Цели СПТБ
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Ресурс по хемогеномике забытых заболеваний |
| Типы данных захвачен | Геномика, Медицинская химия |
| Организмы | Патогены человека, вызывающие забытые тропические болезни (НТЗ): плазмодии , трипаносомы , лейшмании , микобактерии , хламидии , трепонемы , вольбахии эндосимбионты , лямблии , энтамебы , трихомонады , шистосомы , эхинококки , онхоцерки , бругии , лоа_лоа , |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | УНСАМ , УГАДАЙТЕ |
| Лаборатория |  Лаборатория трипаносоматики, УНСАМ |
| Авторы | Фернан Агуэро, Лионель Уран Ландабуру, Сантьяго Кармона, Мария Паула Магариньос, Ариэль Беренштейн, Сантьяго Видела, Ариэль Черноморец, Параг Мару, Дханасекаран Шанмугам (действующий). Грегори Кроутер, Мэтт Берриман, Стюарт Ральф, Дэвид Роос, Уэс Ван Вурхис (в прошлом). |
| Первичное цитирование | Уран Ландабуру Л и др. (2019) [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2007 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://tdrtargets.org |
| Инструменты | |
| Интернет | Perl MVC ( Catalyst_(программное обеспечение) , DBIx::Class ) |
| Разнообразный | |
| Управление версиями | Цели СПТБ 6 |
| Выпуск данных частота | 18 месяцев |
| Версия | 6 |
| Политика курирования | да |
База данных TDR Targets – это биоинформатический проект, цель которого – использовать доступность разнообразных наборов геномных и химических данных для облегчения идентификации и определения приоритетности лекарств и лекарств-мишеней в отношении патогенов забытых болезней . [ 2 ] TDR Название базы данных происходит от популярного сокращения специальной программы Всемирной организации здравоохранения , основной тропических болезней являются исследования задачей которой . Проект был запущен за счет средств этой программы (см. Специальную программу исследований и обучения в области тропических болезней ), и первоначально основное внимание в ресурсе уделялось организмам/заболеваниям, имеющим высокий приоритет для этой программы.
База данных функционирует как веб-сайт, на котором исследователи могут искать информацию о мишенях или интересующих соединениях, или как инструмент для определения приоритетности мишеней во всех геномах . [ 3 ] При определении приоритета генов используются отдельные запросы к базе данных для указания одного или нескольких желательных или нежелательных критериев. Результатом каждого запроса будет набор генов (например, все гены, которые производят летальный фенотип при генетическом нокауте); и различные комбинации наборов генов могут быть получены с использованием стандартных операторов набора (Объединение, Пересечение, Вычитание), включая возможность взвешивания генов, присутствующих более чем в одном наборе (это особенно полезно при расчете Объединений). Был опубликован ряд приоритетов, полученных с помощью этого инструмента. [ 4 ] демонстрация ряда вариантов использования.
В настоящее время в базе данных хранится информация о 21 бактериальном и эукариотическом патогене, а также о более чем 2 миллионах биологически активных соединений . Информация, интегрированная в базу данных «Целевые показатели СПТБ», поступает из разных источников данных и поэтому не может считаться основным хранилищем данных.
С момента ее запуска в 2007 году в базе данных было выпущено шесть основных выпусков, что совпало с расширением филогенетического охвата (например, включением геномов гельминтов в выпуск 2), включением новых функциональных возможностей (например, поиск химического сходства и подструктур в выпуске 4), крупными обновлениями данных. синхронизировать базу данных с вышестоящими поставщиками данных (в версии 5) и использовать многоуровневую сетевую модель. [ 5 ] чтобы направлять Drug_repositioning с помощью удобных для пользователя визуализаций (в версии 6).
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Уран Ландабуру, Лайонел; Беренштейн, Ариэль Дж.; Видела, Сантьяго; Мару, Параг; Шанмугам, Дханасекаран; Черноморец, Ариэль; Агуэро, Фернан (2019). «Цель СПТБ 6: Содействие открытию лекарств от патогенов человека посредством интенсивной интеграции хемогеномных данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д992–Д1005. дои : 10.1093/nar/gkz999 . ПМК 7145610 . ПМИД 31680154 .
- ^ «Веб-сайт TDR Targets (https://tdrtargets.org)» .
- ^ Агуэро, Фернан; Аль-Лазикани, Бисан; Аслетт, Мартин; Берриман, Мэтью; Бакнер, Фредерик С.; Кэмпбелл, Роберт К.; Кармона, Сантьяго; Каррутерс, Ян М.; Чан, А.В. Эдит; Чен, Фэн; Кроутер, Грегори Дж.; Дойл, Мария А.; Герц-Фаулер, Кристиана; Хопкинс, Эндрю Л.; Макаллистер, Грегг; Нвака, Соломон; Оверингтон, Джон П.; Боль, Арнаб; Паолини, Гайя В.; Пипер, Урсула; Ральф, Стюарт А.; Ричерс, Аарон; Роос, Дэвид С.; Сали, Андрей; Шанмугам, Дханасекаран; Сузуки, Такаши; Ван Вурхис, Уэсли К.; Верлинде, Кристоф LMJ (2008). «Приоритизация целевых показателей по наркотикам в геномном масштабе: база данных TDR Targets» . Nature Reviews Открытие лекарств . 7 (11): 900–907. дои : 10.1038/nrd2684 . ПМК 3184002 . ПМИД 18927591 .
- ^ Кроутер, Грегори Дж.; Шанмугам, Дханасекаран; Кармона, Сантьяго Дж.; Дойл, Мария А.; Герц-Фаулер, Кристиана; Берриман, Мэтью; Нвака, Соломон; Ральф, Стюарт А.; Роос, Дэвид С.; Ван Вурхис, Уэсли К.; Агуэро, Фернан (2010). «Идентификация привлекательных мишеней для лекарств в возбудителях забытых заболеваний с использованием подхода in silico» . PLOS Забытые тропические болезни . 4 (8): е804. дои : 10.1371/journal.pntd.0000804 . ПМЦ 2927427 . ПМИД 20808766 .
- ^ Беренштейн, Ариэль Джозеф; Магариньос, Мэри Паула; Черноморец, Ариэль; Агуэро, Фернан (2016). «Многоуровневый сетевой подход для управления репозиционированием лекарств при забытых заболеваниях» . PLOS Забытые тропические болезни . 10 (1): e0004300. дои : 10.1371/journal.pntd.0004300 . ПМК 4703370 . ПМИД 26735851 .
 | Эта базам данных статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |