база данных MANET
биоинформатическая база База данных Molecular Ancestry Network (MANET) — это данных , которая отображает эволюционные взаимоотношения белковых архитектур непосредственно на биологических сетях. [1] Первоначально он был разработан Хи Шин Кимом, Джеем Э. Миттенталем и Густаво Каэтано-Аноллесом на факультете растениеводства Университета Иллинойса в Урбана-Шампейн . [2]
MANET отслеживает, например, происхождение отдельных метаболических ферментов метаболизма с помощью биоинформатических, филогенетических и статистических методов. В настоящее время MANET объединяет информацию из базы данных Структурной классификации белков ( SCOP ), базы данных метаболических путей Киотской энциклопедии генов и геномов ( KEGG ) и филогенетических реконструкций, описывающих эволюцию архитектуры складок белка на универсальном уровне. [3] База данных была обновлена, чтобы отразить эволюцию метаболизма на уровне семейств белковых складок. [4] МАНЕ буквально «рисует» предков ферментов, полученных из укорененных филогенетических деревьев, непосредственно на более чем ста изображениях метаболических путей, отдавая дань уважения одному из отцов импрессионизма . Он также предоставляет многочисленные функциональные возможности, которые позволяют искать конкретные складки белка с определенными значениями происхождения, отображать распределение окрашенных ферментов и исследовать количественные детали, описывающие отдельные складки белка. Это позволяет изучать глобальную и локальную архитектуру метаболических сетей, а также извлекать закономерности эволюции на глобальном и локальном уровнях.
Статистический анализ данных в MANET показал, например, неоднородное распределение значений происхождения, присвоенных белковым сгибам в каждой подсети, что указывает на то, что эволюция метаболизма происходила глобально за счет широкого вовлечения ферментов. [2] MANET недавно использовался для выяснения процессов рекрутирования ферментов в метаболических сетях и предположений, что современный метаболизм зародился в метаболической подсети пуриновых нуклеотидов. [5] База данных полезна для изучения метаболической эволюции .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Сеть молекулярного происхождения, Университет Иллинойса» . www.manet.uiuc.edu . Архивировано из оригинала 9 июля 2017 года . Проверено 14 января 2022 г.
- ^ Jump up to: а б Ким Х.С., Миттенталь Дж.Э., Каэтано-Аноллес Г. (2006). «MANET: отслеживание эволюции белковой архитектуры в метаболических сетях» . БМК Биоинформатика . 7 : 351. дои : 10.1186/1471-2105-7-351 . ПМЦ 1559654 . ПМИД 16854231 .
- ^ Каэтано-Аноллес Г, Каэтано-Аноллес Д (2003). «Эволюционно структурированная вселенная белковой архитектуры» . Геном Рез . 13 (7): 1563–71. дои : 10.1101/гр.1161903 . ПМК 403752 . ПМИД 12840035 .
- ^ Могол Ф, Каэтано-Аноллес Дж (2019). «MANET 3.0: Иерархия и модульность в развивающихся метаболических сетях» . ПЛОС ОДИН . 14 (10): e0224201. Бибкод : 2019PLoSO..1424201M . дои : 10.1371/journal.pone.0224201 . ПМК 6812854 . ПМИД 31648227 .
- ^ Каэтано-Аноллес Г., Ким Х.С., Миттенталь Дж.Е. (2007). «Происхождение современных метаболических сетей, выведенное на основе филогеномного анализа белковой архитектуры» . Proc Natl Acad Sci США . 104 (22): 9358–63. Бибкод : 2007PNAS..104.9358C . дои : 10.1073/pnas.0701214104 . ПМК 1890499 . ПМИД 17517598 .