]

Панголин SARSr-CoV-GD, 90,1% SARS-CoV-2, Manis javanica , контрабандой доставлен из Юго-Восточной Азии. ^[8]

	Летучая мышь RshSTT182, 92,6% к SARS-CoV-2, Rhinolophus шамли , Стеунг Тренг , Камбоджа ^[9]

	Летучая мышь RshSTT200, 92,6% к SARS-CoV-2, Rhinolophushamli , Стунг Тренг, Камбоджа ^[9]

	(Летучая мышь) RacCS203 , 91,5% к SARS-CoV-2, Rhinolophus acuminatus , Чаченгсао , Таиланд ^[4]

	(Летучая мышь) RmYN02 , 93,3% к SARS-CoV-2, Rhinolophus malayanus , Менгла , Юньнань ^[10]

(Летучая мышь) RpYN06 , 94,4% к SARS-CoV-2, Rhinolophus pusillus , Сишуанбаньна , Юньнань ^[3]

	(Летучая мышь) RaTG13 , 96,1% к SARS-CoV-2, Rhinolophus affinis , Модзян , Юньнань ^[11]

	(Летучая мышь) BANAL-52 , 96,8% к SARS-CoV-2, Rhinolophus malayanus , Вьентьян , Лаос ^[12]

	SARS-CoV-2

SARS-CoV-1 , 79% до SARS-CoV-2

Сравнение геномов

SARS-CoV-2 в сравнении с другими SARSr-CoV (в %) ^[13]
Напряжение	Полноразмерный геном	ORF1ab	С	УОР	ORF3a	И	М	ОРС6	ORF7a	ORF7b	ОРС8	Н	ОРС10
RaTG13	96.10%	96.50%	92.30%	86.30%	96.30%	99.60%	95.50%	98.40%	95.60%	99.20%	97.00%	96.90%	99.20%
RmYN02	93.60%	97.10%	72.50%	61.90%	96.40%	98.70%	94.80%	96.80%	96.20%	91.00%	48.70%	97.30%	99.20%
RacCS203	91.50%	94.30%	71.30%	61.60%	91.90%	99.10%	94.60%	96.20%	92.40%	93.90%	91.60%	93.20%	99.20%
GD/1/2019	90.20%	90.20%	83.70%	86.90%	93.20%	99.10%	93.30%	95.70%	93.40%	91.70%	92.10%	96.20%	99.20%
SL-ZC45	87.70%	89.00%	75.50%	62.50%	87.80%	98.70%	93.40%	94.60%	88.80%	94.70%	88.50%	91.10%	99.20%
SL-ZXC21	87.50%	88.70%	74.90%	61.60%	88.90%	98.70%	93.40%	94.60%	89.10%	95.50%	88.50%	91.20%	99.20%
GX-P4L	85.40%	84.80%	83.60%	80.00%	86.80%	97.40%	91.30%	90.90%	86.60%	83.50%	81.30%	91.00%	88.90%
GX-P5L	85.20%	84.60%	83.30%	79.90%	87.00%	97.40%	91.30%	90.90%	86.40%	83.50%	80.70%	91.00%	94.00%
SARS-CoV	79.30%	79.70%	72.30%	71.90%	75.30%	93.50%	85.50%	75.50%	82.10%	83.80%	45.80%	88.20%	93.20%
Rc-o319	79.20%	79.80%	72.20%	70.10%	83.30%	97.40%	86.60%	86.60%	78.40%	77.30%	52.30%	88.30%	94.90%

SARS-CoV-2 в сравнении с другими SARSr-CoV (по аминокислотным %) ^[13]
Напряжение	Полноразмерный геном	ORF1ab	С	УОР	ORF3a	И	М	ОРС6	ORF7a	ORF7b	ОРС8	Н	ОРС10
RaTG13		98.50%	97.30%	90.10%	97.80%	100.00%	99.60%	100.00%	97.50%	97.70%	95.00%	99.10%	97.40%
RmYN02		98.80%	72.40%	63.20%	96.70%	100.00%	98.70%	96.70%	95.90%	83.70%	28.20%	98.60%	97.40%
RacCS203		97.30%	72.30%	63.70%	97.50%	100.00%	99.10%	98.40%	95.90%	93.00%	94.20%	95.70%	-
GD/1/2019		96.70%	90.00%	96.90%	97.10%	100.00%	98.70%	96.70%	97.50%	95.40%	95.00%	97.90%	97.40%
SL-ZC45		95.60%	80.20%	65.90%	90.90%	100.00%	98.70%	93.40%	87.60%	93.00%	94.20%	94.30%	97.40%
SL-ZXC21		95.20%	79.70%	65.90%	92.00%	100.00%	98.70%	93.40%	88.40%	93.00%	94.20%	94.30%	-
GX-P4L		92.50%	92.30%	86.60%	89.50%	100.00%	98.20%	95.10%	88.40%	-	87.60%	93.60%	73.70%
GX-P5L		92.50%	92.40%	86.60%	89.80%	100.00%	98.20%	95.10%	88.40%	72.10%	87.60%	93.80%	84.20%
SARS-CoV		86.10%	75.80%	73.10%	72.40%	94.70%	90.50%	67.20%	85.30%	81.40%	-	90.50%	81.60%
Rc-o319		87.60%	76.20%	73.50%	87.00%	98.70%	91.00%	83.60%	73.80%	69.80%	26.80%	89.50%	86.80%

См. также

RaTG13 , сходство с SARS-COV-2 96,2%.
RmYN02 , сходство с SARS-COV-2 93,3%.

Ссылки

^ Вачараплуэсади, С; Тан, CW; Маниорн, П; Дуэнкэ, П; Чжу, Ф; Джойджинда, Ю; Кепомом, Т; Чиа, Западная Нью-Йорк; Ампут, Вт; Лим, БЛ; Ворачотсуептракун, К; Чен, ВК; Сиричан, Н; Ручисрисарод, К; Родпан, А; Норадеханон, К; Файчана, Т; Джантарат, Н; Тонгнумчайма, Б; Ту, С; Крамери, Дж; Стоукс, ММ; Хемачуда, Т; Ван, LF (9 февраля 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ПМЦ 7873279 . ПМИД 33563978 .
^ «Коронавирус: учёные, занимающиеся летучими мышами, находят новые доказательства» . Новости Би-би-си . 10 февраля 2021 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Чжоу Х., Цзи Дж., Чен Х., Би Ю., Ли Дж., Ван Ц. и др. (август 2021 г.). «Идентификация новых коронавирусов летучих мышей проливает свет на эволюционное происхождение SARS-CoV-2 и родственных вирусов» . Клетка . 184 (17): 4380–4391.e14. doi : 10.1016/j.cell.2021.06.008 . ПМЦ 8188299 . ПМИД 34147139 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Вачараплуесади С., Тан К.В., Маниорн П., Дуэнкэ П., Чжу Ф., Джойджинда Ю. и др. (февраль 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ПМЦ 7873279 . ПМИД 33563978 .
^ Мураками С., Китамура Т., Сузуки Дж., Сато Р., Аой Т., Фуджи М. и др. (декабрь 2020 г.). «Обнаружение и характеристика сарбековируса летучих мышей, филогенетически родственного SARS-CoV-2, Япония» . Новые инфекционные заболевания . 26 (12): 3025–3029. дои : 10.3201/eid2612.203386 . ПМК 7706965 . ПМИД 33219796 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Чжоу Х, Чен X, Ху Т, Ли Дж, Сун Х, Лю Ю и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в сайте расщепления S1/S2 белка-шипа» . Современная биология . 30 (11): 2196–2203.e3. дои : 10.1016/j.cub.2020.05.023 . ПМЦ 7211627 . ПМИД 32416074 .
^ Лам Т.Т., Цзя Н., Чжан Ю.В., Шум М.Х., Цзян Дж.Ф., Чжу Х.К. и др. (июль 2020 г.). «Идентификация коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, у малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 282–285. Бибкод : 2020Natur.583..282L . дои : 10.1038/s41586-020-2169-0 . ПМИД 32218527 . S2CID 214683303 .
^ Сяо К., Чжай Дж., Фэн Ю., Чжоу Н., Чжан Х., Цзоу Дж.Дж. и др. (июль 2020 г.). «Выделение коронавируса, связанного с SARS-CoV-2, от малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 286–289. Бибкод : 2020Natur.583..286X . дои : 10.1038/s41586-020-2313-x . ПМИД 32380510 . S2CID 256822274 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Делон Д., Хул В., Карлссон Е.А., Хассанин А., Оу Т.П., Байдалюк А. и др. (ноябрь 2021 г.). «Новый коронавирус, связанный с SARS-CoV-2, у летучих мышей из Камбоджи» . Природные коммуникации . 12 (1): 6563. Бибкод : 2021NatCo..12.6563D . дои : 10.1038/s41467-021-26809-4 . ПМЦ 8578604 . ПМИД 34753934 .
^ Чжоу Х, Чен X, Ху Т, Ли Дж, Сун Х, Лю Ю и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в сайте расщепления S1/S2 белка-шипа» . Современная биология . 30 (11): 2196–2203.e3. дои : 10.1016/j.cub.2020.05.023 . ПМЦ 7211627 . ПМИД 32416074 .
^ Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 579 (7798): 270–273. Бибкод : 2020Natur.579..270Z . дои : 10.1038/s41586-020-2012-7 . ПМК 7095418 . ПМИД 32015507 .
^ Теммам С., Вонгфайлот К., Бакеро Е., Мунье С., Бономи М., Рено Б. и др. (апрель 2022 г.). «Коронавирусы летучих мышей, родственные SARS-CoV-2 и заразные для клеток человека». Природа . 604 (7905): 330–336. Бибкод : 2022Natur.604..330T . дои : 10.1038/s41586-022-04532-4 . ПМИД 35172323 . S2CID 246902858 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Вачараплуэсади, Супапорн; Тан, Чи Ва; Маниорн, Патараполь; Дуенгкэ, Пратип; Чжу, Фэн; Джойджинда, Юттана; Кепомм, Тонгчай; Чиа, Ван Ни; Ампут, Венассарин; Лим, Бенг Ли; Ворачотсуептракун, Кантхита (9 февраля 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 7873279 . ПМИД 33563978 .

Эта вирусе статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[:0-1] Вачараплуэсади, С; Тан, CW; Маниорн, П; Дуэнкэ, П; Чжу, Ф; Джойджинда, Ю; Кепомом, Т; Чиа, Западная Нью-Йорк; Ампут, Вт; Лим, БЛ; Ворачотсуептракун, К; Чен, ВК; Сиричан, Н; Ручисрисарод, К; Родпан, А; Норадеханон, К; Файчана, Т; Джантарат, Н; Тонгнумчайма, Б; Ту, С; Крамери, Дж; Стоукс, ММ; Хемачуда, Т; Ван, LF (9 февраля 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ПМЦ 7873279 . ПМИД 33563978 .

[BBC-2] «Коронавирус: учёные, занимающиеся летучими мышами, находят новые доказательства» . Новости Би-би-си . 10 февраля 2021 г.

[RpYN06-3] Перейти обратно: ^а ^б Чжоу Х., Цзи Дж., Чен Х., Би Ю., Ли Дж., Ван Ц. и др. (август 2021 г.). «Идентификация новых коронавирусов летучих мышей проливает свет на эволюционное происхождение SARS-CoV-2 и родственных вирусов» . Клетка . 184 (17): 4380–4391.e14. doi : 10.1016/j.cell.2021.06.008 . ПМЦ 8188299 . ПМИД 34147139 .

