miRBase
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | база данных микроРНК |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Манчестерский университет |
| Авторы | Ана Козомара |
| Первичное цитирование | Козомара и др. (2011) [1] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
В биоинформатике , miRBase — это биологическая база данных которая действует как архив и аннотаций микроРНК последовательностей . [1] [2] [3] [4] По состоянию на сентябрь 2010 г. он содержал информацию о 15 172 микроРНК. [1] К марту 2018 года это число выросло до 38 589. [5] Реестр miRBase представляет собой централизованную систему для присвоения новых названий генам микроРНК. [6]
miRBase выросла из ресурса реестра микроРНК, созданного Сэмом Гриффитсом-Джонсом в 2003 году. [7]
По словам Аны Козомары и Сэма Гриффитса-Джонса, miRBase преследует пять целей: [1]
- Обеспечить согласованную систему наименования микроРНК.
- Обеспечить центральное место для сбора всех известных последовательностей микроРНК.
- Предоставить удобочитаемую для человека и компьютера информацию для каждой микроРНК.
- Предоставить первичные доказательства для каждой микроРНК.
- Для агрегирования и связи с целевой информацией микроРНК
MiRBase содержит микроРНК, принадлежащие различным видам, принадлежащим к Alveolata , Chromalveolata , Metazoa , Mycetozoa , Viridiplantae и вирусам . Для Viridiplantae в выпуске 21 (2014 г.) доступны данные по 73 видам . Сюда входят 4800 уникальных зрелых микроРНК и 8480 последовательностей-предшественников. [8]
Текущая версия MiRBase — выпуск 22 (март 2018 г.).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д Козомара, А.; Гриффитс-Джонс, С. (2010). «MiRBase: интеграция аннотаций микроРНК и данных глубокого секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D152–7. дои : 10.1093/нар/gkq1027 . ПМК 3013655 . ПМИД 21037258 .
- ^ Гриффитс-Джонс, Сэм (2010). «MiRBase: последовательности микроРНК и аннотации». Современные протоколы в биоинформатике . Том. Глава 12. С. Раздел 12.9.1–10. дои : 10.1002/0471250953.bi1209s29 . ISBN 978-0471250951 . ПМИД 20205188 . S2CID 19303675 .
- ^ Гриффитс-Джонс, С.; Сайни, Гонконг; Ван Донген, С.; Энрайт, Эй Джей (2007). «MiRBase: инструменты для геномики микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D154–8. дои : 10.1093/нар/gkm952 . ПМК 2238936 . ПМИД 17991681 .
- ^ Гриффитс-Джонс, Сэм (2006). «MiRBase: база данных последовательностей микроРНК». Протоколы микроРНК . Методы молекулярной биологии. Том. 342. стр. 129–38. дои : 10.1385/1-59745-123-1:129 . ISBN 1-59745-123-1 . ПМИД 16957372 .
- ^ «Примечания к выпуску Mirbase 22» .
- ^ Гриффитс-Джонс, С.; Грокок, Р.Дж.; Ван Донген, С; Бейтман, А; Энрайт, Эй Джей (2006). «MiRBase: последовательности микроРНК, мишени и номенклатура генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D140–4. дои : 10.1093/нар/gkj112 . ПМЦ 1347474 . ПМИД 16381832 .
- ^ Гриффитс-Джонс С. (январь 2004 г.). «Реестр микроРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (Проблема с базой данных): D109–11. дои : 10.1093/nar/gkh023 . ПМК 308757 . ПМИД 14681370 .
- ^ Нитин, Чандран; Томас, Амаль; Басак, Джолли; Бахадур, Ранджит Прасад (15 ноября 2017 г.). «Полногеномная идентификация микроРНК и днРНК у Cajanus cajan» . БМК Геномика . 18 (1): 878. doi : 10.1186/s12864-017-4232-2 . ISSN 1471-2164 . ПМЦ 5688659 . ПМИД 29141604 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта биологическим базам данных статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |