БакДайв
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | информация о бактериальных и архейных штаммах |
| Типы данных захвачен | метаданные |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Институт Лейбница DSMZ - Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур GmbH |
| Первичное цитирование | PMID 34718743 |
| Дата выпуска | 2012 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://bacdive.dsmz.de/ |
| веб-службы URL-адрес | https://api.bacdive.dsmz.de/ |
Bac Dive ( База метаданных по бактериальному разнообразию ) — это база метаданных по бактериям , которая предоставляет связанную со штаммами информацию о биоразнообразии бактерий и архей .
Введение
[ редактировать ]Bac Dive — это ресурс для различных метаданных, таких как таксономия, морфология, физиология, окружающая среда и молекулярная биология. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] Большинство данных аннотируется и обрабатывается вручную. С выпуском в декабре 2022 года Bac Dive предлагает информацию о 93 254 штаммах, включая 19 313 типовых штаммов.База данных находится в Институте Лейбница DSMZ (Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур GmbH) и является частью de.NBI (Немецкой сети инфраструктуры биоинформатики), а также Elixir (Европейской сети биоинформатики). В декабре 2022 года Bac Dive был выбран Глобальной коалицией биоданных в качестве глобального основного ресурса биоданных (GCBR). GCBR считаются важнейшими ресурсами данных для глобальных исследований в области наук о жизни и биомедицины.
Содержание и возможности
[ редактировать ]База данных
[ редактировать ]Декабрьский выпуск базы данных включал более 1000 различных полей данных, разделенных на категории «Название и таксономическая классификация», «Морфология», «Культура и условия роста», «Физиология и обмен веществ», «Выделение, отбор проб и экологическая информация». Информация о безопасности», «Информация о последовательности» и «Наличие штамма». База данных содержала 1 922 166 записей, связанных с соответствующим штаммом и ссылкой. [9] Данные извлекаются из внутренних описаний коллекций культур, составленных экспертами сборников и первичной научной литературы, такой как описания видов.
Доступ к данным
[ редактировать ]Доступ к данным можно получить либо через графический интерфейс RESTful , либо через веб-сервис . Используя графический интерфейс, пользователь может выбирать между простым поиском штаммов по названию, номеру коллекции культур, налоговому идентификатору NCBI или порядковому номеру INSDC, или пользователь может использовать расширенный поиск, который позволяет осуществлять поиск по 130 полям данных и дает возможность сложных запросов путем объединения нескольких полей. Данные можно загрузить в формате PDF (для отдельных штаммов) или в формате CSV для более крупных наборов данных (для нескольких штаммов). можно получить через портал веб-сервисов RESTful Доступ к контенту Bac Dive (требуется бесплатная регистрация). Для поддержки использования API программные клиенты доступны на Python и R.
Другие базы данных
[ редактировать ]Для данных, которые находятся за пределами внимания Bac Dive , предоставляются ссылки на другие базы данных, которые предоставляют данные, связанные со штаммами:
- СИЛЬВА
- БРЕНДА
- Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре
- Straininfo.net
- СЕМЬЯ
- NCBI
- МикробАтлас
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Зёнген, К; Бойк, Б; Подставка, А; Глейм, Д; Оверманн, Дж. (13 октября 2013 г.). «Bac Dive — База метаданных по бактериальному разнообразию» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D592–D599. дои : 10.1093/нар/gkt1058 . ПМК 3965005 . ПМИД 24214959 .
- ^ Фернандес-Суарес, XM; Ригден, диджей; Гальперин, М.Ю. (5 декабря 2013 г.). «Выпуск базы данных исследований нуклеиновых кислот 2014 года и обновленная онлайн-коллекция баз данных молекулярной биологии NAR» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1–D6. дои : 10.1093/нар/gkt1282 . ПМЦ 3965027 . ПМИД 24316579 .
- ^ Лаборатория Кохана (23 октября 2015 г.). «База данных о бактериальном разнообразии BacDive ДСМЗ» . Архивировано из оригинала 7 мая 2019 года . Проверено 6 мая 2016 г.
- ^ Абу-Джамус, Базель; Фа, Руи; Нанди, Асоке К. (2015). Интегративный кластерный анализ в биоинформатике . Джон Уайли и сыновья. п. 448. ИСБН 9781118906552 .
- ^ Жулин И.Б. (1 августа 2015 г.). «Базы данных для микробиологов» . Журнал бактериологии . 197 (15): 2458–2467. дои : 10.1128/JB.00330-15 . ПМЦ 4505447 . ПМИД 26013493 .
- ^ Зёнген, К; Подставка, А; Бойк, Б; Глейм, Д; Ветцининова А; Реймер, LC; Эбелинг, К; Пендаровский, К; Оверманн, Дж. (30 сентября 2015 г.). «Bac Dive - База метаданных по бактериальному разнообразию в 2016 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Проблема с базой данных): D581–D585. дои : 10.1093/nar/gkv983 . ПМК 4702946 . ПМИД 26424852 .
- ^ Реймер, LC; Ветцининова А; Сарда Карбасс, Ж; Зёнген, К; Глейм, Д; Эбелинг, К; Оверманн, Дж. (17 сентября 2018 г.). «Bac Dive в 2019 году: фенотипические данные бактерий для высокопроизводительного анализа биоразнообразия» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Проблема с базой данных): D631–D636. дои : 10.1093/nar/gky879 . ПМК 6323973 . ПМИД 30256983 .
- ^ Реймер, LC; Сарда Карбасс, Ж; Коблиц, Дж; Эбелинг, К; Подставка, А; Оверманн, Дж. (7 января 2022 г.). «Bac Dive в 2022 году: база знаний стандартизированных данных о бактериях и архей» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Проблема с базой данных): D741–D746. дои : 10.1093/nar/gkab961 . ПМЦ 8728306 . ПМИД 34718743 .
- ^ «База данных о бактериальном разнообразии BacDive ДСМЗ» . 22 декабря 2022 года. Архивировано из оригинала 16 июля 2024 года . Проверено 16 июля 2024 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]
- Простой поиск на Bac Dive
- Расширенный поиск на Bac Dive
- Веб-сервисы в Bac Dive. Архивировано 17 сентября 2016 г. на Wayback Machine.