[RacCS203-4] Перейти обратно: ^а ^б Вачараплуесади С., Тан К.В., Маниорн П., Дуэнкэ П., Чжу Ф., Джойджинда Ю. и др. (февраль 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ПМЦ 7873279 . ПМИД 33563978 .

[Rc-o319-5] Мураками С., Китамура Т., Сузуки Дж., Сато Р., Аой Т., Фуджи М. и др. (декабрь 2020 г.). «Обнаружение и характеристика сарбековируса летучих мышей, филогенетически родственного SARS-CoV-2, Япония» . Новые инфекционные заболевания . 26 (12): 3025–3029. дои : 10.3201/eid2612.203386 . ПМК 7706965 . ПМИД 33219796 .

[ZXC21-6] Перейти обратно: ^а ^б Чжоу Х, Чен X, Ху Т, Ли Дж, Сун Х, Лю Ю и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в сайте расщепления S1/S2 белка-шипа» . Современная биология . 30 (11): 2196–2203.e3. дои : 10.1016/j.cub.2020.05.023 . ПМЦ 7211627 . ПМИД 32416074 .

[Pangolin_CoV_GX-7] Лам Т.Т., Цзя Н., Чжан Ю.В., Шум М.Х., Цзян Дж.Ф., Чжу Х.К. и др. (июль 2020 г.). «Идентификация коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, у малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 282–285. Бибкод : 2020Natur.583..282L . дои : 10.1038/s41586-020-2169-0 . ПМИД 32218527 . S2CID 214683303 .

[Pangolin_CoV_GD-8] Сяо К., Чжай Дж., Фэн Ю., Чжоу Н., Чжан Х., Цзоу Дж.Дж. и др. (июль 2020 г.). «Выделение коронавируса, связанного с SARS-CoV-2, от малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 286–289. Бибкод : 2020Natur.583..286X . дои : 10.1038/s41586-020-2313-x . ПМИД 32380510 . S2CID 256822274 .

[RshSTT-9] Перейти обратно: ^а ^б Делон Д., Хул В., Карлссон Е.А., Хассанин А., Оу Т.П., Байдалюк А. и др. (ноябрь 2021 г.). «Новый коронавирус, связанный с SARS-CoV-2, у летучих мышей из Камбоджи» . Природные коммуникации . 12 (1): 6563. Бибкод : 2021NatCo..12.6563D . дои : 10.1038/s41467-021-26809-4 . ПМЦ 8578604 . ПМИД 34753934 .

[RmYN02-10] Чжоу Х, Чен X, Ху Т, Ли Дж, Сун Х, Лю Ю и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в сайте расщепления S1/S2 белка-шипа» . Современная биология . 30 (11): 2196–2203.e3. дои : 10.1016/j.cub.2020.05.023 . ПМЦ 7211627 . ПМИД 32416074 .

[RaTG13-11] Чжоу П., Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 579 (7798): 270–273. Бибкод : 2020Natur.579..270Z . дои : 10.1038/s41586-020-2012-7 . ПМК 7095418 . ПМИД 32015507 .

[BANAL-52-12] Теммам С., Вонгфайлот К., Бакеро Е., Мунье С., Бономи М., Рено Б. и др. (апрель 2022 г.). «Коронавирусы летучих мышей, родственные SARS-CoV-2 и заразные для клеток человека». Природа . 604 (7905): 330–336. Бибкод : 2022Natur.604..330T . дои : 10.1038/s41586-022-04532-4 . ПМИД 35172323 . S2CID 246902858 .

[:1-13] Перейти обратно: ^а ^б Вачараплуэсади, Супапорн; Тан, Чи Ва; Маниорн, Патараполь; Дуенгкэ, Пратип; Чжу, Фэн; Джойджинда, Юттана; Кепомм, Тонгчай; Чиа, Ван Ни; Ампут, Венассарин; Лим, Бенг Ли; Ворачотсуептракун, Кантхита (9 февраля 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и панголинов в Юго-Восточной Азии» . Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W . дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 7873279 . ПМИД 33563978 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]